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毛细管电泳法检测肝细胞癌微卫星不稳定性的影响因素
目的:探索适用于肝癌大规模基因组扫描的自动化微卫星不稳定性基因分型实验方法.方法:应用6对高度多态性微卫星标记物对56例肝细胞癌基因组进行PCR扩增,产物通过MegaBACE 500毛细管电泳测序仪进行电泳,采用Genetic Profiler软件进行基因分型,摸索不同PCR条件以及PCR体系残留混合物对分型结果的影响.结果:通过1次PCR和电泳能得到48个样品的分型结果,常见的等位基因表型包括杂合子、纯合子、杂合子丢失、微卫星不稳定性和等位基因失衡等几种模式,其中微卫星不稳定性基因表型呈多种特征;MSI的频率为32.1%(18/56),10例(18.2%)出现高频MSI;PCR反应体系残留混合物(dNTP、引物和盐离子的浓度等)对基因分型的结果有明显不利影响,可使等位基因片段大小分析结分错误导致结论错误;样品浓度对分析结分影响较小,在50 mg/L时比较合适.结论:少数肝细胞癌存在MSI,表明其在HCC发生中作用较小.应用MegaBACE 500毛细管电泳测序仪和GeneticProfiler分析软件进行微卫星基因组扫描效率高,结果可靠,但测序体系中必须维持佳盐离子的浓度和样品浓度.
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高血压致病与相关基因研究的策略和方法
高血压是复杂的多基因疾病,对其相关基因的研究多采用候选基因法和全基因组扫描,采用短串联重复片断(STR)作为遗传多态性标志,应用连锁分析和关联分析进行致病基因的定位.随着人类基因组计划的迅猛发展和人类单核苷酸多态性(SNP)研究计划的启动,作为新一代遗传多态性标志,SNP将给复杂疾病的基因定位带来重大突破.
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精神分裂症高发家系13q的连锁分析
目的 在中国人群中验证精神分裂症易感基因是否与13q连锁.方法 收集4个精神分裂症高发家系,采集家系成员外周血,提取DNA.在13q14-13q33选取7个微卫星标记,进行部分基因组扫描,采用GENEHUNTER 2.1软件进行单点和多点的参数、非参数连锁分析.结果 单点非参数连锁分析D13S156、D13S170、D13S265、D13S159、D13S158位点NPL值分别为1.40、2.25、2.06、1.71和1.39.多点非参数连锁分析得到约50cM的阳性区域.单点和多点参数连锁分析也在一些位点得到阳性结果.结论 13q22.1-13q33.1染色体区域可能存在精神分裂症的易感基因.
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中国汉族人群Ⅱ型糖尿病家系1号染色体易感基因的精细定位
目的通过增加微卫星位点密度、扩大样本量,对以前定位到1号染色体上的中国北方汉族人群2型糖尿病相关易感基因研究结果进行验证.方法运用基因组扫描的方法,经多重PCR、电泳、GeneScan及Genotyper程序分析获取位点信息,后经参数及非参数连锁分析,得到相关的P值、NPL值(Z值).结果共扫描了5个区域34个位点,检出约12 000个基因型.经GENEHUNTER 2.0软件分析,其中的8个位点可能与糖尿病相连锁(P<0.05,NPL值大为2.17),它们分布于3个区域,尤其是第1个区域(1p36.3-1p36.23),其每一个位点都显示与糖尿病相连锁,前后分布于1个长达16.9 cM的范围内.另外2个区域未检出阳性结果.结论证实了全基因组扫描所获得的结果.尤其是,在所研究的1P末端区域,所有研究位点都显示与疾病连锁,这些位点分布在一个很宽的范围内,提示该区域可能蛰伏着多个糖尿病易感基因.
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中国人非胰岛素依赖性糖尿病家系DNA样品的收集和数据库的建立
糖尿病包括胰岛素依赖性和非胰岛素依赖性两类.非胰岛素依赖性糖尿病(也称Ⅱ型糖尿病)是一类发病机理多样、复杂的疾病,占糖尿病病例95%以上.随着社会经济的发展和生活方式的改变,糖尿病的发病率呈快速增长趋势.我国目前糖尿病发病数量占全世界发病数量的1/5,已成为除癌症和心脑血管病外的危害甚的常见病.由于Ⅱ型糖尿病具有家族聚集倾向性,故其遗传因素不可忽视.为了开展用基因组扫描的方法寻找中国人Ⅲ型糖尿病相关基因位点并进一步确定其相关基因及其对本病的易感性,选择和收集合适的家系DNA样品成为关键的先决条件.本工作在北京协和医院内分泌科的病案数据资料基础上,确定了45个家系作为取材、研究对象.家系选择原则是:(1)具有有用的遗传信息(2)包含二代(含二代)以上的成员,家系越大越好(3)每代成员中至少有1个以上的Ⅱ型糖尿病患者(不合并高血压、冠心病等病症).Ⅱ型糖尿病的诊断完全按照WHO于1985年颁布的标准进行.
