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微卫星DNA标记技术及其在蚊虫生物学研究中的应用
遗传标记是指用来区分不同的个体或群体,能够稳定遗传的物质或性状,是研究生物遗传学、发育生物学及分类学的重要工具.遗传标记经历了不同的发展阶段,20世纪70年代以来,随着限制性内切酶的发现和DNA重组技术的创立,遗传标记的研究重点转向遗传信息的载体--DNA分子,出现了多种分子遗传标记.常用的DNA分子标记技术有:DNA限制性酶切长度多态性(RFLP);数量可变的串联重复序列(VNTR)(主要包括微卫星和小卫星)分析;DNA序列分析以及基于PCR的随机扩增DNA多态性(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)和单链构象多态性(SSCP)等分析技术.DNA分子遗传标记,特别是微卫星DNA与其他遗传标记相比,具有稳定性高、信息含量高、种群中分布广泛等优点,正日益受到人们的重视.
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乳腺癌IGF2基因的印迹状态
基因印迹(genomic imprintin)在胚胎发育、生长中起重要作用[1].越来越多的研究表明印迹基因异常是某些恶性肿瘤重要的分子生物学特征,这种基因突变的调控异常可能是癌变机制中的重要环节[2].IGF2(insulin-like grow factor Ⅱ)为父源等位基因表达的印迹基因,在除肝、脉络膜丛和软脑脊膜外的绝大多数正常组织中均表现为父源等位基因表达,而母源等位基因静止或表达极弱[3].有报道,IGF2的印迹异常与儿童肿瘤如Wilms瘤和某些成人肿瘤,如肾透明细胞肉瘤、卵巢癌等密切相关.IGF2基因表现为双等位基因表达,称为印迹消失(loss of imprinting,LOI),亦称印迹松弛(relaxation of imprinting,LOR).它可使表达量成倍增加,从而促进肿瘤的发生和生长,因此被认为是生长因子调控异常的新机制.IGF2与乳腺癌的关系亦有报道[4,5],但结果不一,我们采用显微解剖精确取材,根据IGF2第9外显子的Apa I 位点多态性特点,作聚合酶链反应(PCR)-片段长度多态性(RFLP)和逆转录(RT)-PCR-RFLP分析,旨在进一步观察乳腺癌中IGF2的印迹状态,探讨其在乳腺癌发生中的可能作用.
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裂解酶片段长度多态性对沙眼衣原体的初步分型
裂解酶片段长度多态性(CFLP)技术具有快速、灵敏、准确、操作简便等优点[1],我们根据现有的条件将方法略加修改,初步对沙眼衣原体(Ct)基因做了分型.
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云南省三民族人FⅧ基因XbaⅠ限制性片段长度多态性研究
血友病甲是由于凝血因子Ⅷ(FⅧ)基因缺陷所致的X染色体连锁隐性遗传性疾病[1],FⅧ基因定位于X染色体长臂末端2区8带(Xq28)全长约186 kb,包括26个外显子和25个内含子.目前多利用DNA限制性内切酶片段长度多态性(RFLPs)[2]和可变数目串联重复顺序(VNTR)[3,4]作为遗传标志进行有缺陷基因的连锁分析和产前诊断.但多态性位点在不同人种、不同民族、不同地区人群中出现的频率各异,为获得不同民族FⅧ基因的遗传多态性及其信息量,我们应用聚合酶链反应(PCR)技术特异性扩增了云南省傣、彝、汉族人群FⅧ基因22内含子XbaⅠ限制性内切酶片段长度多态性位点的DNA序列,以确定该位点在上述三个民族中的诊断价值.
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Meta分析系列之十四:Stata实现单核苷酸多态性研究的Meta分析
基因多态性是指在一个生物群体中,同时或经常存在两种或多种不连续的变异型或基因型或等位基因,包括DNA片段长度多态性、DNA重复序列多态性、单核苷酸多态性三类[1]。单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)是常见的一种,为散在的单个碱基的不同,包括单个碱基的插入、缺失以及置换,在患某疾病的人群中,出现一个频率较高的某等位基因或基因型的SNP,则意味着此疾病的患病风险可能会增加[2]。随着分子生物学、遗传病学的快速发展,人们对基因与疾病之间关系的研究越来越多,据统计,每年有超过6000篇基因流行病学的原始文献公开发表[3]。SNP的Meta分析是综合处理多个这样探讨相同的某基因与疾病关系的原始研究结果,以得出更稳健可靠的结论。本文介绍如何使用Stata软件进行SNP的Meta分析。
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血红素氧化酶基因启动子多态性与慢性阻塞性肺疾病的关系
为初步探讨血红素氧化酶(HOX-1)基因及HOX-1基因多态性的关系,我们采用微卫星法对云南地区汉族人慢性阻塞性肺疾病(COPD)吸烟者和非COPD吸烟者HOX-1基因启动子GT片段长度多态性进行检测分析.
