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新型乳腺癌标志基因C35的研究进展
C35基因是近年来发现的在乳腺癌细胞中特异性高表达,而在正常乳腺上皮细胞中不表达的基因,且C35基因的高度表达较Her2/-neu更为直接,表达谱更为广泛和稳定.C35基因可通过其保守的ITAM结构域促使细胞癌变,已成为一种新的特异性乳腺癌标志基因.本文综述了C35基因的序列分析、表达调控、致癌机制、互作因子和结构研究等方面的研究进展.
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基于双基因分析的结肠癌标志基因选择
针对结肠癌标志基因选择问题,引入一种高得分对(TSP)方法,处理一组包含40个肿瘤和22个正常样本的结肠癌微阵列数据,得到标志基因对(VIP,DARS)并构建双基因分类器.结果显示,该分类器对62例样本的分类准确率可达93.55%.进一步,利用荧光实时定量PCR在10个独立样本上检验所选基因对的分类效果,正确率为100%,表明该方法能有效地选择结肠癌标志基因,对临床诊断有积极的意义.
关键词: 标志基因 结肠癌 双基因分类器 荧光实时定量PCR(Q-RT-PCR) -
基于机器学习方法的胃癌分型标志基因提取
基于机器学习方法寻找和发现新的胃癌亚型分类的相关基因,可以为探讨胃癌发生的分子机制及其基因水平的诊断和治疗提供标志和依据.试验选用33例中国人的胃癌Oligo基因芯片数据,数据包括13例弥漫型胃癌样本、20例肠型胃癌样本,基因向量为21 378个.采用基因表达差异显著性分析方法(SAM)、偏小二乘VIP系数法(PLS)和基于巴氏距离的顺序前向搜索方法(BD-SFS)结合的多步骤降维方法,提取到20个能将弥漫型样本和肠型样本有效分开的特征基因.这些特征基因基于支持向量机(SVM),分类准确率可达到89.43%;基于分层聚类分析,准确率可达到93.94%.同时,基因生物学意义的分析结果显示,所选的大部分标志基因对于人类恶性肿瘤的诊断和分型有很重要的意义.
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幽门螺杆菌细胞毒素相关蛋白A的分离纯化
在对Hp毒力因子进行的研究中,发现CagA基因是Hp高毒力株的标志基因。其编码产物-细胞毒素相关蛋白A(CagA)是引起人类严重胃部疾患的主要因素之一,CagA基因并不存在于所有的Hp菌株中,在中国人中约有90%感染者含有此基因。该基因已被克隆和测序,含有CagA基因与不含CagA基因的菌株在致病能力上存在显著的差异。目前一致认为含CagA基因的Hp菌株为高毒株,与消化性溃疡,萎缩性胃炎及胃癌的发生密切相关。CagA蛋白位于细胞表面,是一种亲水性免疫显性蛋白,可刺激患者机体产生相应的IgG和IgA抗体,从而可以通过免疫学的方法达到检测高毒力Hp菌株的目的。
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黑曲霉菌pyrG基因的克隆与黑曲霉菌同源转化系统的建立
黑曲霉菌(Aspergillus niger)是一种不产生黄曲霉毒素的丝状真菌,它有生长迅速、易于培养、可大量产生分泌性蛋白质的特点,因此它除了在生产各种真菌代谢物及酶类的发酵工业上被广泛应用外,在基因工程中作为宿主菌生产蛋白质产物方面也受到很大重视和应用。为了将待表达的基因导入宿主菌,首先需要建立一个稳定有效的基因转化系统。以乳清酸核苷-5′-磷酸脱羧酶(pyrG)基因作为标志基因并以该基因的缺陷株真菌作为受体菌的转化系统已被证明是一种十分行之有效的基因转化系统。乳清酸核苷-5′-磷酸脱羧酶是尿嘧啶核苷酸合成中一种关键性酶,缺乏该酶的pyrG缺陷株不能在不含尿嘧啶核苷的培养基上生长。通过基因转化,向其导入含pyrG基因的质粒,可使其获得在不含尿嘧啶核苷培养基上生长的能力。如果将要导入的基因连接在该质粒上,此时pyrG可作为基因是否导入的标志。我们首次从黑曲霉菌ATCC 12049野生型菌株的基因文库中克隆获得全长pyrG基因,并在此基础上构建了表达性质粒载体,建立了pyrG基因为标志基因,以同型黑曲霉菌pyrG基因缺陷株为受体菌的同源基因转化系统。
