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志贺菌属的编码赖氨酸利用基因簇缺失情况分析
志贺氏菌属和肠侵袭性大肠杆菌(Enteroinvasive Escherichia coli, EIEC)的一个典型的生化特征是不能够利用赖氨酸,编码赖氨酸代谢的基因簇位于细菌染色体上,由cadABC三个基因组成.
关键词： 志贺菌 cad ABC基因簇 基因缺失 -
多重聚合酶链反应技术检测严重少精及无精子症患者无精子因子的研究
遗传缺陷引起男性精子发生障碍是男性无精子症、严重少精子症的原因之一。业已证明，位于Y染色体长臂的无精子因子(azoospermia factor, AZF)的基因缺失或突变引起精子发生异常，为调控精子发生的候选基因之一。本研究采用多重聚合酶链反应技术检测50名正常男性及36例严重少精及无精子症患者AZF因子。
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豚鼠模型卡介苗接种所引发的淋巴结炎致病菌的分离和鉴定
目的 建立由卡介苗接种所引发的淋巴结炎致病菌分离与菌型鉴定的豚鼠模型,研究卡介苗临床不良反应病原学的鉴定方法.方法 按照随机数字表法将39只豚鼠分为生理盐水组(3只),高剂量和低剂量卡介苗接种组(各18只).分别于注射生理盐水和卡介苗后4、5、8周对豚鼠进行解剖,手术摘取卡介苗接种后豚鼠的淋巴结与局部脓肿,研磨处理为组织悬液.将组织悬液接种于改良罗氏培养基、7H11培养基、7H9液体培养基进行培养,同时对组织悬液进行抗酸染色与卡介菌特异性缺失区1(BCG RD1)的检测.培养结束后对3种培养物均进行抗酸染色与BCG RD1的检测.结果 组织悬液在改良罗氏培养基上培养阳性结果为淋巴结33/33,脓肿6/6;在7H11培养基上培养阳性结果为淋巴结33/33,脓肿6/6;在7H9液体培养基阳性结果为淋巴结22/33,脓肿6/6.培养物抗酸染色结果呈阳性,细菌形态与特性与卡介菌一致;培养物BCG RD1的检测结果与卡介苗DNA国家参考品及皮内注射用卡介苗特异性鉴别试验用国家参考品的扩增结果一致(196 bp).结论 卡介苗接种导致的淋巴结炎的相关标本可以通过固体培养法培养出致病菌,对培养物进行BCG RD1的检测可以鉴定菌型.卡介苗高剂量免疫、选取肿大淋巴结作为检查样本和固体培养基培养法更有利于模型的建立.
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结核分枝杆菌北京基因型菌株大片段的多态性研究
目的 揭示结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)北京基因型菌株的进化路径,在进化过程中产生的各个进化分支,以及每个分支的北京基因型菌株在人群中的流行情况.方法 收集2014年1月至2016年4月天津地区临床分离的567株MTB菌株,首先采用多重PCR试验分析菌株基因组中差异片段207(RD207)的缺失情况,以鉴定收集的菌株是否为北京基因型;然后分析所有的北京基因型MTB菌株基因组中差异区域RD105、RD181、RD150和RD142的缺失情况,以及菌株基因组NTF(noise transfer function)区中插入序列6110(IS6110)的存在情况.结果 567株临床分离的MTB菌株中,517株(91.2％)为北京基因型菌株.所有北京基因型菌株中,447株(86.5％)为NTF区含有IS6110的北京基因型现代株;70株(13.5％)为NTF区不含IS6110的北京基因型古代株.基于大片段的多态性分析,北京基因型菌株被分为5个亚型,其中RD181(+)的北京基因型菌株为22株(4.3％),且全部为北京基因型古代株.RD181(-)/RD150(+)和RD181(-)/RD150(-)的北京基因型古代株分别为41株(7.9％)和7株(1.4％).447株现代菌株中,RD181(-)/RD150(+)和RD181(-)/RD150(-)的分别为404株(78.1％)和43株(8.3％).结论 MTB北京基因型中的现代株是天津地区的主要流行株;北京基因型MTB在人群传播流行中已经进化出5个分支,其中RD181(-)/RD150(+)的北京基因型现代株为主要的流行分支.
