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增加ABI-377自动测序仪测序长度的改进措施
DNA测序技术是现代分子生物学乃至整个生命科学中广泛应用的技术之一,也是完成2003年人类基因组计划(HGP)项目的关键性环节.美国PE公司生产的ABI-377测序仪是近五年来国际上应用广泛的自动化测序仪[1].我们在使用中采取了两项改进措施,使测定较长模板时,能够读出更多的序列资料,从而提高了自动测序的效率,并降低了成本.
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21世纪的基因组医学——临床医学面临的机遇和挑战
2001年2月,著名生命科学杂志Nature及Science分别刊载百余页的长文,报道了人类基因组序列精细图谱的研究成果。这是继2000年6月人类基因组序列框架图之后又一重大进展,意味着人类基因组30亿碱基对中,99%以上的精细序列已完成测定。这一生命科学的重要进展标志着基因组医学(genomic medicine)的大潮已涛声可闻。作为临床内科医师,应及时更新自己的知识,从理论及实践各方面大力充实自已。下面刊出的专论及本期其他有关文章,希望能在这方面使读者有所受益。刚刚走过的2000年是基因组之年。在这一年,人们首次完成了人类基因组的工作框架图,完成了一系列模式生物和微生物的基因组序列分析,标志着生命科学研究进入了新的阶段。在21世纪,除了完成人类基因组全图外,还将解析包括小鼠、大鼠及大部分重要致病微生物的基因组序列,表明我们已经进入了后基因组时代(post genome era)。后基因组时代的特点是,人类首次了解了自身的基因序列,了解了很多远亲近亲生物的基因序列,正在面对指数扩增的基因序列资料和各种数据库。
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人类基因组──新估计基因逾14万个美国、英国讨论自由享用权
初估计,人类基因组含有约6万个基因,近几年通常的估计数目是10万个左右.究竟人类基因组含有多少个基因?据今年9月23日出版的Nature(1999,401:311)一则消息报道,新估计人类基因组含有的基因逾14万个.消息说,在基因组研究所(Institute for Genomic Research)于9月20日在美国佛罗里达州迈阿密举办的年度序列学术会议上,生物技术公司──Incyte制药(Incyte Pharmaceuticals)董事长兼首席科学官Randall Scott公布的这一预测结果:人类基因组含有142 634个基因.他宣布的这一数据与美国政府首席科学顾问Neal Lane、英国政府首席科学顾问Robert May受政府委托,就公共频道播送尚未完成的(生)序列资料有关问题讨论联合公告时所透露的消息一致.
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我国人类功能基因研究策略探讨
举世瞩目的人类基因组计划在2003年完成了全序列图的绘制.至2004年5月,第6、7、9、10、13、14、19、20、21、22号染色体和Y染色体的精确序列和注释已经公布[1],其他物种的全基因组序列分析工作也正在不断加速进行.目前GenBank的哺乳动物基因组草图就包括了小鼠、大鼠、牛、猪、狗、羊、猫等.这些数据可以提供给全世界的科学家免费下载使用,这极大地改变了传统的研究思路.在大量基因蛋白序列资料的基础上,生物学和医学研究的重点已经转向功能基因组学,这一领域研究是生物技术产业和健康产业的核心,蕴藏着巨大的产业化潜能和经济效益,并与人类的健康息息相关.基于基因组研究成果具有极为广阔的应用前景,将会从根本上改变疾病诊断、治疗和预防的传统健康产业模式,带来巨大的社会和经济效益.目前,虽然人类基因组全部序列已知,但许多基因功能仍然一无所知.例如Nature杂志在2003年10月报道6号染色体的全序列注释,认为整个染色体含2190条基因,其中只有772条为已知基因,新基因500条,预测基因285条,假基因633条,提示不包括假基因的话,至少有一半以上人类基因功能未知,而未知功能的蛋白质数量更多.
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用改善的自回归预测方法预测门诊人数
时间序列资料,建立自回归模型进行预测时,为了提高预测的准确性,要求数据列{x(k)}(k=1,…,n)为光滑离散函数,其主要条件是:(A)ε>0,(E)ko,当k>ko时,有x(k)/k-1∑i=1x(i)<ε[1].
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用自回归模型的预选方法预测门诊人数
对时间序列资料建立自回归模型进行预测的传统方法是:先建立模型再利用"残差平方和"标准选择优模型,这种方法计算量比较大.为了减少计算量,本文通过分析自回归模型建立的必要条件来研究时间序列资料{X1}的特点,进而给出了一种先筛选模型再选择优模型的预选方法.
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对病床资源利用影响因素的灰色关联度分析
灰色关联度分析方法可用于时间序列资料的分析,该方法对数据分布类型、变量之间的相关类型限制较少,通过灰色关联度分析,可以找出影响关键变量发展变化的主要因素,找出变量之间的关联程度,为管理和决策提供依据[1].
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时间序列资料GM(0,N)预测模型及其应用
多因素资料预测,一般使用小二乘估计(LS估计).但对于时间序列资料,LS估计未考虑各因素的发展变化的情况.本文介绍一种时间序列资料灰色GM(0,N)预测模型,通过实例应用,效果较为满意.
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简易季节时间序列资料分析方法在疾病预测中的应用
本文用许汝福等[1]导出的季节时间序列资料分析方法--简易时间序列季节周期回归模型,对我市1991~1994年的乙型肝炎疫情报告资料进行分析,现将结果报告如下.
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应用季节周期回归模型预测甲型肝炎发病率
本文应用季节时间序列资料分析方法——简易时间序列季节周期回归模型,对贵阳铁路分局1994~1997年的甲肝疫情报告资料进行分析,并预测2000~2001年的甲肝发病率,结果报告如下.
