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我国不同地区周期型马来丝虫基因组DNA多态性研究
目的分析我国不同地区马来丝虫基因组的多态性.方法用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对我国6省区周期型马来丝虫基因组DNA多态性进行了检测.结果经20个引物扩增得到51个多态片段,6株丝虫共有片段2个,特有片段9个.结论片段共享度及聚类分析所得的6株丝虫的亲缘关系与同工酶、电镜及氨基酸研究的结果基本一致,即地理位置相距近则亲缘关系密切.
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用随机扩增多态DNA(RAPD)区分青海血蜱与日本血蜱
目的用随机扩增多态DNA(RAPD)技术确定青海血蜱与日本血蜱的分类地位.方法分别提取青海血蜱与日本血蜱的DNA,确定聚合酶链反应(PCR)总体积、反应条件.选取8条不同的随机排列碱基顺序的多聚核苷酸单链为引物,进行RAPD-PCR扩增反应.将扩增产物制备成DNA图谱,比较青海血蜱与日本血蜱基因组DNA多态性,从DNA水平鉴定这2种蜱.结果2种蜱仅有少部分DNA条带相同,大部分条带不同.结论RAPD技术可准确地鉴别青海血蜱与日本血蜱这2种形态特征十分相似的蜱种.
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北京市褐家鼠种群遗传多态性及与汉坦病毒分布关系的研究
目的了解北京地区褐家鼠不同地理种群遗传多态性与该地区汉坦病毒(HV)基因变异及其分布可能存在的关联.方法选取北京市不同地区捕获褐家鼠,采用巢式RT-PCR法检测HVM基因片段,获得的阳性标本产物进行直接测序,构建系统发育树.另一方面对不同HV来源的宿主个体和其对应种群内随机选取的其他个体,以及其他一些地区鼠类作为参照,用随机扩增多态DNA(RAPD)技术获得褐家鼠基因组DNA多态性图谱,利用RAPDDIST和PHYLIP软件分析褐家鼠种群多态性,并与对应的北京地区的HV差异和分布进行比较.结果选用50个随机引物进行扩增,有5个引物获得清晰、多态性高的RAPD谱带.不同区域种群RAPD标记不尽相同,北京市褐家鼠地理种群之间存在一定程度的遗传分化,大部分种群遗传距离较为接近,其中采集于某农产品集散地的XFD种群遗传距离相对较大,有特异性标记条带.11个HV代表序列均为汉城型汉坦病毒,基因差异为0.1%～8.0%,可分为2个主要的支系,多数毒株变异类型在不同地域中交叉分布,但BjFT01株变异较大,成一个独立的支系.通过Bootstrap分析和系统树图比较,种群分化较大的XFD种群与该区获得1株亲缘关系相对较远的HV相对应.结论北京市不同区域HV及其褐家鼠DNA多态性均存在一定差异,不同种群尤其是输入性种群对北京HV流行影响程度不同,初步显示一些特定种群与特定的基因性别有一定的关联.XFD种群外源基因交流渗入的可能性较大,进一步证明北京市HV随着鼠类种群迁移输入的可能性极大,但仍有待于选用一些特异性标记基因多态性进行继续研究.
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随机扩增多态DNA技术在鼠类种属来源判定中的应用研究
目的 研究如何运用随机扩增多态DNA(RAPD)技术判定鼠类种属及来源.方法 取鼠尾组织制备DNA基因组,并进行RAPD扩增,以强带差异来区分鼠类遗传多态性.结果 建立了褐家鼠DNA快速制备方法,并获得基因图谱.根据120条引物各自表现出的不同多态性,合成一组褐家鼠的通用引物,定名为P1(5'-TCG GCG GTT C-3')、P2(5'-GAGAGC CGT C-3')、P3(5'-ATG GCA TCT C-3')和P4(5'-CTT GGC ACG A-3'),结果显示,该组引物对褐家鼠在目的片段(925 bp)处均有良好的扩增.结论 分析个体DNA序列同源程度判断遗传距离大小,可鉴别鼠的来源是否为输入性鼠类,对追溯某种鼠类扩散途径和历史以及预警鼠传疾病提供科学依据.
