小鼠淋巴瘤细胞经有限代次培养后Tk基因及相邻位点的基因型分析

小鼠淋巴瘤细胞胸腺嘧啶激酶基因突变测试(mouse lymphoma assay,MLA),现已广泛应用于化学物质的潜在遗传毒性检测[1-2].我国也已将该检测方法纳入保健食品毒理学测试规范和安全性评价程序[3].

BAT-26预测散发性大肠癌的复制错误

目的:微卫星不稳定(microsatellite instability MSI)是DNA 复制错误(replication error RER+)的标记,BAT-26系位于错配修复基因hMSH2中的单腺苷酸重复序列位点,曾被报道无需正常对照就可用于预测散发性大肠癌RER状况,我们选择BAT-26并与其他双核苷酸重复序列位点进行比较加以验证与评价.方法:经病理确诊的散发性大肠癌肿瘤组织60例,常规抽提DNA,采用PCR-银染法分析6个(CA)n双碱基重复微卫星序列和BAT-26位点,并用自动荧光DNA序列分析法检测BAT-26;同时以PCR-SSCP法检测RER+病例hMSH2基因5,7,8,1 2,13,15外显子突变;RER+判断依6个(CA)n位点中出现2个或以上MSI为标准.结果:RER+散发性大肠癌占18%(11/60),6例RER+肿瘤检出hMSH2基因突变.含hMSH2基因突变的6例RER+病例中有3例BAT-26不稳定(BAT-26+),44例RER-散发性大肠癌均为BAT-26-.与(CA)n位点结果比较,BAT-26预测RER的阳性符合率为50%,阴性符合率为100%,BAT26+在预测散发性大肠癌RER+特异性为100%,敏感性为50%.PCR-银染和自动荧光DNA序列分析两种方法检测BAT-26 MSI结果一致.结论:单用BAT-26作为预测RER状况的指标尚有缺陷,需结合其他微卫星位点进行综合分析.

胃癌微卫星不稳定与错配修复蛋白表达的缺失

目的:分析胃癌组织微卫星不稳定性、错配修复蛋白表达以及二者的关系,探讨胃癌发生的分子生物学机制.方法:胃腺癌及癌旁组织标本56例,高分化癌22例,中低分化癌34例,早期癌20例,中晚期癌36例,常规酚-氯仿法提取DNA,选取基因组上的五个微卫星位点BAT-26、D17S261、D3S1283、D2S123和D3S1611,进行PCR扩增,扩增产物加入GeneScan 500size standard共同热变性后,用60 g/L的SLPA添加8m0l/L尿素做筛分递质的毛细管电泳进行分析.被检测的五个微卫星位点如出现两个或两个以上位点的不稳定,定为微卫星的高度不稳定(MSI-H),一个位点出现不稳定、定为微卫星的低度不稳定(MSI-L),没有位点出现不稳定、定为微卫星稳定(MSS).石蜡切片常规免疫组织化学SP方法检测hMLH1和hMSH2蛋白的表达,肿瘤组织上皮细胞核不着色,而周围组织上皮细胞核着色判定为hMLH1或hMSH2蛋白表达的缺失.结果:在56例胃腺癌中,有14例(25%)表现为MSI-H,14例(25%)有错配修复蛋白表达的缺失.在14例MSI-H的胃癌组织中,11例(79%)有hMLH1或hMSH2表达的缺失,42例MSI-L/MSS的胃癌组织仅3例(7%)有hMLH1或hMSH2表达的缺失.胃癌的MSI-H与错配修复蛋白表达的缺失高度相关(P＜0.01).其中的22例高分化腺癌有7例(32%)表现为MSI-H、6例(27%)有错配修复蛋白表达的缺失,34例中低分化腺癌7例(21%)表现为MSI-H、8例(24%)有错配修复蛋白表达的缺失,20例早期腺癌有1例(5%)表现为MSI-H、3例(15%)有错配修复蛋白表达的缺失,36例中晚期腺癌13例(36%)表现为MSI-H、11例(31%)有错配修复蛋白表达的缺失.微卫星不稳定性在中晚期胃癌明显高于早期胃癌(P＜0.05),但在不同分化程度的胃癌差异不明显;MMR蛋白表达缺失在高分化与低分化以及早期与中晚期的胃癌均无显著性差异.结论:细胞错配修复功能缺陷与部分胃癌的发生有关,而与胃癌的生物学行为无关;胃癌的微卫星不稳定性随着肿瘤的演进而增加.