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耐多药结核分枝杆菌异烟肼耐药相关基因katG突变分析
异烟肼(isoniazid,INH)是一种重要的抗结核药物,其在细菌体内被过氧化氢酶-过氧化物酶KatG氧化为乙酰异烟肼自由基和活性氧自由基等活性物质,进而攻击结核分枝杆菌多个靶位点来发挥杀菌作用[1].Zhang等[1]通过Southern印迹杂交(Southern blot)发现结核分枝杆菌katG 基因缺失和异烟肼耐药相关.研究表明,异烟肼耐药与许多基因相关,发生频率高的为katG编码区和inhA启动子区的突变[2-3],katG315位突变常见,有30％～94％的耐药株发生该突变[2,4],但国内对于该基因其他位点的突变研究较少.本研究通过对河南省耐多药(multidrug resistant,MDR)结核分枝杆菌katG编码区全长突变进行分析,进一步分析异烟肼的耐药机制.
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男性Y染色体amelogenin、DYS456及DYS458缺失1例分析
1 资料某对父子在进行亲子鉴定时,用Goldeneye 20A(基点认知)对父与子DNA进行扩增,amelogenin基因座分型结果如图1,父与子均只显示X等位基因,Y等位基因缺失.同时用PowerPlex(R) 16 System(Promega)进行了验证,结果一致.为验证受检者性别,采用AmpF STR Y - filer kit(ABI)对父与子进行了Y-STR的检验,分型结果如图2,均显示DYS456及DYS458的缺失.
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重庆市璧山区孕妇地中海贫血基因缺失和突变类型分析
目的:研究重庆市璧山区孕妇地中海贫血基因缺失和突变类型.方法:选取重庆市璧山区孕妇1080例,对其地中海贫血基因缺失和突变类型进行检测,分析检测结果.结果:15种突变类型β-地贫阳性例数159例、3种缺失型α-地贫阳性例数239例、2种突变型α-地贫阳性例数5例,总计403例,阳性率37.31％.结论:对重庆市璧山区孕妇地中海贫血基因缺失和突变类型进行检测,能够为临床诊疗提供有利依据.
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中国原发性高血压患者ACE/ID多态性荟萃分析
目的对国人血管紧张素Ⅰ转换酶(ACE)基因内含子16插入(Ⅰ)/缺失(D)多态性与原发性高血压的关联性进行荟萃(Meta)分析.方法以原发性高血压组和健康对照组基因型分布的OR值为统计量.全面检索相关文献,剔除不符合要求的文献,排除发表偏倚的影响 ,应用REVMAN3.1 软件对各研究结果进行一致性检验和数据合并.结果 18个相关文献结果差异无显著性.研究共包括原发性高血压组1 612例,健康对照组1 710例,合并DD/(ID+Ⅱ) O R(95%可信区间)为1.37(1.15～1.63),P<0.01.结论国人(汉族人为主)ACE/ID多态性的DD基因型与原发性高血压危险性增加有关联.
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补肾活血方对老年自发性高血压大鼠血清抗衰老因子Klotho含量的研究
Klotho (KL)基因是Kuro-o等[1]在1997年从表现为衰老的模型小鼠中克隆成功,随后发现人和大鼠中也存在KL基因.Klotho基因缺失鼠(KL-/-)的表型类似人类的衰老表现,包括寿命缩短、动脉硬化等[2-4].反之,Klotho高表达可延长实验动物的寿命,说明它是一个衰老抑制基子.KL基因可通过选择性拼接产生两种蛋白产物上,一种为跨膜蛋白,一种为分泌型KL蛋白,它以游离的形式发挥功能,在人组织及血清中中可检测到其存在[5].
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一株新的重组蛙病毒△67R-RGV的构建及基因67R的初步功能鉴定
沼泽绿牛蛙病毒(Rana grylio virus,RGV)属于虹彩病毒科(Iridoviridae),蛙病毒属(Ranavirus),其基因组中含编码尿嘧啶脱氧核糖核苷三磷酸酶(dUTPase)的基因67R.通过构建缺失67R的重组病毒△67R-RGV,探讨67R在RGV复制和感染过程中的功能.首先构建携带有作为标记的绿色荧光蛋白(Enhanced green fluorescence protein,EGFP)基因的质粒(pGL3-67RL-p50-EGFP-67RR),然后将该质粒与RGV基因组在67R位点进行同源重组(homologous recombination),并接种到培养的鲤鱼上皮瘤细胞(Epithelioma papulosum cyprinid,EPC)单层细胞中.利用荧光显微观察,判断并筛选有感染性的重组病毒(△67R-RGV).经过十轮挑斑分离,直至在普通显微镜下观察到的细胞病变空斑与荧光显微镜观察到的绿色荧光空斑完全吻合,获得一株新的、纯化的重组蛙病毒△67R-RGV.再以野生型蛙病毒(wt-RGV)为对照,分别扩增并提取wt-RGV和△67R-RGV的基因组DNA,进行PCR检测.结果显示,在wt-RGV基因组中可检测到67R;但在△67R-RGV基因组中仅检测到EGFP,却检测不到67R,证实在构建重组病毒时,EGFP的确按预期插入67R位点.进一步分别测定了wt-RGV与△67R-RGV的一步生长曲线,结果无显著差别,表明67R及其编码产物dUTPase的缺失并不影响RGV的正常复制,67R为病毒非必需基因.
