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近交系小鼠体细胞核移植囊胚的微卫星DNA鉴定
A与供体细胞完全相同,而与受体细胞或者对照细胞无亲缘关系.结论 体细胞核移植囊胚基因组来源于供体BALB/c小鼠.
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江苏汉族人群FⅧ基因内微卫星DNA多态性研究及其在基因诊断中的应用
为研究江苏地区汉族人群FⅧ基因内微卫星DNA CA-13、CA-22的多态性,并探讨其在血友病甲基因诊断中的应用价值,我们用聚合酶链反应(PCR)和聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)的方法,分别检测了86名(131条X染色体)和74名(109条X染色体)江苏汉族人CA-13、CA-22的长度多态以及三个血友病甲家系成员这两个微卫星的长度变化.结果发现CA-13、CA-22分别有7种、4种等位片段,多态信息量(polymorphism information content,PIC)分别为0.5149、0.5202.用这两个微卫星进行家系连锁分析,两个家系得到诊断,并检出一名携带者.本研究表明微卫星标记CA-13、CA-22具有高多态性,联合应用这两个微卫星,理论上可使家系完整的血友病甲携带者检出率及产前诊断率达77%.利用微卫星标记进行连锁分析有望成为一种高效的血友病甲携带者检出及产前诊断的新方法.
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人宫颈癌组织染色体部分位点杂合性丢失
了解人宫颈癌组织中3、6、11和18号染色体部分位点杂合性丢失的分布状况,为宫颈癌相关基因的定位以及临床诊断分子标志的筛选提供依据.采用宫颈癌基因组中3、6、11和18号染色体上的8个微卫星标志,对源自宫颈癌高发区的宫颈癌活检标本,以PCR-变性电泳-银染的方法检测上述位点的杂合性丢失.其中在染色体3p14、18q21等位点存在较高频率的杂合性丢失.结果表明杂合性丢失是宫颈癌癌变过程中常见的遗传性改变,宫颈癌中存在杂合性丢失的高频区,提示相应位点存在潜在的抑癌基因.
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雷氏按蚊多态微卫星DNA位点的筛选和特征
本研究对雷氏按蚊的微卫星DNA序列进行了分离,并筛选了其中具有多态性的微卫星位点.应用雷氏按蚊基因组DNA的酶切片段与生物素标记的寡核苷酸探针杂交,亲合素富集和超滤离心浓缩目的片段,扩增放大后克隆并测序,获得雷氏按蚊微卫星DNA序列.在其中挑选合适的微卫星位点,建立扩增体系.应用雷氏按蚊现场样本对不同的微卫星DNA进行扩增,聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选具有多态性的位点.本研究结果获得了雷氏按蚊微卫星DNA序列58条,GenBank注册登记号为EF620299～EF620356.其中,完整序列41条,占70.7%;非完整序列7条,占12.1%,复合序列9条,占15.7%;仅1条为非典型序列.电泳结果显示其中14个微卫星位点中有11个具有多态性.
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应用微卫星DNA标志研究我国大劣按蚊群体的遗传差异
目的 应用微卫星DNA分子标志阐明我国大劣按蚊(广义)群体的遗传差异水平.方法 研究样本包括经分子鉴别的大劣按蚊(海南省实验室品系和海南省毛阳野生群体)和大劣按蚊D种(云南省江城和云南省勐腊野生群体),扩增10个多态的微卫星DNA位点,用Arlequin软件分析和计算相关指标.结果 对89个大劣按蚊样本进行微卫星位点的扩增,等位基因数范围为1～32个,平均值为3.60～25.20,并非所有微卫星位点在所有群体中均呈现多态性.群体的平均期望杂合度和观察杂合度的范同分别为0.49～0.72和0.36～0.58,两者在海南省群体中均为低.成对群体间的FST值为负值或很小,提示群体间未出现遗传分化.分级AMOVA计算结果显示,大劣按蚊群体内的变异占总变异的103.29%,种内变异为负值(-3.97%),种问变异仅占总变异的0.67%.结论 大劣按蚊与大劣按蚊D种内和种间遗传差异均非常小,微卫星DNA的变异主要在个体间.
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中国南方汉族人群MICA-STR的遗传多态性
目的人类MICA(MHC classⅠ chain related gene A)基因位于HLAⅠ类区HLA-B近着丝粒端46 kb.MICA遗传多态性与器官移植、多种疾病的遗传易感性有密切关系.本工作研究中国南方汉族正常人群MICA基因第5外显子微卫星(MICA-STR)遗传多态性. 方法采用荧光PCR/size-sequencing和PCR/SSP 技术分析231例中国南方汉族健康个体MICA-STR等位基因及MICA 缺失型(MICA*Del)频率. 结果在该群体中发现MICA*A4、MICA*A5、MICA*A5.1、MICA*A6、MICA*A9、MICA*Del,其中以MICA*A5、MICA*A5.1为常见,频率分别为0.362、0.313;共检出MICA*Del携带者3例,MICA*Del基因频率为0.006,该3例样本经PCR/SSP定型,均为HLA-B48阳性.MICA-STR基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡. 结论中国南方汉族人群MICA-STR等位基因的构成不同于其他人群;此外,该人群存在低频率的MICA基因缺失.
