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人宫颈癌组织染色体部分位点杂合性丢失
了解人宫颈癌组织中3、6、11和18号染色体部分位点杂合性丢失的分布状况,为宫颈癌相关基因的定位以及临床诊断分子标志的筛选提供依据.采用宫颈癌基因组中3、6、11和18号染色体上的8个微卫星标志,对源自宫颈癌高发区的宫颈癌活检标本,以PCR-变性电泳-银染的方法检测上述位点的杂合性丢失.其中在染色体3p14、18q21等位点存在较高频率的杂合性丢失.结果表明杂合性丢失是宫颈癌癌变过程中常见的遗传性改变,宫颈癌中存在杂合性丢失的高频区,提示相应位点存在潜在的抑癌基因.
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KAI1及其等位基因杂合性缺失与胰腺癌转移及预后的相关性
目的 探讨肿瘤转移抑制基因KAI1与胰腺癌转移及预后的相关性,并进一步研究此相关性与其等位基因杂合性缺失(LOH)的关系.方法 收集胰腺癌标本62例,行免疫组织化学Power-vision二步法检测KAI1基因(CD82)的表达;石蜡切片显微切割癌及癌旁正常胰腺组织,提取DNA,变性高效液相色谱法(DHPLC)检测LOH.结果 CD82在胰腺癌原发灶中表达率为76%(47/62),在有淋巴结转移、远处脏器转移病例中表达显著降低(P<0.05),在晚期(Ⅲ、Ⅳ)肿瘤中比早期(Ⅰ、Ⅱ)表达显著降低(P<0.01),CD82表达阳性者的1年生存率显著高于表达阴性者(P<0.05).显微切割标本PCR扩增,微卫星D11S1344有5对、D11S1326有2对存在LOH,发生率为17%.结论 随着胰腺癌的进展,CD82的表达逐渐降低,这种降低与KAI1等位基因的杂合性缺失有关.检测CD82的表达及LOH对判断肿瘤的分期,淋巴转移和远处转移及患者的预后有一定的参考价值.
关键词： 胰腺肿瘤 Kangai-1蛋白质 杂合性丢失 转移 预后 -
鼻咽癌染色体1pter-p36.11杂合性缺失
目的构建鼻咽癌染色体1pter-p36.11(63.4 cM)区域内的杂合性缺失精细图谱，为进一步寻找鼻咽癌相关基因提供依据。方法在比较基因组杂交和间期荧光原位杂交研究基础上，应用淋巴分离液将肿瘤组织的肿瘤细胞与淋巴细胞分离并以淋巴细胞DNA作相应正常对照，利用1pter-p36.11区域内的20个微卫星多态位点(平均间距3 cM)对47例鼻咽癌活检组织用杂合性缺失(LOH)分析法进行LOH分析并绘制其精细缺失图谱。结果在47例鼻咽癌患者中，至少有一个位点存在LOH的有37例(82.2%)，其中LOH频率高的为D1S234(50.0%)，位于 1p36.13，其次为D1S2644(37.5%)，位于1p36.22；微卫星不稳定频率高的为D1S243(37 .5 %)，位于1p36.33，其次为D1S199(30.2%)，位于1p36.21；D1S234的LOH及D1S199的MI与临床分期相关无显著性意义（P>0.05）。结论鼻咽癌染色体1pte r-p36.11之间63.4 cM区域内有两个共同的缺失区，分别位于1p36.13(D1S234，2.0 cM)与1p36.22(D1S436-D1S2644 ，6.3 cM),其间有一个微卫星不稳定位点D1S199，D1S436-D1S199-D1S234区域内可能有一个或几个在早期与鼻咽癌形成相关的肿瘤抑制基因。
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髓母细胞瘤16号染色体的杂合性丢失分析
传统的细胞遗传学显示17号等臂染色体(isochromosome 17q)是髓母细胞瘤常见的遗传学改变,占该肿瘤的50%～70%[1].近年来,随着比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)技术的应用,人们在髓母细胞瘤整个基因组中发现了更为广泛的遗传学改变.除了17号染色体的异常,染色体的失衡还较常见于10q (41%), 11 (41%), 16q (37%) 和8p (33%)[2].基于这些研究结果,我们试图在染色体16q上进一步寻找与髓母细胞瘤相关的抑癌基因丢失位点.
