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SARS-CoV毒株E、M、N和S基因分子变异研究
目的通过对SARS-CoV毒株基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株出现和流行与基因进化的关系.方法对广东地区SARS-CoV毒株进行序列分析,其余毒株序列从GenBank检索,采用DNAstar 5.0软件,对检索的SARS-CoV的E、M、N、S基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合临床资料对变异毒株进行流行病学分析.结果以果子狸冠状病毒(SZ-3)为基准,102株人类毒株中,6株毒株E基因的4个氨基酸发生置换,两株毒株发生缺失变异;果子狸毒株M基因的第5位丝氨酸置换为人类毒株甘氨酸并减少1个糖蛋白位点,此外M基因有38株毒株发生8个氨基酸置换变异;6株毒株N基因发生氨基酸置换,3株毒株发生缺失变异;人类毒株S基因中9个氨基酸全部发生变异并增加1个糖蛋白位点,与果子狸毒株不同比例占0.72%(9/1255);部分毒株中S基因的27个氨基酸在发生置换变异,7株毒株发生缺失变异.结论冠状病毒S基因中9个氨基酸置换和1个糖蛋白位点影响,可能导致人类SARS-CoV毒株出现和SARS流行;SARS流行持续和传播扩大与S基因进化变异相一致.所以认为,SARS-CoV毒株S基因变异可能在SARS出现和流行中发挥极其重要的作用.
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麻疹发病年龄构成新趋势和消除麻疹策略探讨
麻疹病毒一直被认为是遗传稳定的病毒,但近很多研究表明,麻疹病毒也在逐渐发生着变异.麻疹作为一种急性呼吸道传染病,以往儿童是主要发病群体,但随着计划免疫工作的开展,麻疹发病群体的年龄构成已经由以往儿童高发演变成"两头膨胀"的特点,即15岁以上大年龄组病例和1周岁以下小年龄组病例构成不断升高,并逐步成为发病的主要群体.我国政府已向世界卫生组织承诺,到2012年全国麻疹发病率要控制在1/100万以下(不包括输入病例),且无本土麻疹病毒传播.麻疹发病年龄构成新特征对消除麻疹工作提出新的挑战.根据麻疹发病年龄特征的变化,适时调整防控策略,对消除麻疹工作有着重要意义.
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16例传染性非典型肺炎早期临床特点分析
WHO证实2002底至2003年在我国和全世界部分地区爆发流行的传染性非典型肺炎(简称非典)是由变异的新型冠状病毒[1]所致的一种新的呼吸道传染病,该病传染性强,但早期诊断缺乏有效方法.笔者回顾性分析航空工业中心医院2003年4月19日至6月12日住入隔离病房51例肺炎患者,其中16例非典确诊患者(转至定点医院通过追踪而定),分析其临床特点,但由于例数较少,其结果仅供临床同僚参考.
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北京协和医院参考CLSI (H3-A6)制定静脉血推荐采集顺序
随着临床实验诊断技术的飞速发展,各类检测平台的技术性能也不断提高,实验室检测结果越来越准.但是,与其发展不相匹配的是,实验前阶段的标本质量控制现状仍不乐观,虽然早在十几年前我们了解到实验前阶段各类因素带来的误差、变异远大于实验中阶段[1,2],然而,与过去10年实验中误差下降了约10倍相比,实验前质量改进的效果仍不尽如人意[3].
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10例SARS患者中肺炎支原体、肺炎衣原体感染的调查
SARS是由变异的冠状病毒感染所致,肺部可出现片状阴影;而这些症状恰恰与肺炎支原体(Mp)、肺炎衣原体(Cp)感染有类似之处,为SARS的确诊带来困难.我们对10例临床确诊SARS患者进行了Mp和Cp检测,进一步探讨支原体、衣原体感染与SARS的关系.
