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质粒介导的喹诺酮耐药基因qnr分子流行病学研究
目的 了解武汉大学人民医院分离的革兰阴性杆菌中qnr基因及其所携带的广谱β-内酰胺酶(ESBLs)基因的流行情况.方法 采用聚合酶链反应(PCR)方法对129株大肠埃希菌、29株肺炎克雷伯菌和10株阴沟肠杆菌进行qnr基因检测.对qnr阳性株,检测Ⅰ类整合酶基因及SHV-1、TEM-1、CTX-M、OXA-Ⅰ、OXA-Ⅱ、OXA-Ⅲ、DHA、EBC型ESBLs基因.KB纸片法检测对16种抗菌药物的体外抗菌活性,美国临床实验标准委员会表型筛选和确证试验检测产ESBLs株.质粒接合试验分析qnr基因的水平转移能力,ERIC-PCR进行DNA同源性分析.结果 6株菌株检出qnr基因(5株大肠埃希菌和1株阴沟肠杆菌),肺炎克雷伯菌中未检出;6株菌仅对亚胺培南全部敏感且对多种抗生素耐药,Ⅰ类整合酶基因扩增全为阳性,其中有2株大肠埃希菌对环丙沙星敏感,4株菌携带TEM-1型ESBLs基因、1株菌携带OXA-Ⅲ型ESBLs基因、2株菌携带EBC型AmpC酶;每株菌至少携带2种以上ESBLs基因.qnr基因介导的喹诺酮类耐药具有水平转移性,DNA同源性分析有2株指纹图谱一致.结论 武汉地区存在qnr基因的流行,qnr阳性株多重耐药严重,且携带多种ESBLs基因.
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O26∶H11及NM大肠埃希菌CRISPR的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系
目的 探讨O26:H11及NM血清型大肠埃希菌中成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的分子分布特征及其与stX噬菌体的关系.方法 135株O26:H11及NM血清型大肠埃希菌从NCBI数据库获取,利用CRT软件及CRISPR Finder提取CRISPR信息,并用Excel软件对间隔序列进行编号及分析CRISPR亚型,并分析CRISPR与stx噬菌体之间的关系.结果 135株O26:H11及NM血清型大肠埃希菌中均存在CRISPR结构,CRISPR1包括19个亚型,CRISPR 2.1包括22个亚型,CRISPR2.2包括1个亚型,CRISPR3-4包括1个亚型.stx噬菌体在CRISPR群组C中出现,stx+菌株比six-菌株拥有更多的间隔序列.结论 CRISPR位点在O26:H11或NM血清型大肠埃希菌中广泛存在,且存在着不同的亚型,stx噬菌体与CRISPR的分子分布特征有关,可能作为鉴定高毒菌株的分子靶标.
关键词： 大肠埃希菌 成簇规律间隔短回文重复序列 stx噬菌体 -
CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价
目的 探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)4上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果.方法 通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500 bp侧翼序列,使用C1ustalX进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列,以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果.结果 73.4％(149/203)的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统,包含了A、B1、D种系;8.4％(17/203)的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2％ (35/203)的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas,这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas.在大肠埃希菌(B2种系外)、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌(B2种系)各存在61 bp侧翼序列,序列一致性为99％,且有种属特异性,PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均＞91％.结论 基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌,且具有很好的效果.
关键词： 大肠埃希菌 志贺菌 成簇规律间隔的短回文重复序列 侧翼序列 鉴定 -
137株多耐药大肠埃希菌表型及耐药机制研究
目的 探讨临床分离的多耐药大肠埃希菌对常用抗生素的敏感性及其耐药机制.方法 采用琼脂稀释法对北京市城区3家三甲医院近3年从各种临床标本分离的大肠埃希菌进行药敏试验,收集对头孢噻肟、环丙沙星和阿米卡星同时耐药的多耐药菌株；采用PCR和测序方法检测上述多耐药菌株对β-内酰胺类、喹诺酮类和氨基糖苷类的耐药基因,并对菌株进行系统发生分型；使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析菌株同源性；通过接合试验观察耐药质粒的传递性.结果 共检出137株多耐药大肠埃希菌.其中分离自尿液的比例高(41.61％)；除对亚胺培南和美罗培南耐药率(均为1％)较低外,对哌拉西林、他唑巴坦的耐药率也较低(4％)；85％的多耐药大肠埃希菌产超广谱β-内酰胺酶(ESBL),且多为CTX-M型；介导菌株对喹诺酮类药物耐药的主要原因是药物靶位突变；导致菌株对阿米卡星耐药的机制主要是产生16S rRNA甲基化酶(ArmA或RmtB).结论 临床分离多耐药大肠埃希菌主要来自尿液标本；除碳青霉烯类,酶抑制剂抗生素可能也是治疗该类菌株引起感染的有效药物.