关键词： 人类白细胞抗原(HLA)-B MICA 微卫星DNA 缺失 -
抑癌基因微卫星杂合性丢失在膀胱癌诊断中的应用
目的 探讨抑癌基因p16、p53、VHL的微卫星(MS)DNA杂合性丢失(LOH)的发生率与膀胱移行细胞癌(TCC)临床分期、病理分级的关系.方法 随机提取50例膀胱TCC组织标本DNA,并取50例癌旁正常膀胱黏膜作对照;提取40例患者尿液标本DNA,取位于p16、p53、VHL的6个微卫星位点引物行PCR扩增,8%变性聚丙烯酰胺电泳,银染结果检测杂合性丢失与TCC分期、分级的关系.结果 50例TCC标本中,6个微卫星位点中至少1个位点LOH阳性者45例(90.0%);40例尿液标本中,以上位点至少1个位点LOH阳性者35例(87.5%),尿脱落细胞组织学检查阳性者25例(62.5%),主要见于中、晚期肿瘤.p16、p53、VHL基因6个微卫星位点中,LOH阳性率由高到低分别为D9s259(76.3%)、D9s270(65.7%)、D17s786(50.0%)、D3s1284(41.7%)、D3s1038(41.2%)、D17s379(40.5%).D9s259、D9s270、D3s1038、D17s786的LOH阳性率与TCC分期、分级无关,D3s1284、D17s379主要见于高分期、分级肿瘤.结论 TCC组织标本和尿液标本抑癌基因微卫星位点LOH检测是一项新颖、高敏感的方法,D9s259、D9s270、D3s1038、D17s786可用于膀胱肿瘤的早期诊断,D3s1284、D17s379可作为膀胱肿瘤判断预后的指标.
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微卫星不稳定性和杂合性丢失与宫颈癌相关性的研究
目的:探讨染色体微卫星不稳定性(MSI)及杂合性丢失(loss of heterozygosity,LOH)在宫颈癌的发生及发展的相关性.方法:运用p53(D17S786)、9p21(D9S171)2对微卫星标志,结合PCR银染技术,分别检测48例宫颈癌组织、癌旁组织及周围静脉血DNA的MSI(microsatellite instability)和LOH及其与临床分期和病理分级的关系.结果:48例宫颈癌组织的2个位点进行了微卫星MSI和LOH多态性分析,分别为56%、25%,临床病理分级(P<0.05),不同病理分级的统计学分析差异有显著性.结论:p53(D17S786)、9p21(D9S171)2个不同的位点17号、9号染色体上存在的抑癌基因的失活以及微卫星不稳定性可能在宫颈癌的发生发展中起重要作用.
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Mxi1基因敲除小鼠遗传背景的转换研究
目的 对FVB/N品系Mxi1基因敲除(knock out,KO)(Mxi1-/-)小鼠进行遗传背景转换,为研究疾病发病机制提供更多种类的基因修饰小鼠.方法 将FVB/N品系杂合子小鼠(Mxi1+/-)与异性C57BL/6品系野生型(wild type,WT)小鼠(Mxi1+/+)杂交,获得杂合子F1代后将其与C57BL/6品系Mxi1+/+小鼠回交,再选择F2杂合子与C57BL/6品系Mxi1+/+小鼠回交,依此再回交8次后,子代互交.利用鼠尾DNA进行基因型鉴定及微卫星DNA(msDNA)检测,组织信使RNA(mRNA)和组织蛋白检测背景转换效率.结果 基因型鉴定为Mxi1-/-的互交子代小鼠msDNA检测结果与WT型C57BL/6小鼠一致,与FVB/N小鼠不同.PCR和Western印迹结果显示,随机选取的任意自交子代纯合子小鼠体内不表达Mxi1的mRNA和蛋白质,成功获得C57BL/6品系Mxi1-/-小鼠.结论 通过杂交-回交的方式成功获得的新品系Mxi1-/-小鼠能稳定地将突变基因传递给子代.这一成果为疾病动物模型的建立提供了更多的选择.