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胃癌和胃癌前病变组织FHIT基因的杂合性丢失
目的:检测脆性组氨酸三联体基因在胃癌和胃癌前病变(肠上皮化生、不典型增生)中的杂合性丢失(LOH),分析LOH在胃癌发生中的作用.方法:用PCR的方法检测胃癌42例,不典型增生44例,肠上皮化生组织51例和自身正常对照组织中FHIT基因多态性位点D3S1234,D3S1300的LOH.结果:胃癌组、不典型增生组、肠上皮化生组在D3S1234位点的LOH发生率分别为32.4%(11/34),28.6%(10/35),10%(4/40);在D3S1300位点的LOH发生率分别为33.3%(12/36),32.4%(11/34),7.7%(3/39).胃癌组、不典型增生组在D3S1234和D3S1300位点的LOH发生率显著高于肠上皮化生组.胃癌组和不典型增生组之间在D3S1234,D3S1300位点的LOH发生率均无统计学差异.结论:FHIT基因的LOH可能是胃癌形成过程中的早期事件,在胃癌发生发展过程可能发挥了一定的作用.
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胃癌中18号染色体的杂合性丢失研究
目的:检测原发性胃癌组织中18号染色体的杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH)情况.方法:联合应用激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)-高可信度全基因组扩增(high fidelity-Whole genomeamplification,HF-WGA)-变性高效液相色谱(denaturedhigh pressure liquid chromatography,DHPLC)方法,检测胃癌中18号染色体上短插入/缺失多态(short insertiondeletion polymorphism,SIDP)标记的LOH.结果:在所检测的10例胃癌组织中3例呈现SIDP位点LOH(30%);9个SIDP位点中3个(MID148、MID150和MID352)发生LOH,其中MID150位点LOH见于3例胃癌组织.在1例胃癌组织中3个SIDP位点同时呈现LOH.结论:联合应用LCM和HF-WGA,经DHPLC分析SIDP标记,可进行肿瘤细胞中LOH检测.本研究为18号染色体上胃癌相关抑癌基因的研究提供一种新技术策略.
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胃癌SMAD4/DPC4杂合性丢失的研究
目的:探讨胃癌中SMAD4/DPC4杂合性丢失(loss ofheterozygosity,LOH)与胃癌临床病理的关系.方法:用多聚酶链反应-单链构相多态性(PCR-SSCP)银染法分析50例原发性胃癌SMAD4/DPC4的杂合性丢失.结果:D18S46 LOH为36.2%(17/47),D18S474 LOH为39.1%(18/46),DPC4LOH为59.2%(29/49).SMAD4/DPC4LOH的发生率随着胃壁浸润深度的加深而增高,随着TNM分期的增加而增高(P＜0.05).胃癌直径≥5 cm时,SMAD4/DPC4 LOH要明显高于胃癌＜5 cm时(P＜0.05).SMAD4/DPC4 LOH在Borrmann分型中有显著性差异(P＜0.05).结论:SMAD4/DPC4的杂合性丢失可能在胃癌的发展中起重要作用,是胃癌发展后期的重要分子事件.
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六位点微卫星组合用于膀胱癌诊断的研究
目的探讨6个微卫星位点组合在膀胱肿瘤诊断中的意义.方法选择10个微卫星位点(D9S162、D9S171、IFNA、D9S176、D9S195、D14S51、ACTBP2、D14S267、D17S695、D21S1245),应用PCR-SSLP法检测32例膀胱肿瘤患者的肿瘤组织、膀胱冲洗液沉渣微卫星改变,15例非膀胱肿瘤患者为对照组.结果32例膀胱肿瘤组织中,微卫星改变阳性30例,敏感性为93.8%(30/32),对照组膀胱冲洗液沉渣微卫星改变均为阴性.微卫星改变与膀胱肿瘤分期、分级无相关性.选取微卫星改变发生率高的D9S171、IFNA、D14S51、D17S695、D21S1245、ACTBP2 6位点组合微卫星改变阳性率为90.6%(29/32例),与10个微卫星位点组合相比差异无显著性意义.结论此6个微卫星位点组合检测膀胱肿瘤可能具有较高的敏感性和特异性.
