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低剂量辐射后小鼠血清的蛋白质组学研究
本研究应用蛋白质组学方法探讨低剂量辐射对造血系统的作用机制,筛选与低剂量辐射作用机制相关的蛋白质,为低剂量辐射的临床应用提供实验依据和理论基础.利用双向凝胶电泳建立低剂量辐射后不同时间点小鼠外周血血清与假照射组蛋白质组二维凝胶电泳图谱,利用MALDI-TOF-MS生物质谱对差异表达的蛋白质进行鉴定分析.结果表明:低剂量照射后,与假照射组相比照射组新出现的蛋白点有4个,表达上调的蛋白点有13个,表达下调的蛋白点有6个,消失的蛋白点有3个.某些蛋白的表达在照射组不同时间点呈现动态的变化规律,经质谱鉴定发现雌激素受体在照射组表达下调,维生素D结合蛋白及载脂蛋白等在照射组表达上调.结论:低剂量辐射使血浆中某些蛋白表达上调或下调,并发现了一些与低剂量辐射作用机制相关的蛋白质.
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Jo-1抗原的质谱分析
目的 制备纯化的Jo-1抗原,进一步研究Jo-1/抗Jo-1系统的本质.方法 从兔胸腺中提取粗制Jo-1抗原后经亲和层析纯化,采用液相色谱-电喷雾离子阱质谱分析肽谱和各肽段的氨基酸序列,经数据库检索鉴定Jo-1抗原的生化性质.结果 用液相色谱-电喷雾离子阱质谱对Jo-1抗原进行分析,发现得分较高的有谷氨酰-tRNA合成酶和酪氨酰-tRNA合成酶.结论 谷氨酰-tRNA合成酶和酪氨酰-tRNA合成酶有可能是Jo-1抗原的不同亚型.
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皮质发育不良大鼠差异蛋白的筛选及其致痫作用的探讨
目的 寻找皮质发育不良大鼠脑组织(皮质和海马)与正常对照组织在不同发育阶段的差异表达蛋白质,探讨这些蛋白质在皮质发育不良所致癫痫发生机制中的作用.方法 妊娠晚期(孕17d)Sprague-Dawley大鼠腹腔注射卡莫司汀(15 mg/kg)诱导仔鼠皮质发育不良.提取新生期(出生后7d,记作P7)及成年仔鼠(p60)新皮质及海马组织蛋白,运用双向凝胶电泳技术构建卡莫司汀诱导皮质发育不良鼠和正常鼠皮质及海马组织在新生期及成年期的蛋白质表达谱,通过比对分析筛选出差异表达的蛋白质斑点.应用MALDI-TOF-MS技术平台对差异为显著的部分蛋白进行鉴定.结果 在模型组和对照组之间共筛选出57个差异表达蛋白质斑点(P ＜0.05,35个来自新生期,22个来自成年期),其中35个在模型组表达上调,22个在模型组表达下调.12个蛋白质斑点得以成功鉴定,包括微管蛋白、肌动蛋白、胶质纤维酸性蛋白、生长相关蛋白43、广泛型线粒体肌酸激酶、甘油醛-3-磷酸脱氢酶和脑型原肌球蛋白等蛋白或其亚单位线粒体肌酸激酶广泛型亚型.结论 鉴定的蛋白质参与细胞骨架构成、突触形成和线粒体功能活动等多种生理过程,它们的表达改变可能在皮质发育不良致癫痫发生的机制中发挥重要作用.
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递增负荷运动对大鼠心房肌蛋白质组研究的影响
目的:通过探讨递增负荷运动对大鼠心房肌蛋白质组的影响,以筛选出心房肌组织中对运动应激具有重要意义的差异性表达的目标蛋白质,在蛋白质组学水平上研究运动对心脏功能与结构影响的规律.方法:10只雄性SD大鼠,分为运动组(n=5)和对照组(n=5).递增负荷运动训练7周,力竭运动后6h,运动组和对照组同时麻醉处死.提取心房肌组织的全蛋白,依次对样品蛋白进行pH梯度-SDS双向凝胶电泳分离蛋白、改良考马斯亮蓝方法染色、基质辅助激光解吸离子化飞行时间串联质谱分析.结果:运动组和对照组蛋白质斑点数目分别是354±40个和382±24个;共获得具有两倍以上差异性表达的蛋白质点104个;运动后上调两倍以上的蛋白质点66个,运动后下调两倍以上的蛋白质点38个.选择差异性表达5倍以上的蛋白质点为目标蛋白进行质谱分析,共鉴定出5个蛋白质点.结论:在运动应激状态下,大鼠心房肌蛋白质发生了明显的差异性表达,这些差异性表达的蛋白质点为进一步深入运动对心脏结构与功能影响的新的目标蛋白提供了实验依据.
