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HER2高表达胃癌细胞中miR-4728-3p表达及生物信息学分析
目的 探讨HER2高表达的胃癌细胞中miR-4728-3p表达状况及其调控靶基因所涉及的信号通路,旨在初步分析miR-4728-3p在胃癌中的作用机制及其与HER2的相关性.方法 首先采用Real-time PCR技术检测胃癌细胞株NCI-N87中miR-4728-3p及HER2 mRNA,然后通过miRanda、DIANA-microT、Targetscan和Targetmine软件预测miR-4728可能的靶基因,并通过DAVID数据库进行靶基因功能富集分析及信号转导通路富集分析.结果 miR-4728-3p及HER2 mRNA在胃癌细胞中均高表达,二者呈正相关(r=0.990,P=0.000).miR-4728-3p预测靶基因共有54个,靶基因功能主要富集于转录活性调节(P=0.014)、DNA结合(P=0.019)及蛋白质磷酸化氨基酸结合(P=0.036)等分子功能,RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控(P=0.001)、转录调控(P=0.003)及细胞内信号级联(P=0.021)等生物学过程以及轴突部分(P=0.008)等细胞组分上;信号转导通路则主要富集于肿瘤通路(P=0.013)和卵母细胞减数分裂通路(P=0.041).结论 miR-4728-3p在HER2高表达的胃癌细胞中表达上调,二者表达呈正相关;生物信息学分析提示miR-4728-3p通过调控其靶基因参与胃癌的发生发展.
关键词： HER2高表达 胃癌细胞 miR-4728-3p 生物信息学分析 -
三棱内酯B调控人冠状动脉内皮细胞基因表达谱的生物信息学分析
目的:分析三棱内酯B在人冠状动脉内皮细胞中的表达谱数据集,寻找三棱内酯B调控血管内皮功能的关键作用靶点.方法:基于GEO公共数据库,下载原始表达谱数据集(GSE44598),经过差异基因筛选,功能注释,通路富集,信号通路网络以及基因互作网络分析,找出三棱内酯B对人冠状动脉内皮细胞基因表达谱产生影响的关键基因和信号通路.结果:同对照组相比,三棱内酯B给药组共有5224个基因有显著性差异,包括2628个上调基因和2596个下调基因.基因功能注释和信号通路富集分析表明,差异基因主要参与了细胞周期过程.网络分析显示,MAPK信号通路、细胞周期通路以及PLCG2,PRKACA和ADCY4等为关键信号通路和基因.结论:三棱内酯B通过影响PLCG2,PRKACA,ADCY4等基因的表达,参与MAPK和细胞周期等信号通路,从而调节人冠状内皮细胞的功能.这些关键基因和信号通路是三棱内酯B在心血管疾病治疗应用中潜在的作用靶点.
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八氢番茄红素合成酶(PSY)的生物信息学分析
目的:通过生物信息学方法对八氢番茄红素合成酶基因(PSY)及氨基酸序列分析,并构建三维结构.方法:运用生物信息学方法对八氢番茄红素合成酶基因及其蛋白质序列的理化性质、亲/疏水性、信号肽、跨膜结构域、糖基化位点,磷酸化位点,二级结构,功能结构域和三级结构进行预测分析.结果:PSY基因含1239bp的开放阅读框,编码氨基酸数为412,为碱性不稳定蛋白;八氢番茄红素合成酶富含Arg、Leu、Ala、Ser、Val等氨基酸,为亲水性蛋白质;PSY为非跨膜蛋白,不合信号肽,具有多个磷酸化位点,α螺旋和无规卷曲是其主要结构元件.结论:用同源建模的方法构建其三维结构,得到合理模型,为采用生物工程提高番茄红素产量提供理论依据.
