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多穗柯查耳酮异构酶基因的克隆与序列分析
目的 克隆多穗柯的查耳酮异构酶(chalcone isomerase,CHI)基因,并了解其表达情况.方法 根据转录组测序结果,利用PCR扩增技术获取多穗柯CHI基因的cDNA全长,并对其进行生物信息学分析,采用qRT-PCR法检测CHI基因在多穗柯不同器官的表达量.结果 多穗柯CHI基因的cDNA全长为772 bp,开放阅读框长为696bp,编码231个氨基酸的蛋白.该蛋白不存在跨膜区域,定位于细胞质中.多穗柯CHI基因在不同部位均有表达,叶片的表达量高,是根部低量的9.75倍.结论 首次克隆获得多穗柯的CHI基因,明确该基因属于CHIⅡ型.且多穗柯CHI基因在各器官中的表达量具有显著差异.
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氧化应激致人视网膜血管内皮细胞损伤中microRNA表达谱的改变及生物信息学分析
目的 检测氧化应激引起人视网膜血管内皮细胞(HMREC)损伤过程中微小RNA(miRNA)表达谱的改变,并探讨这些差异性表达的miRNA在视网膜血管内皮损伤过程中的作用.方法 利用不同浓度的H2 O2溶液孵育人脐静脉内皮细胞(HUVEC)建立氧化应激模型,并用CCK-8细胞增殖实验检测细胞活性.采用基因芯片技术检测氧化应激介导的HUVEC中miRNA表达谱的变化,对差异性表达的miRNA进行生物信息学分析,用实时PCR方法在HMREC中进行验证.结果 CCK-8检测HUVEC活力的结果显示,与同一时间对照组相比,100 μmol/L H2O2干预组8h和16 hHUVEC存活率未发生明显改变(F100μmol/L=3.897,P＞0.05),其他浓度H2O2干预组细胞存活率明显下降(F200μmol/L=8.172、F800μmol/L=239.214,P均＜0.05),且呈剂量和时间依赖性.400 μmol/L干预组24 h细胞存活率下降接近50％(F400μmol/L=6.905,P＜0.05).微阵列分析显示,H2O2(400 μmol/L)孵育HUVEC24 h后,共有116个miRNA的表达发生改变.其中有11个miRNA表达差异在1.5倍以上.生物信息学分析提示,差异表达的miRNA可能参与细胞的代谢调节、AMP活化蛋白激酶(AMPK)信号通路等多个生物学过程.实时PCR检测证实,在经过400 μmol/L H2O2处理24 h后的HUVEC和HMREC的氧化应激模型中,miRNA-15b、miRNA-106b、miRNA-497均显著下调(FmiRNA-15b,HUVEC=9.9、FmiRNA-106b,HUVEC=8.4、FmiRNA-497,HUVEC=63.5、FmiRNA-15b,HMREC=643.7、FmiRNA-106b,HMREC=81.4、FmiRNA-497,HMREC=199.9,P均＜0.05),而miRNA-195、miRNA-638、miRNA-1246、miRNA-4267和miRNA-4734均显著上调(FmiRNA-195,HUVEC=592.1、FmiRNA-638,HUVEC=812、FmiRNA-1246,HUVEC=58.5、FmiRNA-4267,HUVEC=1 179.1、FmiRNA-4734,HUVEC=173、FmiRNA-195,HMREC=67.8、FmiRNA-638,HMREC=103.7、FmiRNA-1246,HMREC=2 078.9、FmiRNA-4267,HMREC=234.6、FmiRNA-4734,HMREC=10.7,P均＜0.05).结论 氧化应激可导致HMREC中多个miRNA表达失衡,这些差异性表达的miRNA可能通过AMPK信号通路,在视网膜血管内皮损伤过程中发挥潜在作用.