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血浆置换对慢性重型乙型肝炎患者血浆蛋白质组影响的初步研究
目的 探讨慢性重型乙型肝炎血浆置换(PE)治疗前后的血浆蛋白质组变化,为研究PE治疗重型肝炎的作用机制及寻找治疗靶标提供新的线索. 方法 收集慢性重型乙型肝炎患者PE前后血浆各15份,去除血浆中高丰度蛋白质.应用双向凝胶电泳(2-DE)技术构建两组研究对象血浆蛋白2-DE图谱,经Image Master差异分析软件进行分析,寻找差异蛋白质点.用电喷霉离子串联质谱(ESI-MS/MS)对重要的差异蛋白质点进行鉴定.结果 经过样品预处理后,血浆中白蛋白和免疫球蛋白IgG等高丰度蛋白质含量明显减少,低丰度蛋白得到较好的富集.PE前组蛋白质点297个,PE后组蛋白质点305个,筛选出3倍以上的差异蛋白质点15个,鉴定了5个差异蛋白质,其中在PE后血浆中上调的蛋白质有补体因子B(Complement factor B precursor,CFB,点1)、CD5 antigen-like蛋白(CD5 antigen-1ike precursor,点2)、纤维蛋白原B链(Fibrinogen beta chain precursor,FGB,点3)、触珠蛋白(Haptoglobin precursor,点4),下调的蛋白质有载脂蛋白E(Apo-E,点5).结论 鉴定了5个PE治疗前后差异表达的蛋白质,这些蛋白表达的改变提示PE可以干预机体脂蛋白代谢、蛋白质分解合成代谢,并能调节机体免疫功能,补体旁路活化途径等.深入研究这些蛋白质结构和功能对于进一步揭示PE的治疗作用机制具有重要的临床意义.
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血清蛋白质谱模型在肝硬化诊断中的应用
肝硬化是我国常见的疾病之一,由肝硬化发展的肝癌的病死率在恶性肿瘤中居第三位,仅次于胃癌与食管癌,严重地威胁着人们的健康.肝硬化、肝癌的早期诊断较为困难,目前有关的研究显示肝病的发病和机体免疫应答功能以及宿主遗传基因的多态性特点有直接关系.但在发病的过程中,人体基因表达蛋白质谱及其发病过程中的变化仍然是一个新的领域.哪些蛋白质的变化可以直接反映肝硬化、肝癌等病情,是本领域中为关键的问题.通过分析和监视相应蛋白质的变化、作用,能够及时掌握患者病程的特点和进展的趋势,有利于病情的诊断和个体化治疗方案.
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表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱在胃炎诊断中的应用研究
胃炎是常见消化道疾病之一.目前确诊主要依赖胃黏膜活检,但这种创伤性诊断会给患者造成痛苦.而现用的诸多实验室方法的假阳性较高.本研究用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术对胃炎患者、胃溃疡、胃癌和健康志愿者血清蛋白质行对比分析,以筛选可用于临床胃炎诊断的特异性生物标志.
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流式细胞术的发展与展望
流式细胞术是一种基于单颗粒的高通量、高内涵检测的技术被广泛应用于生命科学和临床诊断,诞生至今已有52年的历史.近年来,流式细胞仪在液路、光路(包括新型染料)和信号转化、数据采集、计算等方面发展迅速,而且和质谱、微流控、图像处理和拉曼光谱等技术结合衍生出新型的流式细胞仪,为个性化医疗背景下血液学、免疫学、肿瘤学等提供单细胞水平的更快、更精、更广的组学信息.流式细胞术的标准化和质控管理的不断完善为流式细胞术的临床应用提供了坚实的保障.
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多重耐药微生物的实验室检测新技术
以核酸体外放大为基础,直接检测与微生物耐药有关基因及突变的实验室技术近年来快速崛起.快速、准确的分子生物学检测方法 将在全球的多重耐药微生物防控中起决定性作用.笔者对多重PCR技术结合溶解曲线分析、反向线性杂交技术、基因芯片技术、飞行时间质谱技术及现场即时分子检测技术及其在微生物耐药检测中的应用进行综述.
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福氏志贺杆菌2a 2457T免疫蛋白质组学方法的建立
目的:建立福氏志贺杆菌2a 2457T的免疫蛋白质组学研究方法.方法:提取福氏志贺杆菌2a 2457T全菌蛋白进行不同pH梯度的双向电泳,结合Western Blotting技术寻找发生免疫反应的蛋白质.结果:蛋白经胶内酶切后使用基质辅助激光解析/电离飞行时间(MALDI-TOF)质谱鉴定了19个免疫反应蛋白点,对应于10种蛋白质.结论:该文成功建立了福氏志贺杆菌2a2457T的免疫蛋白质组学研究方法,为寻找保护性抗原的工作打下了基础.