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抑癌基因微卫星杂合性丢失在膀胱癌诊断中的应用
目的 探讨抑癌基因p16、p53、VHL的微卫星(MS)DNA杂合性丢失(LOH)的发生率与膀胱移行细胞癌(TCC)临床分期、病理分级的关系.方法 随机提取50例膀胱TCC组织标本DNA,并取50例癌旁正常膀胱黏膜作对照;提取40例患者尿液标本DNA,取位于p16、p53、VHL的6个微卫星位点引物行PCR扩增,8%变性聚丙烯酰胺电泳,银染结果检测杂合性丢失与TCC分期、分级的关系.结果 50例TCC标本中,6个微卫星位点中至少1个位点LOH阳性者45例(90.0%);40例尿液标本中,以上位点至少1个位点LOH阳性者35例(87.5%),尿脱落细胞组织学检查阳性者25例(62.5%),主要见于中、晚期肿瘤.p16、p53、VHL基因6个微卫星位点中,LOH阳性率由高到低分别为D9s259(76.3%)、D9s270(65.7%)、D17s786(50.0%)、D3s1284(41.7%)、D3s1038(41.2%)、D17s379(40.5%).D9s259、D9s270、D3s1038、D17s786的LOH阳性率与TCC分期、分级无关,D3s1284、D17s379主要见于高分期、分级肿瘤.结论 TCC组织标本和尿液标本抑癌基因微卫星位点LOH检测是一项新颖、高敏感的方法,D9s259、D9s270、D3s1038、D17s786可用于膀胱肿瘤的早期诊断,D3s1284、D17s379可作为膀胱肿瘤判断预后的指标.
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MEN1基因在甲状旁腺肿瘤发生中作用
多发性内分泌肿瘤1型(the multiple endocrine neoplasia type 1,MEN1)是一种具有染色体显性遗传倾向的肿瘤综合征.基于对MEN1患者肿瘤的杂合性丢失的研究和对患者家族进行基因连锁分析确定了MEN1基因位于染色体11q13[1],它是一种肿瘤抑制基因,编码蛋白质Menin.目前,MEN1基因的突变被认为是导致甲状旁腺肿瘤发生的几个主要因素之一.在动物实验中,使小鼠细胞Menin杂合性失活,结果这些小鼠多数发生了甲状旁腺肿瘤,在后期还发生了与多发性内分泌肿瘤1型类似的表现[2,3].尽管一些事实已表明Menin蛋白与基因的转录调控,细胞周期的调控和一些蛋白协同分子的作用有关,但是Menin的失活导致甲状旁腺肿瘤发生的具体机制以及Menin蛋白的生理功能还需要不断的探讨.
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肾细胞癌患者抑癌基因VHL双等位基因
目的探讨肾细胞癌患者中抑癌基因VHL的双等位基因失活发生情况.方法在41例肾细胞癌患者中提取肿瘤和正常组织DNA.采用单链聚合酶链反应(PCR)和测序法检测肿瘤组织中VHL基因的突变情况.采用PCR限制性片段长度多态性法检测VHL基因内部的2个单核苷酸多态性(SNP)位点,在2个位点的杂合子中通过对比肿瘤组织和正常肾组织分析VHL基因的杂合性丢失(LOH)情况.结果在肾细胞癌中51%(21/41)发生VHL基因突变,42%(8/19)发生VHL基因LOH,基因突变和LOH发生具有显著一致性(r=0.78),在37%(7/19)的肾细胞癌中发生VHL双等位基因失活.结论肾细胞癌中存在由VHL基因突变和LOH导致的VHL双等位基因失活现象,VHL双等位基因失活发生率为37%.
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鲍温病组织中HPV感染与微卫星DNA改变的关系
目的 分析鲍温病(BD)组织中人乳头瘤病毒(HPV)感染与微卫星(MS)DNA改变的关系.方法 收集2011年1月-2015年10月医院收治的30例BD患者的病理组织标本,作为观察组,选取同期外科切除的正常组织标本30份作为对照组,均采用基因芯片技术检测HPV分型,探讨BD组织HPV感染与微卫星DNA改变的关系.结果 观察组HPV感染阳性11例,感染率为36.67％,明显高于对照组(P<0.05),且观察组检出HPV亚型均为高危型,其中HPV16亚型感染所占比例高,为63.64％;观察组MS DNA改变检出率为20.00％,明显高于对照组(P<0.05),其LOH所占比例高于对照组(P<0.05);BD组织与P53连锁的D17S796、D17S926位点共发生LOH 3例,与错配修复基因hMLH1连锁的D3S1612、D3S1029位点发现MSI 1例,LOH 2例;HPV感染11例中,MS DNA改变5例占45.45％,其中HPV16亚型感染中MS DNA改变中MSI占14.29％,LOH占42.36％;HPV58亚型感染中LOH占100.00％;HPV阴性中LOH 1例,占5.26％;HPV阳性组MS DNA改变发生率明显高于HPV阴性组(P<0.05).结论 BD发生与高危型HPV感染及MS DNA改变有一定相关性,P53基因突变可能参与BD发病过程;高危型HPV感染与BD MS DNA改变有一定的关系.