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抗癌新药NSC319726对卵巢癌基因表达影响的研究
目的：研究抗癌新药NSC319726对卵巢癌基因表达的影响。方法下载GEO数据库，研究NSC319726对卵巢癌细胞系TOV112 D影响的数据，进行生物信息学分析。结果 NSC319726上调卵巢癌细胞246个基因、下调198个基因；上调基因包括MMP3与CXCR4等，下调基因包括PBX1等。 GO分析中，我们发现6个GO条目与物质代谢有关。 Pathway分析发现，NSC319726可以影响生物钟及MMP信号通路相关基因。结论抗癌新药NSC319726可影响卵巢癌细胞系中多个功能基因的表达，因此它可能是前体B细胞急性淋巴细胞白血病潜在的治疗药物。但需要注意的是， NSC319726也可能对肿瘤转移、人体睡眠产生不利影响，故临床运用前有待更多研究。
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浙贝母肌动蛋白基因的克隆及生物信息学分析
目的 克隆浙贝母Fritillaria thunbergii Miq.肌动蛋白(Actin)基因,并进行生物信息学分析.方法 提取浙贝母根、茎、叶、花、鳞茎总RNA,设计合成简并引物.以叶片总RNA为模板,通过RT-PCR和Ta克隆技术克隆Actin基因保守区序列片段.以该基因为内参基因,对3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因进行组织特异性表达分析.结果 经RT-PCR扩增和Ta克隆,得到1段基因序列(463 bp).浙贝母Actin基因与岷江百合、郁金香、虎眼万年青、铁皮石斛、柿子、光皮桦、玉米相似度较高(84％～98％),其氨基酸序列与阿帝露茅膏菜、甘蓝型油菜、香草兰、岷江百合、麻疯树、枸杞、红海榄的同源性均在89％以上,并且其Actin蛋白与百脉根、岷江百合、郁金香亲缘关系较近.HMGR基因在该植物各部位表达有显著差异,依次为鳞茎＞花＞叶＞茎＞根.结论 首次从浙贝母中克隆出Actin基因(命名为FtActin),可为其有效利用奠定基础.
关键词： 浙贝母 肌动蛋白(Actin)基因 克隆 生物信息学分析 -
OY-TES-1在肿瘤组织中的表达及生物信息学分析
目的:了解OY-TES-1mRNA及其蛋白在肿瘤组织中的表达情况,初步探讨其结构与功能.方法:利用定量PCR和免疫组织化学技术检测肿瘤组织中OY-TES-1的表达,结合生物信息学技术分析其结构和功能.结果:肿瘤与瘤旁组织中目的基因mRNA的表达频率分别为61.95%和59.57%,其中肝细胞癌72.97%、脑膜瘤55.56%、胶质瘤57.50%,肿瘤组织中该基因mRNA的表达量明显高于瘤旁组织.目的蛋白在胃癌的阳性率为25.00%,肝细胞癌40.00%,结肠癌46.67%,而瘤旁组织与肺癌均为阴性反应.生物信息学分析提示目的蛋白富含螺旋结构,具有一个信号肽、多种修饰位点及sp32结构域,存在较多T、 B细胞表位且主要位于目的蛋白的羧基端.结论:OY-TES-1mRNA及其蛋白均可在肿瘤组织中表达,生物信息学分析结果提示该蛋白功能的多样性.
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家蚕过敏原CSP5克隆表达、纯化鉴定及分析
克隆家蚕过敏原CSP5(chemosensory protein 5 precursor)基因,表达、纯化该蛋白,鉴定其免疫活性,并进行生物信息学分析.人工合成家蚕化学感受蛋白5前体CSP5基因,将其连接至pMD18-T克隆载体,用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达后进行纯化,用western blotting和ELISA鉴定其免疫学特性,并采用生物信息学方法预测CSP5蛋白的理化性质、三级结构、潜在B细胞抗原表位.本研究成功克隆了纯度较高的重组CSP5蛋白,测序鉴定蛋白分子质量约为14.25 kD.重组过敏原CSP5能与家蚕过敏患者血清IgE发生特异性结合.生物信息学方法推导其潜在B细胞抗原表位为17～22、35～36、51～55、70～74、106～ 110、112～115.获得的重组蛋白CSP5具有与天然蛋白相似的免疫学活性,为以标准化抗原作为临床特异性诊断和治疗以及由家蚕引起的过敏性疾病的进一步研究奠定了基础.
