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淋病症状消失为何PCR仍为阳性?
采用PCR检测淋球菌,检测的是淋球菌的基因.PCR检测与细菌培养不同.这种检测不管细菌是死是活,只要有细菌的基因存在,即可检测出来,而细菌培养则必须是活的细菌才能培养成功.
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云南省西北地区家畜体表蜱类形态学与分子生物学鉴定
目的 调查云南省西北地区家畜体表蜱的种类及其种群遗传进化情况.方法 采集家畜体表寄生的蜱虫,经形态学鉴定后,用PCR法扩增蜱样本的16S rDNA和ITS2基因片段,测序后进行序列分析.结果 共采集成蜱样本1 275只,经形态学鉴定为1科3属4种,其中微小扇头蜱1 263只(占99.1％),卵形硬蜱7只(占0.6％),锐跗硬蜱4只(占0.3％),未知血蜱1只(占0.1％).样品分子鉴定结果与形态学鉴定结果一致.16SrDNA序列分析显示,蜱P6与印度微小扇头蜱(EU918188)的相似性高为99.8％,与中国云南微小扇头蜱(JX051062)的相似性99.4％;蜱P2与美国卵形硬蜱(U95900)的相似性高为93.8％;蜱P1与日本锐跗硬蜱(AB105167)的相似性高为95.9％;蜱P4与澳大利亚parva血蜱(JX573136)的相似性为90.5％,与中国云南长角血蜱(JX051064)的相似性为88.7％.ITS2序列分析显示,蜱P6与来自老挝(KC503276)、中国云南(KC203364)的微小扇头蜱的相似性均为99.9％;蜱P2与日本卵形硬蜱(D88857)的相似性高为96.1％;蜱P1与日本锐跗硬蜱(AB605168)的相似性高为95.3％;蜱P4与罗马尼亚Haemaphysalis parva血蜱(FN296282)的相似性高为91.0％.结论 云南地区家畜体表存在微小扇头蜱、卵形硬蜱、锐跗硬蜱和一种与parva血蜱相关的新型血蜱.
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一起肠炎沙门菌引起的食物中毒检测及菌株同源性分析
目的 检测食物中毒样品中致病菌,分析其同源性,为追踪污染源、明确病因诊断提供帮助,为控制和减少食物中毒提供依据.方法 荧光定量PCR快速筛检致病菌,参照GB 4789.4-2010《食品安全国家标准食品卫生微生物检验沙门氏菌检验》分离致病菌,全自动细菌鉴定仪鉴定致病菌,脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析同源性.结果 从21份病人和从业人员粪便样品中检出8株肠炎沙门菌,9份食品样品中检出2份肠炎沙门菌,检出率分别为25.00％和6.25％;食堂用水及井水检测均未检出肠炎沙门菌等致病菌.荧光定量PCR法阳性率结果与GB 4789.4-2010方法一致.PFGE分型显示10株肠炎沙门菌的DNA条带图谱完全一致,相似性100％,聚类分析为同一型,表明菌株来自同一克隆系.结论 采用荧光定量PCR筛检能提示食物中毒样品中病原菌是否存在的信息,通过GB 4789.4-2010方法仔细寻找到目标菌,两法联合使用能快速、准确地检测出引起食物中毒的致病菌.运用PFGE对致病菌进行溯源,分析其亲缘关系,能追踪到菌株来源,有利于防止食物中毒的发生.
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荧光PCR检测乙肝病毒DNA的临床意义
乙型肝炎是一种由乙肝病毒(HBV)感染引起的传染病.我国属HBV感染高流行区,我国是乙肝携带者高于人群的10%.急性乙肝中有20%会转为慢性,进而可能发展为肝硬化和肝癌,因此准确迅速诊断对乙肝的治疗和预后显得极为重要.荧光定量PCR技术把PCR、杂交及光谱技术相融合,达到了对原始模板量定量的目的.HBV-DNA是乙肝病毒的遗传物质,HBV-DNA(PCR)是从血清中检测HBV存在的灵敏而直接的方法.进一步证实HBV-DNA检测在乙型肝炎早期诊断、传染性识别、病毒复制水平判断以及抗病毒药物的选择、治疗效果以及监测的临床价值.以285份血清标本分别用酶免法检测乙肝两对半和荧光定量PCR法检测HBV-DNA,进行对比分析.