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新生儿重症监护室患儿肠道内定植的大肠埃希菌和肠球菌耐药分析
目的 了解新生儿重症监护室(NICU)患儿肠道菌定植和耐药情况,为临床用药及合理治疗提供依据.方法 2014年5月至2015年5月对北京妇幼保健院NICU新生儿采集的572份粪便样本进行肠道菌分离培养,采用VITEK-2系统进行菌株鉴定和抗生素敏感性检测,并对耐药情况进行统计分析.结果 分离得到328株大肠埃希菌和243株肠球菌.选取的199株大肠埃希菌对亚胺培南、厄他培南、阿米卡星、呋喃妥因较敏感(耐药率为0.50％～ 3.52％);对氨苄西林、四环素、复方甲基异恶唑、头孢唑啉耐药率较高(耐药率为54.27％～84.92％),未发现对美罗培南耐药菌株;产ESBL的菌株占45％;多重耐药情况统计结果显示对4类抗生素耐药性的菌株数量多(34.6％);有3株大肠埃希菌对7类抗生素表现耐药性.肠球菌对链阳霉素、呋喃妥因、链霉素较敏感(耐药率为0.41％～4.53％);对氨苄西林、青霉素、环丙沙星、四环素、庆大霉素、红霉素耐药率较高(耐药率为70.78％～ 91.77％),未发现对替加环素、万古霉素、利奈唑胺耐药的肠球菌;多重耐药情况统计结果显示,对5类抗生素表现耐药性的菌株数量多(86.5％).结论 NICU新生儿肠道定植的大肠埃希菌和肠球菌对抗生素耐药情况较严重,呈现多重耐药性,临床用药应结合药敏实验结果,合理选择抗菌药物.
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鸡来源产超广谱β-内酰胺酶大肠埃希菌携带整合子基因的研究
目的 分析鸡肠道内共生的产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌整合子携带状况以及其与多重耐药性的关系.方法 从甘肃、湖北、北京、四川地区养殖场鸡粪便标本中分离的大肠埃希菌,肉汤稀释法检测菌株的耐药性,WHONET软件进行耐药性分析;筛选出的ESBLs菌株进行整合子的PCR检测和基因测序. 结果 通过药敏试验从鸡粪中分离的224株大肠埃希菌中共检出产ESBLs的菌株54株,分离率为24.1%.产ESBLs的菌株中I类整合子的携带率为63.0%,I类整合子可变区发现的耐药基因有addA1、aadA2、aadA5、aadA22,dfrA12、dfrA17、dfrI,aar-3,分别介导氨基糖苷类、磺胺类抗生素以及利福平的耐药性.aadA22是在国内菌株中首次报道.Ⅱ类整合子携带率为5.6%,携带的耐药基因包括sat、ereA、aadA1.Ⅲ类整合子酶阳性的有3株菌,但其可变区未检出任何耐药基因. 结论 I类整合子主要介导氨基精苷类抗生素和甲氧嘧啶的耐药性,在大肠埃希菌ESBLs菌株的多重耐药性中具有重要的作用,加强养殖动物大肠埃希菌耐药性以及整合子携带状况的监测,对防止耐药菌株的广泛传播,改善临床抗生素的疗效具有重要意义.
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大肠埃希菌临床菌株优势β-内酰胺酶基因型及其诱导表达与抑制的研究
目的 了解浙江地区大肠埃希菌临床菌株优势β-内酰胺酶基因型及其携带模式、β-内酰胺类抗生素诱导β-内酰胺酶基因表达及组氨酸激酶抑制剂氯氰碘柳胺(CLO)抑制其表达的作用.方法 采用微量稀释法和E-test检测大肠埃希菌临床菌株对β-内酰胺类抗生素耐药率和低抑菌浓度(MIC).采用PCR及其产物测序法检测大肠埃希菌耐药菌株β-内酰胺酶基因型及携带模式.采用实时荧光定量RT-PCR和β-内酰胺酶确证试验分别检测1/4 MIC头孢噻肟或青霉素及CLO对大肠埃希菌耐药菌株β-内酰胺酶基因转录和表达的影响.结果 浙江地区61.7％(285/462)大肠埃希菌对青霉素、氨苄青霉素、头孢西丁、头孢噻肟和头孢他啶耐药.285株耐药菌株中,TEM和CTX-M基因检出率(83.2％和75.1％)显著高于KPC、SHV和OXA基因(1.4％～10.2％)(P＜0.01),两种以上β-内酰胺酶基因携带率(68.8％)显著高于单基因(31.2％)(P＜0.01),其中61.4％菌株携带TEM+ CTX-M基因(P＜0.01).除KPC基因外,1/4 MIC头孢噻肟和青霉素能诱导89株β-内酰胺酶单基因菌株TEM、CTX-M、SHV和OXA mRNA水平迅速升高(P＜0.01),但可被50～ 500 μg/ml CLO所抑制(P＜0.01).100 μg/ml CLO预处理后,82.8％ ～ 85.6％耐药菌株对上述抗生素敏感(P＜0.01),β-内酰胺酶检出率也从95.1％下降至16.1％ (P＜0.01).结论 TEM和CTX-M是浙江地区大肠埃希菌临床菌株优势β-内酰胺酶基因型,并以TEM-1+CTX-M为优势携带模式.低浓度头孢噻肟和青霉素可经细菌二元信号系统上调β-内酰胺酶基因表达,但可被组氨酸激酶抑制剂CLO所抑制.
