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病原菌特异基因数据库系统的开发及应用
利用前期研究获得的病原菌各分类水平特有同源基因,构建了病原菌特异基因数据库,采用四层架构模型和单向依赖结构构建了在线展示及查询系统,为科研工作者提供了病原菌特异基因基础数据.可通过简洁直观的方式进行查询和展示,为分型位点筛选、检测芯片设计、核心基因组研究等工作提供相应位点选择依据,为病原菌相关研究工作提供了便捷工具,可加快相关病原菌检测和分型方法的建立.在目前新型病原菌不断出现、治疗愈加困难等越来越严峻的传染病预防控制形势下,具有重要应用价值和现实意义.
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幼稚细胞如何学习交流
科学教条经常被推翻,例如大多数发育生物学家曾推测近期产生自干细胞或称为祖细胞( progenitors )的幼稚细胞已经具有了与其他细胞之间的相互交流的能力,事实上并非如此。来自卡内基Allan Sprading和博士后Ming-Chia Lee的新研究证实,婴儿细胞在能够参与以细胞正常发育和顺利完成其功能为基础的组群相互作用之前,幼稚细胞必须经历一个特异基因的发育过程。早期阶段的细胞不能完全进行信息交流可能为我们理解正常发育的细胞和癌细胞的基因活性如何改变提供了重要的暗示。
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致肾盂肾炎大肠杆菌132特异性基因的筛选
目的 通过抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,比较致肾盂肾炎大肠杆菌132(UPEC132)与非致病性E.coli K-12 MG1655之间基因组的差异,筛选UPEC132特有的基因片段.方法 应用SSH技术构建UPEC132(tester)与非致病性E.coli K-12 MG1655(driver)菌株差异DNA消减文库,经PCR和斑点印迹法筛选鉴定阳性克隆,并进行测序及生物信息学分析.结果 获得约1600个重组菌的UPEC132消减文库,随机挑取其中的300个克隆,有37个含有UPEC132特异的DNA序列.特异性片段测序后进行生物信息学分析,发现与其相关的37个基因为UPEC132所特有,其中1个为新发现的DNA片段,9个为与致病相关基因,7个为与代谢和物质转运相关基因,2个为与外膜蛋白相关基因,3个为与调节相关基因,10个为未知功能蛋白的基因,其他5个为功能未分类的基因.结论 SSH技术是筛选病原菌特异基因的有效方法,已确定了37个UPEC132的特异基因,为进一步阐明其致病分子机制打下了基础.
关键词: 致肾盂肾炎大肠杆菌 抑制性消减杂交技术(SSH) 特异基因 斑点印迹 -
大肠杆菌O120 O-抗原基因簇的破译及特异分子标识的鉴定
目的 完成产志贺毒素大肠杆菌O120 O-抗原基因簇的破译,筛选和鉴定检测用特异分子标识.方法 利用鸟枪法进行O-抗原基因簇序列的测定,进行生物信息学方法分析发现基因并预测基因功能,利用PCR方法筛选针对大肠杆菌O120特异基因和特异引物,利用基因芯片方法筛选特异探针.结果 O-抗原基因簇序列全长12 485 bp,共含有10个基因: dTDP-鼠李糖合成途径基因(rmlB、rmlD、rmlA和rmlC),O-抗原转运酶基因(wzx),O-抗原聚合酶基因(wzy),3个糖基转移酶基因和1个功能未确定的基因.另外筛选和鉴定了2个特异基因、4对特异引物和6条特异探针,在模拟样品的鉴定中得到验证.结论 多种特异分子标识可从样品中特异地检测出大肠杆菌O120,具有快速、灵敏和准确进行分子分型的优点.
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铜绿假单胞菌生物被膜耐药性分析及tolA和ndvB基因检测
生物被膜附着于各种环境表面[1],特别是医疗设备表面及导管表面,导致临床上多种慢性和难治性感染的反复发作[2]。据美国国立卫生研究院统计80%的人类微生物感染均由生物被膜引起。形成生物被膜后,细菌的增长、特异基因的表达和蛋白质的产量发生改变[3-4],对抗生素的抵抗作用可比浮游菌提高10~1000倍[5]。
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肝癌组织中螺杆菌16S rRNA基因的检测
目的:探讨螺杆菌感染是否与人类肝癌的发生相关.方法:选取经病理诊断的肝癌组织38例,肝硬化15例,慢性肝炎12例,肝良性肿瘤15例,采用聚合酶链反应(PCR)扩增螺杆菌16Sr RNA检测螺杆菌,扩增产物经Southern杂交证实,并对部分标本的PCR产物进行测序及同源比较.阳性者再扩增幽门螺杆菌(Hpylori)的特异基因(26Ku蛋白)和相关功能基因(cagA,vacA,glmM,rps4)来验证是否为该菌.结果:52.6%(20/38)的肝癌组织中发现螺杆菌存在,而非肝癌组无一例阳性(P<0.01).所有PCR产物用Southern杂交得到证实.10例测序及同源比较显示,肝癌组织中的螺杆菌16SrRNA序列与Hpylori的16S rRNA序列有99-100%的同源性.阳性标本中26ku基因大部分亦阳性(14/20),但仅3例扩增出cagA基因,4例扩增出glmM基因,一直未扩增出vacA基因和rps4基因.结论:肝癌组织中存在螺杆菌感染,他与肝癌的发生可能存在某种联系.