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HIV急性感染者血清中支原体检测分析
目的:分析HIV急性感染患者在经过HARRT治疗后,患者血浆中支原体感染的变化情况.方法:征集HIV急性感染志愿者35例作为研究对象,纳入研究对象愿意配合本研究,均接受血液样本采集.HARRT治疗前采集血样,收上清,检测支原体感染情况.HARRT治疗中分别在1个月、3个月、6个月、9个月采集血样,收上清,检测支原体感染情况.结果:35组样本中,血清中支原体检测出阳性无特别规律,HARRT治疗也对阳性的检测无相关性.结果:不同患者相同时间点的支原体阳性率比较,P<0.05,有统计学意义;同一患者不同时间点的支原体阳性率比较,P>0.05,无统计学意义.结论:在支原体的检测中,应用了高灵敏度的PCR检测方法来检测样本,发现血清中支原体是否阳性与是否经过HARRT治疗没有相关性,为后期治疗支原体及HIV共感染的临床用药提供依据.
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荧光PCR检测军团菌方法的优化及应用
军团菌病(Legionellosis)是由军团菌(Legionella)引起的一种急性呼吸道疾病[1-2].有超过20个血清型的军团菌可以引起人类疾病[3].目前军团菌检测方法主要是培养检测法[4]和针对嗜肺军团菌检测的PCR法,这两种方法在实际应用中均存在一定的局限性.
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检测人巨细胞病毒方法的临床评价
人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)属于疱疹病毒群,在人群中感染非常广泛,我国成人感染率可达80%～97%[1],通常呈隐性感染,多数感染者无临床症状,但当机体免疫功能低下(如妊娠、多次输血、器官移植、获得性免疫缺陷等)时[2],病毒可被激活而发生显性感染.
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实时荧光PCR检测病原真菌方法的建立及其临床应用
近年来条件致病性真菌感染日益增多,其发病率和死亡率都呈明显上升趋势,由于深部真菌感染初期症状不明显,临床表现缺乏特征性,致使早期明确诊断十分困难,患者生前确诊率相当低,是影响患者预后的重要因素.传统真菌感染的临床鉴定主要依赖于镜检和培养,但这些方法存在周期长、阳性率低的缺点.
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兔球虫 PCR 检测方法的改进和应用
兔球虫病由艾美耳属球虫寄生于消化道而引起，对养兔业的危害极大。由于兔艾美耳球虫的11个虫种在致病性上有较大差异，因此进行准确的虫种鉴定对兔球虫病的诊断和防治有十分重要的意义。为提高和扩大PCR方法检测粪便样品中艾美耳球虫的灵敏度和应用范围，我们利用全基因组扩增技术对提取自粪便样品的球虫基因组进行预扩增，提高PCR反应初始模板含量，再利用兔艾美耳球虫ITS-1序列种特异性引物对WGA产物进行PCR扩增，以鉴定虫种。结果显示，经全基因组扩增后的样品的PCR检测能够在单个卵囊的水平上进行虫种鉴定。利用该方法，我们对10份卵囊含量较少的田间兔粪样品进行了PCR检测，对其中的虫种进行了的鉴定。检测结果显示，与卵囊形态鉴定相比，该方法不仅与能确定形态的形态学检测结果一致，还能够检测出形态学不易判断的虫种，体现了更高的准确性。该技术的应用可提高田间样品检测的敏感性和准确度，为兔球虫临床感染情况提供实践指导。
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2012年中俄边境黑河口岸地区蜱携带病原体调查研究
为了解中俄边境黑河地区蜱类携带病原体情况,2012年4～10月份在中俄边境黑河口岸地区采集蜱类,种类鉴定后进行病原体检测.除森林脑炎病毒采用RT-PCR法检测外,伯氏疏螺旋体、嗜吞噬细胞无形体、巴贝西虫、立克次体、查菲埃立克体、土拉菌均采用PCR方法检测.结果在731只蜱类标本中森林脑炎病毒、伯氏疏螺旋体、嗜吞噬细胞无形体、查菲埃立克体、巴贝西虫、土拉菌病检测结果均为阴性,PCR方法检出71例立克次体,小检出率是9.58％.可见,中俄边境黑河口岸地区蜱携带立克次体病原体,且立克次体携带率较高,应有针对性地加强当地蜱类和蜱传疾病的监测和防控.
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伊氏锥虫与路氏锥虫二重PCR鉴别检测方法的建立
目的 建立伊氏锥虫和路氏锥虫二重PCR鉴别检测方法.方法 根据路氏锥虫18S rRNA基因和伊氏锥虫RoTat 1.2 VSG基因特异序列设计两对引物,通过优化PCR反应体系与反应条件,建立种特异二重PCR鉴别检测方法.结果 用建立的二重PCR鉴别检测方法能特异扩增路氏锥虫和伊氏锥虫目的 片段,大小分别为261 bp和482bp;路氏锥虫和伊氏锥虫的低检出量分别均达1个虫体,检测日本血吸虫、杜氏利氏曼原虫与瑟氏泰勒虫等其他血液寄生虫均为阴性.结论 建立的二重PCR检测体系灵敏度高、特异性强,适用于路氏锥虫和伊氏锥虫的感染检测及流行病学调查.
