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人乳头瘤病毒16型早基因E6/E7编码区序列变异研究
目的 获取人乳头瘤病毒16型早基因E6/E7的编码区序列并进行变异分析,为新型分子诊断方法 的研发提供目标序列. 方法 通过导流杂交基因芯片技术获取人乳头瘤病毒16型感染宫颈脱落细胞.设计特异性引物,扩增人乳头瘤病毒16型早基因E6/E7的编码区序列,克隆后测序并对序列进行变异分析. 结果 通过导流杂交基因芯片技术进行宫颈脱落细胞的分型检测,获得了人乳头瘤病毒16型感染阳性标本;选择其中3份阳性标本核酸为模板,通过特异性引物均成功扩增出大小介于750 bp 和1 000 bp之间的目的 序列;分别克隆到T载体上并测序,得到3条人乳头瘤病毒16型早表达基因E6/E7的编码区序列,克隆并测序后向GenBank核酸数据库提交获收录,登录号分别为EU869316、EU869317和EU869318;经BLAST分析,3条序列与GenBank序列PPH16(Accession: K02718)的E6/E7编码区序列一致性均为99%,且存在8种碱基置换,其中4种为同义突变,另4种则可引起所编码的相应氨基酸残基改变. 结论 本研究得到了与HPV高危型16型PPH16高度相似的E6/E7编码序列,为HPV致病机制和新型分子检测方法 研究奠定了基础.
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替比夫定治疗慢性乙型肝炎患者52周HBV耐药分析
目的 研究替比夫定(LdT)治疗基因C型慢性乙型肝炎(CHB)病人52周HBV耐药情况及变异位点. 方法 初治的基因C型CHB 40例(治疗前应用核酸扩增荧光定量及测序法进行耐药突变检测,HBV-P区均未测到耐药变异),给予LdT 600 mg qd治疗52周.病人在治疗前及治疗后每3个月均做肝功、HBV血清学指标、HBV DNA定量检测(COBAS TaqMan,低检测限300 copies/ml).选择LdT治疗52周HBV DNA>1 000 copies/ml者,对其36周及52周血清再次进行HBV P区耐药突变检测. 结果 21例(52.5%)病人HBV DNA<300 copies/ml,16例(40.0%)HBV DNA>1 000 copies/ml,3例(7.5%)HBeAg阳性病人发生HBeAg血清学转换.10例(25.0%)52周检测到HBV-P区耐药突变,其中2例rtA181T变异,7例rtM204I变异,1例rtM204I+ L180M变异. 结论 初治CHB病人,尤其是基线HBV DNA定量较高者,对LdT治疗有较高的耐药率,HBV基因可发生1个或多个位点耐药变异,rtM204I是LdT耐药的主要突变位点.
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新亚型胎儿弯曲菌引起败血症1例报告
弯曲菌属引起肠外感染较少见,多与机体免疫低下有关.本例是非霍奇金淋巴瘤患者接受化疗后,感染新亚型胎儿弯曲菌引起败血症.本株菌经DNA序列测试lcll-17322基因位点变异,变异的胎儿弯曲菌是否改变其致病能力,有待研究.
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安徽发现黑线姬鼠黑色变异个体
作者于1983年在安徽省霍邱县进行鼠类调查时,于农田捕获1只全身毛色为黑色的鼠,经鉴定为黑线姬鼠(Apodemus agrarius)黑色变异个体.
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动物鼠疫流行静息期与鼠疫质粒变异关系的探讨
10、74、107 kb 3种质粒形成了我国各鼠疫自然疫源地内鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)主要质粒图谱,在国内不同疫源地又陆续发现了不同质粒,有16种不同类型,这些质粒分别具有不同的功能.质粒在自然界中容易自然缺失或丢失而使鼠疫菌性状发生变异,也是每次鼠疫流行末期自然终止流行和鼠疫流行静息期存在的原因之一.该文就鼠疫菌质粒变异对鼠疫流行的影响进行了探讨,以供人们对鼠疫流行规律进行研究.
