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MEF来源的间充质干细胞诱导生成的调节型树突状细胞的基因表达谱分析
目的 研究MEF来源的间充质干细胞(MEF-MSC)诱导的调节型树突状细胞(MEF-regDC)与不成熟树突状细胞(imDC)和成熟树突状细胞(maDC)之间的基因表达谱差异,从而揭示前者的基因表达特点.方法 将旨髓造血干细胞与MEF-MSC共培养制备MEF-regDC,用Agilent芯片对3种树突状细胞(DC)进行基因芯片检测及相关分析,分析项目包括:差异倍数计算、主成分分析(PCA)和Go分类.结果 MEF-regDC具有特征性的形态、表型和基因表达谱,PCA分析表明,MEF-regDC 、imDC和maDC是不同的DC亚群,MEF-regDC与imDC相比,表达差异在2倍以上的基因数共有13 369个,差异在6倍以上的有3 247个,MEF-regDC与maDC相比,表达差异在2倍以上的基因数共有11 326个,差异在5倍以上的有3 299个,进一步的分析显示,3者在功能调节相关基因,免疫相关的基因和信号通路相关的基因的表达也有显著差异.结论 MEF-MSCs诱导HPCs生成的MEF-regDC是一不同于传统imDC 及maDC的具有特征性基因表达谱的DC亚群.
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高脂饮食诱导胰岛素抵抗小鼠骨骼肌胰岛素信号通路相关基因表达的变化
目的:利用基因芯片技术研究高脂饮食诱导的胰岛素抵抗(insulin resistance,IR)小鼠骨骼肌细胞胰岛素信号通路相关基因的改变,分析其变化规律,为寻找治疗IR的潜在药物作用靶点提供理论依据.方法:选用雄性C57BL/6小鼠40只,随机分为正常饮食组(NC组)和高脂饮食组(HC组).分别饲养16周后,采用口服糖耐量试验(oral glucose tolerance test,OGTT)检测小鼠葡萄糖耐量;ELISA检测空腹血清胰岛素值(fasting insulin,FIN)以确定胰岛素抵抗模型成功;后分离小鼠股四头肌,提取总RNA,经过荧光标记后进行基因芯片杂交,利用芯片扫描仪记录荧光信号,并通过相关软件对所得数据进行统计学分析.结果:16周高脂饮食喂养结束后,HC组小鼠体重较NC组增加25.33%(P＜0.05),FIN值较NC组增加77.19%(P＜0.05).OGTT峰值出现的时间较NC组延迟,血糖值在30min后下降缓慢,且在180min血糖值仍高于基础水平.胰岛素信号通路的差异表达基因有11个.表达上调的基因有3个,表达下调的基因有8个,这些基因涉及糖代谢、脂代谢、信号转导及转录等生物学过程.结论:16周的高脂饮食可以诱发C57BL/6小鼠产生IR.HC组小鼠骨骼肌胰岛素信号相关基因发生差异表达,这些基因与IR密切相关.本研究为寻找治疗IR潜在的药物靶点提供理论依据.
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长链非编码RNA在侵袭性牙周炎患者牙龈组织中的表达谱分析
目的 检测侵袭性牙周炎(aggressive periodontitis,AgP)患者牙龈组织与健康牙龈中长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)的差异性表达谱,探索其在AgP发病机制中的作用.方法 收集上海交通大学医学院附属第九人民医院牙周病科(2012年3月至2012年8月)和天津医科大学口腔医院牙周科(2016年10月至2017年4月)AgP患者和牙周健康者的牙龈组织各40例(患者均知情同意),其中两组各20例用于lncRNA基因芯片检测lncRNA和mRNA差异性表达谱,并对所得数据进行生物信息学分析.选择表达差异明显的两个IncRNA:IncRNA-API5和lncRNA-TNFRSF13C,利用实时荧光定量PCR方法在两组其余牙龈组织样本中检测和验证.结果 与健康牙龈组织相比,AgP患者牙龈组织中存在8 632种lncRNA差异性表达,其中1 986种lncRNA明显上调,6646种lncRNA下调,上调丰度差异率＞10的lncRNA 48个(P＜0.05),下调丰度差异率＞10的lncRNA 14个(P＜0.05);5 519种mRNA的表达存在差异,其中1 676种mRNA表达上调≥2倍(P＜0.05),3 843种mRNA表达下调≤0.5(P＜0.05).进一步验证显示:IncRNA-API5和IncRNA-TNFRSF13C在AgP患者牙龈组织中表达显著升高(P＜0.05),与芯片检测结果一致.生物信息学分析显示:差异性表达的lncRNA与Toll样受体信号通路、细胞周期和凋亡相关通路、肿瘤坏死因子受体超家族信号通路等多种通路密切相关.结论 lncRNA可能通过调节多种信号途径,参与AgP发病过程,其具体机制尚需进一步探索.
