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冠心病血瘀证患者与健康人血清蛋白质表达的差异
目的:研究冠心病瘀血证患者与健康人在血清蛋白质表达方面存在的差异。方法:选取8例冠心病血瘀证患者以及8名健康人士作为本次实验的研究对象,分析两组患者血清蛋白质存在的差异。结果:冠心病血瘀证患者与健康人士相差12个蛋白质点。结论:冠心病血瘀证患者的相关蛋白主要集中在脂质代谢与炎症反应方面,并且发现了具有进一步研究价值的黄醇结合蛋白4。
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极低剂量氢醌诱导人胚肺成纤维细胞应答反应的研究
我们采用蛋白质组学技术研究了极低浓度氢醌(HQ)刺激人胚肺成纤维细胞蛋白质表达差异,用肽指纹图谱初步鉴定了数个差异蛋白,有助于阐明低剂量化学物刺激诱导细胞应答反应的分子机制,为发展低剂量毒物测试系统,建立正确的环境污染物的危险度评价体系提供理论依据.
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基于β-AS基因的甘草道地性形成机制研究
目的:对甘草道地性形成机制进行探索.方法:在GenBank中检索β-香树酯醇合成酶(β-AS)基因,进行序列比对并找出序列保守区,用primer premier 5.0软件设计引物,对3个不同产地甘草材料的β-AS基因进行扩增、测序,用MegAlign软件进行序列分析并构建系统树.在表达差异实验中,对来自3个产地的9份甘草材料进行总RNA提取,逆转录得到cDNA,以甘草18S基因为内参,PCR扩增后进行相对表达量分析.结果:在序列多态性实验中,9个样品的β-AS序列经比对分析共发现108处变异位点,内含子变异位点数高于外显子变异位点数两倍.在表达差异实验中内蒙组、甘肃组和宁夏组的甘草β-AS基因平均相对表达量有显著性差异.结论:不同产地甘草β-AS基因多态性的差异以及表达量的差异,可能是导致甘草道地性形成的原因之一.
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三叶青根与茎叶转录组和差异性表达分析
目的 采用Illumina HiSeq 4000测序技术获得三叶青转录组数据,为三叶青分子生物学研究提供重要分子信息.方法 以三叶青根和茎叶为材料,进行转录组测序,对测试数据进行基因功能注释、代谢途径及微卫星等的生物信息学分析.结果 共获得24.13 Gb Clean Data,拼接组装得到84 433条Unigene,与7个基因数据库进行比对,终获得47 766个有注释信息的Unigene.在GO数据库中注释27 790条,其根和茎叶的差异表达基因数目为4989个,其中上调为3511个,下调为1478个;COG数据库得到16 152条三叶青Unigene的同源序列,共分为25个类别;在KEGG数据库有14 511条Unigene获得对应的Ko编号,可分为130个信号代谢分支,其中核糖体合成途径的Unigene数量多,有1042条,而异黄酮的生物合成途径只有1条Unigene.结论 对三叶青转录组进行拼接、组装和功能注释得到大量转录本信息,为三叶青分子生物学研究提供基因组数据库资源.
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同胞对间全基因组表达差异与SNP位点血缘一致性相关分析
研究影响基因表达差异的调控机制对研究人类复杂性状的遗传机制具有重要意义.采用logistic回归分析方法,对基因在家系同胞对间是否存在较大表达差异与同胞对在SNPs位点共享同源等位基因的概率做回归分析,从而克服线性模型的束缚,并且考虑到多个SNPs对基因表达的共同作用.选取14个CEPH三代家系的378个同胞对作为研究对象,对个体间差异显著的3 554个基因在2 492个SNPs位点上进行全基因组扫描,得到与3 101个基因在同胞对间是否存在较大表达差异显著相关的SNPs位点(P<0.001),并分析基因相应的cis、trans调控位点.结果表明,人类基因在同胞对间是否存在较大表达差异,与SNP位点血缘一致性有显著相关;结果还发现,存在多个基因的表达水平,在同胞对间是否存在较大差异都与同一SNP显著相关;将这些基因进行聚类,并且对其进行功能富集研究,发现在某些GO注释上存在显著富集现象.