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脊索样/丰富黏液样基质的尿路上皮癌的病理诊断与鉴别
浸润性尿路上皮癌因具有多种特殊的组织学变异亚型,实际工作中由于这些变异亚型和/或相似病变的存在,有时导致病理医师诊断起来非常棘手,没有足够的经验容易造成错误的诊断,引起过治疗。近年来除了WHO泌尿系统提到的变异亚型外[1],近文献也报道了特殊亚型的浸润性尿路上皮癌,例如:具有脊索样特征的浸润性尿路上皮癌、具有丰富黏液样基质的尿路上皮癌等,这两种病变均以出现显著的细胞外黏液样间质为特征。然而新近文献又报道了一种特殊类型的膀胱炎:具有脊索样淋巴细胞特征的黏液样型膀胱炎,在形态学上也类似黏液样型尿路上皮癌,两者鉴别十分重要。我们从临床病理特征、免疫表型以及诊断与鉴别诊断等方面进行简要综述,以提高临床及病理医师对其认识。
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囊性肾瘤与肾混合性上皮和间质肿瘤的形态学特征及鉴别诊断
近年提出的"肾上皮和间质肿瘤(renal epithelial andstromal tumor,REST)"包括了囊性肾瘤(cystic nephroma)以及肾混合性上皮和间质肿瘤(mixed epithelial and stromatlllnor,MEST).囊性肾瘤和MEST之间在性别优势、年龄分布、上皮与间质成分的形态学和免疫组织化学表现方面均相似,但又在上述两种肿瘤的各自范畴内有所变异.
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病理科严重急性呼吸综合征标本检查安全管理建议
严重急性呼吸综合征(SARS),或称传染性非典型肺炎,是一种起病急、传播快、病死率高的传染病.其病原体日前确定为变异的冠状病毒,即SARS相关病毒.
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核苷(酸)类药物治疗后慢性乙肝患者HBV逆转录酶区变异特征分析
目的 探讨经核苷(酸)类药物治疗后慢性乙肝患者乙肝病毒逆转录酶(RT)基因变异情况.方法 应用PCR-直接测序方法对55例接受核苷(酸)类药物抗病毒治疗后慢性乙肝患者HBV基因组RT基因区进行扩增测序,分析不同核苷(酸)类药物治疗后RT区耐药相关位点和其他位点变异特征.结果 在11个经典耐药相关位点中检出7个耐药位点(rtL80、rtV173、rtL180、rtA181、rtM204、rtN236、rtN250)变异,未检出其他4个位点(rtI169、rtT184、rtA194、rtS202)变异.55例乙肝患者中有31例(56.4%)存在经典耐药相关位点变异,其中rtM204V/I变异检出率高(27/31,87.1%).rtM204I变异多伴rtL80I变异而rtM204V变异多伴随rtL180M变异出现.在RT区其他非经典耐药位点中发现rtA222T,、rtL229 F/S/W、rtS256C/G、rtQ267H等变异检出率较高,其中以rtA222T频率高(40%,22/55).结论 接受核苷(酸)类药物治疗后乙肝患者耐药相关位点变异模式复杂,还存在一些其他非经典耐药相关位点的变异,可能与耐药密切相关.乙肝治疗中应密切监测耐药相关位点变异,为及时合理调整治疗方案提供理论指导.
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HBV相关性肝细胞癌组织及癌旁组织PDCD1基因拷贝数差异分析
目的 分析慢性乙型肝炎相关性肝细胞癌(HCC)患者肝癌组织及癌旁组织PDCD1基因拷贝数差异.方法 利用Taqman real-time PCR检测27例肝细胞癌患者肝癌切除术后石蜡包埋肝癌组织和癌旁组织PDCD1基因(PDCD1)拷贝数.结果 肝癌组织及癌旁组织PDCD1基因拷贝数之间无显著差异(P>0.05);肝癌组织及癌旁组织PDCD1基因拷贝数与术前AFP水平无显著相关性(P>0.05);肝癌组织及癌旁组织PDCD1基因拷贝数与肿瘤组织恶性程度无显著相关性(P>0.05).结论 PD1在肿瘤免疫逃逸反应中起作用,但肝癌组织及癌旁组织中其基因PDCD1的拷贝数变异并不是影响慢性乙型肝炎相关性肝细胞癌发生发展的因素.