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微卫星DNA标记技术检测ENU致C57BL/6J小鼠基因突变
目的 建立微卫星DNA标记技术检测基因突变的方法.方法 对C57BL/6J近交系小鼠腹腔注射乙基亚硝基脲(ENU)溶液后,分析其外观和精子畸形状况,应用41个在不同品系小鼠间表现多态性的微卫星位点,通过STR扫描技术检测ENU诱变后不同组织的微卫星多态性.结果 个别ENU诱变小鼠背部出现白斑;精子畸形率在80%左右,显著高于对照组(P<0.01);有4个微卫星位点在不同组织表现出多态性.结论 微卫星DNA标记技术可检测到基因突变,初步建立了微卫星DNA检测ENU致C57BL/6J小鼠基因突变的方法.
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利用优选的微卫星标记建立常用大小鼠品系的遗传监测体系
目的 利用微卫星位点在不同近交系小鼠、大鼠中可能具有的多态性,分别筛选出可以一次性区别5种常用近交系小鼠和3种常用近交系大鼠的微卫星引物组合,为近交系小鼠和大鼠的遗传监测分析提供高效的微卫星位点与简易可靠的鉴定条件.方法 通过查询相关数据库以及文献报道,按照已有明确的微卫星实验数据记录为原则,进行比对和筛选,组成了小鼠37个和大鼠24个微卫星位点库.通过PCR扩增和5％琼脂糖电泳鉴定,优化筛选出可以区分单一品系和所有品系的微卫星位点组合.结果 小鼠优选出11个位点可用于5种常用近交系的鉴定,并建立了1个包含6个微卫星位点的库可用于5种小鼠品系的遗传监测;大鼠优选出6个微卫星位点,可用于3种常用近交系的监测.结论 成功建立了一套可以区分常用5种小鼠和3种大鼠品系的微卫星监测方法.
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应用STR多态性对肝豆状核变性家系进行产前基因诊断的研究
目的 探讨运用多个STR多态性位点单体型分析对肝豆状核变性携带者进行筛查及产前诊断的方法.方法 对6个肝豆状核变性家系进行D13S296、D13S301和D13S316三个位点连锁分析.结果 在6个WD家系中共检出患儿2例,携带者3例,正常个体1例.结果 均经出生后或引产后脐带血验证,与产前诊断完全相符.结论 联合应用多个遗传多态性位点进行连锁分析,方法简便、灵活、可靠.
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微卫星标记对WHBE兔封闭群、日本大耳白兔和新西兰兔的遗传分析
目的 分析比较大耳白黑眼兔(WHBE兔)封闭群与日本大耳白兔(JW兔)、新西兰兔(NZW兔)基因组存在的微卫星结构,研究WHBE兔封闭群的微卫星多态性.方法 利用21个微卫星位点,通过微卫星分子标记技术对WHBE兔封闭群、JW兔和NZW兔进行遗传多样性检测和对比.结果 根据初步结果,在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对引物.WHBE兔封闭群在每个位点上的等位基因数为3-8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2.0402个,平均杂合度为O.4810;JW兔在每个位点上的等位基因数为2-8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为3.6077个,平均杂合度为0.5039;NZW兔在每个位点上的等位基因数为3-9个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2.6537个,平均杂合度为0.5334.WHBE兔封闭群在11个微卫星位点上的平均多态信息含量(PIC)为0.6005,多位点累积个体识别率达到100%,多位点累积非父排除概率(CPE)在双亲信息都是未知情况下的为0.9613,而在得知任-亲本信息的情况下,CPE值高达0.9973.在11个微卫星座位中,9个位点上出现了WHBE兔封闭群特有等位基因,其中在Sat2、Sat5、Sat7/、Sat12、Sat13、Sat16、S0144和INRACCDDV0003八个位点上WHBE兔封闭群的特有等位基因为一个,在Sat8位点上为两个.结论 WHBE兔8个位点的平均杂合度、平均有效等位基因数均比JW兔及NZW兔低,说明WHBE兔群体的基因纯合度高于其他两个品系,具有更优的遗传稳定性.9个WHBE兔特有的等位基因可作为区分WHBE兔封闭群和其它两个品系实验兔的分子标记.
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上海 KM 小鼠种子群体遗传状况分析
目的：对国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心KM小鼠种子群体进行群体遗传质量分析与评价。方法利用筛选出的30个微卫星位点设计引物，对种群中随机抽取的30只KM小鼠样本进行PCR扩增，扩增产物利用STR扫描技术进行测定，用Popgen1.32软件对所得结果进行处理分析。结果 KM小鼠种子群体共得到123个等位基因型，平均有效等位基因数为2.3989，平均杂合度为0.5342，平均多态性信息含量（ PIC）为0.4735。结论上海分中心KM 小鼠种子群体具有良好的遗传稳定性和多样性，符合封闭群动物的群体遗传概貌特征。
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大、小鼠微卫星引物对长爪沙鼠的扩增
目的从长爪沙鼠近缘物种的微卫星位点中筛选长爪沙鼠微卫星位点.方法选取了62个大、小鼠的微卫星位点对长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增筛选.结果8个微卫星位点具有稳定扩增带,其中有6个位点杂合,4个位点具有多态性.结论大、小鼠微卫星位点部分与长爪沙鼠具有同源性,可以从大、小鼠的微卫星位点中筛选长爪沙鼠的微卫星位点.