关键词: 基因表达 SNPs 表达差异 IBD Logistic回归 -
干扰素-α对K562细胞基因表达谱的调控研究
本研究查明干扰素-α对K562细胞基因表达谱的调控作用,为阐明IFN-α治疗慢性髓性白血病的作用机制提供依据.应用DNA芯片技术对IFN-α作用前后K562细胞基因表达谱的变化进行检测.结果表明:200 U/ml的IFN-α作用K562细胞1天后,没有1个基因表达差异在2.5倍以上,随后逐渐增多,到4天时达到高峰,在检测的基因中共有97个表达差异显著的基因,其中84个(86.60%)上调,13个(13.4%)下调.在97个表达差异显著的基因中,细胞调节蛋白类占23.71%,细胞受体类占14.43%,癌基因与抑癌基因占11.34%,细胞信号传导蛋白类占9.28%,细胞黏附分子占8.25%,其它基因占32.99%.第5天开始下降,但到第21天时仍有9个表达差异显著的基因.在细胞信号传导蛋白类中,参与JAK-STAT途径的JAK1基因经IFN-α刺激4天上调到3.78倍,JAK2上调到15.43倍.同时还发现信号转导子及转录活化子STAT1及STAT2分别上调到11.98和8.11倍.结论:IFN-α在浓度200 U/ml时,对K562细胞作用4天其基因表达变化显著;IFN-α对K562细胞基因表达的调控是通过调节JAK-STAT途径实现的,此途径可能是FN-α治疗CML的机制之一.
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NET-1蛋白表达与肝癌临床病理因素相关性探讨
NET-1属于四次跨膜蛋白(TM4S)家族成员[1-3] ,具有显著上调癌形成的作用.我们在研究人体组织中NET-1表达[4] 及分析肝与肝癌组织中NET-1表达差异[5]的基础上,通过基因生物工程的方法制备NET-1多克隆抗体,用免疫组织化学方法检测肝癌中NET-1蛋白表达,探讨其与临床病理因素的关系.
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钙视网膜蛋白在先天性巨结肠不同肠段的表达差异及其临床意义
先天性巨结肠是以远端肠道神经节细胞完全缺如为特征的先天性畸形,结肠黏膜病理活检是术前确诊先天性巨结肠的重要的手段。钙视网膜蛋白( calretinin,CR)是一种重要的钙结合蛋白, CR参与神经细胞胞内的调节。国外文献报道[1-2],CR在先天性巨结肠不同肠段的表达模式存在差异,提示CR免疫组织化学染色可能作为临床诊断先天性巨结肠的一种新的手段。国内马能强[3]及张艳[4]等使用数字分析软件发现先天性巨结肠肠管痉挛段和扩张段黏膜下层及肌间区CR存在差异。我们拟使用免疫组织化学技术对含节细胞及无节细胞的肠管进行CR染色,并分析其染色模式,了解CR在先天性巨结肠患儿切除肠段中的表达,为临床使用CR免疫组织化学染色诊断先天性巨结肠打下基础。
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精浆内前列腺素D合成酶双抗体夹心酶联免疫吸附法的建立及其应用
前列腺素D合成酶(L-PGDS)是一种双功能蛋白,它能转运、催化前列腺素D的合成[1-3].我们已用真核表达了人L-PGDS[4]、制备了小鼠抗人L-PGDS单克隆抗体.本研究在此基础上,建立L-PGDS双抗体夹心酶联免疫吸附法(ELISA),分析精浆中L-PGDS与精子密度和精子活力间的相关性,以探讨L-PGDS在不同类型男性不育患者精浆内的表达差异[5].
