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小鼠淋巴瘤细胞试验用于突变检测的研究进展
自从1972年小鼠淋巴瘤细胞试验(mouselymphoma assay MLA)建立以来,该试验已经广泛地用于各种理化因素的遗传毒性评价.其使用的细胞株小鼠淋巴瘤L5178Ytk+/-,-3.2.7c细胞在11号染色体上存在tk等位基因.由于只含有1个有活性的tk基因,因此可以检测出以耐药性为指标的基因突变(tk+/-→tk-/-),该方法的优点是不仅可以检测点突变等小的基因突变,还可以检测大的缺失以及染色体水平的变化.在化合物检测和评价方面,美国环境保护署回顾了1976至1993年间MLA检测602个化合物的结果,其中343个为阳性,44个阴性,18个疑似.通过其中260个化合物与美国"国家遗传-毒理学计划"的数据进行全面的比较,证实MLA试验完全适用于遗传毒性的评价以及预测潜在的致癌作用[1].
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PCR-SSCP 技术快速检测结核分枝杆菌三种基因突变
聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)是快速检测基因突变的重要方式之一[1].应用此法对辽宁省90例涂阳患者痰标本分离结核分枝杆菌进行rpoB、rpsL、56例katG基因突变检测,与传统耐药结果比较分析,寻找结核分枝杆菌耐药性与基因突变的关系.
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基因芯片技术及其在食品检测中的应用
1996年,Schena等[1]首次制出世界上第一块基因芯片,并证实了基因芯片的实用价值和应用潜力;基因芯片一出现即引起科研学术界的广泛关注,并日益成为遗传作图、DNA测序、基因表达、突变检测、基因诊断等基因分析重要的技术平台.
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DNA芯片(DNA chip)
一种通过光刻技术或其他技术将DNA片段或基因集成在固体基底(玻璃或尼龙、硅片)表面而形成的阵列.通常1cm2的阵列可包含几百、几千甚至几万个DNA片段,故也叫微阵列(microarray).它是分子生物学和微加工技术进步的产物.DNA芯片在生命科学研究中发挥着重要的作用.其应用范围涉及:基因表达谱分析、基因突变检测、DNA(基因)序列测定、疾病机理分析、疾病诊断、药物筛选、环境因素对机体的作用机理、毒物基因组学、食品卫生、病原体检测和生物样品的制备等.此外,它还将生命科学中许多不连续的过程如样品制备、化学反应和检测等步骤在芯片上实现其连续和微型化,建立缩微芯片实验室(Lab-on-A-chip).DNA芯片与PCR芯片、毛细管电泳芯片及介电电泳芯片等一起通称生物芯片(biochip).(本文编辑:邵隽一)
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HER-2/neu基因蛋白、BRCA1和BRCA2基因突变检测在乳腺癌诊断和治疗中的临床意义
乳腺癌(breast cancer)是指发生于乳腺导管上皮细胞的恶性肿瘤,是女性常见的肿瘤之一,约占全身恶性肿瘤的7%-10%,全世界每年新发乳腺癌约150万例,死亡约57万例.北美、欧洲等西方发达国家为高发区,其发病率为亚、非、拉地区的4倍左右.我国虽属乳腺癌低发区的国家,但近20年来发病率有增高趋势,特别是在北京、上海等经济发达地区,乳腺癌已成为威胁女性健康的重要危害,有可能超过宫颈癌而居女性恶性肿瘤的首位.近年来,随着分子生物学研究的迅速进展,肿瘤发生基因学说研究的突飞猛进,使得乳腺癌的早期诊断和治疗有了希望.
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罕见的肾上腺脑白质营养不良家系的临床特点及基因突变
目的 分析1个肾上腺脑白质营养不良(ALD)家系患者的临床特点,并检测致病基因ABCD1的突变类型.方法 纳入一个4代受累、4例发病的汉族ALD家系.根据临床表现、头颅核磁共振显像及血清极长链脂肪酸浓度检测,明确ALD诊断.用聚合酶链反应及其产物直接测序法检测ABCD1突变.结果 患者均为男性,表现为原发性肾上腺皮质功能减退和神经系统功能异常,大脑白质广泛脱髓鞘改变,血清极长链脂肪酸浓度明显升高.患者ABCD1基因第8外显子存在c.1850 G>T半合子突变,而女性携带者基因型为杂合子.结论 原发性肾上腺皮质功能减退和神经系统功能异常是ALD的典型临床表现,ABCD1的c.1850 G>T错义突变是我国该疾病致病基因新的突变类型.