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基因组扫描在评估疾病风险中的作用
基因组扫描可对20~40种常见的多基因疾病提供遗传学风险评估,但对这项检查在疾病风险评估中的作用尚存在争议.既往有一些小样本研究评估了基因检测对焦虑情绪、行为及临床表现等方面的作用,但结果并不一致.
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2型糖尿病易感基因定位克隆研究新进展
基因组扫描和连锁分析是目前研究2型糖尿病易感基因位点的主要手段,遗传多态性标志主要采用短串联重复片断(STR),随着人类基因组计划的迅猛发展,新一代遗传多态性标志——单核苷酸多态性(SNP)已受到人们越来越多的关注,人们期望利用这种高密度、性能稳定、易于自动化操作的遗传学标志进行连锁不平衡和相关分析或直接进行候选基因的突变检测,终找到2型糖尿病的易感基因。
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高血压基因研究现状与展望
寻找与高血压以及血压调节有关的基因,已成为当前心血管领域的研究焦点之一,一些属于单基因遗传病的继发性高血压的致病基因已被识别.原发性高血压是一种多基因遗传病,其发病系遗传与环境因素共同作用的结果,这为高血压易感基因研究带来很大困难.迄今大多用候选基因法进行高血压相关基因研究.在人和动物模型的研究中,有关高血压候选基因多态性的报道已有四十多种,但各家结果不一致.近年来用微卫星标记进行全基因组扫描和连锁分析,它已成功地用于多基因病相关基因的定位克隆研究.应用该技术对原发性高血压易感基因的定位研究正在进行中.
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哮喘家系50例染色体特异性基因扫描研究
哮喘有明显的家族聚集现象,其亲属的患病率明显高于普通人群,表现为气道的高反应性.目前哮喘的遗传基因还不清楚.为了寻找哮喘的相关基因新位点,我们应用微卫星技术,对哮喘家系的第15、16号染色体进行了染色体特异性基因组扫描,现报告如下.
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Ⅱ型糖尿病的遗传学研究进展
遗传因素在Ⅱ型糖尿病(T2 DM)的发生发展中起着重要作用.T2 DM是一种多基因病,其遗传模式有主效基因、微效基因和单基因等模式.寻找T2 DM易感基因的策略主要有基因组扫描、连锁分析和遗传关联研究.近年来,应用这些遗传学分析方法人们发现了一些与T2 DM易感性关联的染色体区域和基因,并取得了长足的进展,在此简要加以综述.
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024末梢指节间的骨关节炎有关位点基因组扫描:染色体2q上位点的证据
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应用基因组扫描对胃癌19号染色体进行杂合性缺失分析
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腓骨肌萎缩症2型大家系的基因定位及分子诊断
目的:研究一个腓骨肌萎缩症2型(Chareot-Marie-Tooth Disease type2,CMT2)大家系的临床及遗传学特征,定位和克隆该家系的致病基因用于分子诊断.方法:采集山东省一个CMT2大家系,采用家系分析法观察该家系的遗传规律,并采用连锁分析试剂盒(Version 2.5)进行全基因组扫描,用LINKAGE软件(Version 5.1)中的MLINK程序作连锁分析,运用直接测序法对20个候选基因的外显子及外显子-内含子边界区序列进行测序,结果用CHROMOSOME软件进行序列分析.结果:该CMT2家系符合常染色体显性遗传的特征,连锁分析表明位于10p14存在一个致病基因位点,测序分析显示脱氢酶E1和转酮酶结构域1(DHTKD1)的一个无义突变[c.1455T>G(p.Tyr485*)]存在于该家系的所有8个患者中,而不存在于该家系任何未受累者及250名正常对照者中.结论:本研究结果提示DHTKD1的无义突变可能是CMT2发病的分子基础.
