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DNA走来近60年
DNA双螺旋结构模型的发现,遗传信息传递"中心法则"的确立以及DNA重组技术的建立,使生物科学的面貌发生了根本的变化,人类开始走向改造、设计生命的征程,具有开启生命科学新阶段的划时代意义,已经和必将对生命科学特别是医学卫生产生深远而重大的影响.
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巨细胞病毒荧光定量PCR与ELISA检测比较
目的 对HCMV-DNA荧光定量PCR检测方法进行评价.方法 收集2011年1月至2011年7月我院临床高度怀疑HCMV感染病例120例,采集血清样本,分别用Real-time PCR检测HCMV DNA和ELISA方法检测HCMV IgM抗体.120例病例中有86例采集了尿液标本用Real-time PCR检测HCMV DNA和ELISA方法检测HCMV IgM抗体.结果 血清巨细胞病毒荧光定量PCR与ELISA检测方法阳性率差异显著,荧光定量PCR方法阳性率高;尿液标本巨细胞病毒荧光定量PCR与ELISA检测方法阳性率差异显著,荧光定量PCR方法阳性率更高;尿液标本与血清标本HCMV-DNA阳性率差异显著,尿标本阳性率更高.结论 荧光定量PCR方法检测HCMV灵敏度高,尿液标本对诊断HCMV感染检出率更高.
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乙肝五项、HBV-DNA定量及乙肝前S1抗原联合检测用于诊断乙肝的临床价值分析
目的 分析乙肝五项与病毒(HBV)前S1抗原及病毒DNA的相关性,并探讨联合检测对乙肝诊断的临床价值.方法 选取本院门诊部和住院部2013年10月至2015年10月期间收治的患者作为研究对象,收集其HBsAg阳性血清,采用酶联免疫吸附法(ELISA)检测其前S1抗原和乙肝五项,采用荧光定量PCR法检测其HBV-DNA水平,对比分析不同模式下前S1抗原的表达水平和HBV-DNA的水平,并分析其相关性.结果 乙肝前S1抗原阳性率与HBV-DNA阳性率在不同HBV-M模式下比较,差异无统计学意义(P＞0.05).此外①+③+⑤+组中HBV-DNA阳性拷贝数较高,多数高于105 copies/mL;而①+④+⑤+、①+②+、①+③+、①+④+和①+⑤+组的前S1+与前S1-组相比,其HBV-DNA阳性率差异无统计学意义(P＞0.05).HBsAg阳性血清标本中前S1抗原在HBeAg+组中阳性率明显高于HBeAg-组,差异具有统计学意义(P＜0.05),HBsAg阳性血清标本中前S1抗原与HBeAg具有一定的相关性.HBsAg阳性血清标本中前S1抗原在HBV-DNA+组中阳性率明显高于在HBV-DNA-组,差异具有统计学意义(P＜0.05),HBsAg阳性血清标本中前S1抗原与HBV-DNA具有一定的相关性.结论 前S1抗原可较好反映乙肝病毒存在和复制的情况,将前S1与乙肝五项和HBV-DNA进行联合检测可较早发现较低水平病毒的感染,其可作为抗病毒疗效的评判指标,对乙肝的临床诊断和疗效评价均具有较好的应用价值.