关键词: 肾上腺脑白质营养不良 ABCD1基因 突变检测 -
光纤微珠芯片技术及其在医药研究领域中的应用
基因芯片技术是近年来与人类基因组研究同步发展起来的新技术,在基因表达谱测定、突变检测、多态性分析、基因组文库建立及杂交测序等多方面具有较高的应用价值,为现代医学科学及医学诊断学的发展提供了强有力的工具[1].在经历了微点样芯片、光原位合成芯片两代基因芯片产品之后,目前美国Illumina公司己研制出新一代基因芯片产品--光纤微珠芯片.光纤微珠芯片是利用独特的微珠阵列(BeadArray)技术生产的芯片,具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点,克服了传统芯片的多个技术瓶颈,不仅检测筛选速度很高,也显著降低了研究成本[2].本文对光纤微珠芯片的工作原理、主要类型以及在医药研究领域中的应用等作一简介.
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推进BRAF基因突变检测提高临床肿瘤诊疗水平
日前,在中华医学会病理学分会第二十一次学术会议暨第五届中国病理年会期间,中国医学科学院肿瘤医院病理科应建明教授分享了BRAF基因突变检测在甲状腺癌、结直肠癌等实体瘤鉴别诊断、治疗指导及预后管理方面的重要意义,以及免疫组织化学( IHC) BRAF V600E抗体检测方法的临床应用。
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结直肠癌KRAS基因突变检测专家共识
全球结直肠癌每年新发病例数约120万,年病死人数超过60万,发病率居第3位,病死率居第4位[1].近些年,结直肠癌的发病率呈明显上升趋势[1].因此,结直肠癌的治疗一直是国内外学者研究的热点.随着靶向治疗药物表皮生长因子受体(EGFR)抑制剂西妥昔单抗(Cetuximab)和帕尼单抗(Panitumumab)的问世,结直肠癌的治疗进入了靶向治疗时代.
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中国非小细胞肺癌患者表皮生长因子受体基因突变检测专家共识(2016版)
一、表皮生长因子受体( epidermal growth factor receptor,EGFR)基因突变检测的临床意义
EGFR 是一种跨膜受体酪氨酸激酶,该区域的激活即磷酸化对癌细胞增殖、生长的相关信号传递具有重要意义。因此,EGFR 作为癌症治疗的分子靶标受到普遍关注,并陆续开发出了吉非替尼(gefitinib)、厄洛替尼( erlotinib)和埃克替尼(icotinib)等EGFR 酪氨酸激酶抑制剂( tyrosinekinase inhibitor,TKI)和抗EGFR 抗体等[1-4]。 -
X-连锁隐性视网膜色素变性的分子遗传学分析
目的 探讨1个X-连锁隐性视网膜色素变性(X-linked recessive retinitis pigmentosa,XLRRP)家系先证者分子遗传学基础.方法 应用聚合酶链反应 - 直接测序,检测与XLRP相关基因视网膜GTP酶调节因子(retinitis pigmentosa GTPase regulator,RPGR)基因的所有外显子和突变热区15号外显子开放阅读框(exonopen reading frame 15,ORF15)及其与内含子交界处序列.结果 检测到2种新的同义突变,c.2166A>G(Glu722)和c.3396C>T(Asp1132),都位于ORF15;以及4种已知多态c.29-15G>A,c.469+63C>T,c.1227+67A>G和c.1675-101A>T.结论 尚不能确定此XLRP家系的疾病相关基因.