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Chir99021联合PD0325901对小鼠胚胎干细胞中miRNAs差异表达的影响
目的：通过研究Chir99021联合PD0325901对小鼠胚胎干细胞中miRNAs差异表达的影响，为揭示胚胎干细胞的自我更新和分化的机制提供更多线索。方法采用miRNA基因芯片技术检测Chir99021联合PD0325901处理组和PD0325901处理组miRNAs的表达谱差异。选取3倍以上及通过查文献与胚胎干细胞自我更新相关的1.5倍以上3倍以下的miRNAs，采用实时荧光定量PCR法验证，利用miRDB、Miranda两个数据库交叉预测差异表达的靶基因，并应用KEGG Pathway进行靶基因功能富集分析。结果与PD0325901单独处理相比，Chir99021联合PD0325901处理组有47种miRNAs上调1.5倍以上，75种miRNAs下调1.5倍以上；用实时荧光定量PCR验证差异表达的miRNAs，结果显示13个miRNAs与芯片结果相符。靶基因预测分析显示，miR-466a-5p、miR-466d-5p处于重要位置，Plcb1、Prkcb处于关键基因位置。结论 Chir99021可引起小鼠胚胎干细胞中的miRNAs差异表达，差异表达的miRNAs可能通过调控Plcb1、Prkcb基因而影响胚胎干细胞的自我更新。
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埃博拉病毒进化有基因“引擎”
中国科学院武汉病毒研究所研究员张波课题组，对1976年到2014年全球暴发的7次埃博拉疫情中的埃博拉病毒（ZEBOV）进行生物信息学分析，结果显示，ZEBOV的G P基因受到自然选择作用，而且在2014年暴发的毒株中具有显著加快的进化速率，推测该基因的变化与此次大范围人与人之间快速传播相关。相关论文已在新一期国际传染性疾病研究期刊《传染、遗传和进化》上在线发表。这一发现对流行病学调查和疫苗设计有重要意义。
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小鼠舌癌模型差异基因的筛选及生物信息学分析
目的:对小鼠舌癌模型差异表达基因进行筛选及基因功能分析,为舌癌发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础.方法:从高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE64271和GSE75421数据包,获取其中小鼠舌癌模型的芯片数据,分为舌癌组和非舌癌组,利用R语言的limma包分析筛选差异基因.利用DAVID和STRING数据库对差异表达基因进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)基因功能分析、蛋白相互作用分析.结果:对差异基因筛选后,将两个数据集的数据取交集后终得到303个基因,其中31个基因上调与细胞周期(Cell Cycle)和卵母细胞分裂有关,说明在肿瘤发生发展的过程中,通过上调这些基因促进肿瘤增殖.而其余基因的KEGG分析结果则表明这些基因与代谢过程密切相关.通过蛋白互作网络(PPI)筛选出cross-talk基因:整合素a1(Itga1)和整合素a6(Itga6).结论:筛选出的差异基因可能在舌癌的分子层面发挥了重要的作用,为舌癌发生、发展的机制、肿瘤标志物的筛选等提供了理论依据.
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人ANGPTL7蛋白生物信息学分析
目的 深入分析人血管生成素样蛋白7(angiopoietin-like 7,ANGPTL7)的生物学信息,为人ANGPTL7基因相关疾病的研究奠定基础. 方法 采用生物信息学方法分析和预测人ANGPTL7蛋白理化性质、结构功能、定位表达、系统进化关系、蛋白相互作用等. 结果 预测结果显示,人ANGPTL7为位于细胞外的稳定的可溶性分泌蛋白,存在跨膜结构及信号肽.二级结构主要为α-螺旋,包括N-端的卷曲-卷曲和C-端的纤维蛋白原样结构域,包含潜在的磷酸化位点、N-糖基化位点及O-糖基化位点.ANGPTL7 mRNA在眼睛、脂肪组织及神经组织中高表达,蛋白功能主要表现为蛋白质结合活性,参与氧化应激应答过程.进化分析表明,人ANGPTL7与黑猩猩的遗传距离为0. 006,亲缘关系近.与人ANGPTL7存在相互作用的蛋白主要为参与脂质代谢的含Patatin样磷脂酶(patatin-like phospholipase,PNPLA)结构域蛋白家族成员. 结论 人ANGPTL7蛋白可能参与人体脂质代谢过程,并且其糖基化修饰位点可能会影响其在血管形成和组装过程中的负调节作用.
关键词： 人ANGPTL7蛋白 生物信息学分析 -
脑泰方干预的MCAO模型大鼠血浆差异蛋白筛选及其生物信息学分析
目的:应用蛋白质组学技术探索脑泰方干预脑梗死大鼠血浆中的特异蛋白,筛选出药物作用的关键蛋白,为明确中药治疗脑梗死的作用靶点和作用机制研究提供依据.方法:建立MCAO大鼠模型,将脑梗死+脑泰方组、脑梗死组大鼠的血浆采用2-DE技术结合质谱分析进行蛋白质的比较分析,筛选出差异蛋白,运用生物信息学技术对差异蛋白质进行功能分析.结果:(1)对“脑梗死组”血浆与“脑梗死+脑泰方组”血浆的胶图扫描结果进行比较显示:有21个显著差异蛋白点;其中“脑梗死组”血浆中的5个蛋白质(肽)在“脑梗死+脑泰方组”血浆中不存在;另外有13个蛋白质(肽)在“脑梗死+脑泰方组”血浆中比在“脑梗死组”血浆中明显减少,有3个蛋白质(肽)在“脑梗死+脑泰方组”血浆中比在“脑梗死组”血浆中明显增加.结论:通过分析发现脑泰方干预脑梗死的相关特异性蛋白,发现脑泰方可能是通过改善脑血液流变学、血管内皮细胞损伤等途径起作用,阐明中药对于脑梗死可能的治疗靶点和作用机制.
