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酵母双杂交技术筛选肝细胞中与乙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白C-12相互作用蛋白的研究
目的:筛选并克隆人肝细胞中与HBcAg肝细胞结合蛋白C-12新基因相互作用蛋白的基因,进一步探讨HBcAg结合蛋白C-12新基因的生物学功能.方法:用多聚酶链反应(PCR)法扩增C-12基因,连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人肝cDNA文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基和X-α-半乳糖(X-α-gal)上进行双重筛选阳性菌落并测序,进行生物信息学分析.结果:成功克隆出C-12基因并在酵母细胞中表达,配合后选出既能在四缺(SD/-Trp-Leu-Ade-His)培养基又能在铺有X-α-gal的四缺培养基上生长,并变成蓝色的真阳性菌落21个,其中含金属硫蛋白A2基因的菌落有3个、组织蛋白酶B基因1个、载脂蛋白M基因1个、细胞色素C氧化酶Ⅱ基因3个、人类受体蛋白酪氨酸激酶变异因子基因1个、KH型剪接调控蛋白基因1个、磷脂酰肌醇脱酰酶聚糖Q转录变异因子1基因1个、铁蛋白轻链基因2个、鸟氨酸脱羧酶1基因1个、血液凝固因子Ⅸ基因1个、乙酰乳酸合酶基因1个、钙激活蛋白酶基因1个、核外三磷酸盐双磷脂酰水解酶5基因1个、血浆α-球蛋白抑制因子H4基因1个和未知蛋白基因2个.结论:成功克隆出乙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白C-12新基因相互作用蛋白的编码基因,为进一步研究HBcAg在病毒装配、损害肝细胞、感染致病等方面的具体作用提供了新线索.
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乙型肝炎病毒前-S2蛋白结合蛋白基因S2-29的克隆化研究
目的:筛选人肝细胞中与乙型肝炎病毒(HBV)前-S2蛋白(Pre-S2)相互作用的蛋白,探寻HBV致病机制.方法:用多聚酶链反应(PCR)技术扩增HBV前-S2基因,连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AHl09并在其内表达,然后与转化了人肝cDNA文库质粒的酵母细胞Y187进行配合,用营养缺陷型培养基及蓝白斑双重筛选阳性菌落,提取酵母质粒转化大肠杆菌并测序,进行生物信息学分析.逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)方法从HepG2细胞的mRNA中扩增出完整的新基因S2-29,连入另一酵母表达载体pGADT7,并用免疫共沉淀方法再次证实二者间的相互作用.结果:成功克隆出HBV前-S2基因并在酵母细胞中表达,配合后筛选出既能在四缺(SD/-Trp-Leu-His-Ade)培养基又能在铺有X-α-半乳糖(X-α-gal)的四缺培养基上生长并变成蓝色的真阳性菌落26个,其中有1个未知基因S2-29,该基因能在HepG2细胞中表达,免疫共沉淀方法证实二者在体外也有结合作用.结论:成功克隆出与乙型肝炎病毒前-S2蛋白相结合的新基因,为进一步研究HBV前-S2的作用提供了新线索.
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丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因6的反式激活基因的筛选
目的:筛选与克隆NS5A反式激活的新型靶基因NS5ATP6的反式激活基因,探讨其可能存在的调节功能.方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆NS5ATP6反式激活的新型靶基因.以NS5ATP6表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5ATP6转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应(PCR),将产物与T/A载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析.结果:成功构建人NS5ATP6反式激活基因差异表达的cDNA消减文库.文库扩增后得到33个阳性克隆,进行菌落PCR分析,均得到200-2000 bp插入片段.对插入片段测序,并通过生物信息学分析获得其全长基因序列,结果共获得26种编码基因,包括24种已知基因和2种未知基因.结论:筛选到的cDNA全长序列,包括一些与细胞生长调节、信号转导、肿瘤免疫发生及细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因,推测了NS5ATP6可能存在的调控机制的线索,尚需进一步的实验证明.