关键词： 福氏志贺杆菌 Western blotting 免疫蛋白质组学 双向电泳 质谱 -
人肝癌细胞系HepG2与HepG2.2.15差异HLA结合肽的分离与鉴定
目的:分离并鉴定整合表达HBV的人肝癌细胞系HepG2.2.15及其母细胞系HepG2的差异HLA Ⅰ类分子结合肽,寻找与HBV感染相关的HLA结合肽.方法:洗涤法得到HepG2和HepG2.2.15细胞表面的HLA Ⅰ类分子及与其结合的肽段.效液相色谱(HPLC)对两种细胞的洗脱肽段进行分离和图谱比较,挑选出HepG2.2.15特有的峰段进行纳升电喷雾串联质谱(nanoESI-MS/MS)分析,结合MASCOT数据库检索和从头测序,分析多肽的序列和来源.后采用RT-PCR法进行mRNA表达检测.结果:HPLC对比显示HepG2和HepG2.2.15的HLA结合肽存在显著差异.利用nanoESI-MS/MS技术从HPLC差异峰段中分离鉴定出一条来源于已知蛋白人烯醇酶-1(enolasel,ENO1)的多肽SPDDPSRYISPDQ.RT-PCR结果显示,ENO1在HepG2和HepG2.2.15细胞中均有表达,且在HepG2.2.15细胞中表达明显高于HepG2细胞.结论:来自ENO1的多肽SPDDPSRYISPDQ能够被HLA Ⅰ类分子提呈到HepG2.2.15细胞表面,且ENO1 mRNA在HepG2.2.15细胞中的表达显著高于HepG2细胞.提示HBV感染可能引起ENO1表达上调.
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IL-1β致乙酸性胃溃疡复发大鼠的比较蛋白质组学分析
目的:筛选胃溃疡复发相关的蛋白质,进一步揭示胃溃疡复发的分子机制.方法:以乙酸制备胃溃疡模型,并用IL-1β诱导复发.采用二维凝胶电泳(2-DE)技术分离胃溃疡复发大鼠胃溃疡处组织及正常大鼠相应处胃组织的总蛋白质,图像分析识别差异表达的蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)得到相应的肽质量指纹图(PMF),搜索数据库鉴定蛋白质.结果:获得分辨率较高、重复性较好的胃溃疡复发大鼠和正常大鼠胃组织的2-DE图谱,质谱分析共鉴定了12个差异蛋白质点,其中7个表达上调,含热休克蛋白27(HSP27)、葡萄糖调节蛋白(GRP78)、L-乳酸脱氢酶轻链、磷酸甘油醛脱氢酶、血红蛋白β链、过氧化物酶2、过氧化物酶1;5个表达下调,含膜联蛋白A2、热休克蛋白60、氯离子通道蛋白1、黏着斑蛋白、凝溶胶蛋白.随即采用免疫组化法检测差异蛋白质HSP27和GRP78在两类组织中的表达,结果显示胃溃疡复发组HSP27和GRP78阳性细胞百分率均显著高于正常对照组(HSP27:27.90%±5.34% vs 22.10%3.67%,P＜0.05;GRP78:43.00%±4.52% vs 26.30%±3.95%,P＜0.01).结论:差异蛋白如HSP27和GRP78等可能以不同的方式参与了胃溃疡的复发过程,为揭示胃溃疡复发的机制提供了线索.
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Pol Ⅱ-ChIP-PE-MS方法的建立及其在SNP功能研究中的应用
目的:建立RNA多聚酶Ⅱ-染色质免疫沉淀-引物延伸-飞行时间质谱技术(PolⅡ-ChIP-PE-MS),并利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量,为活体状态下研究疾病关联基因SNP的功能研究提供一种高通量的研究手段.方法:采用PCR-RFLP方法对HepG2细胞印迹基因SNRPN(仅父源等位基因表达)基因组DNA和cDNA进行基因分型,利用PolⅡCTD末端Ser5特异性抗体进行染色质免疫沉淀,针对SNP位点两侧序列设计PCR引物和延伸引物,以外侧引物进行PCR扩增,采用延伸引物进行VLET引物延伸,产物纯化后经MALDI-TOF质谱鉴定.结果:对SNRPN杂合子细胞的SNRPN C1654312T SNP进行PolⅡ-ChIP-PE-MS分析发现,基因组DNA样本和染色质免疫沉淀前样本在C、T等位点都包含相同PolⅡ结合量,但免疫沉淀后标本(被磷酸化RNA多聚酶Ⅱ结合的染色质)就仅在T等位点有结合,与产生mRNA转录的等位点相对应.结论:成功建立起PolⅡ-ChIP-PE-MS方法,利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量是可靠的,可以利用PolⅡ-ChIP-PE-MS策略鉴定疾病关联基因SNP的功能.