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内皮型一氧化氮合酶基因多态性与维吾尔族妇女妊娠期高血压疾病发病的关系
妊娠期高血压疾病是产科常见并发症,是引起孕产妇和围产儿死亡的主要原因之一.流行病学资料表明,妊娠期高血压疾病有家族遗传倾向.临床观察发现,维吾尔族(维族)孕妇妊娠期高血压疾病患者明显多于汉族,我们运用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,检测内皮型一氧化氮合酶基因(eNOS)中两个多态性位点与维族孕妇妊娠期高血压疾病发病之间的关系.现将结果报道如下.
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叶酸、维生素B12及血浆同型半胱氨酸水平与血管性痴呆的关系
目的 :探讨叶酸、维生素 B12及血浆同型半胱氨酸 (Hcy)水平与血管性痴呆( vascular dementia, VD)的关系. 方法 :应用高效液相色谱仪和电化学检测法测定 37例 VD患者的血浆总 Hcy水平,并与 40例正常同龄对照组及 40例非痴呆脑梗死组比较,运用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性技术检测 N5,N10-亚甲基四氢叶酸还原酶( methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)基因多态性,同时测定血浆叶酸及维生素 B12水平. 结果 :VD患者血浆总 Hcy水平 [(28.79± 6.48)μ mol/L]显著高于非痴呆脑梗死组 [(25.34± 5.36) μ mol/L](t=2.553, P= 0.005);非痴呆脑梗死组患者血浆总 Hcy水平显著高于正常同龄对照组 [(19.71± 2.82) μ mol/L]( t=16.322, P= 0.000 1). MTHFR基因型有 3种,即纯合子( T/T)型,杂合子( T/C)型,纯合子 (C/C)型. 3组基因型和等位基因频率相比差异均无显著性意义. VD组患者血浆叶酸及维生素 B12水平明显低于非痴呆脑梗死组( t=2.329, 3.275; P=0.026, 0.001);非痴呆脑梗死组患者血浆叶酸及维生素 B12水平明显低于正常同龄对照组( t=3.302, 2.328; P=0.001, 0.027) 结论 :高同型半胱氨酸血症可能是 VD发病的一个新的危险因素.
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维生素D受体基因多态性与小儿佝偻病相关性分析
维生素D受体(Vitmin D receptor,VDR)基因定位于12q13,被认为是骨代谢遗传基础的侯选基因之一.1994年Morrison等首次报告,VDR基因对应内切酶Bsm Ⅰ、Apa Ⅰ、Taq Ⅰ的限制性内切酶片段长度多态性,与不同的骨密度水平有关[1],此后大量的研究认为VDR基因型与1,25(OH)2D3及钙代谢关系甚为密切[2].小儿佝偻病是1,25(OH)2D3缺乏所致的钙、磷代谢障碍和骨骼异常.是严重危害我国儿童健康的常见病.我们对小儿佝偻病VDR基因多态性进行研究,以了解其与小儿佝偻病的相关性.1对象和方法1.1对象观察组为114例中、重度激期佝偻病患儿,男59例,女55例,年龄1~48月,平均年龄(24.4±6.6)月.诊断标准参照诸福棠第6版<实用儿科学>有关章节进行.对照组为100例来院体检的健康儿童,男28例,女22例,年龄6~24月,平均年龄(36.6±3.2)月.排除有肝肾疾病及遗传性骨疾病,体格检查未见异常.观察组与对照组均为无血缘关系的汉族儿童.
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杭州地区肥胖儿童的ApoE基因HhaI酶切位点多态性研究
相关研究表明,载脂蛋白E(ApoE)基因的多态性影响血脂水平,特别是血清胆固醇水平,与儿童高血脂、冠心病(coronary heart disease,CHD)等多种疾病有关[1].我们利用PCR限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)分析技术对来我院就诊的杭州地区肥胖儿童的ApoE基因的多态性进行分析,并检测其血脂水平,以便找出其与儿童肥胖的关系.