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正常与硬化肝组织基因表达差异的初步分析
目的:了解肝硬化的基因表达概况,寻找在肝硬化及正常肝组织中差异表达基因.方法:以各24例肝硬化及正常肝组织的总RNA混合定量后反转录合成含有α-32P dATP的cDNA为探针,与Atlas微阵列表达分析膜杂交.结果:放射自显影结果经AtlasImageTM软件分析显示:在所分析的588种已知基因中,Integrin beta 7、collagen type XVⅢ等17个基因在肝硬化组织中表达上调,TFDP2、BAK、ABL等98个表达下调,参与细胞增生、凋亡、分化、细胞间相互作用、与细胞侵袭相关的基因表达水平发生了明显改变.结论:通过Atlas微阵列系统分析发现的这些基因的表达改变组成了一个肝硬化特异的基因表达谱.系统地研究肝硬化的基因表达改变,与肝硬化发生相关基因的差异变化可为肝硬化诊断和治疗提供线索.
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cFLIP基因表达与胃癌的关系研究
目的:探讨cFLIP基因在胃癌组织中表达状况及其与胃癌发生发展的关系.方法:采用免疫组化法检测cFLIP short/long基因在48例胃癌、48例肠化胃黏膜及42例慢性胃炎黏膜中的表达,并经计算机图像分析,计算阳性细胞百分率.统计采用方差分析.结果:cFLIPshort/long基因全部表达于胃癌组织,部分表达于肠化胃黏膜及慢性胃炎黏膜.胃癌组织中cFLIP基因表达强度(强阳性占70.8%)显著高于肠化胃黏膜(P<0.01)及慢性胃炎黏膜(P<0.01),且与胃癌浸润深度(P<0.05),胃癌TNM分期(P<0.05)显著相关.而肠化胃黏膜与慢性胃炎中cFLIP基因表达差异无显著性(P>0.05).结论:cFLIPshort/long基因特异性高表达于胃癌组织且在胃癌转化过程中是一较晚期事件,与胃癌的发生及浸润转移密切相关.
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Fas死亡受体及FLIP对大肠癌细胞凋亡的影响
目的:比较不同大肠癌细胞Fas受体及其下游通路抑制因子FLIP的表达差异,探讨Fas、FLIP对大肠癌细胞凋亡的影响.方法:体外培养大肠癌细胞,应用直接免疫荧光流式细胞术检测细胞表面Fas表达率,半定量RT-PCR法测定FLIPmRNA的水平,并采用Annexin V法评价细胞对Fas介导的凋亡的敏感性.结果:大肠癌细胞表面Fas表达率不同,其中HT-29细胞的表达率为42.46±4.32%,明显高于其他3株细胞.SW620和HT-29细胞FLIP mRNA含量较高,Colo205居中,Lovo则呈阴性;且相对于任何一株FLIP表达阳性的细胞,FLIPL的表达水平均高于FLIPs.给予凋亡诱导型抗Fas抗体(CH-11)刺激后,4株大肠癌细胞凋亡敏感性均较低.结论:不同的大肠癌细胞株可能通过不同途径逃避Fas介导的凋亡,其中包括下调Fas的表达和上调FLIP的含量.
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AgNORs计数DNA含量及PCNA与肝硬化增生结节和肝癌的关系
目的:探讨肝硬化(LC)、增生结节与肝细胞癌(HCC)之间的关系.方法:分别应用银染色技术、图像分析技术及免疫组织化学技术检测LC、增生结节及HCC中AgNORs计数、DNA含量及增生细胞核抗原(PCNA)的表达.结果:增生结节中,其AgNORs计数、DNA含量及PCNA的表达均与正常肝组织和LC组织有明显差异(P分别<0.01,0.05,0.05);其中AgNORs计数与Ⅰ级HCC相近(P>0.05),DNA含量与HCC相近(P>0.05).LC组织和正常肝组织间的AgNORs计数、DNA含量及PCNA的表达差异均无显著性(P均>0.05).结论:增生结节与LC是两种不同性质的细胞群体,前者属于活跃增生生病变,是HCC的癌前期病变,后者仍为成熟的细胞,与HCC的发生没有直接关系.
