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细胞因子基因多态性与肺结核并发糖尿病易感性的相关性研究
目的 探索细胞因子γ-干扰素(IFN-γ)+874A/T位点、白细胞介素(IL)-10-1082G/A位点和-592A/C位点基因多态性与肺结核并发糖尿病(pulmonary tuberculosis and diabetic mellitus,PTB-DM)易感性的关系,以及遗传危险因素在PTB-DM发病机制中的作用,为PTB-DM高危人群基因多态性筛查提供理论依据.方法 采用病例对照研究方法,纳入江苏省2013年4月1日至2014年3月31日3个市(县)142例PTB-DM患者(PTB-DM组),同期选取诊断为结核病的患者147例(TB组)和糖尿病患者141例(DM组)作为对照.通过结构式问卷调查获取研究对象社会人口学信息,采集患者血样并提取DNA,采用聚合酶链式反应并限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLF)方法检测IFN-γ+ 874A/T位点、IL-10-1082G/A位点和-592A/C位点基因多态性.采用EpiData和SPSS 16.0统计软件录入与分析数据,运用单因素方差分析和多因素logistic回归分析IFN-γ+874A/T位点、IL-10-1082G/A位点和-592A/C位点基因多态性与PTB-DM易感性的相关性.结果 IFN-γ+874A/T、II-10-592A/C、IL-10-1082G/A位点经PCR扩增和基因多态性位点分型鉴定,分别获得等位基因A和T、A和C、G和A,以及基因型AA、AT、TT;AA、AC、CC;GA、AA.基因多态性检测结果显示,仅PTB-DM组I1-10-1082G/A位点A等位基因频率(92.61％,263/284)高于DM组(87.59％,247/282)(x2=3.995,P=0.046)、AA基因型频率(85.21％,121/142)高于DM组(75.18％,106/141)[校正OR(aOR)=1.970;95 ％CI:1.066～3.643;P=0.030].IL-10-592和-1082两位点间存在连锁不平衡(D’=0.959,r2=0.181,P＜0.001),PTB-DM患者的IL-10 C-A单倍型频率(25.90％)明显高于DM组患者(17.60％)(OR=1.590,95％CI=1.056～2.396,P=0.026).结论 IL-10-1082位点的AA基因型可能与PTB-DM易感性有关,为疾病共患的危险因素;IL-10单倍型与PTB-DM易感性存在相关性,其C-A单倍型可能使DM患者共患TB的风险上升.而IL-10-592A/C位点和IFN-γ +874A/T位点可能与DM患者对TB的易感性、或者TB患者对DM的易感性无关.
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结核分枝杆菌北京基因型菌株大片段的多态性研究
目的 揭示结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)北京基因型菌株的进化路径,在进化过程中产生的各个进化分支,以及每个分支的北京基因型菌株在人群中的流行情况.方法 收集2014年1月至2016年4月天津地区临床分离的567株MTB菌株,首先采用多重PCR试验分析菌株基因组中差异片段207(RD207)的缺失情况,以鉴定收集的菌株是否为北京基因型;然后分析所有的北京基因型MTB菌株基因组中差异区域RD105、RD181、RD150和RD142的缺失情况,以及菌株基因组NTF(noise transfer function)区中插入序列6110(IS6110)的存在情况.结果 567株临床分离的MTB菌株中,517株(91.2％)为北京基因型菌株.所有北京基因型菌株中,447株(86.5％)为NTF区含有IS6110的北京基因型现代株;70株(13.5％)为NTF区不含IS6110的北京基因型古代株.基于大片段的多态性分析,北京基因型菌株被分为5个亚型,其中RD181(+)的北京基因型菌株为22株(4.3％),且全部为北京基因型古代株.RD181(-)/RD150(+)和RD181(-)/RD150(-)的北京基因型古代株分别为41株(7.9％)和7株(1.4％).447株现代菌株中,RD181(-)/RD150(+)和RD181(-)/RD150(-)的分别为404株(78.1％)和43株(8.3％).结论 MTB北京基因型中的现代株是天津地区的主要流行株;北京基因型MTB在人群传播流行中已经进化出5个分支,其中RD181(-)/RD150(+)的北京基因型现代株为主要的流行分支.