关键词： 家蚕 CSP5蛋白 表达纯化 Western blotting 生物信息学分析 -
基于NCBI基因表达综合数据库筛查胃癌关键基因和信号通路的分析
目的 利用生物信息学方法筛选胃癌相关的关键基因以及参与的信号通路,初步探索胃癌发生、发展的相关指标.方法 以美国国立生物技术信息中心(NCBI)基因表达综合数据库(GEO)的胃癌相关芯片数据,利用GEO2R分析平台筛选出胃癌组织和对照组织表达有显著差异的基因.对这些差异基因进行基因本体(GO)生物过程分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析.利用卡普兰—迈尔—绘图仪(KM-Plotter)分析关键基因对胃癌患者生存时间的影响.结果 在3个胃癌数据集中共筛选出1480个差异基因,其中上调基因879个,下调基因601个.对表达有差异的基因进行信号通路和生物功能分析,鉴定发现主要集中于细胞色素P450家族、葡萄糖醛酸转移酶家族等基因簇.进一步分析这些关键基因,新发现ALDH3A1、NEUROD1等基因与胃癌的发生、发展密切相关.根据这些关键基因表达水平的高低对胃癌患者进行分组,2个组患者生存时间差异有统计学意义(P<0.05).结论 建立的整合基因组学分析方法筛选出了新的胃癌发生、发展关键基因,该方法为胃癌研究提供了有价值的信息,为进一步的功能研究提供了依据.
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基于RNA测序研究过表达AJUBA对T47D基因表达谱的影响
目的 探究AJUBA基因对于雌激素受体阳性乳腺癌细胞T47D基因表达的影响.方法 构建AJUBA 稳定过表达的T47D细胞系.载体对照组和实验组分别提取RNA进行转录组测序技术(RNA-seq)测序,将所得序列映射到人类基因组并进行转录组重建,样本标准化后寻找实验组和对照组之间的差异基因,利用生物信息学方法进一步对所得的差异基因进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集性分析,同时挑选部分基因用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行基因表达验证.结果 实验组与对照组细胞相比共找到568个差异基因,其中上调基因239个,下调基因329个.GO分析中,注释到分子功能、生物学过程和细胞组成的上调差异基因分别有3、23、8个;下调差异基因分别有21、35、9个.KEGG分析中上调基因显著富集通路有2个,下调基因显著富集通路有4个.结论 AJUBA过表达可以影响T47D细胞的一系列生物学过程相关的多条信号通路,可能在乳腺癌发生、发展中起重要作用.
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细粒棘球蚴原头节mRNA测序及生物信息学初步分析
目的 利用RNA-seq技术对细粒棘球蚴原头节的转录组进行测序并对测序数据进行生物信息学分析,以揭示细粒棘球蚴原头节mRNA所包含的信息. 方法 用Trizol法提取原头节总RNA,分离mRNA,利用Illumina公司的HiSeq2000高通量测序仪对mRNA序列进行测序.参考英国桑格研究院(Wellcome Trust Sanger Institute)公布的细粒棘球绦虫基因组数据,对测序数据进行拼接组装,将获得的unigene与非冗余的蛋白序列数据库(non-redundant,Nr)、全球蛋白资源数据库(universal protein,UniProt)、基因本体数据库(gene ontology,GO)以及日本京都基因和基因组百科全书通路数据库(the kyotoencyclopedia of genes and genomes pathway,KEGG pathway)进行比对,获得该unigene的蛋白功能注释信息. 结果 测序后共获得132 007 609条读段(reads),经过组装共形成91 342条unigene,平均长度为419 bp.通过GO分类注释,共有36 552个unigene获得了注释信息,分别归入到了生物学过程、分子功能、细胞组分3大类共计48个功能组.通过KEGG pathway的注释,有6 664条unigene注释到了KEGG上,参与了6大类生物过程中34个小类的代谢,共有227个代谢通路. 结论 获得了细粒棘球蚴原头节转录组相关信息,为棘球蚴病的后续研究提供了研究数据,积累了研究资料.