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浙江省1999-2010年乙型流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因变化特征分析
目的 分析1999-2010年浙江省乙型流感病毒主要抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子变异特征.方法 采集浙江省流感暴发疫情和哨点监测医院的流感样患者呼吸道标本,荧光定量RT-PCR快速检测和病毒分离,选取乙型流感病毒分离代表株进行HA和NA基因测序,采用生物信息学软件分析变异和进化.结果 共分析浙江省乙型流感病毒分离株34株,其中Victoria系20株,Yamagata系14株;1999-2010年间Victoria系毒株的HA1基因变异率4.5%,Yamagata系毒株为3.4%;2004年后分离的Victoria系毒株均为基因重配株,HA属于Victoria 系,而NA属于Yamagata系;2010年新型甲型HINI流感流行高峰过后,浙江省仍以乙型流感病毒流行为主,分离株与2009-2010年流感疫苗株B/Brisbane/60/2008接近,与往年乙型流感毒株相比HA和NA发生多个氨基酸位点变异.结论 1999-2010年浙江省乙型流感病毒流行株发生明显变异,基因重配和抗原漂移是病毒发生变异的主要机制.
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辽宁省乙型肝炎监测病例HBV基因型分布及主蛋白抗原主要亲水区变异特点分析
目的 了解辽宁省乙型肝炎(乙肝)监测病例HBV基因型分布及其主蛋白抗原主要亲水区(MHR)氨基酸(aa)位点变异情况.方法 采集辽宁省监测试点县区乙肝病例血清,提取HBV DNA并进行序列扩增,测序得到S基因序列,利用生物学软件比较分析.结果 共得到HBVS基因序列81条,基因型分布B型为8.64％(7/81)、C型为86.42％(70/81)、D型为4.94％(4/81).S基因MHR aa位点变异率为4.87％,T126I变异率高,为8.64％.HBV MHR变异株总流行率为49.38％(40/81),其中B型为42.86％(3/7),C型为47.14％(33/70),D型为100％(4/4).在不同年龄、性别、基因型和抗-HBc IgM(+/-)分类比较中,差异无统计学意义,但ALT正常组(＜43 IU/L)该流行率显著高于ALT异常组(≥43 IU/L).结论 辽宁省乙肝监测病例中,基因型分布以C型为主,B型次之,偶见D型.HBV MHR aa位点变异与既往研究结果一致,仍为今后乙肝监测重点.
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浙江省2004-2007年HIV-1亚型CRF01_AE流行毒株的基因型耐药分析
目的 了解浙江省HIV-1主要流行毒株CRF01_AE在治疗人群和未治疗人群中的基因型耐药变异情况.方法 选取2004-2007年间收集的HIV感染者样本,对HIV蛋白酶(PR)全长和部分反转录酶(RT)基因区进行RT-PCR扩增测序.分析56个感染CRF01_AE重组亚型样本的序列,其中未治疗组43例,已治疗组13例.使用Stanford HIV Drug Resistance Database(http://hivdb.stanford.edu)的在线耐药序列分析软件HIV DB进行序列分析,寻找耐药相关突变位点.结果 未治疗组CD4+T淋巴细胞中位数为229个/mm3,病毒载量log10.中位数为3.41,存在基因型耐药突变率的发生(5/43,11.6%),检出包括PR区第10、46、71位和RT区的第103、118位氨基酸的耐药相关突变;治疗组CD4+T淋巴细胞中位数为186个/mm3,病毒载量log10中位数为3.91,13例中有8例发生了基因型耐药变异(61.5%).检出29个基因型耐药突变.耐药率较高且多表现为交叉耐药.结论 浙江省未治疗的HIV感染者存在一定程度的基因型耐药突变;已开始治疗的HIV感染者基因型耐药突变发生率较高,而且交叉耐药现象广泛存在.
