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CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价
目的 探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)4上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果.方法 通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500 bp侧翼序列,使用C1ustalX进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列,以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果.结果 73.4％(149/203)的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统,包含了A、B1、D种系;8.4％(17/203)的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2％ (35/203)的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas,这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas.在大肠埃希菌(B2种系外)、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌(B2种系)各存在61 bp侧翼序列,序列一致性为99％,且有种属特异性,PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均＞91％.结论 基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌,且具有很好的效果.
关键词： 大肠埃希菌 志贺菌 成簇规律间隔的短回文重复序列 侧翼序列 鉴定 -
不同因素对非甲基化CpG ODN佐剂活性的影响
CpG ODN即含有胞嘧啶鸟嘌呤二核苷酸的寡脱氧核苷酸,研究发现,非甲基化的CpG ODN能够显著促进机体的特异性及非特异性免疫应答,是一种高效的TH1型疫苗佐剂,它的佐剂活性与其结构有着密切的关系.我们综合考虑了可能影响CpG ODN佐剂活性的6个因素,即骨架是否进行了硫代修饰、是否具有回文结构、CpG基序侧翼序列的种类、CpG基序数量的差异、是否含有5′-poly(A) 结构以及免疫时间的长短,利用正交试验设计合成了10种不同序列的CpG ODN(表1).
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多重PCR-SSCP快速检测因子Ⅸ基因突变
遗传性因子Ⅸ(FⅨ)缺乏症,又称血友病B是一种X连锁的隐性遗传病,发病率为1.0/10万～1.5/10万,大多数患者主要表现为出血倾向.其发病原因是因为FⅨ基因结构发生异常,从而导致FⅨ质或量发生改变.对血友病B进行基因诊断,不仅可以从分子水平上阐明其发病机制,而且有利于产前诊断,减少患儿的出血,提高人民的健康水平.FⅨ基因位于Xq 26.3～27.1,全长34 kb,由8个外显子,7个内含子以及侧翼序列组成.除了PolyA以外,已知的基因部位内都能检测到突变,且其突变具有多态性[1].我们应用多重PCR-SSCP技术对2例血友病B患者的FⅨ基因突变进行了快速检测,现报道如下.
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应用Tail-PCR分析sul1和tetW侧翼功能序列
目的 基于对抗生素抗性基因(sul1和tetW)侧翼序列分析,为研究其水平或垂直传递相关保守元件和机制提供方法 学基础和理论依据.方法 运用普通PCR对天津海河流域底泥中抗性基因进行定性分析,以多个样品的总DNA提取物为模板,运用Tail-PCR扩增分析sul1、tetW的侧翼序列.结果 磺胺类和四环素类抗性基因sul1和tetW普遍存在,并获得了sul1的左侧序列1 100bp,tetW右侧序列两条为608 bp、862 bp.结论 通过序列分析发现了多种保守结构域相关序列,以及全新的序列特征,结果 表明磺胺抗性基因与氨基糖苷类药物抗性基因存在连锁现象,四环素抗性基因与TnB1230存在连锁,并成功摸索了从混合模板中Tail-PCR获取特定位点多个侧翼序列的方法.
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染色体步移技术的应用进展
染色体步移技术是一种重要的分子生物学研究技术,该技术现阶段主要分为结合基因组文库的染色体步移技术和基于PCR扩增的染色体步移技术.鉴于染色体步移技术可以克隆已知序列相邻的侧翼序列,所以主要应用于克隆已知序列的侧翼启动子和调控原件、鉴定T-DNA转座子或转座子的插入位点、探知特定位点的上下游序列和染色体人工测序中的空隙填补,从而获得完整的基因组序列.随着染色体步移技术的不断改进,其在基因组学和分子生物学中得到了广泛的应用.该文就目前染色体步移技术的应用及进展加以综述.
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免疫刺激序列CpG的构-效关系
免疫刺激序列CpG是近年来研究的热点;其特征结构如CpG核心、侧翼序列及其回文、磷酸戊糖骨架等都对免疫刺激特性有重要影响.本文就其构-效关系作一综述.
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志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列系统结构特征的生物信息学分析
利用生物信息学方法探索志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)系统结构的特征.本文通过BLAST、序列比对、RNA二级结构预测等方法对志贺菌CRISPR进行研究.结果显示:志贺菌的4个群中均发现有CRISPR结构,其侧翼上、下游序列可分为相同组群,在leader序列中存在具有回文性质、相对保守的motif;侧翼序列与重复序列具有相同的分组,重复序列有一定的保守性,可以形成以“茎”为主和以“环”为主两类不同的RNA二级结构;间隔序列与质粒或噬菌体有一定的同源性.本研究表明重复序列与侧翼序列间存在相关性,重复序列可能作为一种识别机制来介导外源元素与Cas蛋白间的相互作用.
关键词： 志贺菌 成簇的规律间隔的短回文重复序列 侧翼序列 重复序列 间隔序列 -
X-性连锁鱼鳞病一家系STS基因及其侧翼序列检测
目的 检测一个中国X-性连锁鱼鳞病(XLI)家系类固醇硫酸酯酶(STS)基因及其侧翼序列突变情况.方法 收集家系患者临床资料,抽取该家系中患者、表型正常者及与该家系无关的50例健康人外周血,提取外周血DNA,PCR扩增外周血基因组DNA的STS基因及侧翼序列.结果 家系中全部患者均存在STS基因及侧翼序列DXS1139-DXS22S1缺失,而表型正常者及50例健康人未发现这种缺失.结论 STS基因及侧翼序列缺失是导致该家系患者临床表型的原因.