胃黏膜异型增生组织中微卫星不稳定性的检测及其意义的探讨

目的:胃黏膜异型增生是胃癌的癌前病变,胃癌的发生可能是胃黏膜异型增生过程中的一系列基因变异累积引起胃黏膜细胞发生恶性转化所致.微卫星不稳定性(MSI)是DNA基因组不稳定的重要标志,研究胃癌和癌前病变组织MSI的存在情况,有助于从基因组不稳定的角度探讨胃癌可能的发生机制以及MSI在胃癌发生过程中的可能作用.方法:胃癌30例、异型增生组织30例分别提取病变组织及相应正常组织的DNA,应用银染PCR-SSCP技术检测5个微卫星位点不稳定性的存在状况.结果:胃癌组织MSI的发生率23.3%,胃窦癌MSI的发生率显著高于贲门癌(10% vs 3.3%,P=0.044).胃黏膜异型增生组织的MSI发生率30%,MSI与异型增生的程度无明显关系.结论:MSI是胃癌多步骤发生过程中的早期分子事件,对胃癌的发生和发展可能具有重要作用.

散发性结肠直肠癌肿瘤分化及转移相关基因杂合缺失分析

目的探讨散发性结肠直肠癌患者2号染色体上可能的肿瘤转移相关基因位点.方法以2号染色体上30个不同荧光标记的高度多态性微卫星引物对83例散发性结肠直肠癌患者基因组DNA扩增相应的微卫星位点,用ABI PRISM 377 测序仪进行基因扫描,检测各位点杂合缺失率,比较与肿瘤分期、分化的关系.结果 24个位点获得有效数据,平均遗传距离为11厘摩(cM),杂合缺失率平均为15.16%,较高的有2个位点:D2S206(2q33-37)的32.08%和D2S364(2q32.1)的31.03% ,其余位点的杂合缺失率均小于20.00%;D2S142(2q24.1)、D2S126(2q35)、D2S2211(2p24.2)、D2S305(2p23.3) 的杂合缺失率随着肿瘤恶性程度的增加而增高,后2个位点间的缺失有相关性.结论已知几个错配修复基因位点附近的微卫星位点并无高频杂合缺失发生,D2S305(2p23.3)到D2S2211(2p24.2)之间区域为整体性缺失,此区域和D2S142(2q24.1)、D2S126(2q35)2个位点与肿瘤的恶性程度相关,提示存在未知的肿瘤分化和转移相关基因的可能.

胆囊结石病致病基因的定位研究

目的寻找中国人群胆囊结石病的致病基因.方法采用荧光标记微卫星位点,对12个胆囊结石病家系进行全基因组扫描;采用非参数分析软件GENEHUNTER和参数分析软件BATCHLINK进行连锁分析,寻找染色体上与胆囊结石病发病有关的位点.按患者发病年龄、体重指数、胆固醇和甘油三酯水平等指标,对家系进行分组分析.结果染色体上D3S1266、D4S406、D9S1682和D11S902位点,提示与胆囊结石病发病有关.其中D4S406 和D9S1682的非参数分析优势对数值(NPL)分别为1.77 (P=0.05)和1.92(P=0.04),参数分析优势对数值(LOD)分别为1.84和2.07.D3S1266位点的LOD值为1.35.D11S902位点传递不平衡检验,P值为0.0027.高发病年龄组D3S1266位点的LOD值由1.35上升到2.71,高甘油三酯组D9S1682位点的LOD值由2.07上升到2.40.结论 3号、4号、9号和11号染色体上,可能有胆囊结石病致病的基因位点;3号染色体上的致病基因位点可能与发病年龄较大患者发生胆囊结石病有关;9号染色体上致病基因位点可能与伴有高甘油三酯患者发生胆囊结石病有关.

胰腺癌中微卫星不稳定性与错配修复基因表达的相关性研究

本研究检测35例胰腺癌标本中的5个微卫星位点,用单链构象多态性(SSCP)法对标本进行微卫星不稳定(MSI)分析,进一步检测胰腺癌及正常胰腺组织中hMSH2和hMLH1的蛋白表达及启动子CpG岛甲基化状态,分析MSI与胰腺癌错配修复基因表达之间的联系,探讨MSI致癌的可能机制.