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乙型肝炎病毒C基因启动子区准种与变异特点的研究
目的研究乙型肝炎病毒(HBV)C基因启动子区准种与变异的特点.方法以中国株HBV基因序列为依据,设计特异性聚合酶链反应(PCR)引物,自3例慢性HBV感染患者外周血血清中扩增HBV CP序列,克隆入pGEM Teasy质粒,随机挑选克隆进行DNA测序以确定病毒的变异程度.结果测序结果发现HBV CP序列高度保守,但在TATA样盒(1~3)可发生多种突变,其中184 nt(T→C)位替换突变为常见;在直接重复序列(DR)Ⅰ上游存有一缺失突变高发区33.3%(5/15).结论 CP区内有一缺失高变区,TATA样盒3的变异可能影响前C蛋白的表达.结果提示HBV长期携带者体内有HBV准种共存.
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北京地区急性呼吸道感染儿童RSV F蛋白抗原位点变异分析
目的 为了解我国北京地区呼吸道合胞病毒(Respiratory Syncytial Virus RSV)融合蛋白F基因特征及抗原位点变异情况,本研究对61株RSV分离毒株F蛋白主要抗原位点区进行了基因序列分析.方法 应用RT-PCR方法分段扩增获得F蛋白主要抗原位点区基因,并对产物进行序列测定及拼接.序列比对分析,构建系统发育树,进行亲缘关系分析.结果 61株RSV分离株中,A亚型为43株,B亚型为18株.A、B亚型内核苷酸(氨基酸)同源性较高,分别为95.9% ~ 100%(98.3% ~ 100%)及97.5% ~ 100% (98.7% ~ 100%),亚型间为83.2% ~84.9%(93.1% ~95.1%).基于F蛋白主要抗原位点区基因亲缘进化分析,所有分离株可分为两个主要亚群,分别对应A/B亚型;两个亚群又可分别分成6个及3个不同的进化分支.两个亚群中分别存在7个及4个氨基酸位点突变,其中抗原位点(Φ)存在209位从Q到K及211位从S到N的变异,帕利珠单抗作用的抗原位点Ⅱ存在276位从N到S的位点突变,其余突变均位于非抗原位点决定区.结论 北京地区RSV流行株与原型株相比,F蛋白存在一定的变异,但仍具有较高的核苷酸及氨基酸同源性;各抗原位点区氨基酸保守,为疫苗及相关药物研究的重要候选蛋白.
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丙型肝炎病毒准种的研究和临床意义
丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)是一种重要的致人类肝炎病毒,它与瘟病毒和黄病毒有相似的基因组结构,在分类上归属于黄病毒家族中的一个独立的属[1].与其他RNA病毒类似.HCV易发生变异,其基因序列呈高度异质性(heterogeneity).HCV基因组异质性可以见于两种情况:基因型(genotypes)和准种(quasispecies).其中,HCV准种在病毒逃避宿主免疫监视、病毒持续存在及耐受抗病毒治疗中的重要地位日益受到重视[2,3].
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乙型肝炎病毒X基因PCR产物直接测序方法的建立和临床应用
乙型肝炎病毒各个区变异的研究是当前的研究热点.已经知道,HBV有S区、C区、P区和X区四个区.
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变形链球菌耐酸性缺陷株的构建
变形链球菌(简称变链菌)是主要的致龋菌,耐酸性是其关键的毒力因子,但对其基因调控机制并未明了.本实验欲用转座子Tn917随机诱变变链菌野生株UA159,筛选耐酸性变异的突变株,以便于找到一个与耐酸性相关的调控基因.