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浙江省1999-2011年麻疹流行株全基因组序列分析
目的 从全基因组层面探讨浙江省1999-2011年麻疹病毒的变异及其与疫苗株S191之间的差异.方法 选取浙江省不同年份分离的麻疹病毒流行株9株,采用RT-PCR方法扩增全基因组序列,并与疫苗株S191及国外主要流行基因型毒株进行全序列比较分析.结果 1999-2011年浙江麻疹流行株间的氨基酸同源性为98.77％ ～ 99.89％,麻疹病毒尚未受到明显的正向压力,各基因的变异仍属随机漂移.与疫苗株S191相比,两者间氨基酸的同源性仅为96.63％～ 98.16％,分别存在135～159个氨基酸的改变,其中共同的氨基酸变异位点113个,导致5个糖基化位点的变异.在核苷酸水平上,N基因的平均变异率大(5.5％)；而在氨基酸水平上,P蛋白的平均变异率大(7.7％).此外,在全基因组序列上,浙江流行株与各国疫苗株的遗传距离均大于D4、B3基因型流行株与各国疫苗组的遗传距离(t=9.76,P＜0.05；t=-12.39,P＜0.05).结论 浙江麻疹流行株与疫苗株S 191在各基因上均产生了较大的差异,现行疫苗株与H基因型流行株之间的差异远大于疫苗株与国外优势流行株(D4、B(1)基因型)之间的差异,应密切关注这一变化趋势,及早研究后备麻疹免疫株.
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环氧化物水解酶基因多态与疾病遗传易感性研究进展
环氧化物水解酶(epoxide hydrolase,EH)是参与外源性化学物质体内生物转化第二时相反应的一种重要代谢酶.编码该酶的基因在进化过程中会出现一定程度的变异,即基因多态,使其在代谢过程中的作用发生相应改变.EH基因多态导致个体对环境中毒物或致癌物的易感性不同,从而发生疾病的危险性亦不同.关于EH基因多态与疾病易感性的关系,国内外已经有不少报道,现综述如下.
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辽宁省艾滋病病毒1流行株膜蛋白V3环氨基酸变异特点
目的了解辽宁省艾滋病病毒1(HIV-1)感染者/艾滋病(AIDS)患者体内不同亚型HIV-1膜蛋白V3环氨基酸序列特征,突变种类特点. 方法提取含有整合HIV-1前病毒的基因组DNA,巢式聚合酶链反应(nest-PCR)扩增后直接测序,并做序列排列比对、翻译和分析. 结果辽宁省HIV-1感染者感染病毒分属A、B'、C、G四种亚型,AIDS患者体内病毒V3环发生与T嗜性/SI表型有关的氨基酸突变形式(11位出现R,13位出现S、T、N,19位出现V,20位出现Y,25、29位出现N等)高于无症状感染组(P＜0.05),此外还发现GQGR、APGQ、RPGA、GLGR、RPGA等少见的V3环顶端四肽组成形式及第5位H,34位S、F等罕见突变形式. 结论辽宁省AIDS人群中,A、B、C、G亚型HIV-1毒株V3环各位置出现氨基酸突变情况与国外对B亚型毒株的研究结果总体上相似,但发现一些罕见突变和少见V3环顶端四肽组成形式.
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贵州省乙型肝炎病毒前C区及基本核心启动子变异分布
目的 调查贵州省乙型肝炎病毒(HBV)前C区A1896、基本核心启动子区(BCP)T1762/A1764变异分布.方法 收集贵阳、遵义、凯里、都匀4地区不同民族无症状携带者(ASC)、慢性肝炎(CH)、肝炎肝硬化(LC)、肝细胞肝癌(HCC)患者血清482份,用测序及限制性片段长度多态性检测A1896、T1762/A1764变异,用S基因PCR-RFLP确定基因型.结果 A1896、T1762/A1764变异检出率分别为23.03%和29.67%.汉族感染者A1896、T1762/A1764变异检出率为27.64%和36.04%,高于侗、苗、布依族感染者合并后的7.96%、8.85%(P＜0.01).A1896变异在B、C基因型中的分布为20.34%和27.13%(P＞0.05),T1762/A1764变异为18.97%和46.28%(P＜0.01).A1896、T1762/A1764变异在HBeAg阴、阳性组间的分布差异有统计学意义(P值均＜0.01).从ASC到HCC组,A1896、T1762/A1764变异分布逐渐增高,LC、HCC组的检出率明显高于CH和ASC组(P值均＜0.01).A1896、T1762/A1764变异的分布:贵阳(分别为31.79%和41.06%)高于遵义(10.94%和14.06%)、都匀(8.64%和11.11%)及凯里(2.86%和2.86%),但多因素logistic回归分析在控制了HBeAg、HBV基因型及临床类型影响后,在地区间分布差异无统计学意义.结论 A1896、T1762/A1764变异在贵州省不同民族间分布有一定差异.C型感染者易发生T1762/A1764变异,两种变异均与疾病进展有关.