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JARID2在人舌鳞状细胞癌中的表达
目的 探讨Jumonji富含AT结合结构域2(Jumonji AT-rich interactive domain 2,JARID2)在舌鳞状细胞癌(Tongue squamous cell carcinoma)中的表达.方法 利用生物信息学软件,分析JARDI2在舌鳞状细胞癌中的表达.收集5例人舌鳞状细胞癌及癌旁正常组织,提取组织总蛋白进行蛋白免疫印记检测JARID2蛋白表达.ImageJ软件分析JARID2蛋白灰度值,利用t检验分析JARID2在舌鳞状细胞癌中的表达.结果 生物信息学预测JARID2在舌鳞状细胞癌中表达增高,蛋白印记检测JARID2在5例舌鳞状细胞癌病例中表达明显高于癌旁正常组织.结论 JARID2在舌鳞状细胞癌中高表达,可能参与舌鳞状细胞癌的发病机制.
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神经嵴细胞发育分子调控网络的生物信息学分析
背景：神经嵴细胞发育对中枢神经系统、颅颌面和心脏等组织器官的发生具有重要的作用，受多个基因调控，但各调控基因之间的关系尚不清楚。目的：应用生物信息学方法研究神经嵴细胞发育的分子调控网络。方法：从 GEO 在线数据库获得在神经嵴细胞发生时差异表达明显的500个基因。通过 DAVID 和STRING数据库分析这些基因之间的关系。结果与结论：①从GEO数据获得的在神经嵴发生时差异表达的500个基经DAVID数据库分析后按照一定的共同属性富集在转化生长因子β信号通路、WNT信号通路、同源盒基因、神经嵴细胞分化、神经管发育等不同的“信号通路”、“分子功能”和“生物学过程”子集；②经 STRING 数据库分析后建立了DLX5、MSX2、SNAIL2、PAX7、SHH、SOX9、NOG、GSC、KAL1、骨形态发生蛋白5、成纤维细胞生长因子8和WNT3a等12个基因的分子网络图，这些基因通过共表达、拮抗、激活等彼此关联；③神经嵴细胞发生时许多基因参与了调控，这些基因间存在相互作用并形成网络，提示要从信号通路和分子网络上整体思考神经嵴发育障碍相关疾病的防治。
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骨关节炎基因差异谱的生物信息学分析
背景:骨关节炎对中老年人群的健康具有重要的威胁,其疾病发生发展受到多个基因的调控,但其具体机制尚未明确.目的:应用生物信息学方法研究骨关节炎的差异基因表达.方法:从GEO在线数据库中下载并分析获得在骨关节炎发生时关节滑膜组织中明显表达差异的158个基因.通过DAVID数据库对基因进行功能富集.通过STRING数据库分析蛋白质与蛋白质间相互作用关系.结果与结论:共筛选出158个差异基因,其中上调12个,下调146个.利用DAVID数据库对差异基因进行GO和KEGG Pathway分析显示,差异基因主要富集在破骨细胞分化的正性调节、细胞连接等功能以及MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路及ECM受体相互作用等信号通路.将差异基因进行蛋白质相互作用分析后筛选出网络的核心基因为VEGFA,JUN,PRKACA,PXN,SPTAN1,核心基因之间存在复杂的相互作用.结果证实,差异基因的相互作用可能与骨关节炎的发生有关,可为骨关节炎的诊疗提供新的靶点.