散发性结直肠癌患者5号染色体杂合缺失分析

目的探讨散发性结直肠癌患者5号染色体上与抑癌基因相关的杂合缺失(LOH)情况,并探索新的抑癌基因位点.方法对83例散发性结直肠癌患者基因组DNA,以15个不同荧光标记的高度多态性微卫星引物(平均遗传距离12.67 cm)扩增相应的微卫星位点,用ABI PRISM 377 测序仪进行基因扫描,统计各位点杂合缺失率.结果在15个微卫星位点中,平均杂合缺失率为25.80%.5p中高为D5S416,占48.15%;5q中高为D5S471,占38.71%.D5S471周围的3个位点(D5S428、D5S2027和D5S2115)也存在高频的杂合缺失(>30.00%).结论 5号染色体上存在着高频的杂合缺失,其中5q13.3～31.1区域中,有与结直肠癌发生密切相关的APC、MCC、CTNNA1及IL家族等基因;而在5p15.1上的D5S416的杂合缺失率高达48.15%,此区域至今尚未发现与结直肠癌相关的基因位点,估计可能有未知的抑癌基因存在.

封闭群实验用小型猪遗传标准的建立

目的 建立封闭群实验用小型猪遗传质量标准和遗传质量检测方法.方法 根据群体遗传学理论,参照实验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制(GB 14923-2001),在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群实验用小型猪遗传标准.检测方法 采用微卫星标记分析技术.从GeneBank中挑选出的100个猪微卫星位点进行PCR扩增和条件优化,通过琼脂糖电泳、聚丙烯酰胺电泳和STR扫描三级筛选,根据位点在染色体分布情况和等位基因数目、多态性等优化出适于封闭群实验用小型猪遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法.结果 初步建立了封闭群实验用小型猪遗传质量标准和检测方法.

封闭群长爪沙鼠遗传标准的建立

目的 建立封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和遗传质量检测方法.方法 根据群体遗传学理论,参照实验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制(GB14923-2001),在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群长爪沙鼠遗传标准.检测方法采用微卫星标记分析技术.从GeneBank中挑选出的536个小鼠微卫星位点对长爪沙鼠基因组DNA 进行PCR扩增得到135个长爪沙鼠微卫星,并优化PCR扩增条件,通过琼脂糖电泳和STR扫描二级筛选,根据位点在染色体分布情况、等位基因数目和多态性等优化出适于封闭群长爪沙鼠遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法.结果 初步建立了封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和检测方法.

中国汉族人群Ⅱ型糖尿病家系1号染色体易感基因的精细定位

目的通过增加微卫星位点密度、扩大样本量,对以前定位到1号染色体上的中国北方汉族人群2型糖尿病相关易感基因研究结果进行验证.方法运用基因组扫描的方法,经多重PCR、电泳、GeneScan及Genotyper程序分析获取位点信息,后经参数及非参数连锁分析,得到相关的P值、NPL值(Z值).结果共扫描了5个区域34个位点,检出约12 000个基因型.经GENEHUNTER 2.0软件分析,其中的8个位点可能与糖尿病相连锁(P<0.05,NPL值大为2.17),它们分布于3个区域,尤其是第1个区域(1p36.3-1p36.23),其每一个位点都显示与糖尿病相连锁,前后分布于1个长达16.9 cM的范围内.另外2个区域未检出阳性结果.结论证实了全基因组扫描所获得的结果.尤其是,在所研究的1P末端区域,所有研究位点都显示与疾病连锁,这些位点分布在一个很宽的范围内,提示该区域可能蛰伏着多个糖尿病易感基因.

微卫星位点在刚地弓形虫分类中的应用

胃癌活检组织中p73基因mRNA表达

应用反转录多聚酶链反应技术(RT-PCR)及单链长度多态性分析法(SSLP),对45例胃镜活检取材的胃癌及相应正常组织标本中p73基因mRNA表达水平及p73基因微卫星位点的杂合缺失(LOH)进行分析,探讨该基因表达水平改变及杂合缺失与胃癌发生、发展的关系.