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多种诊断技术在全身播散性结核病诊治中的联合应用
目的 探讨结核特异的γ干扰素释放分析T-SPOT.TB、CT联合正电子发射断层显像(PET/CT)和基因芯片分析在诊断播散性结核病中的应用,探讨播散性结核病的诊治要点.方法 分析北京协和医院感染科收治的1例慢性全身播散性结核病患者的临床诊治情况,以及其T-SPOT.TB,PET/CT和基因芯片分析的结果.结果 患者临床符合慢性结核病表现,外周血T-SPOT.TB检测显示结核特异性抗原即6 kD早期分泌靶向抗原和10 kD培养滤过蛋白肽段库刺激后释放γ干扰素的T细胞分别为:3 908和3400斑点形成细胞(SFCs)/106外周血单个核细胞(PBMCs).全身PET/CT检查显示全身多发放射性摄取增高病变,累及双肺、淋巴结和骨骼,行淋巴结、肺部、右髂后上嵴活检,病理显示为肉芽肿病变.组织培养为分枝杆菌,基因芯片分析确定为结核分枝杆菌,对利福平和异烟肼敏感.抗结核治疗后患者症状缓解,体温正常,治疗10周后T-SPOT.TB检测显示6 kD早期分泌靶向抗原和10 kD培养滤过蛋白肽段库刺激后释放γ干扰素的T细胞分别为:1 528 SFCs/106 PBMCs、1460 SFCs/106 PBMCs,较治疗前显著下降.结论 播散性结核病的及时诊断有赖于对该病的充分了解和重视.T-SPOT.TB、PET/CT和基因芯片技术的合理应用有助于播散性结核病的诊治.
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MEIS2基因沉默致A549细胞凋亡、细胞周期阻滞及调控机制研究
目的 观察MEIS2基因沉默后,肺腺癌A549细胞凋亡及细胞周期变化.通过基因芯片分析技术,探讨MEIS2在非小细胞肺癌(NSCLC)细胞中的调控机制.方法 将构建成功的4组pLKO.1 MEIS2-shRNA慢病毒载体重组质粒瞬时转染人胚肾细胞239FT,收集病毒液感染A549细胞,显微镜下观察细胞形态,运用反转录-聚合酶链反应、免疫蛋白印迹检测MEIS2基因mRNA及蛋白的表达,流式细胞仪检测A549细胞凋亡及细胞周期变化,基因芯片检测基因表达变化.结果 有2组pLKO.1 MEIS2-shRNA重组质粒能有效沉默MEIS2的表达,MEIS2 mRNA、MEIS2蛋白表达降低,光镜下A549细胞皱缩、凋亡增加;流式细胞术提示细胞凋亡,细胞周期G2/M比例增高,基因芯片检测分析发现人乳腺癌易感基因1 (BRCA1)表达下调明显.结论 shRNA干扰技术介导A549细胞的MEIS2沉默,出现细胞凋亡,G2/M比例增高,BRCA1相关分子通路可能是MEIS2的重要下游靶通路,提示MEIS2可能通过BRCA1调控NSCLC细胞生长及细胞周期阻滞.