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卵巢癌血清DNA 3号染色体短臂基因杂合性丢失的研究
目的探讨血清DNA 3号染色体短臂(3p14,25)等位基因杂合性丢失与卵巢癌发生、发展的相关性.方法采用聚合酶链反应并结合二核苷酸重复序列多态性方法,分别对38例卵巢癌及8例卵巢良性肿瘤患者的血清DNA 3p14,25的4个微卫星位点(D3S1029、D3S1228、D3S1300、D3S1481)杂合性丢失进行检测.另外,检测38例中18例患者的组织及相应血清DNA 3p14,25杂合性丢失.结果 18例卵巢癌血清与肿瘤组织DNA 3p14,25基因4个微卫星位点杂合性丢失率之间存在明显的相关性(P<0.05).38例血清DNA标本中有29例(76%)至少在1个微卫星位点出现杂合性丢失,17例(45%)有2个以上微卫星位点出现杂合性丢失.卵巢癌Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期出现杂合性丢失率分别为2/4、78%、8/9.卵巢癌病理类型仅在微卫星D3S1029位点的杂合性丢失率比较,差异有显著性(P=0.007 4). 8例良性肿瘤组织及血清均未出现杂合性丢失.结论卵巢癌患者血清DNA与肿瘤组织DNA 3p14,25出现杂合性丢失密切相关,血清3p14,25出现杂合性丢失率与卵巢癌恶性程度有关.
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B淋巴瘤6号染色体微卫星不稳定性及杂合性缺失
目的:探讨6号染色体微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)及杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH),碱基错配修复系统GTBP和hMLH1基因蛋白在B细胞淋巴瘤(B cell non-hodgkin's lymphoma,B-NHL)发生学上的意义.方法:选取6号染色体上7对多态微卫星标记,结合PCR及银染技术,采用凝胶成像图象分析系统,分别检测58例B-NHL染色体微卫星MSI及LOH.对其中23例B-NHL细胞进行EnVinsion法检测MMR的功能基因GTBP、hMLH1的表达情况.结果:弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)与滤泡性淋巴瘤(follicular lymphoma,FL)中GTBP和hMLH1蛋白表达差异无统计学意义,P值分别为0.98和1.30.原发生于淋巴结内与淋巴结外的GTBP、hMLH1蛋白表达差异无统计学意义,P值分别为0.54和0.67.GTBP蛋白在高、低度恶性表达之间差异无统计学意义,P=1.00;而hMLH1蛋白表达在低度恶性较高度恶性高,P=0.99.在位点D6S275 MSI的发生率为7.5%(4/53),其中包括DLBCL 2例,FL和B-CLL/SLL各1例,LOH总的发生率达66.0%(35/53),其中包括DLBCL 19例(19/21,90.5%),FL 8例(8/13,61.5%),B-CLL/SLL 8例(8/19,42.1%),DLBCL的LOH率同B-CLL/SLL和FL相比,差异有统计学意义,P=10.60.结论:hMLH1和GTBP错配修复基因蛋白表达与B-NHL组织学类型、肿瘤的发生部位可能无关系.位点D6S275可能存在一个抑癌基因,该基因的缺失以及与错配修复基因hMLH1突变的关系对B细胞淋巴瘤的发生作用有待进一步研究.
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微卫星不稳定性和杂合性丢失与宫颈癌相关性的研究
目的:探讨染色体微卫星不稳定性(MSI)及杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH)在宫颈癌的发生及发展的相关性.方法:运用p53(D17S786)、9p21(D9S171)2对微卫星标志,结合PCR银染技术,分别检测48例宫颈癌组织、癌旁组织及周围静脉血DNA的MSI(microsatellite instability)和LOH及其与临床分期和病理分级的关系.结果:48例宫颈癌组织的2个位点进行了微卫星MSI和LOH多态性分析,分别为56%、25%,临床病理分级(P<0.05),不同病理分级的统计学分析差异有显著性.结论:p53(D17S786)、9p21(D9S171)2个不同的位点17号、9号染色体上存在的抑癌基因的失活以及微卫星不稳定性可能在宫颈癌的发生发展中起重要作用.