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田鼠巴贝虫可溶性虫体蛋白的质谱鉴定及生物信息学分析
目的 利用蛋白质组学及生物信息学方法对田鼠巴贝虫可溶性虫体蛋白进行分析. 方法 取田鼠巴贝虫阳性全血腹腔接种BALB/c小鼠,构建感染小鼠模型.取感染高峰期小鼠染虫血分离红细胞,Percoll密度梯度离心法富集田鼠巴贝虫虫体,冻融及超声法获得可溶性虫体蛋白.十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)鉴定虫体蛋白相对分子质量分布,将含有可溶性虫体蛋白的凝胶按相对分子质量分为2个样品,采用电喷雾质谱鉴定法进行质谱鉴定.采集质谱鉴定数据,搜索Uniprot KB数据库中的巴贝虫、田鼠巴贝虫RI株和恶性疟原虫蛋白数据库.将鉴定到的蛋白与NCBI nr数据库中的蛋白序列进行比对,利用Blast2GO(Version 2.8.0)中的Mapping功能对所有定量到的蛋白比对序列所关联的GO功能条目进行提取,用GO注释将鉴定到的虫体蛋白进行生物过程、分子功能和细胞组分分析.利用KAAS将目标蛋白序列与KEGG GENES数据库中的巴贝虫蛋白序列进行比对,通过同源/相似蛋白的KO号注释到相关KEGG通路上. 结果 Percoll梯度离心法获得富集后的田鼠巴贝虫虫体,通过冻融及超声法获得可溶性虫体蛋白,经SDS-PAGE鉴定发现有5条主带及7条次带.经质谱鉴定并与巴贝虫、田鼠巴贝虫RI株和恶性疟原虫蛋白数据库比对,分别鉴定到757、600和138个蛋白,其中独特肽段为2及以上的蛋白分别为368、375和12个.进一步分析发现,独特肽段数较多的蛋白为表面抗原或分泌抗原类蛋白、蛋白酶类、热休克家族蛋白及棒状体相关蛋白等.生物信息学分析,田鼠巴贝虫可溶性虫体蛋白按参与的生物过程共获得876条注释,按分子功能共获得219条注释,按细胞组分结果显示,共获得146条注释.通过同源/相似蛋白的KEGG注释,共提取到与可溶性虫体蛋白序列相关的172条KEGG信号/代谢通路. 结论 利用质谱鉴定及生物信息学方法分析田鼠巴贝虫可溶性虫体蛋白主要含有分泌蛋白、蛋白酶类和HSP家族成员蛋白.
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蓝氏贾第鞭毛虫α-8贾第素特异性优势抗原表位肽的抗原性分析
目的 筛选蓝氏贾第鞭毛虫(简称贾第虫,Giardia lamblia)α-8贾第素(α-8 giardin)的优势抗原表位肽,并分析其抗原性. 方法 采用DNAstar、Biosun软件及CLUSTAL W软件进行生物信息学分析,筛选出贾第虫o-8 giardin的3个优势抗原表位肽,即G1 (7～17 aa)、G2 (30～40 aa)和G3(296～306 aa);3个抗原表位肽分别与钥孔血蓝蛋白(KLH)偶联后(KLH-G1、KLH-G2、KLH-G3)免疫雌性青紫蓝家兔(每组2只),分别行背部皮下多点(8～10点)免疫注射,首次免疫各偶联蛋白0.5 mg/只(每点100μl).分别于首次免疫后14、21、28 d进行加强免疫(各偶联蛋白0.2 mg/只),于每次免疫前进行兔耳缘静脉采血,末次加强免疫后7d颈动脉取血(各50 ml).用间接ELISA检测3种(KLH-G1、KLH-G2和KLH-G3)免疫抗血清中IgG抗体效价;蛋白质印迹(Western blotting)分析3种免疫抗血清与重组蛋白rGiardin的抗原性. 结果 利用生物信息学相关软件筛选出的贾第虫α-8giaMin 3个候选抗原表位肽分别与KLH偶联后获得3个偶联蛋白(KLH-G1、KLH-G2、KLH-G3),经纯化后蛋白浓度分别为0.66、0.95和0.25 mg/ml.分别于加强免疫家兔后7d,ELISA检测结果显示,3种(KLH-G1、KLH-G2、KLH-G3)免疫抗血清的抗体效价分别为1∶12800,1∶51200,1∶51200;SDS-PAGE分析结果显示,经纯化后的3种抗血清均在相对分子质量(Mr)约36 000处出现特异性的清晰条带,无其它杂带.West-ern blotting分析结果显示,3种抗血清均可特异性识别重组蛋白rGiardin. 结论 筛选出的贾第虫α-8 giardin 3个优势抗原表位肽与KLH偶联后免疫家兔,可诱导产生特异性IgG抗体;3种免疫抗血清中的特异性IgG抗体均可识别重组蛋白rGiardin;3个贾第虫o-8 giardin抗原表位肽均有较好的抗原性.