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宁波市大肠埃希菌O157∶H7的发现与监测
为了解和掌握宁波市腹泻病人、动物携带大肠埃希菌O157∶H7状况,于1998～2001年在全市范围内开展了系统的监测工作,结果报告如下.
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绵阳市一起水源性腹泻爆发性流行的调查分析
2001年我市某镇中学因饮用水污染而发生了一起腹泻爆发性流行,经流行病学和实验室病原学证实为侵袭性大肠埃希菌O164型所致.
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食品安全--中国的重大公共卫生问题
食品安全是一项关系到人民健康的重要公共卫生问题,同时也与国计民生休戚相关.食品安全之所以在全球范围内受到密切和广泛关注与近5～6年来国际上食品安全恶性事件连续不断发生不无相关.继二恶英和大肠埃希菌O157∶H7 后,又出现了牛海绵状脑病(疯牛病)等影响食品安全的全球性重大事件.其中,有的病种引起众多消费者急性发病乃至死亡,如20世纪90年代中期大肠埃希菌O157∶H7在日本引起近万人食物中毒;有的病种引起的病例虽然不多,但病死率高、社会影响大,如疯牛病引起人克-雅病;也有的化学污染物(如二恶英、农药和兽药残留的污染等)造成广泛的食品污染,对人体健康具有长期和严重的潜在危害.当前国际食品贸易纠纷中的主要争端问题大多与食品安全有关,如欧盟与美国和加拿大的激素牛肉案,澳大利亚与加拿大关于鲑鱼寄生虫感染案.这些进入世界贸易组织(WTO)争端解决机制的案例造成争端双方在资源、经济和名誉方面的重大损失,乃至威胁社会稳定和国家安全.
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致腹泻大肠埃希菌引起急性肠道感染调查分析
为检测急性肠道感染性腹泻中大肠埃希菌并了解其在人群中的分布状况,我们于2000年5～10月收集了我院肠道门诊急性感染性腹泻病人543份粪便标本进行分离培养、生化鉴定和血清凝集实验以检测致腹泻大肠埃希菌,并用10种抗生素检测该菌的药物敏感性,报告如下.
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基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究
目的 探讨基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究.方法 通过BLAST收集GenBank数据库中135株全基因组测序大肠埃希菌、203株鸟枪法测序大肠埃希菌的CRISPR/Cas和PCR扩增、测序获得本实验室保存361株大肠埃希菌(包括38株大肠埃希菌O157:H7)的CRISPR序列,应用CRISPR Finder在线软件分析CRISPR特征、DNAMAN软件进行间隔序列的比对,使用Clustal X进行cas多序列比对和Mega 5.1软件构建系统进化树.结果 本研究以全新的视角对大肠埃希菌的CRISPR/Cas位置进行描述;结果显示,135株全基因组测序、203株鸟枪法测序和361株本实验室测序的大肠埃希菌中分别有77.04％、100.00％和75.62％的大肠埃希菌具有CRISPR1,分别有74.81％、100.00％和92.24％的大肠埃希菌具有CRISPR2,分别有11.85％、0和1.39％的大肠埃希菌具有CRISPR3和CRISPR4;GenBank数据库下载的全基因组测序的1株和本实验室测序的2株大肠埃希菌存在4个CRISPR位点;缺少cas的CRISPR1下游有插入序列存在.在699株大肠埃希菌中,8株O55:H7、180株O157:H7、8株O157:HNM、40株O104:H4、4株O145:H28有独特的CRISPR;间隔序列的缺失可发生在CRISPR中间;依据I-E和I-F的cas构建系统发育树,均可分为两类.结论 大肠埃希菌的CRISPR/Cas可能作为鉴定强毒株大肠埃希菌或者新型菌株的分子标志物.间隔序列的缺失或获得可能与噬菌体有关.