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肝母细胞瘤基因组不平衡性与染色体变异
目的 建立稳定的比较基因组杂交(CGH)技术,探讨肝母细胞瘤(HB)染色体1p36杂合性缺失(LOH)的特点.方法 应用CGH检测30例HB DNA的丢失或扩增;应用聚合酶链反应-简单重复序列多态性(SSLP)方法,对30例HB中染色体1p36上6个微卫星的杂合子丢失进行检测.结果 每例HB细胞染色体均有不同程度的变异,HB常见增益的染色体区域是1q、2q、2p、8q、8p、12q和22q,常见丢失的染色体区域为1p、4q、4p、16q、17p和18q.30例HB中,1号染色体上6个基因座发生LOH的总频率为63.3%(19/30),其中D1S199为高(66.7%),其次为D1S450(46.7%).结论 HB存在多条染色体DNA拷贝数扩增或丢失的区域;HB在染色体1p36上存在广泛的LOH;染色体变异引起相应瘤基因扩增和抑癌基因的丢失可能参与了HB的发生、发展.
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肿瘤患者循环DNA的定量研究
目的建立纳克水平DNA定量方法,并探讨循环DNA检测在肿瘤诊断中的应用价值.方法对483例恶性肿瘤患者以微量基因组抽提试剂盒抽提血清DNA,以SYBR green Ⅰ荧光染色法行DNA定量;BRCA1(D17S579、D17S855)和p53(TP53,D17S786)微卫星位点的杂合性丢失检测采用聚合酶链反应结合聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染的方法进行.同时与150例健康人血清的检测结果进行对照.结果 SYBR green Ⅰ荧光染色可精确定量2～10ngDNA.483例恶性肿瘤患者血清DNA平均水平为(81.3±98.3)ng/ml,150例健康人血清DNA平均水平为(22.2±13.4)ng/ml,两者间差异有显著性(P＜0.001);50例良性肿瘤患者血清DNA未见显著升高.在33例血清DNA含量增高的卵巢癌患者中,27例(81.8%)能测及BRCA1和p53微卫星标记中至少1个位点的杂合性丢失.结论循环DNA的定量有可能成为一种新的恶性肿瘤标志物.
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脑膜瘤第1、10、14和22对染色体的LOH和MI与相关因素分析
目的 研究脑膜瘤第1、10、14和22对染色体的LOH和MI及其相关因素。方法 对39例脑膜瘤用PCR方法检测D1S188、D10S187、D14S43和D22S1 4个位点的LOH和MI，探讨其与病理学表现、FCM及肿瘤复发等关系。结果 间变型脑膜瘤4个位点的LOH比率显著高于良性型；间变型D14S43 LOH也显著高于非典型型。4个位点LOH(+)组DI均分别显著高于LOH(－)组，D1S188、D14S43和D22S1LOH(+)组的超二倍体率均显著高于LOH(－)组。6例复发性脑膜瘤组，LOH(+)者5例，显著高于初发性组。各组的MI未见显著性差异。结论 脑膜瘤的D1S188、D10S187、D14S43和D22S1 LOH与肿瘤的发生和恶性生物学行为密切有关。
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微切割喉鳞状细胞癌9p13-23区域微卫星杂合性缺失的研究
目的探讨喉鳞状细胞癌(简称鳞癌)在9p13-23区域微卫星(microsatellite)发生杂合性缺失(1oss of heterozygosity,LOH)的热点.方法采用显微切割法从病理切片中挑取肿瘤组织,选取位于9p13-23区域的13个高多态性微卫星引物对42例喉鳞癌组织进行聚合酶链反应和变性凝胶电泳.结果①42例喉鳞癌在9p13-23区域等位基因LOH的总发生率是97.6%(41/42).在13个微卫星引物中,LOH发生率高者是位于9p22-23的D9S162(89.5%),其次是位于9p21的D9S171(80.0%).与p16基因紧密连锁的D9S1748的LOH发生率仅50.0%.②等位基因缺失作图分析发现42例喉鳞癌组织在9p13-23上存在2个明显的LOH较小区域,分别位于99211的D9S161～D9S171之间和9p22-23的IFNA和D9S162之间.结论喉鳞癌在9p13-23区域除抑癌基因p16以外可能还存在2个或2个以上候选抑癌基因,这些候选抑癌基因也许和p16一样与喉鳞癌的发生、发展密切相关.
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食管癌HSD17B4基因表达及其杂合性丢失分析
目的探讨HSD17B4基因在食管癌中的变化及其可能的意义.方法采用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR),分析HSD17B4基因mRNA表达状态,同时运用PCR银染技术,检测HSD17B4基因内微卫星标记D5S1384在食管癌组织基因组DNA水平的缺失.结果40例食管癌及其癌旁组织标本微卫星标记D5S1384分析发现,26例为信息个体,12例肿瘤组织存在D5S1384的杂合性丢失,丢失率为46.2%.HSD17B4基因mRNA表达下调的比例为62.5%(25/40).结论HSD17B4可能是5q23区域内的候选食管癌抑制基因.
