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三氧化二砷反式激活基因AsTP2的克隆化及生物信息学分析
目的三氧化二砷反式激活靶基因(AsTP2)的克隆化研究.方法对构建的三氧化二砷差异表达的肝HepG2细胞cDNA消减文库进行筛选,利用RT-PCR技术获得新基因AstTP2的编码序列,结合生物信息学对其氨基酸序列、染色体定位和基因功能进行分析比较.结果 AsTP2基因编码区为1 119nt,编码产物为372aa.经核苷酸序列数据库(GenBank)和蛋白质一级结构序列数据库(SwissProt)同源序列的搜寻,发现未知功能的同源蛋白,说明克隆的AsTP2基因属于未知功能新基因,GenBank注册号为AY744366.该基因在三氧化二砷诱导的HepG2细胞中表达上调.结论克隆了一条新的三氧化二砷反式激活靶基因AsTP2,为进一步研究三氧化二砷的反式激活作用和揭示砷致癌的生物学机制提供新线索.
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三氧化二砷反式激活基因1的克隆化
目的克隆三氧化二砷反式激活靶基因1(AsTP1).方法从构建的三氧化二砷差异表达的肝HepG2细胞、T淋巴细胞cDNA消减文库筛选,利用RT-PCR和生物信息学分析相结合的方法获得新基因AsTP1的编码序列,对其氨基酸序列进行分析比较,并对其进行克隆化研究.结果AsTP1基因编码区为243个核苷酸(nt),编码产物为80个氨基酸残基(aa).经核苷酸序列数据库(GenBank)和蛋白质一级结构序列数据库(SwissProt)同源序列的搜寻,与已知基因序列之间没有显著同源性,说明克隆的AsTP1基因属于未知功能新基因.结论发现三氧化二砷反式激活靶基因AsTP1,为进一步研究三氧化二砷的反式激活作用和揭示慢性砷中毒的分子机制提供新线索.
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基因表达谱芯片技术筛选NS5ATP2(615)蛋白反式调节基因
目的:对新基因NS5ATP2(615)转染肝癌细胞的基因表达谱进行分析,探索该基因表达对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能.方法:应用生物信息学(bioinformatics)技术,分析我们研究组通过抑制消减杂交(SSH)技术筛选得到的新基因NS5ATP2(615)的全长编码序列,构建NS5ATP2的真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS5ATP2(615).应用基因表达谱芯片技术对重组表达质粒pcDNA3.1(-)-NS5ATP2(615)和pcDNA3.1(-)空载体分别转染的HepG2细胞的mRNA的差异性表达进行检测.结果:确定基因NS5ATP2(615)由615nt组成,编码204aa的蛋白.基因表达谱芯片所检测的1 152条目的基因均为GenBank中登录的基因,NS5ATP2(615)表达质粒转染的细胞有40条差异表达基因,其中18条基因表达增强,22条基因表达降低.这些差异表达的基因与细胞信号转导、凋亡、肿瘤的发生密切相关.结论:基因表达谱芯片技术对于初步探索新基因的功能提供重要的资料.本实验结果为进一步阐明NS5ATP2(615)生物学功能及HCV NS5A的致病机制提供了理论依据.
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丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因2的克隆化研究
目的:对丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)蛋白反式激活靶基因2(NS5A-TP2)的基因作克隆化研究.方法:依据我室构建的HCV NS5A反式激活基因差异表达的cDNA消减文库筛选结果,利用分子生物学与生物信息学技术相结合的方法获得新基因NS5-ATP2的编码序列,对其氨基酸序列进行分析比较,并对其进行克隆化研究.结果:NS5A-TP2基因编码区为615核苷酸(nt),编码产物为204氨基酸残基(aa).经核苷酸序列数据库(GenBank)和蛋白质一级结构序列数据库(SwissProt)同源序列的搜寻,与已知基因序列和蛋白序列之间没有显著同源性,说明我们克隆的NS5A-TP2基因属于未知功能新基因.结论:发现了HCV NS5A反式激活作用的新的靶基因,这一发现,为研究新基因的生物学功能及慢性丙型肝炎发病机制提供新的思路.
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基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白基因C1反式调节基因
目的 对未知功能基因C1转染人肝母细胞瘤细胞系(HepG2)后的基因表达谱进行分析,探索该基因的表达对肝细胞基因表达谱的影响及其可能的调节功能线索.方法 以分子生物学技术构建C1的真核表达载体pcDNA3.1(-)-C1,以表达质粒pcDNA3.1(-)-C1转染HepG2细胞,空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA,逆转录为cDNA. 应用基因表达谱芯片技术对差异表达的mRNA进行检测和分析.结果 HepG2细胞经转染C1表达质粒后,有26条差异表达基因,其中24条基因表达水平下调,2条基因表达水平上调.这些差异表达的基因与细胞信号转导、凋亡、细胞增生分化及肿瘤的发生密切相关.结论 应用基因表达谱芯片成功筛选了C1转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明C1蛋白可能的生物学功能及乙型肝炎病毒核心蛋白的致病机制提供了理论依据.