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聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳在苯丙酮尿症产前基因诊断中的应用
苯丙酮尿症(PKU)是常染色体隐性遗传病,因苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因突变致酶活性降低或丧失而造成高苯丙氨酸血症和智力低下.为进一步提高PKU产前基因诊断率,我们用s聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)对PCR短串联重复序列(PCR-STR)连锁分析,对家系的PAH基因的相对突变热点区域外显子6(e6)、e7和e12作突变检测,以探讨其在PKU产前基因诊断的应用价值.
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kras基因突变检测对结直肠癌靶向治疗的临床指导意义
结直肠癌是常见的恶性肿瘤之一,目前世界范围内其发病率已居所有恶性肿瘤的第三位[1].2011年中国肿瘤登记年报公布的我国结直肠癌的发病率也位居全部恶性肿瘤第三位[2].尽管40%~50%的结直肠癌患者可通过手术治愈,但大部分患者会发生转移或复发,并终导致死亡.近年来,随着靶向治疗的兴起,2种针对表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)的单克隆抗体类药物——西妥昔单抗和帕尼单抗在结直肠癌的治疗中显示出了很好的疗效,明显改善了患者的生存.近研究显示,除EGFR本身因素外,其下游信号转导通路中的其他成员与这2种靶向药物疗效也密切相关;同时多项临床研究发现,EGFR靶向治疗不受益的结直肠癌患者中,kras基因的突变率较治疗受益者高.因此,临床上将结直肠癌靶向治疗的失败归因于kras基因突变,并提出了应将结直肠癌患者kras 基因状态作为是否进行EGFR靶向治疗的筛选标准.
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TDI-FP法分析肝细胞癌组织中HBV核心启动子双突变
目的:通过TDI-FP法检测肝细胞癌组织中HBV DNA核心启动子区A1762 T和G1764A双突变并分析二者之间的相关性,同时建立一种新的突变检测方法.方法:以20例肝细胞癌组织为研究标本,通过PCR扩增含有HBV DNA核心启动子区的DNA片段,然后用TDI-FP法检测R110或TAMRA标记ddNTP的FP值,鉴定nt1762和nt1764的基因型.结果:20例肝细胞癌组织中经HBV检测试剂盒鉴定后,18例为HBV感染阳性,阳性率为90%.经TDI-FP检测,其中有13例为T1762和A1764双突变型,1例为T1762-A1764/A1762-G1764突变杂合型,4例检测结果为阴性.经测序,阳性结果及突变杂合型与TDI-FP结果完全吻合,阴性结果中2例在nt1762前有8个核苷酸缺失突变,导致突变检测引物无法与模板结合,故产生TDI-FP检测出现假阴性结果.在肝细胞癌组织HBV DNA中,Ti762-A1764突变阳性率为75%,突变杂合型为5%,野生型为10%.结论:在肝细胞癌组织中,HBV感染率非常高,而且其核心启动子区出现nt1762和nt1764双突变率较高,提示双突变与肝细胞癌关系密切;同时本实验所建立的TDI-FP法操作快速简便,可以进行高通量自动化操作,具有进一步推广应用的前景.
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胃癌癌前和发展阶段中E-cadhherin基因的突变
目的:细胞粘附分子E-cadherin作为转移抑制因子在肿瘤发展过程中起者重要的作用,在弥漫型家族性胃癌中有E-cadherin基因胚系突变的报道,并且在弥漫型散发性胃癌中也有关于该基因失活性突变的报道.异型增生是一种常见的胃癌癌前病变,为了认识E-cadherin基因在散发性胃癌发展过程中的分子改变,我们对不同地区不同阶段的胃组织标本进行了E-cadherin基因突变的检测.方法:采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和测序的方法对130例癌前、早癌及进展期胃癌组织进行了第6、7、8、9外显子的突变检测,其中高发区早癌40例,非高发区早癌30例,异型增生40例,进展期胃癌20例.结果:在一例进展期胃癌中检测到第9外显子的错义突变,该突变是文献未报道过的新突变,在早期胃癌和异型增生中都未发现突变.结论:E-cadherin基因突变在散发胃癌为少发事件,不是胃癌发生早期阶段的主要事件,在胃癌发生的早期阶段可能有其他更重要的机制.