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骨形态发生蛋白2诱导成骨分化与长链非编码RNA AK007000的影响
背景：长链非编码 RNA 调控一系列生理过程，被认为在发育、分化和代谢的基因调控中发挥重要的作用。MC3T3-E1、C2C12和 C3H10T1/2细胞可向骨细胞、肌细胞等多个方向分化，用于肌肉骨骼等运动系统相关疾病的研究。
目的：观察长链非编码RNA在骨形态发生蛋白2诱导成骨分化中的作用。
方法：对MC3T3-E1、C2C12和C3H10T1/2细胞在骨形态发生蛋白2诱导下，成骨分化过程中的长链非编码RNA表达变化进行芯片分析，找到在3株细胞中同时变化的长链非编码RNA，siRNA干扰方法观察长链非编码RNA对骨形态发生蛋白2诱导成骨分化的影响，采用Real-Time PCR与碱性磷酸酶染色检测成骨相关指标。
结果与结论：骨形态发生蛋白2诱导MC3T3-E1、C2C12和C3H10T1/2成骨分化过程中，相应成骨指标增高，成肌指标肌细胞生成素降低。筛选出骨形态发生蛋白2诱导成骨分化过程中出发挥作用的长链非编码RNA AK007000。AK007000被干扰后成骨分化指标碱性磷酸酶、骨钙素、RUNX2、SP7表达下降，肌细胞生成素表达上升。因此，AK007000可能具有促进成骨抑制成肌作用。 -
2q37缺失综合征2例临床及基因芯片分析
2q37缺失综合征是由于2号染色体长臂3区7带片段缺失引起,患者常发生以智力及生长发育障碍、骨骼畸形、外观及行为异常为主的一系列症状,因此也称为BDMR综合征或AHO-like综合征.由于此类综合征临床表现多样,用常规的细胞遗传学检验技术较难检测到基因组微小缺失,在临床上常易漏检.单核苷酸多态芯片(array single nucleotide polymorphism,array-SNP)技术是一种全新的分子核型分析技术,具有高分辨率、高通量、高敏感性和高准确性等优点,近年来,被逐步应用于不明原因的发育迟缓、多发畸形、非明显综合征及临床怀疑染色体病患儿的检测.本研究应用array-SNP芯片对2例生长发育迟缓、智力低下患儿进行病因诊断,结果报告如下.
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非编码小RNA T64对伤寒沙门菌基因表达的影响
目的:对由转录组测序获得的伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhi,S.Typhi)非编码小RNA(small non-coding RNA,snRNA) T64的表达进行验证,并对其功能进行初步探讨.方法:选取特异性引物采用反转录PCR(RT-PCR)和普通PCR确认T64在S.Typhi中的表达;将含有T64 snRNA序列的重组质粒导入S.Typhi野生株构建T64高表达株;结合应用S.Typhi全基因组芯片分析技术,比较S.Typhi T64高表达株和空载体对照株在对数期基因表达谱差异,并对部分基因芯片结果进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证.结果:RT-PCR结果显示,snRNA T64在S.Typhi确有表达;基因芯片分析结果显示,与空载体对照株比,snRNA T64高表达株在对数期有20个基因表达上调,7个下调;4个被选基因表达的qRT-PCR结果与芯片分析结果相符.结论:snRNA T64在S.Typhi中表达,可能在基因的表达调节中发挥重要作用.
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Hfq对伤寒沙门菌高渗应激早期基因表达的调节
目的: 探查伤寒沙门菌hfq基因在高渗应激早期对其他基因表达的影响.方法: 用自杀质粒介导的同源重组方法制备伤寒沙门菌hfq基因缺陷变异株;利用伤寒沙门菌全基因组芯片技术,比较伤寒沙门菌野生株和hfq基因缺陷变异株在高渗应激早期的基因表达谱差异,并选择部分表达差异基因进行实时定量PCR验证.结果: 伤寒沙门菌hfq基因缺陷变异株制备成功;基因表达谱比较分析结果表明伤寒沙门菌hfq基因缺陷变异株在高渗应激早期有62个基因表达上调,有32个基因表达下调.实时定量PCR结果与芯片分析一致.结论: Hfq作为一个调节因子在伤寒沙门菌高渗应激早期对基因表达起重要调节作用.
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mig-14对伤寒沙门菌在高渗应激早期基因表达的调节
目的:探查伤寒沙门菌mig-14在高渗应激下对若干基因表达的调节作用.方法:用自杀质粒介导的同源重组方法制备伤寒沙门菌mig-14基因缺陷变异株,用基因芯片分析高渗应激早期野生株和mig-14缺陷株基因表达差异,并对部分结果采用实时荧光定量PCR进行验证.结果:成功制备伤寒沙门菌mig-14缺陷株,高渗应激早期mig-14变异株与野生株相比有77个基因表达下调和72个基因表达上调. 结论:mig-14可能是一种调节基因,主要参与调节细菌的物质和能量代谢.