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兔关节内植物植入术后金黄色葡萄球菌感染模型的建立
目的 探索人工关节置换术后金黄色葡萄球菌假体周围感染感染,可靠动物模型的建立方法,比较细菌数量与模型的关系,观察模型建立后实验动物的生存率,以及后期细菌毒力和基因变异情况.方法 60只新西兰大白兔使用定制非骨水泥假体行膝关节置换后,随机分入对照组和实验组(共5组,给予金葡菌液1 ml,浓度分别为1×104,1×105,1×106,1×107,1×108 CFU/ml).采用大体评分、组织学、细菌生化检验、金葡菌遗传学和毒理学分析、扩增片段长度多态性(AFLP)细菌遗传物质分析的方法,验证模型构建的效率、安全性和稳定性,基线齐性检验、动物模型大体评分,浓度梯度分析采用多组间卡方分析,细菌致病基因分析采用和AFLP分析采用组间聚类分析-平均联结法方法.结果 动物生存率、感染率不完全相同,组间方差分析显示,各组间存在统计学差异(F=3.695,P<0.01);组织学、细菌培养、生化检验和23S rRNA基因、nuc基因检测支持金葡菌感染,使用1 ml,1×105 CFU/ml金葡菌膝关节直接接种能够成功构建模型.致病基因分析和AFLP检测显示,细菌在自然繁殖过程中出现变异,但各基因变异率和基因组总体变异率低于10%.结论 本研究成功构建了稳定的关节置换术后金葡菌感染动物模型,发现细菌感染初期的基因变异和毒理学改变.该模型可用于关节置换术后假体周围急性感染的相关研究.更远期的变异情况可能导致感染模型的不稳定,需进一步研究.
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鲍氏不动杆菌医院感染株亲缘性分析3种方法学的比较
目的 鲍氏不动杆菌(ABA)医院感染株亲缘性3种分析方法学的比较.方法 分别采用脉冲场凝胶电泳(PFGE),扩增片段长度多态性分析(AFLP)和多基因聚类分析对27株鲍氏不动杆菌临床分离株进行分析.结果 PFGE分析显示其中的19株鲍氏不动杆菌为同一克隆传播;AFLP显示24株鲍氏不动杆菌为同一克隆传播;而多基因聚类分析则显示,携带8种基因(TEM、OXA-23群、ADC、aac(3)-Ⅰ、aac(6')-Ⅰ、ant(3")-Ⅰ、qacE△1-sul1、int Ⅰ 1)、携带7种基因(TEM、ADC、aac(3)-Ⅰ、aac(6')-Ⅰ、ant(3")-Ⅰ、qacE△1-sul1、int Ⅰ 1)、携带6种基因(TEM、ADC、aac(3)-Ⅰ、ant(3")-Ⅰ、qacE△1-sul1、int Ⅰ 1)的3种ABA克隆为医院的流行株(3个克隆).结论 鲍氏不动杆菌医院感染株亲缘性分析中多基因聚类分析法分辨率高于PFGE与AFLP法.
关键词： 鲍氏不动杆菌 脉冲场凝胶电泳 扩增片段长度多态性分析 多基因聚类分析 -
2型糖尿病8-异前列腺素F2α与脂联素基因SNP+45(T/G)多态性的相关性
探讨脂联素基因SNP+45(T/G)多态性与2型糖尿病(T2DM)氧化应激指标8-异前列腺素F2a之间的关系.方法:聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法检测120例T2DM患者(T2DM组)脂联素SNP+45(T/G)多态性,同时选取正常体检者60例为对照组,采用竞争酶免疫测定的方法检测T2DM患者血清8-异前列腺素F2a水平,检测各组空腹血糖、血脂及空腹胰岛素水平,计算HOMA-IR等指标.结果:T2DM患者血清8-异前列腺素F2a水平高于对照组,T2DM患者脂联素SNP+45位点GG基因型频率高于对照组(P＜0.05).T2DM组内GG型的体质量指数(BMI)高于TT及TG型(P＜0.05)；TT、TG及GG基因型血清8-异前列腺素F2a水平差异无统计学意义(P＞0.05).结论:脂联素SNP+45(T/G)多态性与T2DM氧化应激之间可能无相关关系.
