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大肠杆菌O120 O-抗原基因簇的破译及特异分子标识的鉴定
目的 完成产志贺毒素大肠杆菌O120 O-抗原基因簇的破译,筛选和鉴定检测用特异分子标识.方法 利用鸟枪法进行O-抗原基因簇序列的测定,进行生物信息学方法分析发现基因并预测基因功能,利用PCR方法筛选针对大肠杆菌O120特异基因和特异引物,利用基因芯片方法筛选特异探针.结果 O-抗原基因簇序列全长12 485 bp,共含有10个基因: dTDP-鼠李糖合成途径基因(rmlB、rmlD、rmlA和rmlC),O-抗原转运酶基因(wzx),O-抗原聚合酶基因(wzy),3个糖基转移酶基因和1个功能未确定的基因.另外筛选和鉴定了2个特异基因、4对特异引物和6条特异探针,在模拟样品的鉴定中得到验证.结论 多种特异分子标识可从样品中特异地检测出大肠杆菌O120,具有快速、灵敏和准确进行分子分型的优点.
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应用O-抗原基因簇特异PCR对假结核耶尔森菌分型
目的:依据假结核耶尔森菌O-抗原基因簇多态性,应用PCR基因分型方法替代传统的血清分型方法,对本室保存的31株假结核耶尔森菌进行分型研究.方法:通过比较假结核耶尔森菌与已知血清型假结核耶尔森菌标准参考株O-抗原基因簇的差异,确定实验株的血清型.结果:应用PCR基因分型方法替代传统的血清分型方法,对本室保存的31株假结核耶尔森菌进行了成功的血清分型,血清组Ⅰ～Ⅴ与血清型O:1～O:5存在着对应关系.结论:应用PCR方法对假结核耶尔森菌进行血清分型,方法简单、迅速,同时不需要制备特异抗血清,是一种理想的血清分型替代方法.
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对尿道致病性大肠杆菌进化机制的相关研究
大肠杆菌是一种无性繁殖的菌种,它们有的时候会长期寄居在一个宿主中,这就为特定时期内研究其进化提供了机会.在本次研究中,我们对14株来源于同一个克隆的尿道致病的大肠杆菌进行了测序.
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大肠杆菌O116 O-抗原基因簇的破译及PCR检测方法的建立
目的 测定大肠肝菌O116的O-抗原基因簇序列,鉴定其中的特异基因,建立PCR检测方法,替代传统的血清学检测.方法 用长距离PCR方法扩增O116的O-抗原基因簇,PCR产物用鸟枪法建立测序文库进行测序,通过与GenBank中功能已知的蛋白的序列比较,进行基因功能的分析.用PCR方法证明基因簇中寡糖单位处理酶基因的特异性,以寡糖单位处理酶基因为靶基因建立PCR检测方法,并进行灵敏度测试.结果和结论 基因簇全长为14 323bp,共有11个基因,其中寡糖单位处理酶基因wzx和wzy具有高度特异性.所建立的PCR方法可检测2 pg的基因组DNA、0.4 CFU/g(猪肉样品)或4×102 CFU/g(粪便样品).可以代替传统的血清学检测.
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大肠杆菌O85 O-抗原基因簇序列破译和特异分子标识的筛选
目的 测定大测肝菌O85的O-抗原基因簇的序列,对其基因进行功能和进化的分析,筛选并鉴定可用于快速分子分型的特异分子标识.方法 利用鸟枪法对大肠杆菌O85的O-抗原基因簇进行测序,生物信息学方法进行序列拼接与分析,确定针对大肠杆菌O85的特异基因并设计引物,PCR方法进行模拟环境样品的检测.结果 大肠杆菌O85的O-抗原基因簇序列全长为11 203 bp.发现8个开放阅读框架(orf)并确定功能,分别为:UDP-N-乙酰葡萄糖-2-异构酶基因(of f1),吡喃型UDP-半乳糖变位酶基因(glf),糖基转移酶基因(orf3、orf5、orf6和orf8),O-抗原转运酶基因(wzx)和O-抗原聚合酶基因(wzy).鉴定出针对大肠杆菌O85的特异基因2个和引物4对.结论 本文筛选的特异分子标识和PCR检测方法可用于对环境样品中的大肠杆菌O85进行快速、灵敏的检测.
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大肠杆菌O110 O-抗原基因簇序列的破译及特异基因鉴定
目的定大肠杆菌O110 标准株的O-抗原基因簇序列,对其基因结构进行遗传学分析,鉴定可用于快速分型的特异DNA序列.方法用长距离PCR扩增O-抗原基因簇序列,建立鸟枪法文库进行随机测序,用生物信息学的方法进行序列拼接与分析,根据测定的序列设计引物,用PCR的方法确定针对大肠杆菌O110的特异基因.结果与结论确定了大肠杆菌O110标准株的O-抗原基因簇序列以及该基因簇中7个开放阅读框架(open reading frame, orf)的功能,分别为:糖基转移酶基因(orf1, orf2, orf7), 小分子修饰酶基因(orf3, orf5),O-抗原转运酶基因(wzx)和O-抗原聚合酶基因(wzy).鉴定出了可以用于PCR方法对大肠杆菌O110快速检测的特异基因.
