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人类8型疱疹病毒小衣壳蛋白ORF65基因的原核表达及其生物信息学分析
目的:构建人类8型疱疹病毒(HHV-8)小衣壳蛋白(ORF65)基因重组原核表达质粒并诱导表达,获得其重组融合蛋白.方法:软件设计引物,在引物两端添加特异性酶切位点,以pGEM-Teasy/ORF65为模板,PCR扩增基因序列,克隆入原核表达载体pET-41a中,构建原核表达质粒pET41a-ORF65,转化大肠杆菌(E.coli) DH5x,经酶切、测序鉴定其插入序列的正确性,转入E.coli BL21(DE3),并诱导表达,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)方法以及序列分析软件DNAMAN 5.0、Vector NTI Suite 6、Primer Primier 5对表达蛋白进行生物信息学分析.结果:测序结果表明所构建pET41a-ORF65原核表达质粒连接正确,SDS-PAGE表明ORF65基因获得成功表达,生物信息学分析显示该蛋白含有1个N 糖基化位点,2个蛋白激酶C磷酸化位点,4个胆碱激酶Ⅱ磷酸化位点,4个N 肉豆蔻酰化位点,1个酰胺化位点.BlastP数据库的相似性检索发现有与之有较高同源性的蛋白.结论:成功表达HHV-8病毒小衣壳蛋白ORF65,该蛋白与疱疹病毒衣壳蛋白的同源性较高,是疱疹病毒衣壳蛋白家族中的一员.
关键词： 人类疱疹病毒8型 小衣壳蛋白ORF65基因 原核表达 生物信息学分析 -
ARG1基因的生物信息学和基因表达谱分析
目的:对ARG1进行生物信息学和基因表达谱分析,并对其可能的抗砷机理进行探讨.方法:对砷相关基因ARG1作进一步的生物信息学分析,用不同浓度砷染毒L-02细胞两周以上,抽RNA转膜作Northern杂交,以及人类多组织膜的Northern杂交.结果:Northern杂交结果显示该基因在未染毒L-02细胞中几乎不表达,在砷染毒细胞中该基因的表达量明显增加,在2.3Kb处有一个单一的条带,且随剂量增加表达量亦增加.生物信息学分析显示ARG1具有一个液泡-ATP酶(Vacuolar-ATPase,V-ATPase)样的功能域.结论:ARG1是一条新的全长抗砷相关基因,其抗砷机理可能是通过液泡-ATP酶介导的.
关键词： 砷 基因 生物信息学分析 Northern杂交 -
血浆循环miRNA-126、miRNA-28-3p的表达与糖尿病的关系研究
目的 探讨血浆中miRNA-126和miRNA-28-3p的表达与糖尿病(DM)的关系,并进行相关机制探讨.方法 随机选取恩施土家族苗族自治州中心医院DM患者80例作为DM组,选取同期治疗的非DM患者80例作为对照组,采用qRT-PCR检测其血浆中循环miRNA-126和miRNA-28-3p的表达水平,并对其靶基因、基本生物学功能和相关lncRNA和circRNA进行生物信息学预测.结果 DM患者血浆中miRNA-126的表达水平(0.115 0±0.014 4)较对照组患者(0.001 9±0.000 6)明显升高,差异具有极显著性统计学意义(P<0.01);DM患者血浆中miRNA-28-3p的表达水平(0.138 6±0.017 24)较对照组患者(0.000 6±0.000 05)明显升高,差异具有极显著性统计学意义(P<0.01);miRNA-126与miRNA-28-3p的Pearson 相关系数为0.433 5(P<0.01);2组患者miRNA-126、miRNA-28-3p ROC曲线下面积差异均有极显著性统计学意义(P<0.01);生物信息学分析发现miRNA-126、miRNA-28-3p可能参与调控了胰岛素信号通路、胰岛素受体信号通路、胰岛素/胰岛素生长因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路和血管生成等信号通路,并可能与多种lncRNA和circRNA都有关.结论 血浆中循环miRNA-126与miRNA-28-3p可能通过调控胰岛素和胰岛素生长因子相关信号通路导致DM的发生,可以作为DM新型临床诊断生物标志物,并可能与多种lncRNA和circRNA有关.
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利用甲基化芯片及转录组测序方法筛选哈萨克族食管癌DNA异常甲基化谱
目的：筛选新疆哈萨克族食管鳞癌DNA异常甲基化谱，为深入研究食管癌的发生机制提供线索。方法：采用Illumina Human Methylation 450K甲基化芯片，对6例哈萨克族食管癌组织及其癌旁正常组织进行全基因组甲基化检测，筛选DNA异常甲基化基因；利用Hiseq2000测序平台，对2例哈萨克族食管癌组织及其癌旁正常组织进行RNA水平检测，建立mRNA文库，并与DNA 甲基化结果进行关联分析，筛选DNA异常甲基化谱，同时对这些基因进行生物信息学分析。结果：食管癌组织中含高甲基化基因227个，低甲基化基因6个；癌组织mRNA表达量在0.0312～8192，癌旁正常组织在0.0312～1024。DNA异常甲基化基因与表达谱关联分析，呈负相关关系(即DNA高甲基化、mRNA低表达，或DNA低甲基化、mRNA高表达)的启动子区域基因共20个，包括启动子区域CpG岛高甲基化且表达下调10个位点、10个基因，低甲基化且表达上调11个位点、10个基因。生物信息学分析表明这些基因参与甲酰四氢叶酸分解代谢及调控细胞增殖等生物学过程，涉及一碳代谢通路及诱导细胞凋亡通路等。结论：初步建立了新疆哈萨克族食管癌DNA 异常甲基化谱，为哈萨克族食管癌的发病机制研究提供了新的思路。