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FBN-1基因突变检测对临床疑似马凡综合征患者的诊断价值
目的:针对疑似马凡综合征,但尚不满足2010年修订版 Ghent标准的患者,通过检测FBN-1基因突变情况,为临床诊断马凡综合征提供证据。
方法:2014-02至2014-08期间,纳入中国医学科学院阜外医院血管外科中心诊治的7例临床表现疑似马凡综合征,但尚不满足2010年修订版Ghent标准的患者[男:女=5:2,平均年龄29.0(11~48)岁],对他们进行FBN-1基因突变位点的检测。采静脉血3~5 ml,置入EDTA抗凝管,提取DNA,采取一代测序的办法进行FBN-1外显子的测定。上述检测均在中国医学科学院阜外医院分子诊断中心完成。 -
蛋白S基因突变导致肺栓塞1例
目的:对1个新的遗传性蛋白S基因缺陷症家系进行基因突变检测。
方法:筛查导致患者肺栓塞的诱因,在未服用抗凝药华法林的情况下检测血浆蛋白S活性(ProteinS凝固法法国STAGO)、血浆蛋白C活性(ProteinC发色底物法法国STAGO )、抗凝血酶Ⅲ活性(ATⅢ发色底物法法国STAGO)、血浆游离蛋白S抗原(Liatest Free PS免疫比浊法法国STAGO)作实验诊断;用PCR法对先证者蛋白S基因的15的外显子及其侧翼内含子序列进行扩增,PCR产物纯化后直接测序,作基因诊断;进行家系调查,并比对相关人员进行基因诊断;对所发现的点突变采用在正常人群中进行相应区域PCR扩增结合测序的方法进行多态性筛查。 -
BRAF突变提示转移性结直肠癌患者转移灶切除术后预后不良
BRAF突变发生于5%~11%的转移性结直肠癌患者。该研究分析了BRAF突变患者转移灶切除术后的临床病理因素、PIK3CA突变频率以及预后情况。研究通过回顾性的对2009年至2012年单中心1941例转移性结直肠癌患者行KRAS/BRAF突变检测,共检出92例患者含BRAF突变。2011年423例BRAF野生型转移性肠癌患者作为对照组。
研究发现在转移性大肠癌中,与BRAF野生型组相比,BRAF突变型与确诊时高龄、女性、肿瘤位于右侧以及低分化、粘液组织形态更加相关。 BRAF突变更多出现于肠癌分期III期、T4期患者。 PIK3C与5%的BRAF突变共存,与17%的KRAS突变共存,与4%的BRAF/KRAS共突变共存。 BRAF突变的患者一般不只局限于肝转移,更容易出现腹膜转移。研究人员进一步研究发现合并BRAF突变的转移性肠癌患者转移灶相对不容易切除,即使切除后总生存期也较短。 -
家族性帕金森病α-synuclein基因突变分析
近年来,随着家族性帕金森病(PD)致病基因的相继发现,遗传因素在PD发病中的作用备受关注.按遗传方式不同,家族性PD可分为常染色体显性遗传性PD(ADPD)和常染色体隐性遗传性PD(ARPD).我们于2004年3月至2005年1月对5个ADPD家系16例患者中5例先证者应用DNA测序行α-synuclein基因突变检测,旨在了解我国ADPD α-synuclein基因突变情况.
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表现为帕金森综合征的SCA3/MJD一家系临床及基因突变研究
近年来遗传因素在帕金森病发病机制的作用越来越受到关注.其中a-突触核蛋白(a-Synuclein)基因,泛素羟基末端水解酶L1(UCH-L1)基因,LRRK2基因同常染色体显性遗传帕金森病有关[1].遗传性脊髓小脑型共济失调(SCA)是一组包括多种亚型在内的神经系统退行性疾病.临床表现除了共济失调外可伴有帕金森综合征.近来有报道SCA患者可以表现为帕金森综合征而无明显的共济失调[2,3],我们对5个临床诊断为常染色体显性遗传的帕金森病家系进行SCA突变检测.