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HBV感染者基因型、HBV DNA、HBV cccDNA、ALT血清水平变化与抗病毒治疗相关性分析
为检测HBV感染者基因型及血清HBV DNA、HBV cccDNA、ALT、HBeAg水平,探讨它们之间相互关系及治疗后与这些指标的相关性,采用PCR荧光定量、基因测序、化学发光、生化分析等方法,分别对收集的202例HBV感染的患者Lamivudine抗病毒治疗前后的血清HBV DNA、HBV cccDNA、 ALT、 HBeAg定量检测及HBV DNA基因分型.结果显示,HBV B型和C型患者的血清 HBV DNA和cccDNA的水平没有显著性差异,HBV cccDNA与HBV DNA的比值也没有显著性差异;HBV B型和C型患者的血清 HBV DNA和cccDNA的水平与ALT有相关性;不管是HBV B型还是C型的患者,HBeAg阳性的患者血清中HBV DNA和cccDNA显著高于HBeAg阴性的患者;但是,C型的患者,HBeAg阳性的患者cccDNA与HBV DNA的比值显著低于HBeAg阴性的患者;治疗后比治疗前除 HBeAg没有显著性差异(P>0.05),HBV DNA、cccDNA、ALT均有显著性差异(P<0.01).感染HBV B型和C型的患者血清 HBV DNA和cccDNA的水平无显著性差异;而C型的患者,HBeAg阳性的患者cccDNA与HBV DNA的比值显著低于HBeAg阴性的患者;HBV DNA基因型、HBV cccDNA、ALT与抗病毒治疗密切相关.
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免疫算法的改进及在DNA多序列比对中的应用研究
免疫算法(IA)是一种新的基于生物免疫系统的寻优算法.虽然以往的免疫算法有许多优良的计算特性,但在DNA多序列比对(MSA)中已知的免疫算法模型仍有许多不足.本文对已有的免疫算法通过加入免疫算子等进行改进,在保证群体的多样性性能的同时,加入了促使群体快速持续收敛的措施,并把它应用到多序列比对中,试验结果证明了此改进算法的可行性.
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糖尿病大鼠心肌DNA损伤及DNA修复酶表达的变化
目的 探讨大鼠糖尿病心肌病变的心肌细胞DNA损伤及DNA修复酶 OGG1和APE1表达的变化.方法 提取糖尿病大鼠心肌组织中DNA、RNA及总蛋白.用Q-PCR检测心肌DNA损伤;用RT-qPCR和Western blot检测DNA修复酶OGG1和APE1表达的变化.用ELISA检测DNA内8羟基脱氧鸟苷(8-OHdG)的含量变化.结果 糖尿病大鼠心肌mtDNA出现明显损伤(P<0.05),nDNA无明显损伤,DNA内8-OHdG的含量增加(P<0.05),OGG1和APE1的表达增加(P<0.01).结论 糖尿病大鼠心肌组织内出现mtDNA损伤,虽然OGG1和APE1的表达是增加的,但可能并不足以修复mtDNA的损伤,导致mtDNA的损伤累积,引起心脏功能的损伤.
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微环境与肝癌发病机制的研究进展
肝细胞癌是一种在微环境刺激因素作用下由肝细胞基因组积累的突变所导致的常见原发性肝癌。肿瘤微环境是一个动态系统，由肿瘤细胞、间质组织、细胞外基质、组织低氧及饮食、胃肠道微生物群落和微泡等组成，肝脏微环境在肝细胞癌发生，发展和治疗中起重要作用，研究肝细胞癌微环境可为发现肿瘤生成机制和肝细胞癌治疗新靶点提供新的借鉴。
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氟伐他汀减轻阿霉素致大鼠肾脏的硬化
肾小球硬化是肾衰竭的主要病理生理基础.细胞持续过度增殖可促进肾硬化,其间涉及多种因子,而对细胞生长的影响终发生在细胞周期水平.P21作为细胞周期负调控蛋白,能够阻碍细胞进入DNA期,使细胞无法分裂,越来越受到关注[1-2].
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男性不育症患者精液细胞成分DNA流式细胞术分析
目的研究男性不育症患者精液细胞DNA的病理改变. 方法采用流式细胞仪(FCM)、激光共聚焦显微镜(CLSM)和常规精液检查法,对82例男性不育症患者进行精液细胞DNA分析. 结果男性不育症患者精液细胞成分等有多种变化:1.亚单倍体细胞碎片和凋亡细胞增多.2.单倍体的成熟精子数量减少.3.单倍体圆形精子细胞增多.4.畸形精子增多,精子DNA含量和密度异常.5.≥2倍体的细胞(白细胞、G1期精原细胞、精母细胞、上皮细胞及4倍体细胞等)增多.6.少精和无精. 结论精液细胞DNA变化反映男性不育症患者精液细胞成分有明显改变.精液DNA流式细胞术分析可作为研究和诊断男性不育症的辅助方法.