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运用MLPA进行脊肌萎缩症的基因诊断
目的:应用多重连接依赖式探针扩增法(MLPA)和聚合酶链式限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)技术对30例临床疑似脊肌萎缩症(SMA)患者进行基因诊断,并对两种方法进行比较.方法:盐析方法提取30例家系成员外周血DNA,常规PCR方法扩增SMN7、8外显子,用DralⅠ和DralⅠ酶切PCR产物,琼脂糖凝胶电泳检测PCR及酶切产物.同时利用MLPA试剂盒P021方法进行验证比较.结果:经PCR-RFLP方法判断22例SMN1第7+8号外显子纯合缺失患儿和2例Ex7纯合缺失患儿,与MLPA方法一致；其余6例PCR-RFLP方法未见异常家系,经MLPA方法分析发现1例患儿和2例母亲为SMN1外显子7、8杂合缺失携带者；MLPA方法还在SMA家系中发现3例“2+0”型携带者.SMN2拷贝数在SMA患者中以4、5为主,携带者以2、3为主,正常人以1、2多见,其各拷贝数的频率分布在患者组与携带者组(x2=30.694)、患者组与正常人组(x2=21.997)中差异有统计学意义(P＜0.01),而在携带者与正常人组差异无统计学意义(x2=3.5,P＞ 0.05).结论:与PCR-RFLP相比,MLPA更加简单、准确、高效,还能够准确定量SMN1、SMN2,是一种高效的遗传病基因诊断方法.
关键词： 肌萎缩 脊髓性 多重连接依赖式探针扩增 扩增片段长度多态性分析 SMN基因 基因诊断 -
江苏省2015年小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因及染色体16SrRNA基因多态性分析
目的 了解江苏地区不同来源小肠结肠炎耶尔森菌毒力基因携带情况及染色体16S rRNA基因的多态性.方法 收集2015年1月至12月江苏地区不同来源小肠结肠炎耶尔森菌,运用PCR方法检测菌株5种毒力基因(ail、virF、yadA、ystA和ystB)携带情况并对染色体16S rRNA基因进行扩增,产物测序并分析.结果 2015年共收集到江苏地区小肠结肠炎耶尔森菌73株,56株菌(76.7%)携带毒力基因,ail-virF-yadA -ystA -ystB+型为江苏地区优势型,也是腹泻患者分离株的主要型.染色体16S rRNA基因多态性分析显示全部菌株被聚类为4个大组.结论 江苏地区携带ystB+基因的非致病性小肠结肠炎耶尔森菌为优势菌,同时存在致病性菌株.染色体16S rRNA基因聚类结果与毒力基因携带情况高度一致.
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Bcl-2基因多态性与食管癌及癌前病变发病风险的相关性
目的:探讨凋亡抑制基因Bcl-2的转录起始位点-938 (C/A)的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与中国太行山南麓食管癌高发区食管鳞状细胞癌及其癌前病变的遗传易感性的关系.方法:收集195例健康对照者、165例食管癌前病变患者和145例食管癌患者的食管黏膜组织标本,提取组织DNA,应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析法检测Bcl-2基因型.以非条件logistic 回归模型计算表示相对风险度的比值比(odds ratio,OR)及95％可信区间(confidence interval,CI),经多因素回归分析对OR值进行校正.结果:健康对照组、食管癌前病变组、食管癌组中Bcl-2基因-938位点的AA、CA和CC基因型频率分别为19.0％、47.2％和33.8％,11.5％、41.8％和46.7％,11.0％、40.7％和48.3％.统计分析显示,CC基因型在食管癌和食管癌前病变组与健康对照组之间差异均有统计学意义(P值均＜ 0.05);与AA基因型相比,携带CC基因型的个体患食管癌及癌前病变的风险显著增加(P＜0.05,P＜0.01).而且在吸烟阳性组中,与AA基因型相比,携带CC基因型可明显增加食管癌的发病风险(P＜0.05),校正后的OR值为3.176(95％ CI: 1.009～9.994).结论:Bcl-2基因的-938 (C/A) SNP中CC基因型可以显著增加中国太行山南麓食管癌高发区人群罹患食管癌及癌前病变的风险.