关键词: 腓骨肌萎缩症2型 基因组扫描 基因定位 脱氢酶E1和转酮酶结构域1 分子诊断 -
一家系先天性秃发的基因定位
目的:通过定位克隆或定位后选克隆技术识别先天性秃发的致病基因.方法:将家系成员外周血基因组DNA,利用微卫星标记技术,对文献报道过的与毛发和外胚层发育有关的5,6,7,8,17,18号染色体进行基因组扫描,采用Genescan和Genotyper软件进行基因分型,采用Linkage软件包进行连锁分析,初步确定致病基因所在的染色体的位置.结果:未发现与5,6,7,8,17,18号染色体连锁的微卫星标记.结论:先天性秃发可能具有基因异质性.
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精神分裂症与6号染色体的分子遗传学研究进展
精神分裂症(Schizophrenia,SP)是常见且严重的精神疾病,全世界患病率约为1%.家系调查、双生子和寄养子研究资料均提示:遗传因素在SP的发病中占有重要的地位,遗传度80%[1].多方面的研究证据表明,SP可能由多基因的微效作用以及非遗传因素共同作用所致.在SP的分子遗传学研究中,目前进行了20个基因组扫描,几乎每条染色体都存在阳性结果,其中主要的阳性区域为:1q21-22、6p24-22、和13q32-34.现在将6号染色体与SP的关系综述如下:
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基因组差异甲基化片段筛选技术
分离和鉴定细胞之间的差异甲基化片段,不仅有助于了解基因的功能、分离疾病相关基因,而且可以发现与细胞分化或病变相关的甲基化标记.目前筛选差异甲基化DNA片段的方法主要有:甲基化敏感的限制性界标基因组扫描、甲基化敏感的代表性差异分析、甲基化敏感的限制性指纹技术、甲基化CpG岛扩增-代表性差异分析、微阵列技术等.其中微阵列法又先后建立有CpG岛微阵列、寡核苷酸微阵列和表达CpG岛序列标签微阵列.这些方法各有特点和适用范围,应根据具体研究目的和工作条件进行恰当的选择.
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应用荧光标记基因分型对中国汉族人群进行遗传多态性研究
目的:为了确定我国汉族人群遗传多态性片段大小范围与法国人群的差异,更好的进行基因组扫描和个体识别等方面研究.方法:400个微卫星位点分别在32个反应管中进行扩增.在 5μl反应体系中加6~17对PCR引物,多个微卫星位点同时扩增,产物在ABI377XLDNA测序仪上进行电泳.结果:400个微卫星位点共有306个有满意的结果,其中124个微卫星位点与法国CEPH家系存在片段范围的差异.结论:遗传多态性片段大小范围在种族间存在较大差异;在对中国汉族人群进行基因分型时,应在Genethon提供的范围基础上向两侧各扩大10bp.
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四川省汉族群体Y染色体DYS19位点的基因组扫描研究
目的对中国四川省汉族代表性人群的DYS19(DNA Y chromosome microsatellite 19)位点进行遗传多态性研究.方法基因组DNA的提取采用传统的酚-氯仿抽提法.DYS19位点的遗传多样性分析采用ABI PhsmTM 310遗传分析仪及扫描分析系统的微卫星基因组扫描分析.结果在四川省汉族群体中共发现拷贝数13~17五种等位基因型,其等位基因频率分布为4.9%,26.2%,47.6%,16.4%,4.9%.经统计学软件分析显示四川省汉族群体总的基因多样性(GD)值为0.6811.结论研究结果证实四川省汉族群体内部呈现非常显著的遗传异质性,探讨中国不同人群间遗传变异的分布特征和追溯各人群间遗传进化的关系奠定基础.
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精神分裂症的分子遗传学研究进展
精神分裂症在一般人群中的患病率约1%.在同卵双生子或父母双方均为精神分裂症的子女中患病率上升到40%~50%.较一般人群高40多倍;推算该病的遗传度约为80%,即遗传因素(80%)比环境因素(20%)在疾病发生过程中起更大作用[1].
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应用基因组扫描对胃癌19号染色体进行杂合性缺失分析
目的检测胃癌患者19号染色体微卫星位点的杂合性缺失(less of heterozygosity, LOH),以初步确定19号染色体上与胃癌相关基因连锁密切的微卫星多态位点.方法应用多重PCR对44例原发性胃癌患者中覆盖19号染色体上的22个微卫星位点(遗传距离在1.1~10.9 cM之间)进行扩增.聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR产物,Gene ScanTM,GenotypeTM软件进行分析.结果 19个位点(19/22)检测出LOH阳性,总LOH频率为59%(26/44),其中D19S571位点的LOH频率高(21.43%).结论高频的LOH位点附近,可能存在未知的胃癌相关基因.