大肠癌p53、Rb位点微卫星不稳定性及其蛋白表达的研究

本研究采用免疫组化和PCR-SSLP法,分别对56例大肠癌的p53、Rb蛋白表达及其微卫星位点不稳定性进行检测,探讨微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)在大肠癌发生中的作用及其临床意义.

皖南山区猕猴种群的形态特征与微卫星遗传多样性初步分析

目的 为建立封闭群实验猕猴,对皖南山区猕猴种群的遗传背景进行了初步调查.方法 活体测量了18只猕猴的形态特征变量,并使用微卫星标记对33只猕猴进行了遗传多样性分析.结果 体重变量具有显著的性别差异,躯干变量具有显著的年龄差异.同时从12个微卫星标记中筛选出9个具多态性标记,在猕猴群中平均检测到8个等位基因,群体杂合度H=0.825±0.106,多态信息含量PIC=0.788±0.121.结论 皖南山区猕猴种群的形态特征体现了福建亚种的特性,在微卫星水平上表现出较高的遗传多样性,适合进行引种并建立猕猴的封闭群.

燃煤型砷中毒皮损D9S287、D13S153位点微卫星不稳定性的检测

我们在既往对燃煤型砷中毒患者的研究中发现:与p16、p53基因紧密连锁的D9S319、TP53.PCRl5两个微卫星位点存在微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)和杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)[1].为了进一步探讨砷中毒致皮肤癌的机制,我们又对与PTCH基因紧密连锁的D9S287及与Rb 基因紧密连锁的D13S153两个微卫星位点进行检测.

白细胞介素-10基因多态性与消化系统疾病关系的研究进展

白细胞介素-10(interleukin-10,IL-10)是1989年由Mosmann等[1]首先发现,可由Th2细胞、单核细胞、巨噬细胞等分泌,是体内主要的抗炎因子之一,属于干扰素家族.目前发现IL-10基因有两个微卫星位点和多个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).本文主要就近几年来IL-10基因多态性与消化系统疾病的研究进展作一概述.

微卫星寻找和定位8号染色体抑癌基因

微卫星(Microsatellite)是广泛存在于原核及真核细胞基因组中的简单串联重复的DNA序列.约占人类基因组的10%.大部分标记在染色体上微卫星可精确定位,平均间隔可达0.5厘摩.

家族性常染色体遗传性白内障家系的连锁分析

目的:针对缝隙连接蛋白50基因的突变筛查结果验证该基因是否为这一家族性常染色体遗传性白内障家系遗传性白内障的致病基因.方法:选取缝隙连接蛋白50基因所在1号染色体附近的微卫星位点和缝隙连接蛋白50基因序列上的单核苷酸多态性位点进行连锁分析.结果:该家系遗传性白内障疾病候选基因与微卫星位点D1S498和缝隙连接蛋白50基因单核苷酸多态性位点Rs1495960和Rs9437983有连锁趋势.当θ=0时,在缝隙连接蛋白50基因的单核苷酸位点上,LOD值大,为0.3.结论:验证了该家系遗传性白内障的致病基因为突变的缝隙连接蛋白50基因.

散发性结直肠癌患者18号染色体高频杂合缺失的研究

目的探讨散发性结直肠癌患者18号染色体上抑癌基因相关的杂合缺失(LOH)情况,并探索新的抑癌基因位点.方法对83例散发性结直肠癌患者基因组DNA用14个不同荧光标记的高度多态性微卫星引物,扩增相应的微卫星位点,平均距离为10 厘摩(centi-morgan,cM).用ABI PRISM 377 测序仪进行基因扫描,统计各位点杂合缺失率.结果在12个获得有效数据的微卫星位点中,平均杂合缺失率为36.78%,18p中高为D18S53(38.09%),18q中高为D18S474(55.74%).4位患者的18号染色体所有杂合位点都存在缺失,30位患者的杂合缺失位点不少于50%(平均6个/人);缺失位点少于50%的有53人(平均1个/人).结论结直肠癌患者18号染色体存在高频的LOH,并以整体缺失为特点.存在高频LOH的区域定位有转化生长因子(TGF)信号传导相关基因、结直肠癌缺失基因(DCC)、Rb结合蛋白8(RbBP8),特别是TGF信号传导相关基因MADH2、4、转化生长因子-β1反应元件(TGF-β1)等的缺失可能对结直肠癌的发生有重要影响.18 p也有存在未知抑癌基因的可能.