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黄芩查耳酮异构酶基因的克隆和生物信息学分析
目的 从黄芩愈伤组织中克隆查耳酮异构酶(CHI)基因,并对其进行生物信息学分析.方法 从黄芩愈伤组织中提取RNA,反转录为cDNA,设计特异性引物,克隆得到黄芩查耳酮异构酶(sbCHI)基因.通过生物信息学对该基因蛋白的特征进行分析,使用MEGA5.1构建sbCHI与相关物种查耳酮异构酶基因的系统进化树.结果 获得sbCHI基因(GeneBank 登录号KP064512)全长648 bp,含有1个完整的开放阅读框,编码215个氨基酸.为不稳定亲水性蛋白,sbCHI编码蛋白相对分子质量为22 980,等电点(pI)为5.09,不含信号肽,无跨膜区,具有1个查耳酮超级家族的保守结构域.二级结构中α-螺旋(alpha helix)占37.21％、β-延伸(β-extended)占23.25％、无规则卷曲(random coil)占39.54％.同源性分析显示,sbCHI基因与黄芩(ADQ13184.1)核苷酸序列相似性为99.69％、氨基酸序列相似性为99.07％,仅在第31、160位不同.结论 成功从黄芩愈伤组织中克隆得到sbCHI,为进一步鉴定sbCHI基因的功能及黄芩苷的合成生物学研究提供基础.
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多穗柯查耳酮异构酶基因的克隆与序列分析
目的 克隆多穗柯的查耳酮异构酶(chalcone isomerase,CHI)基因,并了解其表达情况.方法 根据转录组测序结果,利用PCR扩增技术获取多穗柯CHI基因的cDNA全长,并对其进行生物信息学分析,采用qRT-PCR法检测CHI基因在多穗柯不同器官的表达量.结果 多穗柯CHI基因的cDNA全长为772 bp,开放阅读框长为696bp,编码231个氨基酸的蛋白.该蛋白不存在跨膜区域,定位于细胞质中.多穗柯CHI基因在不同部位均有表达,叶片的表达量高,是根部低量的9.75倍.结论 首次克隆获得多穗柯的CHI基因,明确该基因属于CHIⅡ型.且多穗柯CHI基因在各器官中的表达量具有显著差异.
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红花查尔酮异构酶基因的克隆分析表达及HSYA动态累积关系
目的:克隆红花中查耳酮异构酶(Chalcone-flavonone isomerase,CHI)基因,进行生物信息学分析、开花1～7d CHI表达量及羟基红花黄色素A(hydroxysafflor yellow A,HSYA)含量分析,为红花中CHI功能验证、黄酮类成分合成及调控机制研究提供基础.方法:克隆CHI序列,通过生物信息学预测CHI特性,使用Real-time PCR检测红花开花1～7 d CHI的相对表达量,HPLC检测HSYA动态累积的百分含量,并进行关联分析.结果:克隆获得红花CHI序列全长,检测得到红花开花1 ～7 d CHI的相对表达量及HSYA动态累积的百分含量.CHI表达量及HSYA动态累积百分含量呈现相似的变化趋势:均在1～4 d逐渐升高,在第4天达到高峰,第5～7天急剧降低.结论:此研究可为红花中CHI功能验证、黄酮类成分合成及调控机制研究提供基础.