关键词： 食管肿瘤 扩增片段长度多态性分析 基因 Bcl-2 危险性评估 -
喹诺酮耐药鲍曼不动杆菌的AFLP基因分型研究
目的 通过对喹诺酮耐药鲍曼不动杆菌(AB)的扩增片段长度多态性分析(AFLP),了解鲍曼不动杆菌的同源性,并探讨其耐药基因分型与AFLP分型之间的联系.方法 Primer Premier5软件设计11对喹诺酮耐药基因,利用PCR技术对52株喹诺酮耐药鲍曼不动杆菌进行分析,同时使用扩增片段长度多态性分析(AFLP)技术研究基因型,Cross Checker和ntsys软件分析耐药基因和UPGMA方法分析AFLP基因的树型聚类情况.结果 52株鲍曼不动杆菌均对喹诺酮类药物耐药.由聚类分析的结果显示,该52株AB可分2个基因群,其中A群包括A1、A2和A3三个亲缘关系相近的基因型,B群则包括B1和B2两个亲缘关系相近的基因型,A1型为优势菌群.同型的A27、28、30、32、37、47、56均分离自ICU,ICU可能存在过耐药AB的暴发流行.通过与前期研究比较,耐药基因的多基因聚类分析与AFLP树型聚类分析具有一致性也存在不同之处.结论 ICU或许已成为耐药AB菌传播的一个重要枢纽.两种细菌分类方法各有优势,AFLP法是针对全细菌基因组的限制性酶切,在调查细菌流行病学和监控医院整体感染情况方面更权威.
关键词： 鲍曼不动杆菌 扩增片段长度多态性分析 多基因聚类分析 -
扩增片段长度多态性分析及其在微生物学中的应用
目前建立了多种对原核和真核生物鉴定分型的DNA分析技术,其中新的、有前途的DNA技术之一为扩增片段多态性(AFLP)分析,AFLP分析把广泛的适用性与高分辨力和高重复性有机地相结合,已在动植物遗传学、医学诊断、微生物分型和种系发育研究中广泛应用.本文介绍AFLP分析原理、特性及其在微生物学中的应用.
关键词： 扩增片段长度多态性分析 微生物学 基因鉴定和分型 -
肝脂肪酶基因-514C/T 多态性与陕西地区非酒精性脂肪肝人群关系研究
目的：比较陕西地区人群中非酒精性脂肪肝（NAFLD ）患者与正常人群肝脂肪酶（HLG）-514C／T 多态性分布差异，探讨其与 NAFLD 发病易感性关系。方法：选取 NAFLD 患者96例及正常对照组98例，用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行基因多态位点检测 HLG-514位点基因型，并测量其体重指数、腰臀比、血压、胆固醇、高密度脂蛋白、低密度脂蛋白、甘油三酯、空腹血糖指数。结果：正常对照组 HLG-514 CC 、CT 、T T 基因型分别是26．5％、59．2％、14．2％，NAFLD 组31．3％、63．5％、5．2％，两组 CC 基因型频率和 C 等位基因频率比较有统计学差异。结论：肝脂肪酶-514C／T 以杂合子 C／T 基因型所占的百分比高，其基因多态性与陕西 NAFLD 患者发病有关。
关键词： 非酒精性脂肪肝 扩增片段长度多态性分析 多态现象 单核苷酸 脂肪酶/分析 -
藻类rDNA特异性片段长度多态性在溺死鉴定中的应用
目的 通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA)5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水.方法 以南京市公安局法医中心受理的2例硅藻检验鉴定案例为对象,利用5.8S+ITS2分子标记的长度多态性,分析藻类生物在水体、人体组织中种群结构的差异.结果 案例1中,在受害人肺、肝组织和水体样本中均检出种类相近的硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织和水体样本中均检出330 bp和376 bp两种DNA片段,确定受害人系生前溺水.案例2中,在死者肺、肝组织中均未检出硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织中仅获得1条DNA片段,长度为331 bp,相对荧光单位值非常低,确定受害人系死后抛尸入水.结论 本方法检验两案例的实验结果符合实际案情和硅藻镜检的结论,利用5.8S+ITS2分子标记研究水体和人体组织中特定微生物的种群结构差异,从而判断溺水死亡的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水等问题具有可行性.