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刚地弓形虫尿苷磷酸化酶的克隆、表达与免疫反应性检测
目的 预测刚地弓形虫尿苷磷酸化酶(uridine phosphorylase,TgUPase)基因编码蛋白的主要特性和抗原表位,克隆、表达TgUPase基因,并检测其免疫反应性. 方法 采用生物信息学在线分析程序和软件预测TgU-Pase蛋白的理化性质和抗原表位.提取RH株弓形虫速殖子总RNA.根据TgUPase基因全长编码序列(GenBank登录号为DQ385446.1)的开放阅读框设计引物,并用RT-PCR扩增,扩增产物经双酶切后连接人pET-30a(+)载体.用重组质粒转化大肠埃希菌(E coli) DH5αt,阳性菌落经PCR、双酶切和测序鉴定.将重组质粒pET-30a (+)-TgUPase转化至E coli BL21(DE3),并加入异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达.十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)结合考马斯亮蓝染色检测表达产物,分别以抗His标签抗体和人抗弓形虫血清为一抗,蛋白质印迹(Western blotting)分析重组蛋白及其免疫反应性. 结果 生物信息学预测结果显示,TgUPase蛋白由303个氨基酸组成,相对分子质量(Mr)为33 042.9,为可溶性蛋白,有3个潜在的T/B细胞联合抗原表位.RT-PCR扩增产物约为921 bp.菌落PCR、双酶切以及测序结果表明,重组质粒pET-30a (+)-TgUPase构建成功.SDS-PAGE结果表明,经IPTG诱导获得约Mr 38000的可溶性重组蛋白(带His标签).Western blotting结果显示,重组蛋白能被His标签抗体和人抗弓形虫血清识别.结论 成功构建了重组质粒pET-30a(+)-TgUPase,获得刚地弓形虫重组尿苷磷酸化酶,且重组蛋白具有免疫反应性.
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刚地弓形虫ROP11基因的克隆及生物信息学分析
提取刚地弓形虫(Toxoplasma gondii) RH株速殖子总RNA,根据棒状体蛋白11(ROP11)全长编码序列(登录号为DQ077905)的开放阅读框设计引物并进行逆转录PCR (RT-PCR)扩增,PCR产物经EcoR Ⅰ和NotⅠ酶切后与原核表达载体pGEX-6P-2连接,重组质粒转化大肠埃希菌(E coli) XL-Blue,阳性菌落经PCR和双酶切鉴定,并测序.对所得序列进行生物信息学分析.结果显示,RT-PCR扩增产物约为1 500 bp.菌落PCR及双酶切结果正确.测序结果显示,获得的ROP11基因片段为1 548 bp(登录号为KC456639),与GenBank上已有的弓形虫ROP11序列相比,序列一致性为99％.生物信息学分析发现,ROP11编码蛋白质的预期相对分子质量为Mr 57 020,包括有12个保守结构区域,其前26个氨基酸残基构成信号肽,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶催化区域位于170～511氨基酸,且有2个潜在的N-糖基化位点.