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探针杂交法快速检测耐甲氧西林葡萄球菌
葡萄球菌获得甲氧西林耐药性主要是由于产生了一种与β内酰胺类抗生素亲和力低的青霉素结合蛋白PBP2a,mecA基因是编码PBP2a的结构基因,可作为甲氧西林耐药的一个分子标志.编码耐热核酸酶的nuc基因是金黄色葡萄球菌(金葡菌,SA)的特异基因,通过检测nuc基因,可以诊断SA感染.
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DMSO体外定向诱导入骨髓基质干细胞心肌分化
目的研究二甲亚砜(dimethyl sulfoxide,DMSO)诱导人骨髓基质干细胞(hMSC)心肌分化过程中心肌特异转录因子和心肌特异基因的表达变化.
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基于随机聚合酶链反应的病原菌基因芯片检测技术
目的 建立一种基于随机聚合酶链反应的病原细菌基因芯片筛查检测技术.方法 用生物学软件分析7种病原菌特异性基因序列的保守性区域,利用Oligo 6.0软件设计针对靶细菌的一系列探针,制备检测用基因芯片.细菌基因组DNA在随机引物扩增中掺入氨基丙烯-dUTP,产物偶联荧光染料后与芯片上探针杂交,通过芯片扫描仪和图像分析软件对结果进行判断.选取19种病原菌基因组DNA进行芯片特异性验证和灵敏度评价,使用问号钩端螺旋体对应靶探针进行基因芯片检测方法重复性验证,并制备问号钩端螺旋体模拟水污染样本进行芯片检测.结果 在均一的杂交条件下4种靶细菌均能得到相应特异性杂交图谱,其他非目的 细菌均为阴性结果,3种靶细菌基因组DNA低检测浓度为14.43~363.4 pg/μl,芯片重复性变异系数CV值<15%,低可检测含问号钩端螺旋体7×105条/ml模拟水污染样本.结论 初步建立的随机聚合酶链反应结合芯片技术的检测方法可用于多种病原菌筛查检测,为细菌高通量筛查与鉴定技术提供了新的思路和实验依据.
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反义寡核苷酸抑制脑肿瘤研究进展
中枢神经系统原发恶性肿瘤的常规治疗包括手术、放疗方面的进展,仍然不能有效改善其预后[1].由于放疗和全身化疗对肿瘤细胞缺乏特异性,在治疗剂量时便能引起副作用及对中枢神经系统的毒性损害,肿瘤学家正在探索多种治疗方法,以提高对肿瘤细胞的特异性.使用反义寡核苷酸来干扰从基因到蛋白质的信息流动,则是抑瘤的一种特殊方式[2].早在1967年就有学者设想过反义治疗的概念,即使用化学合成的互补反义寡核苷酸调节mRNA的翻译.从那时起,人们已认识到使用RNA可以调节特异基因的表达.20年后的今天,分子生物学及合成化学的进展,人们对反义寡核苷酸的兴趣愈来愈大.
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靶向白血病特异性转录调节因子融合蛋白siRNA的研究进展
白血病是血液系统的恶性疾病.在各种致癌因子的作用下,血细胞分化受阻且增生能力增强,导致血细胞无限增生且替代了原有的正常细胞,诱发了白血病.与大多数实体瘤不同,超过50%的白血病病例有明显的特异染色体改变,比如染色体异位和翻转,而且白血病和实体瘤相比具有更强的变异基因稳定性.以上两点表明,靶向特异肿瘤基因的分子治疗对白血病来讲比实体瘤更有前景.由于RNA干扰技术能使特异基因降解,高效抑制特异基因的表达,而不影响正常基因的功能,因此采用siRNA对血液肿瘤的研究已有不少报道.