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江西地区汉族人群3个STR位点基因多态性分布
遗传学研究发现人类基因组DNA某些部位含有短串联重复序列(short tandem of repeats,STR),STR的高度多态性可为人类基因组DNA的识别提供重要标记,适用于民族演变、法医学个体指认与亲子鉴定以及骨髓移植等研究领域.笔者采用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,Amp-FLP)技术和银染法对vWA、D12S391和D1S1656 3个STR位点进行基因分型及频率的研究,为江西地区汉族人群的遗传学研究提供数据.
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细胞色素p450 2E1基因在鼻咽组织中的表达及多态性分析
鼻咽癌(NPC)的化学病因主要涉及亚硝胺类化合物,这类物质需经体内细胞色素p450 2E1(CYP2E1)等酶代谢活化后方具致癌潜能.我们曾单独用二亚硝基哌嗪(DNP)体外诱导人鼻咽上皮细胞,获得恶性转化表型,而对DNP的活化过程却不明确.方法和结果:采用RT-PCR和Western blot方法检测了正常鼻咽上皮细胞,首次发现CYP2E1在鼻咽部的表达,提示DNP在体外作用于鼻咽细胞后可能被CYP2E1代谢活化而致细胞癌变,为NPC的化学病因提供了重要证据.另有研究提示在CYP2E1基因上游5'-侧端区调控序列具有Rsa Ⅰ和PstⅠ限制性内切酶片段长度多态性(RFLP),且与肺癌的遗传多态性有关,为揭示该多态性与鼻咽癌易感性之间的关系,我们采用PCR-RFLP方法分析了105例鼻咽癌患者和93例正常人体细胞CYP2E1基因型.结果发现Rsa Ⅰ和PstⅠ识别的CYP2E1基因纯合子突变型(C2/C2)在鼻咽癌人群为5.7%,显著高于正常人群(1.1%)分布(χ2=4.86, P<0.05);携带C2/C2基因型个体发生鼻咽癌的危险性比携带其它基因型个体高5倍左右.结论:我们认为CYP2E1基因的多态性可能是鼻咽癌易感的因素之一.
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STR FGA基因座变异 1例
在采用 PCR-STR技术进行亲子鉴定的案例中,发现 1例 FGA基因座变异,现报道如下。 1 案情摘要 某男( 35岁,汉族)和某女( 32岁,汉族)携 " 儿子 " 来本室要求做亲子鉴定。 2 检验过程 分别抽取该女、 " 儿子 " 及该男静脉血各 1ml,用 Na2EDTA. 2 H2O抗凝,分别标明 1号 " 、 2号 " 、 3号 " ,备检。用 Chele x-100 提取 1号、 2号、 3号检材的 DNA,然后进行 F13A01、 FES/FPS、 D1 9S253、 TPOX、 D7S820、 D12S391、 CYP19、 TH01、 FGA、 D3S1359、 D13S317、 FOLP2 3、 GABRB15、 CSF1P0、 vWA、 D5S818、 D7S2846、 D2S441、 D3S1358、 D7S221共 20个座位的 PCR扩增,扩增产物用含 4mol/L尿素、 0.5mm厚的变性聚丙烯酰胺凝胶( T6%、 C5%)电泳分离、银染,得到各位点的扩增片段长度多态性图谱。根据扩增片段电泳迁移的距离,借用顶蓬原则,参考各座位在中国汉族人群的基因频率分布资料进行各位点基因型命名,并计算父权概率( RCP)小值。结果显示,本案检验的 20个 STR座位除 FGA外有 19个座位的结果符合孟德尔遗传定律,经计算 RCP大于 99.99%,认定亲权关系。孩子仅 FGA 座位在父亲的基因型中(杂合子)找不到相同的基因,不符合孟德尔遗传定律 ,推测 FGA座位存在突变。
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D8S1179位点扩增不平衡
短串联重复(short tandem repeat,STR)是目前法医学上个体识别中应用广泛的遗传标记.STR的分型多数采用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,Amp-FLP)分型技术.由于各种原因,不同的STR等位基因的PCR扩增效率并不总是相等,使杂合子个体的两个等位基因间可能出现扩增不平衡的现象.本文报道4例D8S1179位点扩增不平衡的现象.