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胃癌前病变p21ras,c-erbB-2,P53表达与中医证候的关系
目的:观察胃癌癌前病变p21ras,c-erbB-2,p53癌基因蛋白表达与中医证候的关系.方法:经胃镜及病理证实为胃癌癌前病变的病例共40例,其中中度异型增生24例,重度异型增生9例,不完全性结肠化生7例;中医辨证属脾胃气阴两虚兼气滞者10例,兼胃热者12例,兼血瘀者18例.所有胃黏膜活检标本采用抗生蛋白链菌素-生物素免疫组织化学标记的方法作p21ras、c-erbB-2、p53表达的检测.结果:p21ras,c-erbB-2,p53在胃癌癌前病变中有过表达,且其表达随着病变的进展而升高,但中、重度异型增生及不完全性结肠上皮化生胃黏膜之间的表达差异无显著性(P>0.05).在不同的兼证中,p21ras,p53的表达兼血瘀者大于兼胃热、气滞者(P<0.01),c-erbB-2的表达兼血瘀、胃热者大于兼气滞者(P<0.05).结论:p21ras,c-erbB-2,p53癌基因蛋白在胃癌癌前病变中有过表达,其表达与不同中医兼证有关,可能有一定的证候特异性.
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5种血清微小核糖核酸在主动脉夹层患者中的表达变化及联合诊断价值研究
目的:评价5种血清微小核糖核酸(microRNA)联合在主动脉夹层(AD)患者中的表达变化和联合诊断价值.方法:选择2015年9月至2016年3月期间在北京安贞医院急诊科就诊并终确诊为主动脉夹层(AD)患者60例为AD组,同时选取年龄性别匹配的在北京安贞医院体检健康者60例为对照组(HC组),采集AD患者入院24h内以及对照组空腹常规血清,根据文献选出5个可能与AD相关的microRNA(has-miR-26a-5p、has-miR-191-5p、has-miR-143-3p、has-miR-21-5p、has-miR-223-3p),采用荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)方法检测60例AD患者和60例健康对照(HC)血清中这5种mi-croRNA的表达量,采用2-△△CT方法计算5种microRNA在两组中的相对表达量.通过单个或联合的ROC曲线分析血清microRNA对于AD和HC的区分效能,通过曲线下面积(AUC)评估血清microRNA对于AD的诊断价值.结果:两组研究对象年龄和性别比较差异无统计学意义(P均>0.05);与HC组相比,5种血清microRNA在AD组表达均显著下降(P均<0.05);5个血清microRNA区分AD与HC的曲线下面积(AUC)分别为0.915、0.912、0.910、0.732和0.717(P均<0.05),将AUC> 0.9的这3个mi-croRNA联合为Signaturea,Signaturea将AUC提升至0.958(95%CI:0.942 ~0.992,P<0.05),全部5个microRNA全部联合作为Signatureb,Signatureb将AUC提升至0.964(95%CI:0.935 ~0.993,P<0.05),所以microRNA联合可以提高AD的诊断效果.结论:5种血清microRNA在AD患者表达变化,联合5种血清microRNA对AD有潜在诊断价值.
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代谢相关基因在体外循环心脏手术中表达谱的变化
目的:探讨体外循环心脏手术中外周血单个核细胞代谢相关基因表达水平改变及基因芯片技术在此过程中的应用.方法:在体外循环下心内直视手术的住院患者19例.于术前1天、麻醉后开胸前、体外循环开始、体外循环结束及手术结束后分别抽取静脉血,分离外周血单个核细胞,提取标本总核糖核酸(RNA),逆转录合成并标记单链互补脱氧核糖核酸(cDNA),与HC10001基因芯片进行杂交.结果:统计结果发现,HC10001基因芯片的10 000个杂交基因中约有20%的基因在手术前、后或手术中有不同程度的表达差异;其中与代谢相关的葡萄糖异构酶基因的表达变化十分显著,心脏脂肪酸结合蛋白基因的表达量也有较大的变化.结论:通过表达谱基因芯片的初步筛选,发现葡萄糖异构酶和心脏脂肪酸结合蛋白基因表达量在手术前与麻醉、体外循环、手术操作后相比都存在差异,提示它们可能参与了体外循环心脏手术中的病理生理反应,对手术过程中患者肌体的供氧及脏器保护提供了分子生物学方面的依据,对今后手术中的麻醉和体外循环药物的选择具有一定的参考价值.