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川北地区胃癌特异性表达基因的克隆
目的:构建胃低分化腺癌组织cDNA消减文库,筛选胃癌特异表达基因.方法:取胃低分化腺癌组织和癌旁正常黏膜组织,提取总RNA,逆转录cDNA,进行SSH构建消减文库获得序列标签,与载体连接、克隆、筛选、测序及同源性检索.结果:以癌旁正常黏膜组织为driver、胃低分化腺癌组织为tester成功构建cDNA消减文库,测序结果与公共数据库中已知基因和人类EST比较,获得5个特异性序列标签(NBPF1、FAM48A、RXFP2、ACTB和QDPR).结论:应用SSH法成功构建胃低分化腺癌组织cDNA消减文库,初步筛选胃癌部分表达基因,为寻找川北地区胃癌发生发展的特异性基因奠定基础.
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基因芯片及其在肿瘤研究中的应用
基因芯片是生物芯片的一种,融现代微电子、计算机、表面化学和基因分析技术于一体,可广泛应用于医学研究;现已应用于肿瘤基因表达谱分析、突变基因检测、特异基因确定、治疗因素对肿瘤影响及药物筛选等方面研究.具有高通量、高效率和高自动化特点,可能成为医学发展的关键技术.
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RNAi的机制及在医学研究中的应用
RNAi干扰即一些小双链RNA可高效、特异地阻断体内特定基因的表达,导致特异mRNA降解,从而引起生物体内特异基因的沉默,使细胞表现出某种基因表型的缺失.近年来,RNAi这种技术作为一种简单有效的代替基因敲除的遗传工具在医学研究中得到了广泛的应用并有望成为攻克病毒、肿瘤等疾病的有效手段.
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MEF2A突变与冠状动脉疾病遗传性
冠状动脉疾病(CAD)和其重要并发症--急性心肌梗塞(MI)是目前发达国家导致丧失劳动能力和死亡的主要原因.尽管CAD/MI的相关遗传基础还知之甚少,但其多发风险因素已确定,包括家族史、高血压、高胆固醇血症、肥胖、吸烟和糖尿病.虽然特异基因还未确定,但对患病同胞对进行基因组范围关联分析已确定CAD/MI 4个易感座位.
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015恶性疟原虫:配子体特异基因在单层培养物和疟原虫阳性血样中的表达
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寄生线虫性别特异表达基因研究进展
常见的重要寄生线虫,如:蛔虫、丝虫、毛首线虫、旋毛虫等,严重危害人类健康及畜、禽产品的产量和质量,药物防治已取得一定成效.但由于药物残留和耐药性问题,以及常规寄生虫疫苗保护力低下的原因,采用新的策略来预防和控制寄生虫病已经成为目前研究者探索的目标.从寄生虫自身的生殖发育调控机制入手,通过阻断或干扰线虫的某个或几个生殖发育阶段,可以达到控制线虫病的目的.目前这方面的研究主要集中在鉴定并阐明和线虫性别相关的基因,即性别特异基因的表达情况及其功能推测.
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肿瘤遗传和外遗传控制研究的发展
众所周知,肿瘤的发生和发展是受多种基因控制,而且是多阶段作用的结果.肿瘤由体细胞遗传变化而来的想法可追溯到二十世纪早期,直到七十年代后,基因工程技术和转基因技术的发展和应用,证明肿瘤的发生与特异基因的作用有关.肿瘤中的基因变异包括"功能获得"(gain of function)性遗传变化和"功能丢失"(1oss of function)性遗传变化.前者主要是通过DNA病毒,逆转录病毒对正常细胞转化发现的癌基因(oncogenes);后者主要是通过染色体分析,细胞杂交,鉴定等位基因丢失而发现的抑癌基因(Suppressor genes).
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肝癌特异基因家谱绘出
肝癌的发生是由多种原因导致的体细胞多基因突变并且不断积累的结果.长期以来,研究者只能通过一个或几个基因的变化寻找肝癌特异基因,这样就很难准确抓住并揭示其在肝癌发生发展过程中的作用机制,致使多年来肝癌的诊断和治疗一直在无标准可寻、无靶点可击的低水平徘徊.
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快速PCR检测猪链球菌2型方法的研究及应用
目的 建立可同时检测猪链球菌2型5种特异基因的快速PCR方法.方法 根据已有的5对猪链球菌2型特异基因引物,运用高效聚合酶及优化反应程序,建立针对猪链球菌2型的16s RNA基因、荚膜多糖基因(cps-2J)、溶菌酶释放蛋白相关基因(mrp)、细胞外因子基因(ef)和溶血素基因(sly)的快速PCR方法.结果 此法可在一台PCR仪上30min同时扩增猪链球菌2型的5种特异基因,敏感性和特异性与普通PCR无差别.对35株猪链球菌2型菌株的检出率为100%.结论 所建立的检测方法具有便捷、快速的优点,可应用于人畜间猪链球菌2型突发疫情的实验室快速诊断.