首页 > 文献资料
-
浙江省2002-2010年急性出血性结膜炎暴发疫情病原体CA24v的全基因组序列分析
目的 分析2002-2010年浙江省急性出血性结膜炎(AHC)暴发疫情病原柯萨奇病毒A组24型变种(CA24v)流行株的全基因组序列与遗传特性.方法 选取浙江省不同年份的CA24v流行株,采用RT-PCR扩增基因序列,并与国内外流行株进行全基因组及VP1、3C区序列比较分析.结果 浙江省2002年和2010年CA24v全序列为7456～ 7458 bp,编码含2214个氨基酸残基的多聚蛋白,2010年的Zhejiang/08/10较2002年的毒株在5’端非编码区的第97、119位各存在一个T碱基插入,Zhejiang/08/10与2002年以来的分离株各区段氨基酸同源性为94.7％～ 100.0％,与近60年来CA24流行代表株全序列中各区段氨基酸的平均差异率以2A区与3A区大,分别达8.4％和7.3％,3D区小,仅为1.9％.1987年与2002年以来的CA24v毒株在全序列上共存在38个和20个氨基酸的稳定变异.2002-2010年CA24v的组间遗传距离分析表明,3C区较VP1区更为稳定,CA24v的早年流行株Jamaica/10628/87在3D区上可能存在重组,而在近年流行株中未发现该现象.结论 CA24v以时间序列为主逐年进化,地域间虽存在差异,但影响较小.自2002年起,由CA24v引起的AHC-直在浙江省本地散在流行.
关键词： 急性出血性结膜炎 柯萨奇病毒A组24型变种 全基因组序列分析 重组 -
急性弛缓性麻痹聚集病例病原毒力和分子特征分析
为探索脊灰病毒型内重组、位点突变等分子特征与神经毒力的关系,对2002年6月四川省攀枝花地区发生的急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis, AFP)聚集病例的分离病毒株进行了转基因小鼠(PVR-Tg21 mice)神经毒力实验和全基因组核苷酸序列测定.结果显示:所测4株分离病毒(均为Ⅱ型脊灰病毒)神经毒力没有明显升高.4株病毒基因全长都是7 439bp,编码区翻译的氨基酸全长2 207aa.4株病毒的VP1区核苷酸序列完全相同.6208和6235c两株病毒是由Ⅱ型和Ⅲ型脊灰病毒在3A区重组而来, 6209和6236两株病毒是由Ⅱ型和Ⅰ型脊灰病毒在2C区重组而来. 4株病毒在5＇非编码区nt481和VP1区的nt2 909两个强减毒位点都发生回复突变,6209和6236两株病毒重组的SabinⅠ的重要减毒位点nt6 203亦发生回复突变.结合神经毒力实验和序列分析结果可以确定脊灰病毒的型别间的重组与神经毒力没有直接关系,同时可以推论SabinⅢ的nt5 832,SabinⅡ的nt1 450和nt2 386这3个位点可能是毒力相关位点.
关键词： 神经毒力 疫苗重组脊髓灰质炎病毒 全基因组序列分析 AFP聚集病例 -
引起甘肃省一起病毒性脑炎疫情的ECHO30全基因组序列分析
为了解引起2015年甘肃省酒泉市瓜州县病毒性脑炎疫情的ECHO30的基因特点,分析其重组变异和进化规律,对从患者脑脊液标本中分离到的3株ECHO30进行全基因序列测定和分析,采用Simplot3.5.1软件进行重组分析,并利用MEGA6.0软件构建系统进化树.结果表明,本次疫情中分离到的ECHO30与E30/SD/2010/CHN株的相似度高(92％～99％).重组分析表明甘肃ECHO30株在非结构蛋白区P2区和P3区出现了多处重组现象.由于对当地流行的肠道病毒谱不清楚,虽然发现此次流行的病毒存在重组,但是对重组片段的来源尚不明确,因此需要加强对甘肃省流行肠道病毒的本底调查工作和遗传背景的研究工作.
-
SARS病原及其来源分析
自SARS爆发流行以来,我国大陆和香港、美国、加拿大等国家和地区均致力于其病原的研究,在分离到病毒的基础上对各分离株进行该病毒的全基因组序列分析,终于4月16日由WHO正式宣布SARS的病原体为一种以前未知的新冠状病毒(Coronavirus),并命名为SARS冠状病毒(SARS-CoV).
-
我国人类功能基因研究策略探讨
举世瞩目的人类基因组计划在2003年完成了全序列图的绘制.至2004年5月,第6、7、9、10、13、14、19、20、21、22号染色体和Y染色体的精确序列和注释已经公布[1],其他物种的全基因组序列分析工作也正在不断加速进行.目前GenBank的哺乳动物基因组草图就包括了小鼠、大鼠、牛、猪、狗、羊、猫等.这些数据可以提供给全世界的科学家免费下载使用,这极大地改变了传统的研究思路.在大量基因蛋白序列资料的基础上,生物学和医学研究的重点已经转向功能基因组学,这一领域研究是生物技术产业和健康产业的核心,蕴藏着巨大的产业化潜能和经济效益,并与人类的健康息息相关.基于基因组研究成果具有极为广阔的应用前景,将会从根本上改变疾病诊断、治疗和预防的传统健康产业模式,带来巨大的社会和经济效益.目前,虽然人类基因组全部序列已知,但许多基因功能仍然一无所知.例如Nature杂志在2003年10月报道6号染色体的全序列注释,认为整个染色体含2190条基因,其中只有772条为已知基因,新基因500条,预测基因285条,假基因633条,提示不包括假基因的话,至少有一半以上人类基因功能未知,而未知功能的蛋白质数量更多.