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实验用狨猴微卫星引物筛选及遗传多样性分析
目的 筛选、优化狨猴微卫星DNA引物,用以对中国医学科学院医学实验动物研究所引进的实验用狨猴种群进行遗传学分析及评估.方法 用筛选的20对狨猴微卫星引物,对随机抽取的30只狨猴血液样本进行基因组DNA提取及PCR扩增,扩增产物经电泳鉴定后进行STR扫描检测,用Popgene1. 32软件对STR扫描结果进行数据处理和分析.结果 20对微卫星引物均呈现出遗传多样性,共检测147个等位基因,观察等位基因数5～10个,平均7. 35 个;有效等位基因数2. 2500 ～6. 3830 个,平均4. 0402 个;观察杂合度0. 000 ～0. 4667,平均0. 1533;期望杂合度0. 1424～0. 4350,平均0. 2506;香隆指数1. 2242～2. 0324,平均1. 5949;多态信息含量0. 5366～0. 8254,平均0. 7053.结论 本文筛选的20对狨猴微卫星引物具有高度遗传多样性,均处于Hardy-Weinberg平衡状态.
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PLCε基因敲除小鼠微卫星DNA遗传监测分析
目的 利用多态性微卫星DNA位点分析PLCε基因敲除小鼠的遗传特性.方法 用所筛选的15个微卫星DNA位点对28只PLCε基因敲除小鼠的DNA进行了PCR扩增,通过基因片段大小来分析群体的遗传多样性.结果 13个微卫星DNA位点中(D1Mit365、D3Mit51、D4Mit235、D6Mit102、D7Mit281、D8Mit113、D9Mit23、D10Mit180、D13Mit88、D16Mit145、D17Mit36、D18Mit94、D19Mit97)每个位点的28只小鼠DNA片段泳动距离一致,呈现单态性,表明该群体符合近交系的遗传特性;而利用Dq(敲基因型)和Dy(野生型)两个位点对28只小鼠的PCR扩增结果进行了鉴别分析,其中敲除基因型小鼠为6只;野生型为7只;杂合型为15只.结论 利用微卫星标记技术可以对群体进行遗传质量监测,并能有效地鉴别不同的基因型,为小鼠的遗传质量监测提供了一种可行的方法.
关键词： 微卫星DNA PLCε基因敲除小鼠 遗传监测 -
微卫星DNA分析国内24个近交系小鼠遗传状况
目的 利用微卫星位点对国内24种近交系小鼠进行遗传状况分析.方法 用前期筛选的富含多态性和等位基因数多的30个小鼠微卫星位点,合成荧光标记引物,对近交系小鼠基因组DNA进行PCR的扩增,经STR扫描对各近交系小鼠品系进行基因分型.结果 在24个近交系小鼠品系中,有16个品系在品系内在30个位点上均具有相同基因型.而在不同品系间同一位点具有多态性,可初步对不同品系进行鉴别区分.其余品系内个别动物存在多态性.结论 所选位点可以参考用于近交系小鼠遗传质量检测分析,并进行初步品系检测鉴定.
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微卫星DNA多态性在十种近交系小鼠遗传监测中的应用研究
目的研究微卫星DNA多态性在近交系小鼠遗传监测中的应用.方法选取小鼠不同染色体上的16个微卫星位点,应用PCR技术对常用的10个近交系小鼠进行了微卫星DNA多态性分析.结果 14个微卫星DNA具有稳定扩增效果,在同一品系不同个体之间表现单态性;在不同品系之间表现多态性.结论运用所筛选的14个位点进行微卫星多态性分析,能够快速、经济地对近交系小鼠进行遗传监测.
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西藏小型猪群体遗传结构分析
目的 了解西藏小型猪的群体遗传结构.方法 针对所优选出的40个微卫星位点设计引物,对35头南方医科大学饲养的西藏小型猪样本进行PCR扩增,扩增产物采用STR扫描技术进行测定,分析西藏小型猪的群体遗传结构.结果 西藏小型猪群体平均有效等位基因数为4.6187,平均杂合度为0.7576,平均多态性信息含量0.7463.结论 西藏小型猪群体具有丰富的遗传多样性,符合封闭群动物遗传特性.