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Fibulin-5在主动脉夹层血管壁中的异常表达及其意义
目的:急性主动脉夹层(Aortic dissection,AD)是一种灾难性的心血管疾病,死亡率高,一旦出现症状后24~48小时内,死亡率以每小时1%~2%的速度递增。AD的发病机制尚不明确,目前较公认的是:主动脉中膜纤维结构改变是AD发生的形态学基础。中膜纤维结构主要由弹性纤维组成,其合成受Fibulin-5的调控。因此,我们设想Fibulin-5可能在AD的形成中发挥重要作用。我们通过免疫组织化学、蛋白印记技术检测AD组和对照组Fibulin-5表达差异,并探讨Fibulin-5表达改变与AD形成的关系。
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MicroRNA-451调控心肌肥厚
目的:MicroRNA-451(miRNA-451)在心肌肥厚中的调控作用。
方法:利用Agilent的miRNA表达谱芯片筛查肥厚型心肌病(HCM)患者心肌与正常心肌的miRNA表达差异,筛查出的miRNA利用TaqMan探针法进行实时定量PCR检测。Lipofecta mine 2000转染miR-451的模拟物或抑制物,在体外培养的新生大鼠心肌细胞中高表达或敲低miR-451。心肌细胞用鬼笔环肽(phalloidin)染色后计算表面积。14-3-3ζ蛋白表达用Western检测。 -
miR-16和miR-21作为冠脉不稳定斑块生物标志物的研究
目的:探讨循环miRNA作为识别冠状动脉粥样硬化不稳定斑块生物标志物的价值,为冠脉斑块不稳定性的无创性早期识别提供新的途径。
方法:选取2011年9月-2012年12月于中国医学科学院阜外心血管病医院就诊的门诊患者,以64排螺旋CT检查和急性冠脉综合征的临床症状入选非钙化斑块、钙化斑块患者及正常对照组。有急性冠脉综合征的临床症状,经CT检查一支上的冠脉主干存在典型单纯非钙化斑块(CT值<50 HU),各支冠脉无钙化斑块、混合斑块者入组非钙化斑块组;无急性冠脉综合征的临床症状,经CT检查一支上的冠脉主干存在典型钙化斑块(CT值>50 HU),各冠脉无非钙化、混合斑块者入组钙化斑块组;无临床症状和其它慢性病史,血清学检查肝肾功能正常,经CT检查冠脉光滑、无斑块者入组正常对照组。受试者于清晨空腹采集静脉血5毫升,1 h内分离血清-80℃冻存用于RNA提取。初筛每组入选12例,采用TaqMan法qRT-PCR对斑块不稳定相关的11种miRNA进行检测;通过相对定量分析,对非斑块组较正常组表达差异倍数>1的miRNA进一步扩大样本量(每组50例)进行验证。测定结果取对数转换为正态,用SPSS17.0进行分析,P<0.05为差异有统计学意义。 -
非心肌特异肌小节相关基因在肥厚型心肌病患者中的表达研究
目的:肥厚型心肌病是一种由编码肌小节蛋白的基因突变所引起的单基因遗传病,但基因突变如何导致心肌病变的调控机制尚不明确。本次研究首先通过微矩阵检测了肥厚型心肌病患者和正常人心肌组织表达谱,发现疾病组织中差异表达基因,然后用实时荧光定量PCR确认基因表达差异,探讨肥厚型心肌病的分子调控机制。