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家蝇二氯苯醚菊酯抗性株分化的研究
本研究采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,探索了家蝇二氯苯醚菊酯抗性株(2 000倍)在DNA分子水平上的分化.实验数据采用两种分析方法:1)用RAPDPLOT计算出个体间的遗传距离,进一步用PHYLIP软件包的NEIGHBOR程序进行UPGMA(非加权对组算术平均值聚类)聚类分析;2)经bootstrip方法随机取样100次,然后再进行UPGMA分析,在PHYLIP软件包的CONSENSE中形成合意树.两种分析方法结果极为类似,在聚类树中首先是抗性与非抗性个体分成两群,然后雌、雄个体分成两群,说明抗性株在DNA分子水平上已有明显的分化.OPD-02引物在全部抗性株个体中扩增出了非抗性株所没有的特异性同一片段(100bp左右),提示此片段有可能作为家蝇二氯苯醚菊酯抗性株的分子标记,但需进一步研究确定.
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乙型肝炎患者病毒DNA含量与血清天冬氨酸氨基转移酶类的相关分析
目的 探讨HBsAg(+)、HBeAg(+)、HBcAb(+)(简称"大三阳")及HBsAg(+)、HBeAb(+)、HBcAb(+)(简称"小三阳")乙型肝炎患者病毒DNA(HBV-DNA)和血清天冬氨酸氨基转移酶类(AST)的相关性.方法 酶联免疫方法 检测乙型肝炎表面血清标记物,将乙型肝炎患者血清标本分2组:大三阳组138例,小三阳组362例.实时荧光定量(FQ)PCR法定量检测HBV-DNA水平.酶耦联速率法检测AST水平,并对检测结果 行分析比较.结果 大三阳组和小三阳组HBV-DNA[(1.30±0.48)x107、(3.87±3.12)×102 copies/ml]和AST[(46±8)、(27±5)U/L]含量的差异均有统计学意义(均为P<0.05).大三阳组HBV-DNA异常率(92.03%)和AST异常率(43.48%)显著高于小三阳组(22.10%,21.27%)(均为P<0.01),但两组的HBV-DNA含量与AST并无相关性(P>0.05).结论 大三阳患者HBV-DNA含量及肝损伤程度高于小三阳患者,但HBV-DNA与AST未发现明显相关性.检测HBV-DNA与AST可以更准确地反映患者体内病毒感染情况,对于乙型肝炎诊断、治疗、预后判断具有重要的指导意义.
关键词： 肝炎病毒 乙型 DNA 病毒 天冬氨酸氨基转移酶类 荧光定量聚合酶链反应 血清标志 -
锁核酸捕获TaqMan探针实时聚合酶链反应构建及检测乙型肝炎病毒DNA
建立和检测新型乙型肝炎病毒(HBV)DNA检测技术锁核酸(LNA)捕获TaqMan探针实时聚合酶链反应(PCR)。方法 2009年8月至2010年3月选取本院20例健康献血者和肝病专科住院的75例经COBAS Amplicor检测HBV DNA阳性慢性乙型肝炎(CHB)患者,分别采集血液样本进行LNA捕获TaqMan探针实时PCR特异性试验。同时对LNA-实时PCR方法的重复性、特异性和线性范围等进行分析。结果 其线性范围为10～2.3×109 IU/ml。将10 IU/ml作为检测下限,具有95％可信区间。线性回归分析显示其斜率接近1.0 (R2=0.999)。批内变异值为3.88％～4.36％,批间变异值为8.5％～11.7％。20例健康献血者的阴性对照血清HBV-DNA检测均为阴性,而75例经COBAS Amplicor检测HBV DNA阳性患者的血清样本除1例阴性外,其余都为阳性。结论 LNA捕获TaqMan探针实时PCR方法为HBV-DNA检测的一种快捷灵敏、准确度高的新方法,值得临床实验室推广应用。