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酵母双杂交技术筛选鉴定乙型肝炎病毒e抗原结合蛋白E-19的研究
目的:乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)对HBV的感染和复制都不是必须的,普遍认为其与HBV引起免疫耐受、免疫系统功能障碍有关.筛选并克隆人肝细胞cDNA文库中与HBeAg相互作用蛋白的基因,明确其具体作用机制.方法:应用酵母双杂交系统3,将多聚酶链反应(PCR)法扩增的HBeAg基因连接人酵母表达载体p GBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人肝cDNA文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基和X-α-半乳糖(X-α-gal)上进行双重筛选阳性菌落,提取阳性酵母菌落的质粒转化大肠杆菌氨苄青霉素-LB平板上选择并测序,结果在GenBank中进行生物信息学分析.并根据GenBank中的序列信息设计引物从并克隆到另一酵母表达载体pGADT7中,体外免疫共沉淀方法再次验证二者之间的结合作用.结果:成功克隆出HBeAg基因并在酵母细胞中表达,与肝文库配合后选出既能在四缺(SD/-Trp-Leu-His-Ade)培养基又能使X-α-gal变成蓝色的真阳性菌落39个,其中有5个未知基因,在genbank中未找到同源序列,在HepG2细胞的mRNA中成功扩增出该基因的全序,体外免疫共沉淀方法证明HBeAg与新基因E-19表达的蛋白质在体外也有结合作用.结论:成功克隆出HBeAg的肝细胞结合蛋白,发现与HBeAg有相互作用的未知蛋白新基因,为HBeAg的功能研究提出新线索.
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乙型肝炎病毒X蛋白与去唾液酸糖蛋白受体2突变体相互作用的研究
目的:筛选并克隆鉴定人肝细胞中与乙型肝炎病毒(HBV)X蛋白(HBxAg)相互作用蛋白的基因,明确HBxAg在HBV感染及致癌过程中的具体作用.方法:用多聚酶链反应(PCR)法扩增HBxAg基因,连接入酵母表达载体pGBKT7中构建诱饵质粒,转化酵母细胞AH109并在其内表达,然后与转化了人肝cDNA文库质粒的酵母细胞Y187进行配合,在营养缺陷型培养基上进行双重筛选阳性菌落,PCR从中扩增出阳性目的片段并测序,进行生物信息学分析.根据Genbank中的序列信息设计引物,从HepG2细胞的mRNA中逆转录出去唾液酸蛋白受体2(ASGPR2)突变体的完整序列,克隆到另一酵母表达载体pGADT7中,体外免疫共沉淀再次证明HBxAg与ASGPR2突变体的结合作用.结果:成功克隆出HBxAg基因并在酵母细胞中表达,配合后选出既能在四缺(SD/-Trp-Leu-His-Ade)培养基又能分解X-α-半乳糖(X-α-gal)变成蓝色的真阳性菌落41个,其中有一个是ASGPR2的新突变体.HepG2细胞的mRNA中能逆转录出ASGPR2的全基因序列,体外免疫共沉淀结果证实该突变体与HBxAg在体外也有结合作用.结论:成功克隆出HBxAg的肝细胞结合蛋白,发现一新的ASGPR2突变体,并证实HBxAg与ASGPR2突变体在体外及酵母细胞内均有结合作用.
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幽门螺杆菌黏附素基因babA2的克隆、序列测定及其生物信息学分析
目的:获取幽门螺杆菌黏附素基因babA2,并将他克隆到质粒pET-22b(+)中进行核苷酸序列分析,并对其进行生物信息学分析,为研究Hp黏附素的分子机制和免疫原性提供基础.方法:利用PCR技术扩增babA2,并将其定向插入pET-22b(+)载体,通过DNA序列分析仪进行核苷酸分析,生物信息学软件对其进行生物学特性分析.结果:DNA序列分析表明,所克隆的babA2基因序列与GenBank公布的一致.ANTHEPROT V4.3c软件预测其蛋白质分子量约为78 KD,并显示出了良好的抗原性和疏水性.结论:本研究获得了序列正确的babA2基因,生物信息学分析表明其具有优良的免疫原性,为其重组表达及其相关研究奠定了良好的基础.