关键词： 乙型肝炎病毒 变异 限制性片段长度多态性 -
中国部分地区HIV患者B'和B'/C亚型毒株tat第一外显子基因变异与HIV疾病进展关系的研究
目的 了解中国B'和B'/C亚型HIV/AIDS患者tat第一外显子的基因序列及其二级结构的特征和变异特点,探讨其与HIV-1感染疾病进展之间的关系.方法 从辽宁、吉林和云南省HIV-1感染者中选取病情呈缓慢进展的B'亚型感染者8例和B'/C亚型感染者5例,选择年龄、性别感染时间与前二者匹配的病情呈典型进展的B'亚型感染者26例和B'/C亚型感染者9例.采集外周静脉血,提取前病毒DNA,用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1的tat基因,纯化后直接进行基因序列测定,序列编辑后翻译成氨基酸序列,进行氨基酸变异情况分析和二级结构预测.结果 B'和B'/C亚型缓慢进展者、典型进展者Tat第一外显子中发现多种氨基酸替换,但除A58T外均未显示出与病毒载量以及疾病进展的明确相关性.23N、31S、32Y、46F变异均显示出亚型特异性;Tat蛋白的二级结构未发现规律性变化.结论 中国HIV/AIDS患者tat第一外显子某些位点的基因变异,如A58T可能与病毒载量以及疾病进展有关,Tat蛋白的二级结构可能与HIV感染后的疾病进展无明显关系.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型 tat基因 变异 二级结构 -
产肠毒素大肠埃希菌活的非可培养状态实验室初步研究
目的初步研究产肠毒素大肠埃希菌(ETEC)7株"活的非可培养状态"菌株的形态学、抗原特性以及复苏后生物学、抗原特性、致病性、药物敏感性等特性.方法运用常规革兰染色、动物肠腔复苏、复苏菌株致病性、血清学凝集、生化鉴定、体外药物敏感等试验观察"活的非可培养状态"ETEC及复苏后生物学特性的变异.结果这7株"活的非可培养状态"ETEC除菌体营养细胞缩小成球形休眠体外,其他特性均无明显变异,仍保留着较强的致病力.结论细菌"活的非可培养状态"的存在,提示在传染病日常监测过程中应注意这种细菌的存在状态.
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PTPRD rs2279776及其与HBV变异的交互作用对肝细胞癌风险的影响
目的 探讨PTPRD遗传多态性rs2279776及萁与HBV变异的交互作用和肝细胞癌(HCC)发生风险的关联性.方法 采用实时定量PCR对1012例健康对照(对照组)、990例非肝细胞癌HBV感染者(非癌HBV感染组)及1021例乙型肝炎后肝细胞癌患者(HCC组)进行PTPRDrs2279776多态性检测,应用PCR测序法分别测定HBV核心启动子区及前S区变异.采用多因素logistic回归分析rs2279776、HBV变异及它们之间的交互作用和HCC发生风险的关联性.结果 rs2279776基因型和等位基因频率的分布在HCC组与对照组之间、HCC组与非癌HBV感染组之间以及HCC组与非癌组(非癌HBV感染组+对照组)之间的差异均无统计学意义.而rs2279776GC基因型与HBV变异T1753V和preS缺失的交互作用显著增加女性HBV感染者患HCC的风险.rs2279776 GC基因型与HBV G1896A变异的交互作用可以降低HBV基因型B感染者患HCC的风险;CC基因型与HBV A1652G变异的交互作用可以显著降低基因型CHBV感染者息HCC的风险.结论 PTPRD rs2279776与HCC易感性无直接相关性,但可通过与HBV变异的交互作用对HCC发生风险产生影响.