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我国北方地区鼻咽癌患者EB病毒LMP1基因缺失分析
为研究我国北方地区鼻咽癌和非鼻咽癌患者Epstein-Barr病毒(EBV)潜伏膜蛋白1(LMP1)基因C端区缺失状况,探讨其在鼻咽癌发生中所起的作用.收集我国东北地区鼻咽癌石蜡组织22例,非鼻咽癌患者外周血26例,提取DNA后,采用聚合酶链反应技术(PCR)扩增LMP1基因的C末端,对其中有缺失的4例鼻咽癌进行了克隆和序列分析.结果显示:22例鼻咽癌组织标本中,有19例扩增出特异性条带,阳性率为86%.其中8例存在缺失,缺失率42%.取4例缺失样品进行序列分析,并与B95-8原型LMP1做比较,结果显示:4例鼻咽癌样品均存在30个碱基的缺失和某些位点的单点突变,并由此引起所编码的氨基酸改变.26例非鼻咽癌患者LMP1阳性扩增率为92.31%,无一例缺失.此结果表明:与广东、广西鼻咽癌高发区相比,我国北方地区鼻咽癌与非鼻咽癌患者中EB病毒LMP1基因缺失型和原型的分布有明显的地区差异.
关键词： Epstein-Barr病毒 鼻咽癌 潜伏膜蛋白1 基因缺失 -
喉鳞状细胞癌MTS1/p16基因纯合子缺失的检测
为探讨MTS1/p16基因在喉癌中纯合子缺失情况及其与喉癌生物学行为的关系，本研究用比较PCR技术对59例喉鳞状细胞癌（LSCC） MTS1/p16基因纯合子缺失进行检测。剔除3例不可比样本，9/56 LSCC有MTS1/p16基因纯合子缺失，缺失率为16.07%。MTS1/p16基因纯合子缺失与LSCC病理分级无关；LSCC晚期（Ⅲ～Ⅳ期)的MTS1/p16基因纯合子缺失率（36.84%）明显高于早期（Ⅰ～Ⅱ期）肿瘤（5.41%），P＜0.01，显示MTS1/p16基因纯合子缺失与LSCC的自然病程有关。认为MTS1/p16基因纯合子缺失是LSCC发生发展过程中的分子机制之一，可能与LSCC的恶性发展有关。
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基因工程小鼠有助于人类眼癌研究
在美国,每年大约有300个3岁以下的儿童患视网膜恶变所导致的恶性肿瘤(成视网膜细胞瘤),该病是罕见的.相反的,白血病的发病几率是该病的10倍.然而,成视网膜细胞瘤是人类常见的带有遗传性的癌症之一.研究者追踪发现,此乃Rb基因缺失之故.
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国际病理学会第29届病理学大会头颈部病理专题研讨会内容介绍(二)
6 鼻腔鼻窦腺癌的遗传学分析(Alessandro Franchi)依据流行病学、临床表现及病理学改变的不同,鼻腔鼻窦腺癌包括两种主要的类型(肠型腺癌和非肠型腺癌),且每种主要类型都包含几种变型.6.1 基因组分析 到目前为止,针对鼻腔鼻窦腺癌的研究很少.利用针对整个肿瘤基因组进行筛选的分子细胞遗传学方法比较基因组杂交得出,筛窦腺癌的染色体失衡与职业暴露因素木粉有关.在某些基因位点,基因获得比基因缺失更容易发生,如71％的病例在7q11-21发生基因扩增,66％的病例在18p11-2,62％的病例在8q11-22,57％的病例在5p11-13,52％的病例在12q11-13和19p扩增.