关键词： 大肠埃希菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 分子标志物 -
食源性微生物危险性评估
早在20世纪初,奶源性结核病和沙门菌病的爆发就已经被人类所认识,并运用巴氏消毒法进行了安全性的控制与预防.20世纪末期,尽管食品科技取得了显著的进展,但世界上却爆发了多起由病原微生物引起的重大食品安全事件.大肠埃希菌O157∶H7于1982年首次报道,但由于缺乏有效、敏感的检测方法,限制了其宿主及污染源的尽早阐明,导致出血性大肠埃希菌O157∶H7在日本等国家的中毒爆发.沙门菌、李斯特菌、葡萄球菌、空肠弯曲菌、副溶血性弧菌、禽流感病毒、口蹄疫病毒等微生物污染的大流行,使国际组织和各国政府对食品安全给予了高度的重视.2002年世界卫生组织(WHO)再次公告,食源性疾病和食品污染是一个巨大的、不断扩大的世界性公共卫生问题.每年发生的食源性疾病达到数十亿例,发达的工业化国家每年也至少有三分之一的人群患食源性疾病,其中约有170万15岁以下儿童因食源性微生物污染引起的腹泻而死亡.
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山区某养鸡场内鸡和周边人群肠道中大肠埃希菌耐药性研究
为揭示养殖业中抗生素的使用与耐药菌传播间的关系,在湖北省恩施地区对某个养鸡场内养殖动物和周边人群肠道中的大肠埃希菌进行了分离、鉴定、耐药性和致病基因的分析.
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多重PCR快速检测致泻大肠埃希菌
大肠埃希菌(Escherichia coli,E. coli)是寄居在人和动物肠道中的正常菌群之一,但其中一些菌株携带毒力基因,具有致病性,能引起人类腹泻,被称为致泻E.coli.
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关于三聚氰胺的新研究进展
食品安全是一项关系到人民健康的重要公共卫生问题,同时也与国计民生休戚相关.食品安全之所以在全球范围内受到广泛关注,与近5～6年来国际上食品安全恶性事件层出不穷有关.继国外二嗯英和大肠埃希菌O157:H7后,又出现了牛海绵状脑病(疯牛病)等影响食品安全的全球性重大事件.2008年9月,中国各地肾结石患儿陆续增多,经调查发现为服用了添加三聚氰胺的"三鹿婴幼儿奶粉"所致(简称三鹿事件),至此,三鹿事件引起社会各界广泛关注.
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大肠埃希菌感染及耐药性分析
大肠埃希菌广泛存在于自然界,属于肠道正常菌群.当机体免疫力低下时,它可引起泌尿道、术后伤口等不同部位的感染.随着广谱抗生素的广泛应用,大肠埃希菌的耐药率愈来愈高,其中产质粒介导的超广谱β-内酰胺酶(ESBL)菌株具有较高的耐药率和多重耐药性,给临床治疗带来很大困难.为此,本文对湖北地区11所医院的大肠埃希菌感染及其耐药情况进行了分析.
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两种常见耐药菌抗菌药物耐药情况的社会经济负担研究
目的 以碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌和头孢噻肟耐药大肠埃希菌为例,开展细菌耐药性的社会经济负担研究.方法 引入伤残调整寿命年、健康效用值等指标,进行细菌耐药情况的社会经济学分析.结果 经测算,2015年全国抗菌药物临床应用监测网187所成员单位住院患者因肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌耐药造成的经济负担分别高达26049.89万元、35232.58万元;患者因疾病所致的伤残引起的健康寿命损失年分别为4658.02年、6634.97年.结论 本研究尝试引入伤残调整寿命年、健康效用值等指标,提供了一种从疾病经济负担角度科学测算耐药性经济影响的思路.
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产超广谱β-内酰胺酶的两种菌株流行情况及其防治
β-内酰胺类药物是目前临床上应用广泛的一类抗生素,随着青霉素类和头孢菌素类的大量应用,对此类药物产生耐药的菌株越来越多.产超广谱β-内酰胺酶(extended-spectrum β-lactamase,ESBLs)是革兰阴性杆菌对第三代头孢菌素和单环β-内酰胺类抗生素耐药的主要和常见原因.目前产ESBLs菌株日益增多,其中以肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌为主.
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中药联合抗菌素对病房内感染性与非感染性疾病的影响
耐药菌的感染目前比较严重,而中药对抗生素有不同程度的增效作用,可提高耐药菌对抗生素的敏感性,使抗生素大限度地杀灭细菌.同时,研究证明,细菌对中药尤其是中药复合制剂不易产生耐药性[1].本文分别观察中药联合哌拉西林-三唑巴坦替换第三、四代头孢菌素对这两类患者直肠拭子产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌获得率的影响.