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人超极化激活环核苷酸门控阳离子通道4基因重组腺病毒构建心脏生物起搏的实验研究
目的 对心肌细胞标记分子和与起搏活动相关的人超极化激活环核苷酸门控阳离子通道4(hHCN4)的表达进行检测,并进行细胞电生理学研究.方法 将20只成年新西兰大白兔分为对照组(10只)和实验组(10只),对照组经心外膜注射腺病毒至左心室心尖部,实验组则注射hHCN4重组腺病毒.术后3d内每天描记两组大白兔体表心电图,术后第7天分离颈部双侧迷走神经干并进行双侧或单侧电刺激,以标测电极在心尖部进行起搏(刺激脉宽2～4 ms,刺激电压5～8V,刺激频率20 ～ 30次/s),并记录同步肢体6导联心电图.免疫荧光检测两组大白兔心脏组织和实验组大白兔肝、肾、肺组织的hHCN4表达.膜片钳记录实验组大白兔基因转染后心尖部心肌单细胞动作电位起搏相关离子流If和LCa.结果 术后3d内心电图都没有记录到两组大白兔的室性心律失常事件.在术后第7天进行颈部迷走神经干电刺激时,实验组大白兔室性逸搏节律的频率明显快于对照组[(60±8)次/min比(42±6)次/min,P＜0.05],其室性逸搏节律起源于注射部位附近.实验组大白兔注射局部的心脏组织较对照组hHCN4蛋白表达明显增强,其肝、肾、肺组织未检测到该蛋白的表达.膜片钳记录到实验组大白兔基因转染后心尖部心肌单细胞存在起搏电流If和LCa.结论 hHCN4导入心肌可以使通道蛋白在局部过度表达,提高室性异位起搏点的频率.
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基于16S核糖体DNA研究中国南方人群结直肠腺瘤患者肠道菌群特征
目的 探讨中国南方人群结直肠腺瘤患者肠道菌群结构和多样性特征.方法 提取标本宏基因组DNA,扩增V4可变区后采用细菌16S核糖体DNA(rDNA)高通量测序技术及生物信息学方法,分析36例健康志愿者及49例结直肠腺瘤患者的腺瘤、腺瘤旁黏膜相关性肠道菌群的多样性;门、科、属、种水平的分布特征和生物学标记.结果 健康对照组与结直肠腺瘤旁组的黏膜相关性肠道菌群多样性和菌群分布相似(P>0.05);结直肠腺瘤组黏膜相关性肠道菌群多样性明显下降(P<0.05),菌群分布主要表现为厚壁菌门、拟杆菌门、毛螺旋菌属、Blautia属、粪球菌属、卵形拟杆菌种丰度显著下降(P<0.05),而变形菌门、盐单胞菌科和海藻希万氏菌属丰度明显增加(P<0.05).结论 高通量测序证实结直肠腺瘤患者有独特的菌群多样性和特征,提示特征性变化的肠道菌群可能参与结直肠腺瘤的发生过程.
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石蜡组织提取DNA 4种方法的比较
目前,从石蜡包埋组织中提取DNA在数量和质量上都不能令人满意[1].而按常规酚氯仿法抽提DNA,过程长,有毒性,用于PCR扩增,成功率较低.我们应用4种不同方法从石蜡包埋人胃癌组织中提取DNA,用于PCR扩增,从中摸索出一个简便,经济,实用的方法,现报道如下.
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介绍一种石蜡组织标本RNA与DNA共提取的方法
近几年,随着对恶性肿瘤发生发展分子机制的深入研究,靶向治疗在肿瘤的治疗领域发挥着越来越重要的作用,因此个体化分子检测肿瘤中是否存在靶向药物的相应分子靶点[1],已成为临床医师实施靶向药物治疗的依据.由于石蜡组织同时提取DNA和RNA时需要的标本量较大,尤其对于穿刺组织因标本量的局限性,有的只能开展部分检测项目.本文介绍一种石蜡组织标本RNA和DNA共提取的方法,可以大大减少标本的使用量.