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136株住院患者感染铜绿假单胞菌的耐药状况及机制研究
目的 分析铜绿假单胞菌的耐药状况及耐药基因携带情况,为探究菌株耐药机制、控制耐药性发展提供科学指导. 方法 收集本院各科室患者的送检标本,采用全自动细菌鉴定仪鉴定并保存待用.采用KB法进行药敏性实验,并根据2015版CLSI标准判定菌株耐药程度.然后,采用PCR扩增法检测铜绿假单胞菌的耐药基因. 结果 共分离136株铜绿假单胞菌,其中ICU 44株,呼吸内科29株,神经外科19株,泌尿外科12株,普外科10株,消化内科7株,其他科室15株,构成比分别为32.35％、21.32％、13.97％、8.82％、7.35％、5.15％、11.03％.ICU病房、呼吸内科、神经内科是铜绿假单胞菌的主要来源.痰液标本来源102株,伤口分泌物10株,脓液9株,尿液5株,血液标本3株,其他标本来源7株,菌株构成比分别为75.00％、7.35％、6.62％、3.68％、2.21％和5.15％.分离菌株对哌拉西林、头孢噻肟、头孢他啶、庆大霉素、氨曲南、头孢吡肟、亚胺培南、妥布霉素、阿米卡星的耐药率分别为100.00％、53.68％、33.09％、27.94％、25.74％、21.32％、19.12％、16.91％和13.24％.铜绿假单胞菌分离株各耐药基因检出率:TEM基因67.65％,VEB基因 21.32％,IMP基因11.03％,VIM基因13.24％,aac(6') Ib基因16.91％,aac(6') Ⅱ基因24.26％,ant(2')-I基因25.74％o,oprD2基因13.97％. 结论 铜绿假单胞菌主要分离自医院ICU及患者的痰液标本,临床抗感染治疗时应优先考虑阿米卡星类抗菌药物.TEM基因耐药基因可能与菌株对β内酰胺类抗菌药物的耐药性有关.
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妇科患者表皮葡萄球菌耐药及相关基因分析
目的 分析妇科患者表皮葡萄球菌耐药及相关黏附基因分布情况,为临床感染疾病的防治提供指导. 方法 收集本院妇科患者不同标本,培养分离后经全自动细菌鉴定仪鉴定表皮葡萄球菌,用K-B法分析菌株耐药性,经PCR扩增后进行凝胶电泳检测黏附基因. 结果 354株表皮葡萄球菌临床分离株中,来源于血液标本216株(占61.02％),阴道分泌物42株(占11.86％),手术切口分泌物32株(占9.04％),导管引流物25株(占7.06％),脓液21株(占5.93％),尿液18株(占5.08％).354株表皮葡萄球菌对氯霉素、青霉素、红霉素、环丙沙星、莫西沙星、左氧氟沙星、庆大霉素和呋喃妥因耐药分别为237、216、191、124、113、92、67和39株,耐药率分别为66.95％、61.02％、53.95％、35.03％、31.92％、25.99％、18.93％和11.02多.表皮葡萄球菌对万古霉素和利奈唑胺仍然敏感.354株分离菌中,38株检出mecA基因,检出率为10.73％,15株携带icaA基因,检出率为4.24％,10株携带icaD基因,检出率为2.82％.结论 表皮葡萄球菌主要来源于血液标本,临床抗感染治疗可以优先使用万古霉素和利奈唑胺.表皮葡萄球菌主要携带的黏附基因类型为mecA基因,其次为icaA基因和icaD基因,黏附基因的存在可能影响菌株的致病性及耐药性.
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甲基化敏感限制酶结合定量PCR检测DNA甲基化方法的建立与应用
启动子CpG岛高甲基化是抑癌基因失活的重要机制之一,对于肿瘤的早期诊断、分子分型、预后判断等均具有较大的价值[1-2].目前较常用的DNA甲基化检测技术是基于亚硫酸氢盐处理的甲基化特异PCR方法(MSP),但该技术需使用强碱对DNA进行处理,导致绝大多数DNA分子发生断链.
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染料法实时荧光PCR检测慢性乙型重型肝炎患者外周血克隆特异性αβT淋巴细胞
以染料法(SYBR Green I)实时荧光PCR并结合基因熔解曲线峰形来监测慢性乙型重型肝炎(慢乙重肝)患者(健康献血者为对照)外周血T细胞受体B链基因(TCRBV)克隆特异性扩增情况,从而可能反映慢乙重肝患者对HBV感染的免疫应答状态.