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两种季节时间序列资料预测法的应用比较
本文根据我院1995~1999年门诊工作量季统计资料,试用趋势季节模型和季节周期回归模型预测2000年1~4季度门诊工作量,并对两种方法加以比较.资料与方法 资料来自我院统计室1995~1999年医院工作季报表.经审核后在微机上自编程序应用趋势季节模型和季节周期回归模型进行统计汇总和比较分析.
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用SAS程序整理病例交叉设计资料
Maclure于1991年提出了病例交叉研究方法[1],利用暴露效应的时间差作自身对照,用条件logistic回归模型建立暴露与疾病之间的关系.它是继横断面研究、病例对照研究和队列研究后发展的一种新的流行病学研究方法,适合于多变量的时间序列资料的分析,已广泛用于环境污染与健康关系的研究中.
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中国人中HLA-DPB1外显子3序列保守性的初步研究
人类主要组织相容性复合体(MHC)包含一组与机体免疫功能介导相关的基因群.人的MHC又称为人类白细胞抗原(HLA),包括Ⅰ类和Ⅱ类抗原[1].HLA存在广泛的多态性[2].一般认为Ⅱ类抗原在外显子2具有多态性[3],而外显子3相对保守,目前有关序列资料多为外国提供,对于中国人的这段基因尚未见报道.本文利用终止剂标记循环测序技术,对HLA-DPB1外显子3进行序列分析,初步探讨了在中国人中这段序列的保守性.
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超级基因表达连续分析技术
转录过程分析在宿主与病原体相互作用研究中的应用已为发病机制的认识提供了重要的见解,并与宿主及其病原体基因组序列资料的累积同步发展.本文介绍基因表达连续分析的一种改良方法,即超级基因表达分析(SuperSAGE),这种方法可应用于宿主与病原体相互作用中转录过程分析的研究.在SuperSAGE方法中所形成的26bp尾端序列可以译解"相互作用转录过程",即可同时定量测定宿主体内真核细胞内病原体的基因表达.此外还讨论了靶基因的快速功能分析.
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宁波市镇海区伤寒疫情ARIMA时间序列模型分析
时间序列分析是专门用于分析时间序列资料的统计模型.它考虑的不是变量间的因果关系,而是重点考察变量在时间方面的发展变化规律,并为之建立数学模型.
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肿瘤发病和死亡资料的时间趋势分析
系统介绍肿瘤发病和死亡资料的时间趋势分析方法,包括肿瘤资料的统计描述分析和趋势检验方法;应用实例详细介绍如何对肿瘤序列资料进行统计描述分析及如何采用升降趋势检验、趋势性检验、随机性检验和周期性检验等趋势检验力法进行统计推断。
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社区肿瘤发病和死亡资料趋势预测
系统介绍肿瘤发病和死亡资料的趋势预测方法.应用实例介绍如何对肿瘤发病和死亡资料进行平均发展速度预测、趋势外推预测、灰色模型预测、时间序列方法预测和组合模型预测等方法.
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折扣小平方法在曲线拟合中的应用
折扣小平方法通常用于直线序列资料近期预测.考虑到指数曲线等曲线资料一般要经线性化处理后再还原,而其效果有时不太理想[1].为了解决这一矛盾,笔者试图在线性化过程中进行折扣加权以"校正"线性化过程中不足,取得了较好的结果.
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寄生虫基因组:现状及未来展望
1 测序计划的现状不同于几年前的情况,许多寄生虫基因组研究工作正在进行中并且大量资料已被收集.获得的序列资料可分为3种基本类型:完成或接近完成的基因组序列,通常被称为‘contigs'重叠序列;基因组序列扫描(GSS)标签,由漂浮基因组序列产生(或随机克隆或人工细菌染色体末端序列);以及表达序列标签(ESTs),由来自寄生虫生活史的一个或多个阶段的mRNAs表达产生.至2001年3月30日,在基因库中共有136214寄生虫ESTs及177172寄生虫GSSs的描述.请注意,这些数字是被低估的,因为在序列产生、登上局域网以及在基因库被正式注册之间有一相当长的滞后期.
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卡介苗增强人肺腺上皮细胞Fall-39 mRNA表达及其抗菌活性
目的:Fall-39是Cathelicidine家庭中唯一存在人体内的抗菌肽,具有广谱抗菌活性和细胞毒性,对天然免疫与获得性免疫均发挥作用,因此在抗生素肽开发领域日益受到重视,本研究观察卡介苗能否增强人肺腺上皮细胞表达Fall-39.方法:根据GenBank中人Fall-39的cDNA序列资料,设计特异性引物,应用RT-PCR的方法检测mRNA的表达.超声击粹、蔗糖密度梯度离心及SDS抽提等步聚提取卡介苗胞膜蛋白,Sephadex G-75柱层析粗分其不同分子量蛋白.结果:卡介苗的确可刺激人肺腺上皮细胞Fall-39 mRNA的增强表达,这种增强表达具刺激物剂量和时间依赖性.BCG 100 mg/L刺激8 h时,Fall-39 mRNA表达量达到高.BCG胞壁蛋白经Sephadex G-75柱层析,获得的组分4(分子量范围约2.1-2.9 kD)刺激SPC-A-1细胞后Fall-39 mRNA的表达增强了8.5倍.培养细胞上清抗菌试验显示被刺激细胞培养上清的抗菌活性亦明显增强.结论:结果提示除细菌LPS外,BCG胞壁蛋白亦是Fall-39基因的激活因子,可诱导其基因的上调表达.