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低温冻存对非霍奇金淋巴瘤石蜡组织DNA质量的影响
基于DNA水平的基因重排检测是一项淋巴瘤早期诊断高准确性的方法,而DNA活性与完整性维持有赖于低温环境.长期低温冻存是否对其造成影响是个需要关注的问题,就此,本实验探讨低温保存对非霍奇金淋巴瘤石蜡标本DNA质量的影响,以期建立合理的DNA保存条件.
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浙江省永嘉县并殖吸虫DNA序列分析、形态及核型研究
目的对浙江省永嘉县并殖吸虫的虫种及核型进行分析研究,探讨并殖吸虫的核型与临床类型的关系. 方法并殖吸虫虫种分析采用DNA测序技术,结合形态观察.对感染猫58 d获取的幼虫的线粒体细胞色素C氧化酶亚单位(CO1)部分基因及核糖体DNA第二间区(ITS2)的基因序例进行测定.分离成虫的睾丸作染色体的核型分析.测量囊蚴、虫卵与来自不同疫区的囊蚴感染动物后不同虫龄虫体的大小,并观察其形态. 结果 CO1与ITS2的基因序例与从GenBank检索到的卫氏并殖吸虫序例进行比较,结合对生活史不同阶段的虫体的形态观察,认定浙江省永嘉县的并殖吸虫为卫氏并殖吸虫;染色体数目分析:75%以上为22条,即2n=22,并在绝大部分成虫的睾丸中观察到精子的存在;囊蚴大小平均为331.8～338.3 μm,虫卵平均长度和宽度分别为76.2 μm和45.6 μm,不同虫龄成虫大小(5.6～11.2) mm×(3.0～6.2) mm,属二倍体型. 结论永嘉县现分布的并殖吸虫为卫氏二倍体型.卫氏二倍体并殖吸虫能导致当地人肺部损害.
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弓形虫新基因表位疫苗免疫效果的观察
目的 观察弓形虫新基因WX、WX2的表位疫苗对小鼠的保护作用.方法 将昆明小鼠分成5组,分别用pcDNA3-W2b、pcDNA3-W4a、pcDNA3-W2b4a质粒及pcDNA3和NS,肌注3次,每次间隔2周.免疫完成后ELISA法检测血清抗体水平,取脾细胞用流式细胞仪检测CD4+与CD8+淋巴细胞比值,PCR检测肌肉组织中重组质粒.免疫后第3周,小鼠经腹腔注射弓形虫速殖子500个,观察发病情况和存活时间.30 d后仍存活的小鼠,取组织匀浆后进行小鼠盲传.结果 免疫后第3周,pcDNA3-W2b组小鼠血清抗体水平显著高于pcDNA3和NS对照组( P ＜0.05);用PCR法从pcDNA3-W2b、pcDNA3-W4a和pcDNA3-W2b4a质粒组小鼠肌肉组织中成功检测到各表位疫苗质粒,且各组小鼠脾脏CD4+与CD8+T淋巴细胞比值显著低于pcDNA3组和NS组( P ＜0.05).pcDNA3-W2b、pcDNA3-W2b4a 组小鼠存活时间与pcDNA3组及NS组比较明显延长( P ＜0.05).结论 弓形虫新基因WX、WX2表位疫苗能够诱导小鼠产生抗弓形虫感染保护性免疫,提示DNA类表位疫苗的研制可作为弓形虫疫苗研究的策略之一.
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我国不同地区周期型马来丝虫基因组DNA多态性研究
目的分析我国不同地区马来丝虫基因组的多态性.方法用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对我国6省区周期型马来丝虫基因组DNA多态性进行了检测.结果经20个引物扩增得到51个多态片段,6株丝虫共有片段2个,特有片段9个.结论片段共享度及聚类分析所得的6株丝虫的亲缘关系与同工酶、电镜及氨基酸研究的结果基本一致,即地理位置相距近则亲缘关系密切.