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基因atm与慢性淋巴细胞白血病
共济失调毛细血管扩张突变基因(atm)为肿瘤抑制基因,位于人类染色体的11q22-23,主要参与DNA损伤识别和修复,并在DNA双链断裂诱导的信号级联转导通路中起到枢纽作用.慢性淋巴细胞白血病(CLL)可出现高频率的atm基因杂合性缺失和核苷酸突变,并与其发病及侵袭性病程有关.本文将对atm基因的特点、作用机制及其在慢性淋巴细胞白血病中作用的研究进展作一综述.
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半巢式甲基化特异性聚合酶链反应对肿瘤细胞株p15基因甲基化或缺失状态的检测
本研究分析多种恶性肿瘤细胞株的p15基因甲基化或缺失状态,阐明p15基因甲基化或缺失在肿瘤发生发展中的作用.运用半巢式甲基化特异性聚合酶链反应(hemi-nested methylation specific polymerase chain reaction,hn-MSP)分析20种恶性肿瘤细胞株和正常人单个核细胞或细胞株的p15基因甲基化及缺失状态,并评价该方法的敏感性和特异性.结果表明:在所有的细胞中,Molt-4、Raji、KG1、CA46、SW480、NCE、SMMC-7221、NCI-H446细胞为部分甲基化,hn-MSP检测p15基因甲基化敏感性可达到1×10-5.正常人单个核细胞、HL-60、HeLa、HepG2、293、SGC7901、U266、CEM细胞则为p15非甲基化,而K562、NB4、GMC、Jurkat似乎显现p15基因缺失或突变.结论:p15基因甲基化或缺失在多种肿瘤,特别在恶性血液病中有较高的发生率,且对疾病的进展及预后有密切的关系,hn-MSP具有较高的敏感性和特异性,值得在临床推广应用.
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白血病中FHIT基因的异常表达和缺失
FHIT基因位于染色体3p14.2,实验室的研究证实FHIT基因具有抑癌基因活性.FHIT基因异常表达或表达缺失出现在多种实体肿瘤和造血系统恶性疾病.为了探讨白血病细胞中FHIT基因的异常表达及意义,采用巢式RT-PCR法对急性髓性白血病(AML)、急性淋巴细胞白血病(ALL)、慢性粒细胞白血病(CML)以及骨髓增生异常综合症(MDS)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓瘤(MM)等不同类型白血病患者FHIT基因转录本进行检测,并对FHIT基因转录本进行序列测定.98份血液系统恶性疾病患者的骨髓或外周血标本中AML 38例,ALL 16例,CML 34例,其它恶性血液病10例.全部患者经骨髓细胞形态检查,诊断符合FAB诊断标准.肝素抗凝骨髓或外周血2-3 ml, 分离单个核细胞,取5×107个细胞,用RTIZOL试剂一步法提取细胞总RNA,行PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳分析PCR产物. 回收目的片段,克隆到PGEM-T载体,进行序列测定.结果表明:在55/98(56%)的被检测病例有FHIT基因的异常表达,在AML、ALL和CML异常表达的发生率分别为22/38(58%),9/16(56%)和19/34(56%).正常骨髓或外周血标本未见有FHIT基因的异常表达.43/98(44%)的患者表达正常转录本(Ⅰ型),40/98(41%)的患者同时表达正常转录本和异常转录本(Ⅱ型),5/98(5%)(Ⅲ型) 的患者仅表达异常转录本,10/98(10%)的患者不表达任何转录本(Ⅳ型).对FHIT基因转录本进行序列分析发现,白血病时FHIT异常转录本存在不同程度的外显子缺失,包括缺失外显子4-8,5-8,5-6等.FHIT基因缺失与疾病预后具有一定的相关性.复发难治和早期死亡组患者较治疗有效组患者FHIT基因的异常表达率显著升高.结论:FHIT基因在血细胞中有表达,在白血病细胞中常有FHIT基因异常转录本表达或表达缺失,异常转录本与正常转录本共存的情况多见.异常转录本存在不同程度的外显子缺失,位于外显子5处的起始密码子的缺失导致异常转录本不能编码蛋白.在正常人骨髓和外周血标本中未见FHIT基因转录本缺失.FHIT基因缺失提示预后不良.