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微小染色体维持蛋白家族在中枢神经系统主要类型肿瘤中的研究进展
中枢神经系统肿瘤是人类常见的肿瘤之一,主要包括胶 质瘤、脑膜瘤、颅咽管瘤等.目前治疗以手术切除为主,部分肿 瘤需要辅以放化疗,不仅耗费了大量的医疗资源,绝大多数患者 预后仍然不佳.尤其是WHO Ⅲ级和Ⅳ级的胶质瘤患者,生存期 分别少于3 年和1 年[1] .近年来随着分子生物学技术的发展, 新的肿瘤相关基因不断被发现.但是临床上仍然缺少有效的评 估胶质瘤患者预后的标志基因.微小染色体维持蛋白家族 (minichromosome maintenance proteins family,MCMs protein)在细 胞周期调控中起重要作用,MCMs 蛋白能够使复制叉处超螺旋状 态的DNA 解旋,是细胞周期S 期的启动因子.MCMs 蛋白只存 在于细胞增殖期,在静止期没有表达,能够准确地反映细胞增殖 程度,因此在临床中作为细胞增殖的标志基因而得到广泛研 究[2] .近年来的研究表明MCMs 蛋白家族与多种肿瘤的组织病 理特点和预后密切相关.而且和常用的细胞增殖标志Ki67 和 PCNA 相比表现出更好的敏感性和特异性.本文就MCMs 蛋白 家族在几种主要的中枢神经系统肿瘤中的研究进行介绍.
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1缺氧诱导因子-1α反义寡核苷酸对新生血管形成的抑制作用
目的:研究缺氧诱导因子-1α反义寡核苷酸对肿瘤血管形成的影响.方法:通过将腺病毒包装的反义HIF-1α(Ad-antiHIF-1α)和腺病毒包装的lacZ标志基因(Ad-lacZ)注射入人大肠癌鸡胚移植模型的鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)中,观察他们对鸡胚移植瘤新生血管形成的影响.结果:注射Ad-antiHIF-1α组血管稀疏、纤细,一级血管数(16.8±1.6 vs 45.2±2.8,t=2.42,P=0.02<0.05)及二级血管数(34.8±3.6 vs 58.4±5.3,t=2.97,P=0.005<0.01)均明显少于注射Ad-lacZ组.结论:Ad-antiHIF-1α能有效抑制鸡胚移植瘤新生血管的形成.
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Rad对心肌营养素1诱导心肌细胞肥大负性调控作用的基础研究
目的:探讨小G蛋白Rad对心肌营养素1(CT-1)诱导心肌细胞肥大的影响。
方法:通过构建携带Rad基因的腺病毒载体,转染原代培养的乳鼠心肌细胞,用CT-1作为心肌肥大刺激因子,检测心肌细胞内肥大标志基因心房钠尿肽(ANF)和β-肌球蛋白重链(β-MHC)基因mRNA表达水平。 -
细胞内钙信号对心肌肥厚转录因子及胚心标志基因的调控
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椎间盘组织工程研究进展
1999年,Nishida等[1]报道以携LacZ标志基因的重组腺病毒(Ad-LacZ)注射入兔髓核内,实现了目的基因的表达.此前的研究显示,携hTGF-β1基因的重组腺病毒(Ad-hTGFβ1)直接椎间盘内注射也可在体内高表达并使椎间盘内的蛋白多糖合成增加[2].此后,众多的基因转移载体被构建并应用于椎间盘退变的基因治疗研究,其中以腺病毒和逆转录病毒载体为常用.