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SLP-2基因在食管鳞癌中的差异表达及其生物信息学分析
目的:应用cDNA微阵列从食管鳞癌配对组织中得到一批在食管鳞癌中差异表达的基因,其中包括SLP-2.他在食管鳞癌组织中的表达比其在配对的正常组织中高6倍以上.验证SLP-2在食管鳞癌组织中高表达的结果,构建组织表达谱,同时对其进行生物信息学分析.方法:利用RT-PCR和Northern blot对SLP-2在食管鳞癌组织中高表达的结果进行验证,构建组织表达谱.利用CLUSTAL和SMART软件对SLP-2进行生物信息学分析.结果:RT-PCR和Northern blot表明,SLP-2在食管鳞癌组织中高表达,并在多种组织中表达.CLUSTAL软件分析表明,SLP-2蛋白是stomatin超家族的一员,但缺少stomatin超家族所特有的N-端疏水性结构域.SMART软件分析表明,SLP-2蛋白具有一个PHB结构域和一个螺旋丰富的区域.结论:cDNA微阵列是筛选差异表达基因的有力工具.SLP-2在食管鳞癌组织中高表达,并在多种组织中都有表达.生物信息学分析表明其缺少stomatin超家族所特有的N-端疏水性结构域,具有一个PHB结构域和一个螺旋丰富的区域,为阐明SLP-2参与肿瘤发生发展的分子机制奠定了良好的基础.
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人肺腺癌细胞超保守区的生物信息学分析
目的:使用生物信息学的方法,分析肺癌细胞(A549)经慢病毒感染后,过表达超保守区基因与正常肺癌细胞之间的差异基因,并进行基因功能和信号通路分析,为肺癌研究提供差异基因.方法:在公共数据库(GEO)中下载6个肺癌细胞差异基因表达阵列数据进行生物信息学分析,筛选出相关的差异基因.使用DAVID和STRING数据库对差异基因表达进行基因功能、信号通路和蛋白互作用分析.结果:共得到230个差异基因,其中217个表达上调,13个表达下调;GO富集分析显示差异基因主要定位于细胞膜外,参与血管内皮生长因子的调节;KEGG信号通路分析显示差异基因主要表现在化学致癌上;蛋白互作网络显示主要的相关蛋白是CFH、MUC5B、PTGS2、LRRK2.结论:本研究从生物信息学方法对数据进行处理,在基因水平上表明肺癌细胞过表达超保守区后存在差异基因,为基础研究筛选出差异,进而服务于临床.
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牛磺胆酸钠诱导的急性坏死性胰腺炎大鼠基因表达谱变化
基因芯片技术是高通量的差异基因表达研究手段.通过杂交后的生物信息学分析有助于全面了解复杂基因和信号转导通路在急性坏死性胰腺炎(ANP)中的作用.因此,利用全基因组表达谱方法分析ANP基因的变化较单个基因的研究具有理论上的优势.李磊等[1]曾报道,腹腔注射雨蛙肽诱导的急性水肿性胰腺炎(AEP)基因表达谱的变化,但尚未见类似临床重症急性胰腺炎(SAP)的ANP模型的胰腺组织基因表达谱的报道.故本实验观察ANP大鼠胰腺组织基因表达谱的变化.
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长链非编码RNA Dancr在糖异生相关模型中的表达规律以及与糖异生的可能调控关系
目的 研究长链非编码RNA(lncRNA)Dancr在肝脏中的时空表达规律,探索其与糖异生的可能调控关系与分子机制.方法 建立小鼠饥饿-再喂养模型、高脂饮食诱导的肥胖(high-fat diet,HFD)模型,并以磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、葡萄糖-6-磷酸酶为阳性对照,检测Dancr在两组模型小鼠肝脏中的表达;分离小鼠主要脏器组织,检测不同组织中Dancr的表达量;运用NCBI、UCSC、RegRNA、TargetScan等数据库,分析Dancr的序列特征,预测与其相互作用的miRNA,并对miRNA下游靶基因进行基因本体和京都基因与基因组百科全书分析.采用Student-t检验分析各组之间差异的显著性,采用单因素方差分析比较多组间差异.结果 Dancr的表达量随饥饿进程持续升高,并在16 h达到高,再进食后迅速恢复正常水平(4.20±0.27比1.00±0.23,t=22.10,P<0.01).在HFD小鼠肝脏中Dancr表达量同样显著升高(1.69±0.30比1.00±0.25,t=4.33,P<0.01).Dancr在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、骨骼肌、小肠、胃、白色脂肪组织、棕色脂肪组织和脑组织中表达差异有统计学意义(F=180.32,均P<0.01),Dancr在肝脏中的表达量显著高于除脾、肺外的其余组织(t=6.03～36.19,均P<0.01).在线分析Dancr位于chr5:74,093,083-74,090,355,全长1060 bp,由2个外显子构成,可能存在9个与之相互作用的miRNAs(mmu-let-7i-5p、mmu-miR-134-5p、mmu-miR-326-5p、mmu-miR-433-5p、mmu-miR-497-5p、mmu-miR-504-3p、mmu-miR-1906、mmu-miR-432、mmu-miR-5620-5p),调节下游2124个靶基因,其中多条基因与糖异生调控相关.结论 Dancr的表达受生理及病理性糖异生信号影响,可能介导肝脏糖异生的调控,且生物信息学分析为后续实验提供了一定的数据支持,有助于我们进一步了解Dancr在糖异生调控中的分子机制.