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肺炎克雷伯菌中发现新的qnrB31和qnrB32基因亚型
近来的研究发现,由质粒介导的qnr各类基因、aac(6′)-Ⅰ b-cr基因、qepA基因、mdfa基因的变异是引起喹诺酮类耐药的主要原因。这些基因缺乏分子或转座子介导,极易在同种或不同种细菌间传播。自从2006年Jacoby GA等在肺炎克雷伯菌上首先发现qnrB1基因以来,陆续有新的qnrB亚型发现。
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变色硅胶用作菌种冷冻干燥的脱水剂
冷冻干燥法保存细菌的菌种和病毒的毒种,不仅保存时间长,而且可以避免变异,可保持原细菌和病毒的生物特性.冷冻干燥技术在生物学领域中占有重要的地位,是保存生物制剂及其标准品的优良方法.
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异烟肼耐药结核分支杆菌katG基因分析
结核分支杆菌(M tuberculosis, TB)的katG基因是位于细菌染色体上的结构基因,全长2223bp,它的编码产物是过氧化氢-过氧化物酶,而后者在维系异烟肼(Isoniazid, INH)杀菌毒性中,发挥重要作用.因此,katG基因结构的正确性是编码产生功能正常的过氧化氢-过氧化物酶的先决条件,也是发挥INH特有的药理作用的重要基础.通过检测katG基因的分子结构,尤其是检测某些关键位点的碱基突变,可以快速发现TB对INH耐药的变异情况,对及时的指导临床用药,具有重要的意义.
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格林-巴利综合征空肠弯曲菌的wla基因簇序列对比研究
格林一巴利综合征(Guillain-Barre syndrome,GBS)是发生于空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)感染后的脱髓鞘性周围神经病,根据病理生理表现的不同,GBS可分为急性炎症性脱髓鞘性多发性神经病(acute demyelinating pattern,AIDP)、急性运动轴突型神经病(acute motor axonal neuropathy,AMAN)及Miller.:Fisher综合征.我国常见的GBS类型为AMAN,其电生理改变及病理表现为轴突损害.大量研究表明,空肠弯曲菌感染后引起的细菌脂寡糖(1ipooligosaccharides,LOS)与周围神经中神经节苷脂的交叉免疫反应可能与GBS的发病有关[1].LOS编码区的突变和变异极其活跃,这种突变和变异有利于细菌逃避宿主的免疫反应.但由于LOS结构的变化,同时也导致了菌株致GBS能力的改变[2].wla基因簇编码的多种蛋白质参与了细菌表面LOS的生物合成[3],本文对3株致AMAN型GBS空肠弯曲菌菌株的wla基因簇进行扩增及测序,通过与已知空肠弯曲菌菌株的相应序列进行对比及分析,观察其序列特征及与致GBS的相关性.
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表达HIV Vpr细胞株的建立及其促细胞凋亡作用的研究
目的 建立稳定表达人免疫缺陷病毒(HIV)Vpr蛋白的细胞株,观察Vpr蛋白促进感染细胞凋亡的特性,以及Vpr变异后对其致凋亡作用的影响.方法 以携带野生株HIV Vpr基因和突变株HIV vpr-FS基因的质粒分别转染HeLa细胞,建立稳定表达HIV Vpr蛋白的细胞株,以流式细胞仪和细胞内DNA片段分析法检测细胞凋亡效果,观察Vpr蛋白促细胞凋亡的特性,以及两者致凋亡作用的区别.结果 重组质粒pcDNA3.1-vpr和pcDNA3.1-vpr-FS经酶切后均可获得342bp产物,DNA测序结果与目的 基因已知序列完全一致;上述质粒转染的HeLa细胞,RT-PCR检测到目的 基因vpr或vpr-FS的表达,Western blot检测到明显Vpr或Vpr-FS蛋白的表达.流式细胞仪和细胞内DNA片段分析法分别检测细胞凋亡,显示野生株HeLa pcDNA3.1-vpr组的凋亡率明显高于对照组,而变异株HeLa pcDNA3.1-vpr-FS的凋亡率与对照组无明显差别.结论 成功建立了表达HIV Vpr和HIVVpr-FS蛋白的感染细胞株.实验显示HIV Vpr蛋白能促进感染细胞的凋亡,而Vpr蛋白的变异可能使其促进细胞凋亡作用减弱.实验结果为下一步研究提供了基础资料.