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多烯磷脂酰胆碱干预大鼠非酒精性脂肪肝细胞模型基因芯片组学分析
背景:随着信息技术的发展及与生物医学领域的互融,产生了大量基因组学、转录组学等相关的大数据,并通过生物信息学分析与计算机科学相结合的方法对这些数据进行分析,可研究多个基因之间的相互联系.多烯磷脂酰胆碱保护肝脏、改善脂肪代谢、干预非酒精性脂肪肝细胞的相关靶点及其作用机制尚未完全明确.目的:通过筛选mRNA(ClariomTMS Assay)芯片及miRNA芯片的显著差异性基因,预测microRNA相关靶基因,研究多烯磷脂酰胆碱改善肝细胞脂肪代谢的调控机制.方法:①提取多烯磷脂酰胆碱灌胃SD大鼠的含药血清;②培养BRL大鼠肝细胞,加含体积分数50％胎牛血清的培养基建立非酒精性脂肪肝细胞模型,24 h后模型组加入正常血清、多烯磷脂酰胆碱组加入多烯磷脂酰胆碱含药血清进行干预;③提取细胞总RNAs,采用Clariom S表达谱芯片及miRNA芯片检测细胞mRNA及miRNA的表达水平.运用生物信息学方法预测miRNA的靶基因,对脂肪代谢相关基因进行富集分析和通路分析.结果与结论:经筛选和预测得到5629个预测靶基因参与13种生物学过程,14种细胞成分,有11种分子作用,代谢途径、嘌呤代谢、类固醇生物合成路径被富集;rno-miR-21-5p、rno-miR-370-3p、rno-miR-542-3p为调控网络中心;IPA数据库共检出56个与实验有关的脂肪代谢基因.提示:多烯磷脂酰胆碱治疗非酒精性脂肪肝的机制可能与rno-miR-21-5p、rno-miR-370-3p、rno-miR-542-3p,代谢途径、嘌呤代谢、类固醇生物合成路径相关性较高.
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口腔鳞状细胞癌及癌旁正常组织基因表达谱芯片检测
背景：近年在整体水平上以高通量分子扫描手段为基础的基因组学、蛋白质组学以及计算机辅助设计等技术的整合及相互关联的“技术链”的应用已在乳腺癌、肺癌、胃癌、结肠癌、卵巢癌、黑色素瘤等的研究中取得了丰硕的成果，但关于口腔鳞状细胞癌的研究较少。目的：实验通过基因表达谱芯片检测口腔鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织的基因表达谱。方法：收集广东省口腔医院2013年手术切除的口腔鳞癌及癌旁正常组织各2例，采用Roche NimbleGen全基因组表达谱芯片进行口腔鳞癌及癌旁正常组织的基因表达谱检测。结果与结论：按差异基因筛选标准，从32448条检测基因中筛选出口腔鳞癌肿瘤组织的差异基因共有7872条，占筛选基因总数的24%；其中上调表达的基因有3800条，下调表达的有4072条。结果证实，通过基因表达谱芯片检测并根据表达差异1倍以上的筛选标准得到了7872个表达差异的基因。由此可见肿瘤的发生发展不是单个或几个基因的作用结果，以往实验往往针对某个或某几个基因的研究有很大的局限性。同时也说明了肿瘤的产生是多基因成网络相互调节作用的结果，而且这个网络的作用关系是非常复杂的。
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艰难梭菌细胞毒素B功能区的克隆及序列分析
目的 克隆艰难梭菌(Clostridium difficile,C.d)细胞毒素B羧基末端功能区(CDB3)基因,并对其进行测序及生物信息学分析.方法 利用PCR技术扩增CDB3基因,并将其定向插入pET-22b(+)载体中,以DNA自动分析仪进行序列测定,并以生物信息学软件分析其生物学特性.结果 成功克隆了艰难梭菌CDB3基因,经测序表明与GenBank中分布的Clostridium difficile VPI10463的ToxinB3基因序列完全一致.DNAstar软件预测其蛋白质的相对分子量(Mr)约为71.3 kD,并显示出良好的抗原性.结论 研究获得了序列正确的CDB3基因,为其重组表达及其相关研究奠定了良好基础.
关键词： 艰难梭菌 细胞毒素B功能区蛋白 序列分析 生物信息学分析 -
羊口疮病毒安徽株VIR基因克隆与生物信息学分析
目的 获取并分析ORFV AH-F10株VIR基因序列及预测其编码蛋白的生物信息学特点.方法 利用实验室保存的羊口疮AH-F10株,设计VIR基因引物并进行PCR扩增、克隆及序列测定,同时利用生物信息学方法对其编码的蛋白的理化性质、二级结构、三级结构、信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域以及线性细胞表位进行预测.结果 AH-F10-VIR基因长552 bp,编码183个氨基酸,与Nantou株的VIR基因同源性高,核苷酸同源性高达99.6％,氨基酸同源性为100.0％.生物信息学分析结果显示编码的蛋白相对分子量为19.88 kDa,等电点为4.83,为亲水性蛋白;α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和延伸链分别占36.07％、3.83％、43.17％和16.94％;三级结构预测显示VIR蛋白存在较多的α-螺旋与无规则卷曲,同二级结构预测结果相符;含有17个磷酸化位点,无信号肽和跨膜结构区域,有15个潜在的B细胞优势表位,4个CTL细胞表位以及5个Th细胞表位.结论 成功克隆了羊口疮安徽株VIR基因并预测了VIR蛋白的生物信息学相关信息,为进一步研究VIR蛋白奠定了基础.