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大规模平行测序在临床分子诊断应用中的数据分析
利用Sanger测序技术，2001年人类基因组计划花费13年耗资近30亿美元完成了第一个人类全基因组测序；自2004年新一代测序平台商业化以来，人类全基因组测序已经实现从2-3个月低于1万美元下降到今天3天1千美元的大规模商业化服务。革命性的技术进步带来了遗传学和其他相关学科的快速发展，特别是大规模平行测序的应用，已经不局限于基础研究，开始了临床分子诊断领域的应用。对于遗传性疾病，直接的鉴定致病原因的方法是直接对已知致病基因进行测序。对于一些表型复杂的遗传性疾病或罕见病，N GS 能够提供疾病相关的基因信息，利用测序信息集合临床特征可对相关遗传性疾病做出正确的诊断。Yang等人报道了对250例疑似遗传性疾病患者进行全外显子组测序，25％的病例通过生物信息学分析鉴定了致病基因，明确了临床诊断［1］。
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深低温停循环大脑海马区差异性miRNAs表达变化及机制探讨
目的 深低温停循环(DHCA)是复杂先天性心脏病矫治手术期间应用的一项重要技术.然而DHCA后的脑损伤严重但其分子机制尚不清楚.近研究提示microRNAs(miRNAs)涉及各种脑损伤的发生及进展.本研究利用miRNAs基因芯片技术检测小猪DHCA脑损伤模型中的miRNAs表达变化,探讨脑损伤miRNA转录后调节机制.方法 6只小猪(体重2.0～2.5 kg)构建DHCA模型,三只DHCA组,三只假手术组,取海马组织提取总RNA进行miRNAs芯片分析,后行qRT-PCR验证,生物信息学分析一系列miRNAs涉及的脑部疾病.预测特异性miRNAs的潜在靶点,而后通过分子功能注释系统MAS)对预测靶点进行基因本体注释系统(GO)功能分析及京都基因与基因组百科全书分析系统(KEGG)探讨涉及的信号通路.结果 结果 DHCA后,海马区有35个miRNAs表达改变.13个miRNAs显著上调(包括miR-23a,miR-27a,miR-182等),22个miRNAs显著下调(包括miR-10b,miR-200c,miR-210,miR-150等).对这些miRNAs靶点预测的生物信息学分析揭示多个靶点和生物功能涉及DHCA的病理生理过程,其中包括信号转导,转录调节,凋亡和炎症反应.结论 DHCA后脑损伤涉及一系列miRNAs的表达改变,为其损伤机制的研究提供了新的理论依据和研究思路.