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荧光定量PCR检测正畸儿童龈下菌斑中牙龈卟啉单胞菌的变化
目前国内外对固定矫治和牙周疾病关系的研究多限于临床指标的观察,探讨固定矫治对牙周细菌的影响还比较少.同时检测固定矫治器戴入后临床牙周指标和龈下牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,P.gingivalis)含量的变化可以更全面、深入地反映固定矫治器对牙周组织的影响.
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黏菌素耐药细菌mcr-1基因TaqMan PCR快速检测方法的建立
目的 建立一种快速灵敏准确的分子检测方法用来检测临床分离菌株中的mcr-1基因.方法 根据mcr-1基因的序列设计一对特异性引物和一条TaqMan探针,同时构建含有mcr-1基因片段的重组质粒作为阳性标准品,采用TaqMan探针荧光定量PCR方法检测耐药基因mcr-1,并对方法的敏感性、重复性和特异性进行评价.结果 TaqMan探针荧光定量PCR结果显示起始模板量与Ct值之间存在良好的线性关系(R2>0.999),检出下限为10拷贝/μl,比常规PCR敏感性高100倍;特异性检测显示只有含mcr-1基因的菌株结果为阳性,其余菌株为阴性;组内及组间重复性试验的变异系数均小于1％.利用所建立的方法对150株临床分离的耐药菌株进行检测,检测到2株菌株携带mcr-1耐药基因,2株菌株鉴定均为大肠杆菌.结论 建立的TaqMan探针荧光定量PCR检测耐药基因mcr-1的方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的优点,可用于临床检验上特异性检测携带mcr-1基因的临床耐药菌株,为临床药物治疗提供更好的依据.
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实时荧光PCR检测非HIV感染人群肺孢子菌核酸载量
肺孢子菌肺炎是一种由耶氏肺孢子菌引起的呼吸系统机会性感染,见于免疫功能低下或缺陷者~([1-2]).近年来,接受高效抗逆转录病毒治疗(HAART)和肺孢子菌肺炎预防措施的HIV感染发生肺孢子菌肺炎的概率明显减少[1,3],但随着癌症患者、器官移植者、老年患者、先天性或获得性免疫缺陷及因其他疾病而接受免疫抑制剂者等其他肺孢子菌肺炎高危人群的扩大,临床肺孢子菌肺炎患者日趋增多~([4-5]).鉴于肺孢子菌肺炎患者的临床症状、体征、X线胸片及常规实验室检查均无特异性,病原体检出率较低,血清抗体检测因健康人群抗耶氏肺孢子菌抗体阳性率较高而无临床意义等,肺孢子菌肺炎的早期诊断比较困难.
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190 kD R.rOmpA基因序列对斑点热群立克次体的检测
目的为探讨190 kD R.rOmpA基因序列对斑点热群立克次体的检测作用.方法从立氏立克次体190 kD外膜蛋白A(R.rOmpA)基因序列设计引物,利用PCR检测的方法,检测了683只蜱类标本和146个鼠类脏器标本,并随机抽取1株森林革蜱阳性扩增产物进行克隆与序列测定.结果从蜱类标本和鼠类脏器标本中检测出了斑点热立克次体DNA片段;所测序列的分型结果表明与前苏联的DnS 14株型别一致,与我国曾经检测出的斑点热立克次体株差异较大.结论190kD外膜蛋白A基因序列可用于斑点热立克次体检测,并可用于斑点热群立克次体基因型或亚型之间的鉴别.
关键词： 190kD R.rOmpA 斑点热 PCR检测 序列分析 -
重症甲型流感病毒(H3N2)感染一例
根据血凝素和神经氨酸酶的不同可将甲型流感病毒分为16个亚型[1],其中感染人类并能引起一定范围流行的甲型流感病毒包括H1N1(甲1)和H3N2(甲3)亚型.2009年全球很多国家和地区出现了甲型H1N1流感流行,主要临床表现为流感样症状,可出现病毒性肺炎导致呼吸衰竭、多脏器功能损伤,严重者可以导致死亡[2].本院于2010年11月3日收治1例患者,其咽拭子标本在北京市CDC进行实时PCR检测(RT-PCR),结果显示甲型H3N2病毒核酸阳性,诊断为甲型流感病毒(H3N2)感染重症.虽然患者发病6天内辗转两地三家医院资料欠全,但其临床表现符合甲型流感重症,现报道如下.
