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川北地区胃癌特异性表达基因的克隆
目的:构建胃低分化腺癌组织cDNA消减文库,筛选胃癌特异表达基因.方法:取胃低分化腺癌组织和癌旁正常黏膜组织,提取总RNA,逆转录cDNA,进行SSH构建消减文库获得序列标签,与载体连接、克隆、筛选、测序及同源性检索.结果:以癌旁正常黏膜组织为driver、胃低分化腺癌组织为tester成功构建cDNA消减文库,测序结果与公共数据库中已知基因和人类EST比较,获得5个特异性序列标签(NBPF1、FAM48A、RXFP2、ACTB和QDPR).结论:应用SSH法成功构建胃低分化腺癌组织cDNA消减文库,初步筛选胃癌部分表达基因,为寻找川北地区胃癌发生发展的特异性基因奠定基础.
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抑制消减杂交技术及其在肺纤维化中的应用
随着人类基因组测序的完成,疾病相关基因的鉴定和克隆将会变得更加方便.分离差异表达基因的方法很多,其中抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术是近年来发展起来的一种有效的方法.
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BALB/c小鼠胚胎皮肤无瘢痕愈合相关基因的筛选与克隆
目的 在已构建成年小鼠和小鼠胚胎皮肤差异表达的cDNA文库基础上,通过双向抑制性消减杂交筛选BALB/c小鼠胚胎皮肤无瘢痕愈合相关基因.方法 应用双向抑制性消减杂交(suppressionsubtractivehybridization,SSH)技术,筛选BALB/c小鼠胚胎皮肤与BALB/c成年小鼠皮肤cDNA片段.结果 获得16个在鼠胚皮肤中特异表达的无瘢痕愈合相关基因的cDNA片段,7个在成鼠皮肤中特异表达的无瘢痕愈合相关基因的cDNA片段.其中有2个新发现与无瘢痕愈合相关基因未见文献报道.结论 研究证实确有部分基因在鼠胚皮肤和成鼠皮肤中分别特异表达,这种差异表达极有可能是哺乳动物胚胎皮肤无瘢痕愈合的分子生物学基础.
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一个新的多功能细胞因子一趋化素样因子
细胞因子是在免疫和炎症反应中起重要作用的小分子蛋白质,克隆和研究新的细胞因子具有重要的理论意义和应用价值.我们利用抑制性减数杂交技术(SSH),从PHA刺激的U937细胞中成功克隆了一个新的细胞因子趋化素样因子1(CKLF1).CKLF1全长cDNA包括530个碱基,有一个编码99个氨基酸的完整开放读码框架.CKLF1存在其他三种变异体,命名为CKLF2,3,4,分别编码152,67和120个氨基酸,其中,CKLF2是CKIF的全基因产物.亚细胞定位和Western blot分析发现,CKLF1和CKLF3主要为分泌性表达,而CKLF2和CKLF4主要以膜结合形式表达.CKLF1与已发现的其他细胞因子之间没有明显的同源性,CKLF1在PHA刺激的U937细胞中的表达可被IL-10部分抑制.重组的CKLF1在体内外对嗜中性细胞、单核细胞和淋巴细胞具有明显的趋化活性;在体内能引起肺部明显的炎性改变,与CKLF1转基因小鼠的肺部病变相;CKLF1还能刺激骨髓细胞和小鼠骨骼肌细胞增殖.CKLF2能促进小鼠肌母C2C12细胞增殖和分化,促进BALB/c 3T3细胞增殖,并能拮抗撤血清引起的细胞凋亡,以上结果表明CKLF1可能在炎症和骨骼肌再生过程中发挥重要作用.在CKLF1,2的序列基础上,利用生物信息学方法克隆了小鼠CKLF2,4和大鼠CKLF1,2,它们与人CKLF1,2,4有相似的结构和功能;在人和小鼠CKLF的序列基础上,我们成功克隆了其他4个与CKLF有同源性的新基因,命名为趋化素样因子相关蛋白1-4(CKLF-RP1-4),它们与CKLF2有相似的结构,在16号染色体上成基因簇形式存在,因此,CKLF代表一个有重要功能的新基因超家族.
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可扩展型医院专科电子病历体系——新一代专科电子病历解决方案
电子病历包含越来越多的临床知识是必然的趋势,将全院电子病历搭建于一个技术平台之上,并将各科室的专科知识整合到一个临床电子病历系统之上,是解决专科临床知识整合的可行方法.该文介绍了基于相同技术框架之上,可根据临床需求自由扩展的专科电子病历体系的解决方案及部分功能演示.
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cDNA代表性差异分析:方法及其应用
分析基因表达的差异不仅在研究发育、分化、突变等领域有着极大的应用价值,已成为基因克隆非常有效的手段之一.cDNA代表性差异分析(cDNA RDA)是新近出现的一种新的、具有一定优越性的mRNA差异表达分析方法,本文简要介绍了cDNA RDA的原理、方法,以及它和其它几种常用的mRNA差异表达分析技术如DD-PCR、消减杂交、抑制消减杂交等进行了比较.
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卵巢癌相关抗原cDNA表达文库的筛选
目的:从卵巢癌腹腔积液肿瘤细胞cDNA表达文库中筛选卵巢癌相关抗原.方法:采用SEREX方法从卵巢癌腹腔积液肿瘤细胞构建的cDNA表达文库中筛选阳性克隆.血清学筛选出的阳性克隆与SSH所得的差异表达基因探针进行杂交,终得到特异性较高的阳性克隆.对这些克隆进行酶切鉴定、测序分析.结果:经二轮血清学筛选和Dot Blot杂交,终得到55个在血清中有相应IgG和(或)IgM自身抗体的卵巢癌差异表达的候选肿瘤抗原克隆.经核苷酸测序、序列分析和相似性比对,结果表明这55个EST片段代表45个基因,可分为6类:①3个与已知卵巢癌相关基因相似的基因,如BARD1等;②15个与其它肿瘤相关基因相似的基因,如TM4SF1等;③6个在一些特殊组织中表达的基因,如FXR1(fragile X-related genel,脆性X染色体相关基因1)等;④8个与一些特殊功能蛋白基因相似的基因,如TIZ;⑤5个与胚胎来源的基因相似的基因,如PKHDl等;⑥8个在GenBank中无相似序列的新基因,如OV-189等.结论:SEREX方法与SSH方法相结合筛选肿瘤抗原的技术路线是一种行之有效的、能筛选具有较高特异性肿瘤抗原的策略.本研究为进一步研究这些抗原在卵巢癌的发生、发展及诊断方面的应用奠定了基础.
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抑制性消减杂交筛选食道癌相关基因
目的 筛选食道癌发生、发展和转移过程中表达变化的基因.方法 使用基于抑制性PCR技术的消减杂交方法,对食道鳞状上皮细胞癌组织与癌旁正常黏膜组织cDNA进行消减杂交,并对食道癌组织表达发生变化的基因克隆、测序及同源性分析.结果 对等量的食道鳞状上皮细胞癌组织与癌旁正常黏膜组织cDNA进行消减杂交后,获得4个与食道癌发生与转移有关的序列标签,经测序和同源性检索证实为食道癌相关基因2、胱抑素B、膜联蛋白A1、钙粒蛋白A,它们的表达变化可能与食道癌的去分化、恶性增殖转化有关.结论 抑制性消减杂交技术可高通量地分析食道癌发生、发展和转移过程中基因表达的变化.
