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PCR-DGGE技术在肉制品中微生物分析中的应用
PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)是一种分析微生物区系的分子指纹技术。本文概述了PCR-DGGE的基本原理、发展和在食品微生物分析中应用现状,着重阐述该技术在评价肉制品中的细菌群落组成和动态变化、肉品微生物鉴定等研究领域中的应用以及该技术存在的一些缺点,并进一步展望DGGE技术在今后肉制品研究领域的应用前景。
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实时荧光定量法和PCR-DGGE技术研究大肠癌患者肠道微生态特征
大肠癌是常见的恶性肿瘤之一,随着我国经济发展以及人群膳食结构、生活方式的转变,其发病率逐年升高。长期以来,大肠癌的早期诊断基本靠传统的肠镜检查,对被检查者有一定的诊疗风险和痛苦,不易于推广。研究发现,哺乳动物肠道中有多达1000余种、1014个以上的细菌与之共存。肠道菌群的生态状况、其代谢产物及产生的抗原可通过与机体代谢和免疫的相互作用对宿主产生巨大的影响,与肠癌的发生密切相关[1]。了解大肠癌患者和健康人群之间肠道菌群的异同,探索肠道菌群检测在大肠癌早期筛查中的可行性具有潜在意义[2]。本研究采用实时荧光检测( real-time q-PCR)及变性梯度凝胶电泳( denatured gradient gel electrophoresis , DGGE)技术分别从定量、定性角度对大肠癌和正常个体粪便样品进行检测,以期发现大肠癌患者与健康人群肠道菌群的异同,找到肠道微生物的指示菌群,为疾病的预防和早期监测提供一定的理论依据。
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聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳在苯丙酮尿症产前基因诊断中的应用
苯丙酮尿症(PKU)是常染色体隐性遗传病,因苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因突变致酶活性降低或丧失而造成高苯丙氨酸血症和智力低下.为进一步提高PKU产前基因诊断率,我们用s聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)对PCR短串联重复序列(PCR-STR)连锁分析,对家系的PAH基因的相对突变热点区域外显子6(e6)、e7和e12作突变检测,以探讨其在PKU产前基因诊断的应用价值.
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PCR-变性梯度凝胶电泳检测和鉴定解脲脲原体和人型支原体
为方便支原体病研究我们建立了解脲脲原体(Uu)和人型支原体(Mh)通用的PCR-变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)检测技术.
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胃癌癌前和发展阶段中E-cadhherin基因的突变
目的:细胞粘附分子E-cadherin作为转移抑制因子在肿瘤发展过程中起者重要的作用,在弥漫型家族性胃癌中有E-cadherin基因胚系突变的报道,并且在弥漫型散发性胃癌中也有关于该基因失活性突变的报道.异型增生是一种常见的胃癌癌前病变,为了认识E-cadherin基因在散发性胃癌发展过程中的分子改变,我们对不同地区不同阶段的胃组织标本进行了E-cadherin基因突变的检测.方法:采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和测序的方法对130例癌前、早癌及进展期胃癌组织进行了第6、7、8、9外显子的突变检测,其中高发区早癌40例,非高发区早癌30例,异型增生40例,进展期胃癌20例.结果:在一例进展期胃癌中检测到第9外显子的错义突变,该突变是文献未报道过的新突变,在早期胃癌和异型增生中都未发现突变.结论:E-cadherin基因突变在散发胃癌为少发事件,不是胃癌发生早期阶段的主要事件,在胃癌发生的早期阶段可能有其他更重要的机制.
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载脂蛋白J基因多态性与妊娠高血压综合征相关性的研究
妊娠高血压综合征(妊高征)的病因仍不十分清楚,众多研究表明,妊高征有较高的遗传倾向,血管内皮细胞损伤、脂质代谢异常及补体异常活化在其发病中起重要的作用.载脂蛋白J具有结合和转运脂质、抑制补体活化及保护细胞膜等功能,因此可能与妊高征的发病有关联.本研究运用PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)及测序方法检测载脂蛋白J基因全部9个外显子的多态性,探讨其多态性与妊高征及原发性高血压的关系.
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国内常见遗传病及其基因检测概况
人类基因组含有3×109个碱基对的核苷酸,包括约10~14万个基因,这些基因中的任何一个如果发生突变,则可能导致其编码的蛋白质结构与功能异常,从而引起一类重要的疾病--遗传病.目前,对于这些先天性疾病和遗传病基本上还没有有效的治疗方法和手段,但是随着分子生物学技术的飞速发展,人类已能对其大多数进行基因诊断.基因诊断不仅可以明确指出个体是否患病,存在基因缺陷并揭示其基因状态,而且可以对表型正常的携带者及某种疾病的易感者作出诊断和预测.在目前的基因诊断中,所采用的方法有:限制性内切酶(RE)、斑点杂交、Southern印迹杂交、限制性片段长度多态性(RFLP)分析、DNA体外扩增(PCR)法、可变数目的串联重复序列(VNTR)和DNA指纹分析法、单链DNA构象多态性(SSCP)分析、变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析、DNA测序分析及DNA芯片技术分析法等.现将针对几种遗传病及其基因诊断进行综述.
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荧光素和地高辛标记探针在聚合酶链反应-微孔板杂交检测TTV DNA中应用比较
目前聚合酶链反应(PCR)扩增产物常规检测采用琼脂糖凝胶电泳法,其敏感度、特异性均不能满足临床要求.对PCR产物进行限制性内切酶酶切片段长度多态性(PCR-RFLP)分析、变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE或PCR-SS-CP)及PCR产物直接测序,虽可特异性检测PCR产物,但因操作繁杂,且需特殊试剂和仪器,无法在临床普遍开展.刊用特异性探针与扩增产物杂交,引用微孔板杂交酶呈色技术,由于其特异性和敏感度高而被应用于临床.我们采用荧光素和地高辛分别标记探针,建立荧光素-抗荧光素、地高辛-抗地高辛酶偶联系统微孔板杂交酶呈色技术检测TTV DNA的方法,并对其检测效果进行了比较.