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hsa-miR-1908上游启动子区的生物信息学分析
目的：利用各种生物信息学工具预测hsa-miR-1908上游启动子功能，以进一步研究其在人脂肪细胞中的转录调控机制。方法应用Ensemble数据库获取hsa-miR-1908上游启动子序列，利用多种在线相关软件预测出甲基化部位和转录因子结合部位。结果获取hsa-miR-1908上游启动子序列全长1458 bp。miR-1908启动子序列中CpG岛位于（438～756）bp、（836～937）bp、（979～1374）bp处，CpG岛的存在会抑制miR-1908启动子的转录。miR-1908有15个转录因子的结合位点。结论 miRNA启动子相关生物信息学的研究，提高对启动子的研究效率，为进一步研究miR-1908的转录调控机制提供了重要的信息。
关键词： miR-1908启动子区 生物信息学分析 转录因子结合部位 -
基于生物信息学分析的食管鳞状细胞癌关键枢纽基因的筛选及验证
目的:采用多种生物信息学分析工具,筛选与食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)发生发展相关的枢纽基因(Hub gene),并分析其生物学功能.方法:选取GEO食管鳞状细胞癌芯片数据GSE 100942为研究对象,采用GEO2R软件对数据进行处理和分析,筛选差异表达基因,并通过生物信息学工具DAVID、String、Cytoscape构建差异表达基因的蛋白互作网络并筛选Hub基因;应用GO及KEGG进行生物功能富集分析;同时通过网络工具MiRDB寻找可能调控Hub基因的miRNA,并构建Hub基因-miRNA调控网络;利用GEPIA在线分析工具对筛选基因的表达和患者生存情况进行验证.结果:分析GSE100942芯片数据共筛选出1229个表达差异达2倍以上及223个表达差异达4倍以上的差异基因,以及在食管癌组织中表达均上调的20个Hub基因;功能富集分析显示这些差异基因主要富集到了癌症相关通路,并主要参与了细胞分裂及有丝核分裂等生物学过程;从Hub基因进一步鉴定了DLGAP5、BUB1B、TPX2、TTK、CDC20、CCNB2、AURKA、DEPDC1为食管鳞状细胞癌相关的8个关键Hub基因,他们参与了细胞增殖、细胞周期、信号通路等重要生物学过程.通过构建的miRNA调控网络分析,鉴定了CEP55、ECT2、NEK2、DEPDC1及NUSAP1等5个Hub基因受该网络高度调控.结论:基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析与食管鳞状细胞癌发生发展相关的差异表达基因,筛选出的20个Hub基因和其中的8个关键基因可为进一步研究食管鳞状细胞癌发病的分子机制及分子标志物的筛选提供理论指导.
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mGM-CSF-GnRH3与mGM-CSF-GRP6融合蛋白体外抗肿瘤作用及生物信息学预测
目的:制备鼠源粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(mouse granulocyte-macrophage colony stimulating factor,mGM-CSF)与促性腺激素释放激素(gonadotropin releasing hormone,GnRH)的融合蛋白mGM-CSF-GnRH3 (mGGn)和mGM-CSF与胃泌素释放肽(gastrin-releasing peptide,GRP)的融合蛋白mGM-CSF-GRP6(mG6),探讨这两种融合蛋白在体外对黑色素瘤B16F10细胞的抑制效果,并对其等电点、相对分子质量、疏水性、稳定性、亚细胞定位、信号肽、空间结构、潜在抗原表位等进行初步预测.方法:mGGn与mG6融合蛋白制备成功后,通过显微观察、划痕实验、CCK-8法、流式细胞术分别检测不同浓度蛋白对B16F10细胞形态、细胞迁移、细胞增殖、细胞周期的影响,利用蛋白质在线分析系统EXPASY、GOR4、SWISS MODEL对重组融合蛋白进行基本属性、二三级结构分析预测,运用IEDB和ABCpred软件综合预测其B细胞抗原表位,采用SYFPEITHI、B1MAS和NetCTL软件综合预测其CTL表位,利用NetMHCIIpan 3.1 Server和IEDB软件综合预测其Th表位.结果:mGGn和mG6融合蛋白均抑制肿瘤细胞的增殖和迁移;mGGn能使B16F10细胞周期阻滞于G1期,mG6能使B16F10细胞周期阻滞于S期,不能进入G2期,从而抑制瘤细胞的增殖.mGGn和mG6结构丰富,含有较多潜在的B细胞、CTL和Th表位.结论:mGGn与mG6融合蛋白在体外对黑色素瘤B16F10细胞具有抑制作用,其生物信息学预测为进一步研究两种融合蛋白的生物学功能和免疫活性奠定了基础.