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人肝细胞癌细胞DNA甲基化谱的检测及分析
目的 检测人肝细胞癌细胞的DNA甲基化谱,明确肝细胞癌细胞中差异甲基化位点和基因的表达分布情况,进一步探讨DNA异常甲基化与肝细胞癌发生发展的关系.方法 使用DNA甲基化芯片(Infinium Human Methylation 450K BeadChip)检测人肝细胞癌细胞Huh7和人永生化肝细胞L02的甲基化谱,并对检测结果进行生物学分析.结果 共检测到差异性甲基化位点102 254个,差异性甲基化基因26 511个,甲基化相关信号通路43个,其中57.3％的高甲基化CpG位点和39.4％的低甲基化CpG位点的甲基化差异程度≥50％,筛选后确定了3 222个显著高甲基化基因和2 204个显著低甲基化基因.结论 在Huh7和L02细胞中存在大量差异性甲基化CpG位点及基因,Huh7细胞中可检测到大量抑癌基因DNA的异常高甲基化,提示DNA异常甲基化与肝细胞癌的发生发展密切相关.
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人T细胞免疫球蛋白粘蛋白-4基因真核表达载体的构建和生物信息学分析
目的:构建人T细胞免疫球蛋白粘蛋白-4(TIM-4)基因的真核表达载体,用生物信息学分析了解TIM-4蛋白的特性.方法:采用Trizol法从人外周血单个核细胞提取总mRNA,逆转录合成cDNA,以此为模版,两步法RT-PCR扩增TIM-4,将其克隆至表达载体pcDNA3.1(+)中,构建FTIM-4质粒,通过PCR及测序进行鉴定.同时,我们构建pEGFP-N1-TIM-4真核表达载体,并测序鉴定其准确性;将pEGFP-N1-TIM-4质粒转染CHO细胞,用RT-PCR和荧光显微镜证实其表达.应用生物信息学初步分析TIM-4蛋白的物理化学性质、结构域和功能.结果:从逆转录的cDNA扩增出TIM-4;经PCR、酶切鉴定、测序分析表明扩增产物与GenBank提供的序列完全相同.真核表达载体pEGFP-N1-TIM-4在CHO细胞中稳定表达,表达蛋白主要位于细胞质和细胞膜上.生物信息学分析表明TIM-4蛋白为不稳定亲水性蛋白,有1个跨膜螺旋结构,含约10.32%的α-螺旋,29.89%的延伸链,59.79%的不规则卷曲,有1段由24个氨基酸组成的信号肽.亚细胞主要定位于细胞质、细胞核、分泌系统的小囊泡、线粒体、内质网、高尔基体上.功能分析预测该蛋白具有受体和信号转导功能.结论:成功构建TIM-4基因真核表达载体,利用生物信息学分析洞察了TIM-4蛋白的性质,为进一步研究该基因的免疫调节机制奠定了基础.
关键词： T细胞免疫球蛋白粘蛋白-4基因 生物信息学分析 克隆 -
幽门螺杆菌外膜蛋白hopX基因克隆表达及生物信息学分析
目的:构建幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, Hp) hopX 外膜蛋白编码基因的重组质粒,并进行生物信息学分析,探索筛选 Hp 疫苗的新途径.方法:应用 PCR 技术从 Hp 基因组扩增 hopX 外膜蛋白编码基因片段,TA 克隆后测序分析,用信息学软件分析其物理化学特性,并构建表达载体 hopX-pQE30 转化E.coli M15, IPTG 诱导表达, SDS-PAGE及Western blot 鉴定表达蛋白.结果:测序分析表明 hopX 基因全长为1 284 bp,与GeneBank 公布的其他Hp菌株的基因序列同源性为 96%～97%,氨基酸同源性为97%～99%,软件预测显示有多个明显的具有抗原活性的结构域.SDS-PAGE 检测表明,47 kD处有一新生的蛋白带,Western blot 检测重组蛋白具有良好的抗原活性.结论:首次获得HpNCTC11637菌株hopX基因,其表达产物为外膜蛋白生物学功能和疫苗的研究奠定了基础.