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细胞周期素D1和Ki67在鼻咽癌中的表达及意义
鼻咽癌(NPC)是一种与细胞周期有关的疾病.细胞周期素(cyclinD1)是细胞周期中G1→S期关键限速点的重要调控因子之一,它能促使细胞越过限速点进入S期,从而促进细胞的增殖和复制.Ki67是目前较为肯定的核增殖标志基因,反映细胞的增殖状态.cyclinD1和Ki67与肿瘤的发生、发展、预后等有着密切的相关性.
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斑马鱼幼体癫痫模型的建立及应用
本研究用戊四氮(pentylenetetrazole,PTZ)方法建立了一种斑马鱼幼体癫痫模型.结果显示,PTZ可导致斑马鱼幼体癫痫样异常兴奋行为,如游动速度加快、抽搐等异常现象;癫痫标志基因c-fos信号在斑马鱼幼体脑区增强并范围扩大,而lgil基因表达则被抑制.这些表型与癫痫临床病例和文献报道相符.给予癫痫治疗药丙戊酸钠(VPA)可使斑马鱼癫痫症状减轻或消失:异常兴奋游动、c-fos和lgi1基因表达,以及神经核蛋白NeuN均恢复到近正常组水平.利用所建模型,检测了两种先导化合物Y53和BMT(均为小檗碱结构类似物)的抗癫痫作用,Y53抑制光刺激下的发作更有效;BMT对无刺激的发作有较好的抑制作用.综上,所建斑马鱼癫痫模型对于化合物有无刺激因素条件下的差异作用也具有较好的辨识力,可作为抗癫痫先导化合物的简便实用的药效筛选平台及用于癫痫发病机制研究.
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胃蛋白酶原C基因多态与胃癌遗传易感性的相关性研究
为了探讨遗传因素与胃癌的关系,我们选择胃蛋白酶原C(pepsinogen C,PGC)基因作为研究的标志基因。有研究发现,在PGC基因的7~8内含子内存在100 bp的插入-缺失RFLP片段,并在7~8内含子内存在4种分子量不同的多态片段[1]。在以前的研究中[2],我们也发现PGC基因多态与胃癌发生之间存在某种联系。在本研究中我们通过聚合酶链反应(PCR)方法,检测了PGC基因的多态,并进一步分析PGC基因多态与胃癌发生之间的关系。
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诱导性多能干细胞的来源优化及应用
诱导性多能干细胞(induced pluripotent stem cells,iPS cells)可来源于人和动物细胞,可通过导入特定的几个转录因子转染直接诱导胎儿、新生儿和成年动物体细胞,使其重编程为iPS细胞.这相对于胚胎干细胞(embryonic stem cells,ES cells)的来源更方便、更丰富[1].iPS细胞的产生克服了使用传统方法的伦理问题,iPS细胞具有和胚胎干细胞类似的功能,但不需要制造胚胎.iPS细胞可定向表达胚胎干细胞某些特定的标志基因,与胚胎干细胞一样具有发育全能性,但与ES细胞还有较显著的差别,如iPS细胞没有生殖系转移的能力[2].
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转基因食品中标志基因aph(3′)-Ⅱa等安全性评价
标志基因是一类可以帮助对基因工程生物体进行筛选和鉴定的外源基因,被广泛地应用于转基因植物中[1].近年来,越来越多的转基因植物被批准商业化应用,由此衍生而来的转基因食品也在不断增加.由于转基因食品不同于传统食品,因而其安全性受到普遍关注[2~4].利用DNA重组技术导入转基因食品中的外源基因及其编码产物,是引起消费者对转基因食品安全性疑虑的焦点.本文对目前转基因植物性食品中普遍使用的标志基因aph(3′)-Ⅱa及其编码蛋白的安全性进行了分析讨论.