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流行性感冒疫苗组分的确定及其免疫预防策略
流行性感冒(流感)病毒主要由内、外抗原两大部分组成,因外抗原中的血凝素和神经氨酸酶在不断变化,导致每年新亚型不断产生,其中流感病毒甲型变异频繁,尤其是甲1和甲3型易造成大流行,10～40年发生1次;乙型变异比较少,不会形成大流行;丙型没有变异.目前使用的流感疫苗一般包括3个型别即甲1、甲3和乙型流感病毒株.
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数字偏选偏倚及其对医学研究的影响
数字偏选(digit preference)是指由于对某些数字的偏好,导致对某种测量结果用近似数字来记录.例如用接近的整数、偶数、5或10的倍数,或者是7、14(当时间单位用周时)等[1],由此可以导致数字偏选偏倚(digit preference bias),这种偏倚可以是观察者变异的一种形式,或者是调查中应答者变异的一种表现.
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对分子流行病学发展之拙见
近年来,随着分子生物学的迅速发展,蛋白质、核酸等先进检测技术已在医学研究中被广泛应用,不少医学界同仁正试图应用这些先进技术解决流行病的诸多问题,例如通过对分子、基因的研究,来发现和认识因病原体变异而引起相应疾病在人群中的新特征;从变异研究到基因预防以及通过基因分型以判断可能的传染源、传播途径等,这不仅是一个良好的开端,而且令人欣慰的是,这些研究均已取得了初步成果,尤以在传染病研究方面的成绩更为显著.
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我国青年人群1997/1998年甲1型流感病毒株抗体分析
流感病毒以其抗原结构易于发生变异而著称.我们1997年秋和1998年春两次对国内青年人群进行流感抗体检测,发现1994年以来人群对甲1型流感病毒(H1N1)抗体大幅度下降,现将结果报告如下.
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中国艾滋病病毒1型AE循环重组型毒株env基因的变异和进化分析
目的研究中国艾滋病病毒1型(HIV-1)AE循环重组型(CRF01-AE)毒株env不同基因区序列变异的特点及其与进化压力的关系.方法应用巢式聚合酶链反应(nested-PCR)对从全国部分省收集来的HIV-1感染者血液样本中的HIV-1 外膜蛋白(env)基因进行扩增和亚型鉴定后,选择34份CRF01-AE重组型HIV-1毒株env基因V3～V4区及其邻近区域的序列进行系统进化树和氨基酸变异分析,并计算和分析氨基酸同义替换(Ks)值和非同义替换(Ka)值及Ks/Ka比值.结果基因系统树显示中国的34份样本CRF01-AE重组型毒株与我国代表株AE.97CNGX2F和泰国代表株AE.CM240、AE.93TH253聚集在一起.氨基酸替换主要发生在C3和V4区,而V3区和V3上游区氨基酸序列相对保守,糖基化位点也比较保守.V3环顶端四肽以GPGQ为主(87.50%).大部分毒株的第306和320位点上没有出现带正电荷的氨基酸.整个V3～V4区的Ks值显著高于Ka值(P＜0.001),且Ks/Ka比值显著高于1(P＜0.001),只有V4区Ks/Ka比值显著低于1(P＜0.01).结论目前多数流行于中国的CRF01-AE重组型HIV-1毒株具有较高的同源性,在进化上关系密切.氨基酸替换主要发生在C3和V4区,而不是V3区.由于大部分毒株的第306和320位点上没有出现带正电荷的氨基酸,推测这些毒株为不引起细胞融合的NSI型,其V3～V4区序列的变异主要受到功能性的限制而与正向选择压力无密切关系,但其中V4区的变异与正向选择压力有关.