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乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白结合蛋白1基因的克隆及生物信息学分析
目的 克隆乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白(MHBs)结合蛋白1(MBP1)基因,构建其真核表达载体并应用生物信息学技术初步探讨其结构及功能.方法 应用PCR技术从HepG2细胞提取的cDNA扩增MBP1基因,选用pGEM-T载体进行TA克隆,通过PCR及限制性酶切分析及测序进行鉴定,并应用生物信息学初步分析其物理化学性质、蛋白质结构域、功能及染色体定位.结果 成功从HepG2细胞提取并逆转录的cDNA扩增出MBP1基因,其编码区为201个核苷酸(nt),编码产物由66个氨基酸残基(aa)组成,进行GenBank同源序列搜寻发现其与已知基因序列和蛋白序列之间无显著同源性,属于未知功能的新基因,并成功进行TA克隆,经酶切和测序验证正确后亚克隆至pcDNATM3.1/myc-His A真核表达载体,生物信息学分析此基因位于第12号染色体,其编码产物分子量为16645.7,理论 pI为 5.33,半衰期为4.4 h(体外哺乳类网状细胞),属于不稳定蛋白,疏水指数较高,含潜在的2个螺旋区域和1个β折叠,预测其可能包含2个蛋白激酶C磷酸化作用位点、2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点和2个N-豆蔻酰化位点并推测其可能具有不紧密的球蛋白结构,具有信号肽及2个跨膜结构域.结论 发现并成功克隆了乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白结合蛋白1(MBP1)基因,为以后研究此基因的生物学功能及其在HBV损害肝细胞等方面的具体作用提供了新线索.
关键词： 乙型肝炎病毒表面抗原中蛋白 克隆 生物信息学分析 -
肿瘤表达谱基因芯片筛选胆囊癌肿瘤相关基因的初步研究
我们利用表达谱芯片筛选胆囊癌相关基因组,并将筛选出的部分相关基因进行分类和生物信息学分析,选其外显子区进行PCR扩增、测序明确突变情况.
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TXNIP基因多态性和启动子区的生物信息学分析
目的：探究TXNIP的基因多态性和启动子区甲基化CpG岛、转录因子结合位点。方法利用生物信息学在线软件获得TXNIP基因3′UTR多态性和mRNA的表达情况；利用相关软件获得TXNIP启动子区序列，预测甲基化CpG岛及转录因子结合部位。结果 TXNIP基因3′UTR多态性位点rs7211、 rs7212和rs4755的不同基因型与mRNA表达差异有统计学意义( P<0．05)；启动子区序列中甲基化CpG岛位于1763~1943 bp处。结论利用生物信息学分析可以更有效地了解基因多态性和启动子区在基因表达调控中的作用。
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皮肤黑色素瘤芯片数据与生物信息学分析方法介绍
目的 皮肤黑色素瘤是一种恶性程度非常高的肿瘤,预后较差,早期易出现淋巴及血路转移.本研究通过对皮肤黑色素瘤和良性痣基因芯片进行数据挖掘及生物信息学分析,为两者鉴别诊断及探索黑色素瘤的发病机制及潜在药物靶点提供参考.方法 从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中选取45例皮肤黑色素瘤组织和18例良性痣组织的基因芯片进行生物信息学分析,筛选出差异基因,并采用DAVID(database for annotation,visualization and integrated discovery)和STRING(search tool for the retrival of interacting genes/proteins)数据库对差异基因进行基因功能、信号通路和蛋白互作分析.结果 共找到1 857个满足条件的差异基因,其中821个基因上调,上调差异表达基因主要涉及细胞增殖、有丝分裂、细胞周期和ECM-受体相互作用等;1 036个基因下调,下调差异表达基因主要涉及细胞黏附、炎症反应、免疫应答、氧化还原反应、PPAR和Rap1信号通路等,通过蛋白互作分析共选出10个关键基因GAPDH、AKT1、SRC、EGFR、CDK1、CAD、IGF1、PCNA、BIRC5和MMP-9.结论 GAPDH等关键基因可能促进了皮肤黑色素瘤的发生并参与了细胞增殖、黏附、炎症反应等生物学过程,后续依然有待于研究.除此之外,这些基因也为皮肤黑色素瘤鉴别诊断及探索黑色素瘤发病机制及药物靶点提供了参考.