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以LacZ基因标记的大鼠微量残留白血病细胞的分布研究(摘要)
目的了解微量残留白血病(MRL)在体内的分布状态。方法利用携带外源性标志基因LacZ的白血病细胞株LT12 nl建立了BN大鼠MRL模型。应用逆转录?聚合酶链反应(RT?PCR)及巢式PCR方法,结合X-gal染色法、细胞形态学及病理形态学方法检测BN大鼠MRL阶段白血病细胞中的特异性标志基因LacZ。结果化疗后第4天肱骨标本中出现阳性条带;第6天股骨出现阳性条带;第9天脾脏出现阳性条带,肱骨条带的信号明显较前增强。同期X-gal检测脾脏阴性。外周血、肝脏持续阴性。结论 PCR方法可作为实验性MRL分布模式研究的有效手段之一。[全文刊登于中华血液学杂志 2000,21(2):63]
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一种快速筛选基因转染阳性细胞的标志基因-GFP
目的:寻求基因转移中快速检测转染阳性细胞的方法.方法:采用逆转录病毒介导的基因方法,将Ⅰ型单纯疱疹病毒胸苷激酶(HSV-TK)基因、绿色荧光蛋白(GFP)基因及抗新霉素(NeoR)基因插入人外周血单个核细胞(PBMNC),利用GFP在细胞内的表达所产生的绿色荧光,经流式细胞仪测定基因转移效率.结果:被转染细胞以T淋巴细胞为主,占¨.39%,而且被转化的T细胞中CD1阳性细胞转化率较高,占7.61%,CD8,CD19和CD33阳性细胞转化率分别为2.9%,2.1%和4.72%.PCR鉴定表明转染的人外周血单个核细胞中含有NeoR基因.结论:在基因转移中GFP可以为一种标记基因,快速检测转染阳性细胞.
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shRNA干扰CIAPIN1基因表达对K562细胞粒系分化的影响
目的:探讨沉默CIAPIN1基因对慢性粒细胞白血病K562细胞向粒系分化的影响。方法:针对CIAPIN1基因构建短shRNA真核表达载体并转染细胞。瑞氏染色观察细胞形态学变化;电镜观测细胞超微结构的改变;real-time PCR方法检测粒系分化标志基因mRNA水平的改变;Western blotting检测ERK1/2、JNK、p38 MAPK及Akt磷酸化水平的改变。结果:CIAPIN1基因沉默后,K562细胞的形态和超微结构趋向成熟粒细胞,表面分化抗原CD11b、NCF1、ORM1、C/EBPα和HIF1α的mRNA表达水平升高,ERK1/2磷酸化水平升高。结论:抑制CIAPIN1基因表达能促进K562细胞分化,ERK1/2磷酸化水平的升高可能参与了该分化过程。
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胶质瘤的标志基因研究进展
神经胶质瘤是常见的中枢神经系统原发肿瘤,根据2007年WHO神经系统肿瘤分级分为Ⅰ~Ⅳ级.目前,治疗高级别胶质瘤(HGG)的方式为手术切除辅以放化疗的综合治疗措施,但大多数患者的预后仍然不佳.国外的流行病学研究发现,低级别胶质瘤(LGG)中位生存期为6~8年,而WHOⅢ级和Ⅳ级的HGG中位生存期分别只有3年和1年.在使用传统的临床病理诊断对术后患者分类和预后评估的过程中,研究人员发现,即便是同级别同病理类型的病例,预后也存在很大差别.因此,从分子病理学角度根据基因差异对肿瘤进行分类、分级,或许能更好的评估预后和指导治疗.大量的研究已经发现一些基因同胶质瘤的病理类型、级别和预后密切相关(表1).本文将具有代表性的胶质瘤标志基因的研究进展综述如下.