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EGFRvⅢ蛋白的生物信息学分析及其在HEK293T细胞中的表达
目的 对表皮生长因子受体Ⅲ(epithelial growth factor receptor variantⅢ,EGFRvⅢ)突变蛋白进行生物信息学分析,并构建表达该突变蛋白的HEK293T细胞系.方法 根据NCBI公布的EGFR外显子序列,拼接成EGFRvⅢ编码基因,运用Protparam、ProtScale、SignalP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0、SOPMA、SWISS-MODEL和SMART软件对其编码的氨基酸序列进行生物信息学分析.设计融合PCR引物,克隆EGFRvⅢ基因,并连接到真核表达载体pEGFP-N1上,转染HEK293T细胞,Western blot法检测EGFRvⅢ-EGFP的表达.结果 EGFRvⅢ蛋白含943个氨基酸,预测相对分子质量约为104 335;理论等电点为6.22;平均亲水性系数为-0.306,亲水性氨基酸占63.6％,疏水性氨基酸占36.4％.EGFRvⅢ蛋白N-端1～24个氨基酸序列为信号肽序列,是一个细胞质膜定位的单次跨膜蛋白.二级结构预测显示,EGFRvⅢ蛋白主要由α螺旋和无规则卷曲组成,三级结构预测与二级结构预测结果一致.结构域预测显示,胞内酪氨酸激酶结构域完整,胞外受体结构域受损.融合PCR克隆出EGFRvⅢ编码基因,并在HEK293T细胞中表达出目的蛋白EGFRvⅢ-EGFP.结论 成功获得表达EGFRvⅢ蛋白的HEK293T细胞系,为开展肿瘤浸润淋巴细胞免疫治疗或T细胞受体的研究奠定了基础.
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小反刍兽疫病毒N蛋白的原核表达及其生物信息学分析
目的 原核表达小反刍兽疫病毒(peste-des-petits ruminants virus,PPRV)N基因,评价其抗原性,并进行生物信息学分析.方法 参照GenBank中登录的PPRV(Nigeria/75/1)N基因序列,人工合成该基因,克隆至原核表达载体pET-30a(+),IPTG诱导N基因原核表达,表达产物进行SDS-PAGE及Western blot分析.运用Expasy Protparam和SOPMA软件对PPRV N基因编码的氨基酸序列进行生物信息学分析.结果 成功表达了PPRV N基因,其融合蛋白相对分子质量约64400,主要以包涵体形式存在,并可被PPRV羊免疫血清特异性识别.PPRV N蛋白含524个氨基酸,相对分子质量约57 900,亲水性氨基酸占57.63％,疏水性氨基酸占42.17％,碱性氨基酸占12.21％,酸性氨基酸占14.12％,等电点理论值为5.11;亲水性平均系数为-0.296,不稳定系数为48.20;二级结构存在242个α螺旋(占46.18％),42个β转角(占8.02％),164个无规则卷曲(占31.3％),76个延伸链(占14.50％).结论 原核表达的PPRV N蛋白具有良好的特异性和抗原性,为单克隆抗体的制备及快速诊断方法的建立提供了参考.
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奶牛miR-124a靶基因预测及生物信息学分析
目的 预测奶牛miR-124a(bta-miR-124a)的靶基因,并对其生物学功能、调控机制以及参与的信号转导通路进行富集分析,为bta-miR-124a调控乳品质代谢的功能验证研究提供理论依据.方法 利用miRBase、miRWalk和Targetscan等在线数据分析系统,获得bta-miR-124a的前体及成熟区序列,同时预测其候选靶基因并取交集,进而对筛选获得的候选靶基因进行GO功能注释及信号通路富集分析.结果 bta-miR-124a序列在各物种间高度保守,其候选靶基因主要富集在生物调控、细胞生长、代谢等生物学过程中.KEGG信号通路显示,在癌症、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMP-activated protein,AMPK)、环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)信号转导、脂肪酸降解、脂肪酸生物合成等信号通路中,候选靶基因均被富集.结论 bta-miR-124a的候选靶基因在癌症发生、AMPK信号转导、脂肪酸代谢中发挥重要作用.其中,脂肪酸代谢是bta-miR-124a可能参与的主要代谢调控通路.为后期bta-miR-124a在奶牛乳腺组织中调控乳脂代谢的功能机制的研究提供参考.