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细胞生长相关新基因PP3105的克隆及其初步功能研究
目的新基因PP3105的克隆及其初步功能研究.方法分离和克隆新基因PP3105的全长序列,在生物信息学分析的基础上,采用克隆形成、亚细胞定位、生长曲线等实验对该基因进行初步功能研究.结果实验表明PP3105有两个不同的转录本,并表现出一定的组织特异性;染色体定位于4q22-24;蛋白定位于细胞膜和细胞浆中;克隆形成实验显示有明显的体外集落抑制作用;生长曲线实验表明PP3105在SMMC7721细胞中的表达对细胞增殖有抑制作用.结论新基因PP3105可能是一个新的金属离子尤其是锌的转运蛋白,并且与肝癌细胞的生长、增殖相关.
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小鼠上下颌骨发育差异性表达基因的生物信息学分析
目的：上、下颌骨的发育差异可能是由于两者差异性地表达某些基因而造成的。本文拟对E9.5（胚胎第9.5天）小鼠上、下颌弓差异性表达的基因进行系统的生物信息学分析。方法：从GEO 数据库获取E9.5小鼠上、下颌弓差异性表达的基因，应用DAVID和GeneMANIA数据库分析这些基因之间的相互关系。结果：经过DAVID数据分析，这些在E9.5小鼠上、下颌弓差异性表达的基因被富集到不同的生物学过程或分子功能的子集中，如“转录因子活性”、“系统发育”和“骨骼系统发育”等。其中BTB7B、SOX10、TSHZ2、GSC、GLIS2、MEIS1、CITED2、IRF9、BARX1、MSX1、DLX6、CSRNP1、HEYL、MKX、PITX1和NFIB，这16个基因被富集到“转录因子活性”这一分子功能子集。通过GeneMANIA数据库分析，建立了这16个基因及一些预测基因的分子网络图，显示这些基因存在直接或间接的相互作用。结论：上、下颌骨在发育过程中存在许多差异表达的基因，其中对上、下颌骨特异性发育具有重要调控作用的16个转录因子包括 BTB7B、SOX10、TSHZ2、GSC、GLIS2、MEIS1、CITED2、IRF9、BARX1、MSX1、DLX6、CSRNP1、HEYL、MKX、PITX1和NFIB，它们彼此密切相关且相互作用形成调控网络。在研究上、下颌骨差异性发育的分子调控机制时，需要关注由这些基因形成的调控网络。
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婴儿神经轴索营养不良患者PLA2G6基因的突变检测
目的 辅助临床确诊1例婴儿神经轴索营养不良(infantile neuroaxonal dystrophy,INAD)家系,为患者家庭遗传咨询和产前诊断提供依据.方法 收集患者临床资料,提取先证者及家系成员外周血基因组DNA,PCR扩增INAD致病基因PLA2G6编码序列并进行测序.对发现的突变位点在对照人群中进行验证及相关生物信息学分析.结果 先证者表现为进行性智力发育及运动能力落后,头颅MRI显示小脑萎缩.测序结果发现患者PLA2 G6基因存在复合性杂合突变,分别为父源性的c.668C ＞T(p.Pro223Leu)和母源性的c.1534T＞A(p.Phe512Ile)突变,且二者在对照人群中未检测到.生物信息学分析显示两种突变均为致病性突变,可引起蛋白质二级结构和氨基酸亲水性改变.结论 发现PLA2 G6基因的新突变位点c.1534T＞A,该突变可与已知致病突变c.668C＞T共同导致常染色体隐性遗传病INAD的发生.
关键词： 婴儿神经轴索营养不良 PLA2G6基因 基因突变 生物信息学分析