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代谢组学分析技术及其在消化道肿瘤中的应用进展
代谢组学作为系统生物学的一个分支近年发展迅速. 核磁共振技术、各种色谱质谱技术以及毛细管电泳技术的发展和联用, 使得代谢组学在肿瘤学方面有着越来越深入的研究. 消化道恶性肿瘤作为人类常见的一类肿瘤, 由于患者早期并无特异性症状, 临床发现时多已为进展期, 化疗毒性反应严重, 病死率高. 当前代谢组学作为肿瘤学的研究方法之一, 能从代谢的角度整体分析疾病, 在消化道恶性肿瘤的早期诊断等方面的研究已初显优势. 本文主要介绍代谢组学各类技术方法及其在消化道恶性肿瘤中的应用, 并对其今后的发展趋势作出展望.
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应用蛋白质组学技术筛选胰腺癌生物标志物的研究进展
胰腺癌是一种十分凶险的恶性肿瘤.胰腺癌早期症状不明显,临床确诊的患者多已处于中晚期,大多失去手术治疗机会.蛋白质组技术的快速发展为研究胰腺癌发病机制、发现早期诊断和预后的生物标志物提供了可能.本文就蛋白质组学技术在胰腺癌细胞系、组织、血清和胰液等方面的应用作一综述.
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SELDI蛋白指纹技术在肿瘤早期诊断中的应用
血清蛋白组学模式诊断技术是一种新型的蛋白组学平台,在此平台上通过高维质谱所获得的蛋白指纹图谱可用做疾病的诊断标准.此技术在早期肿瘤的检测中具有巨大应用前景.目前发现通过SELDI蛋白指纹技术所获得的生物标记物,大多数是在特异性肿瘤微环境中所产生的低分子质量蛋白碎片.通过多种肿瘤的检测表明,其敏感性和特异性均优于传统的肿瘤标记物,对某些肿瘤的敏感性已达100%,特异性也超过95%,因而在肿瘤早期诊断和早期预警中具有重要临床应用价值.
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高脂血症性胰腺炎患者代谢组学研究
核磁共振波谱(nuclear magnetic resonance,NMR)、气相色谱-飞行时间质谱(gas chromatography time-of-flight mass spectrometry,GC-TOF MS)等是当前代谢组学的主要分析手段.
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支气管哮喘蛋白质组学研究的现状和前景
蛋白质组学是后基因组时代一项重要的生命科学的研究手段,近年在支气管哮喘的发生、发展方面的研究方兴未艾.它主要依托质谱和二维电泳技术比较正常和病理状态下组织或细胞的差异蛋白质的表达,结合生物信息学的方法,从而研究疾病的发病机制及为临床提供诊断和治疗靶点.在哮喘的研究中目前主要是比较蛋白质组学的研究,发现新的靶标为临床服务同时探讨其发病机制.
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比较蛋白质组学在大肠癌中的研究进展
比较蛋白质组学是针对不同空间、不同时间上动态变化着的蛋白质组的整体比较,分析不同蛋白质组之间蛋白质在表达数量、表达水平和修饰状态上的差异,研究差异蛋白质及其功能.本文旨在从细胞、组织和体液方面,介绍比较蛋白质组学在大肠癌中的研究进展.
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基于质谱的肿瘤标记物实验室检测方法的研究进展
生物标记物(biomarker)是近年来随着免疫学和分子生物学技术的发展而提出的一类与细胞生长增殖有关的标志物.生物标记物不仅可从分子水平探讨发病机制,而且在准确、敏感地评价早期、低水平的损害方面有着独特的优势,可提供早期预警、疾病的诊断、指导治疗,药物敏感度和判断预后等信息,很大程度上为临床医生提供了辅助诊断的依据[1] ,其中应用为广泛的是关于肿瘤标记物(tumor marker)的研究,肿瘤标记物是指由肿瘤组织产生或机体对肿瘤组织的反应而产生的异常表达的活性物质,包括激素、酶、特异性和非特异性的糖蛋白或糖脂等,可用于指示肿瘤的存在[2] .临床上主要用于对原发肿瘤的发现、肿瘤高危人群的筛查、良、恶性肿瘤的鉴别诊断、肿瘤发展程度的判断、治疗效果的评价以及预后与复发的预测等.