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长链非编码RNA在侵袭性牙周炎患者牙龈组织中的表达谱分析
目的 检测侵袭性牙周炎(aggressive periodontitis,AgP)患者牙龈组织与健康牙龈中长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)的差异性表达谱,探索其在AgP发病机制中的作用.方法 收集上海交通大学医学院附属第九人民医院牙周病科(2012年3月至2012年8月)和天津医科大学口腔医院牙周科(2016年10月至2017年4月)AgP患者和牙周健康者的牙龈组织各40例(患者均知情同意),其中两组各20例用于lncRNA基因芯片检测lncRNA和mRNA差异性表达谱,并对所得数据进行生物信息学分析.选择表达差异明显的两个IncRNA:IncRNA-API5和lncRNA-TNFRSF13C,利用实时荧光定量PCR方法在两组其余牙龈组织样本中检测和验证.结果 与健康牙龈组织相比,AgP患者牙龈组织中存在8 632种lncRNA差异性表达,其中1 986种lncRNA明显上调,6646种lncRNA下调,上调丰度差异率＞10的lncRNA 48个(P＜0.05),下调丰度差异率＞10的lncRNA 14个(P＜0.05);5 519种mRNA的表达存在差异,其中1 676种mRNA表达上调≥2倍(P＜0.05),3 843种mRNA表达下调≤0.5(P＜0.05).进一步验证显示:IncRNA-API5和IncRNA-TNFRSF13C在AgP患者牙龈组织中表达显著升高(P＜0.05),与芯片检测结果一致.生物信息学分析显示:差异性表达的lncRNA与Toll样受体信号通路、细胞周期和凋亡相关通路、肿瘤坏死因子受体超家族信号通路等多种通路密切相关.结论 lncRNA可能通过调节多种信号途径,参与AgP发病过程,其具体机制尚需进一步探索.
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三氧化二砷反式激活基因AsTP2的克隆化及生物信息学分析
目的三氧化二砷反式激活靶基因(AsTP2)的克隆化研究.方法对构建的三氧化二砷差异表达的肝HepG2细胞cDNA消减文库进行筛选,利用RT-PCR技术获得新基因AstTP2的编码序列,结合生物信息学对其氨基酸序列、染色体定位和基因功能进行分析比较.结果 AsTP2基因编码区为1 119nt,编码产物为372aa.经核苷酸序列数据库(GenBank)和蛋白质一级结构序列数据库(SwissProt)同源序列的搜寻,发现未知功能的同源蛋白,说明克隆的AsTP2基因属于未知功能新基因,GenBank注册号为AY744366.该基因在三氧化二砷诱导的HepG2细胞中表达上调.结论克隆了一条新的三氧化二砷反式激活靶基因AsTP2,为进一步研究三氧化二砷的反式激活作用和揭示砷致癌的生物学机制提供新线索.
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基于RNA-Seq对心肌肌钙蛋白I R193H突变限制性心肌病小鼠转录组的分析
目的 利用RNA-Seq检测正常小鼠与心肌肌钙蛋白I(cTnI)R193H突变所致限制性心肌病(RCM)小鼠中差异表达的基因,探索RCM的发病机制.方法 取3月龄C57小鼠和cTnI 193H突变小鼠的心脏,提取心肌组织全mRNA,并反转录成cDNA,PCR扩增后构建文库,进行高通量测序.分析测序结果 ,获得差异表达的基因,利用生物信息学方法分析其可能参与的生物学过程.结果共鉴定出52个差异表达基因,其中高表达基因28个,低表达基因24个(P<0.05),共涉及到16条相关KEGG通路,主要参与免疫和代谢相关的生物学过程.结论 cTnI突变可引起基因差异表达,免疫应答、线粒体能量代谢、心肌细胞分化等过程可能参与了RCM的发生发展过程.
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金银花类药用植物FatB基因克隆和生物信息学分析
从忍冬(Lonicera japonica Thunb.)转录组测序结果中分析获得1个FatB基因.分别以忍冬、红白忍冬(Lonicera japonica Thunb.var.chinensis (Wats.)Bak)、红腺忍冬(Lonicera hypoglauca Miq.)和水忍冬(Lonicera dasystyla Rehd.)新鲜花蕾为材料,利用RT-PCR技术克隆获得了LJFatB、LHFatB、LJCFatB、LDFatB 基因的全长cDNA,并进行生物信息学分析.结果表明LJFatB、LJCFatB、LHFatB和LDFatB与拟南芥AtFatB具有较近的亲缘关系.LJFatB、LJCFatB、LHFatB和LDFatB的核苷酸序列、蛋白特性及其二级结构有所差异,但其蛋白均具有保守的FatB底物结合位点和催化活性位点,且在花蕾中的转录水平没有显著差异.因此推测LJFatB、LJCFatB、LHFatB和LDFatB可能具有与AtFatB相同的生物学功能.