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中国海南省三亚地区地中海贫血基因类型分析
目的:研究中国海南省三亚地区人群地中海贫血的基因分布特征,为该地区开展地中海贫血基因筛查及防控工作提供数据支持.方法:采用跨越断点PCR法(GAP-PCR)、反向斑点杂交法(RDB)对1060例地中海贫血疑诊患者进行地中海贫血基因检测分析.结果:在1 060例地中海贫血疑诊患者中共检测出539例地中海贫血基因缺失或突变,总检出率50.85％,其中α地中海贫血基因检出率31.13％ (330/1060),β地中海贫血基因检出率15.28％ (162/1060),α和β复合型地中海贫血检出率4.43％ (47/1060).α地中海贫血基因型依次为--SEA/αα、-α4 2/αα,HbH病,-α3 7/αα,-α3.7/-α4.2,-α42/-α42,-α3.7/-α3.7,检出率分别为9.25％、5.94％、5.56％、5.00％、2.36％、1.70％、1.32％.β地中海贫血基因突变依次为CD41-42、CD17、654、CD71-72、IVS-Ⅱ-654、-28、CD43、-29、βE,检出率分别为9.8％、1.32％、1.23％、1.23％、1.04％、0.37％、0.19％、0.18％、0.09％.α和β复合型地中海贫血基因型中,-α3.7/αα复合CD41-42为常见,检出率1.70％;其次为-α4.2/αα复合CD41-42,检出率0.94％.结论:中国海南省三亚地区地中海贫血基因突变具有遗传异质性,其基因分布特征与其他地区存在差异,需结合本地区基因分布特点进行地中海贫血基因筛查、产前诊断及防控工作.
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多重PCR用于缺失型α-地中海贫血的基因检测
为了探讨多重PCR技术在检测我国南方常见缺失型α-地中海贫血中的临床应用,观察缺失型α-地中海贫血的基因分布频率,采用单管多重DNA扩增的方法(M-PCR)对经血红蛋白定量分析初步诊断为标准型和静止型α-地中海贫血及血红蛋白H(HbH)病的145例患者进行基因检测.扩增产物经1.2%琼脂糖凝胶电泳,出现1.3及1.8kb条带者,提示为-SEA/αα;1.6及1.8kb条带者为-α4.2/αα;1.8及2.0kb条带者为-α3.7/αα;1.3及1.6或2.0kb条带,提示为缺失型HbH病(--SEA/-α4.2或-SEA/-α3.7).结果表明,145例受检者中发现100例--SEA/αα(68.9%),15例-α3.7/αα(10.3%),8例-α4.2/αα(5.52%),2例-α3.7/-α4.2(1.38%),-α3.7及-α4.2纯合子各1例(0.69%);14例--SEA/-α3.7(9.65%),2例--SEA/-α4.2(1.38%);另有2例患者产前诊断证实为Bart水肿胎儿.结论:运用多重PCR技术可以准确、简便、快速地检测我国南方地区常见的-α3.7、-α4.2、--SEA 3种缺失型α-地中海贫血,这一技术对α-地中海贫血的大人群筛查及携带者的检出是一种较为理想的方法.
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肝细胞癌中p53基因的缺失与HER-2基因的扩增及其意义
目的检测原发性肝细胞癌中17号染色体上p53基因的缺失与HER-2基因的扩增并探讨其临床意义.方法分别以不同颜色荧光标记的p53基因、HER-2基因和17号染色体着丝粒为双色探针组,应用间期双色荧光原位杂交(FISH)技术检测42例肝细胞癌间期细胞核中p53基因、HER-2基因和17号染色体的拷贝数及其相对比例,以确定其缺失或扩增,结合临床分期、血清甲胎蛋白(AFP)、肿瘤大小等资料进行统计分析其临床意义.结果 42例肝细胞癌中p53基因缺失27例(64.3%);HER-2基因扩增9例(21.4%),其中高拷贝扩增 (HC)4例 (9.5%),低拷贝扩增(LC)5例 (11.9%),同时具有缺失与扩增的6例(14.3%); 另外,17号染色体多倍体有26例(61.9%). p53基因缺失与17号染色体多倍性呈正相关(χ2=12.286,P<0.001),但与HER-2基因的扩增无关(χ2=0.00,P=1.00).p53基因缺失与肝细胞癌患者AFP水平、肿瘤大小有关(P<0.05);术后2年存活率p53基因缺失患者(18.5%)显著低于无缺失患者(60.0%,χ2=7.467,P=0.006).结论原发性肝细胞癌的17号染色体上存在p53基因高频缺失和HER-2基因的扩增,它们可能与部分原发性肝细胞癌的发生发展有关.
