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昆明地区妊娠糖尿病孕妇网膜下脂肪的全基因组甲基化差异研究
目的 本研究应用甲基化芯片技术研究妊娠糖尿病网膜下脂肪与正常对照组的全基因组甲基化差异,提供妊娠期糖尿病网膜下脂肪全基因组范围内的甲基化差异数据背景,为寻找妊娠糖尿病网膜脂肪基因表达差异原因提供线索.方法 收集3例通过OGTT实验确诊但未经过治疗的妊娠期糖尿病患者和同期3例年龄,孕次产次,孕前BMI与之无差异的健康对照者网膜下脂肪组织,提取总RNA后,采用Illumina Methylation BeadChipchip芯片进行检测,并进行基因甲基化结果进行比较,寻找具有甲基化差异的基因.结果 结果发现两研究组中网膜下脂肪的全基因组DNA甲基化存在差异.妊娠糖尿病组中总共有1298个基因发生了低甲基化,1570个基因发生了高甲基化.这些基因参与了细胞骨架构建,细胞凋亡调控,细胞核内信号转导,糖和脂代谢,炎症反应等.进一步数据分析发现,两组样本在miRNA启动区上位点甲基化变化水平不一致的基因有3个,包括:PSORS1C1,PCDHB13和DKFZp686A1627.在同一CpG岛区域位点甲基化变化水平不一致的基因有7个,在miRNA区域具有甲基化差异的基因有13个.结论 正常对照组与GDM组中基因的甲基化位点和水平存在显著差异,这可能与该基因在组织中表达的蛋白水平在两组中的差异表达密切相关.是否甲基化的差异是导致相应基因表达水平差异的原因还需要深入的研究.未来需要进一步弄清DNA甲基化在网膜下脂肪中对基因表达目标蛋白的调控作用,为妊娠糖尿病的治疗和预防提供线索.
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应用改良甲基化间区位点扩增(AIMS)技术对人类全基因组CpG岛甲基化谱的分析
目的进行人类全基因组CpG岛甲基化谱分析.方法采用改良甲基化间区位点扩增(AIMS)技术,以甲基化敏感和甲基化不敏感的3组同裂酶进行分析.分析6%、8%、10% 3种变性测序胶对于分析人类甲基化谱电泳条带的影响,3种酶切组合的分析效果以及进行放射自显影和分子成像系统分析的对比.结果得到具有个体差异的人类基因组CpG岛甲基化图谱,为后续研究奠定了基础.6%变性测序胶所得电泳条带的分辨率和条带范围明显优于8%和10%变性测序胶.3种酶切组合均可以很好地进行AIMS分析.放射自显影和Personal Molecular Imager FX分子成像系统两种方法相辅相成.结论改良AIMS技术是一种甲基化高通量分析方法,具有简单、特异、易操作的特点.所选3组内切酶组合可以较全面的覆盖人类CpG岛,使分析结果更加准确,且所需的基因组量少,可满足临床微量标本检测的需要.
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人肝细胞癌细胞DNA甲基化谱的检测及分析
目的 检测人肝细胞癌细胞的DNA甲基化谱,明确肝细胞癌细胞中差异甲基化位点和基因的表达分布情况,进一步探讨DNA异常甲基化与肝细胞癌发生发展的关系.方法 使用DNA甲基化芯片(Infinium Human Methylation 450K BeadChip)检测人肝细胞癌细胞Huh7和人永生化肝细胞L02的甲基化谱,并对检测结果进行生物学分析.结果 共检测到差异性甲基化位点102 254个,差异性甲基化基因26 511个,甲基化相关信号通路43个,其中57.3％的高甲基化CpG位点和39.4％的低甲基化CpG位点的甲基化差异程度≥50％,筛选后确定了3 222个显著高甲基化基因和2 204个显著低甲基化基因.结论 在Huh7和L02细胞中存在大量差异性甲基化CpG位点及基因,Huh7细胞中可检测到大量抑癌基因DNA的异常高甲基化,提示DNA异常甲基化与肝细胞癌的发生发展密切相关.
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早期鼻咽癌基因甲基化谱的初步构建
[目的]分析早期鼻咽癌的基因甲基化状态,初步构建早期鼻咽癌的基因甲基化谱.[方法]收集Ⅰ期(T1N0M0)鼻咽癌石蜡标本及炎性增生性鼻咽组织各4例,分别提取DNA,富集两组样品基因组甲基化片段后采用甲基化芯片(NimbleGen)对两组标本进行高通量测序分析,对杂交信号进行扫描及初步数据处理,分析并筛选出两组标本的差异甲基化基因.[结果]4例鼻咽癌石蜡标本中均出现甲基化的基因数目为1 134个,而4例炎性增生性鼻咽组织中均出现甲基化的基因有2 091个,4例鼻咽癌标本全部发生甲基化但4例炎性增生性鼻咽组织全未发生甲基化的基因有218个,提示此218个基因可能为早期鼻咽癌患者的甲基化基因谱.另外,4例鼻咽癌标本全未发生甲基化而4例炎性增生性鼻咽组织全部发生甲基化的基因数目为1 558个.[结论]本研究初步构建了早期鼻咽癌的基因甲基化谱,为进一步建立更为精确的甲基化谱奠定了基础,同时也为寻找鼻咽癌新的分子标志物提供了可能.