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肾移植病房耐甲氧西林金黄色葡萄球菌随机扩增多态DNA分型研究
目的 研究医院肾移植病房耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的分子流行病学特征,以确定病房内是否存在MRSA流行.方法 用头孢西丁纸片扩散法检测MRSA,用双重PCR方法检测金黄色葡萄球菌的femA,mecA基因,采用随机扩增多态DNA技术(RAPD),对肾移植病房一段时间内临床患者感染部位及环境和医务人员分离的MRSA作同源性分析.结果 16例患者中有5例感染MRSA；从57份医护人员鼻腔、手部、环境分离出1株MRSA；5株患者MRSA的RAPD分型具有较高的同源性；医护人员分离的MRSA与患者分型结果无同源性.结论我们医院肾移植病房存在严重的MRSA局部流行,应及时检测MRSA,防止医院感染菌株的播散.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 随机扩增多态DNA 分子流行病学 -
鹿茸线粒体DNA的指纹鉴定研究
目的 通过鹿茸特异性引物鉴别和随机扩增多态DNA(RAPD)鉴别的比较,选择一种更简便的方法用于鉴别鹿茸.方法 采用盐析法从梅花鹿茸、马鹿茸、驯鹿茸、市售鹿茸等样品中抽提线粒体DNA,并应用试剂盒进行纯化.进行特异性引物扩增和序列测定,同时进行随机扩增多态DNA扩增.结果 梅花鹿茸,马鹿茸,驯鹿茸以及部分市售鹿茸经特异性引物扩增后均可在琼脂糖凝胶中显示313 bp片段,只是条带亮度不同.而其余市售鹿茸无扩增条带；随机扩增多态DNA不仅有效显示阳性与阴性的DNA扩增结果,而且对梅花鹿茸,马鹿茸,驯鹿茸的聚合酶链反应产物的差异,以不同的条带数目和条带亮度得以验证.结论 随机扩增多态DNA鉴别鹿茸真伪的方法更准确快捷,通过随机扩增多态DNA扩增后主条带与梅花鹿茸或马鹿茸扩增的条带大小和亮度一致,则为正品；如不一致,则为《中国药典》规定外的鹿茸或其他混淆品.这种方法对于筛选、甄别市售动物中药材,特别是名贵中药具有广阔的应用前景.
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新疆产中麻黄不同地理群体遗传关系的RAPD分析
目的建立新疆3个不同地理群体的中麻黄(Ephdera intermedia)指纹图谱,进行遗传多样性分析.方法通过20个10碱基随机引物对新疆3个不同地理群体的中麻黄进行PCR扩增,并用人工栽培种作为对照,通过计算遗传相似性系数,建立UPGMA聚类图.结果共扩增出153个多态位点,建立了它们的基因组DNA指纹图谱.结论不同地理群体中存在丰富的遗传多样性;相距越远,群体间相似性程度越低;人工栽培种与同一产地野生种具有相似的遗传特性.
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214 近缘中药材的分子鉴定研究进展
近缘中药材在宏观、微观以及化学性状方面通常表现出相似的特征,采用传统的鉴定方法有时难以达到预期的鉴别效果.分子生物学方法对近缘中药材品种的鉴定具有独特优势.就近年来分子生物学方法在中药材鉴定中的应用做一综述.
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儿科分离金黄色葡萄球菌耐药性和耐甲氧西林株的流行病学研究
目的 了解儿童感染金黄色葡萄球菌的耐药性和耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的基因型及分布,为临床治疗提供依据和确定MRSA流行情况.方法 采用ATB分析系统对菌株进行药敏试验,头孢硝基噻吩显色法检测β-内酰胺酶,随机扩增多态DNA(RAPD)方法进行MRSA同源性分析.结果 348株金黄色葡萄球菌中,334株产β-内酰胺酶,对β-内酰胺类抗菌药物的耐药率为6.03%～100.00%.耐药率较高的有四环素(65.23%)、大环内酯类(64.66%)、复方新诺明(48.28%)和克林霉素(43.97%),较低的有呋喃妥因(3.74%)、利福平(4.02%)、左氧氟沙星(8.91%)和环丙沙星(16.38%).未发现对万古霉素、替考拉林和利奈唑胺耐药.MRSA的检出率为9.77%,MRSA对17种抗菌药物的耐药率高于甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA).经RAPD分型,34株MRSA分为6型,以Ⅰ型为主(64.71%),主要分布于儿科PICU.结论 本地区儿童感染金黄色葡萄球菌有不同耐药谱,应加强儿童感染金黄色葡萄球菌的耐药性监测和掌握MRSA流行情况,对防止耐药性进一步蔓延和MRSA感染暴发有重要意义.
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利用RAPD标记分析长白山越桔的遗传多样性及亲缘关系
目的 分析长白山越桔遗传多样性及其亲缘关系.方法 用随机扩增多态DNA(RAPD)标记方法对1种野生越桔和2种不同的栽培越桔进行遗传多样性检测和遗传分析.结果 采用40个随机引物共检测72个位点,其中多态位点27个,占37.5%;相似系数矩阵表明野生越桔和栽培越桔Ⅰ、栽培越桔Ⅱ的遗传距离分别为0.764和0.809;聚类图表明野生越桔和栽培越桔Ⅱ亲缘关系较近.结论 长白山越桔的遗传多样性水平较低,野生越桔和栽培越桔之间的遗传变异不大,遗传因素在越桔形态变异上的作用小于环境因素.
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上海地区3所医院MRSA的随机扩增多态DNA分型
目的 分析上海3所医院分离的MRSA分布现状,以确定在这些医院内是否存在MRSA流行.方法 用苯唑西林纸片扩散法、头孢西丁纸片扩散法、mecA基因扩增等方法检测MRSA,用随机扩增多态DNA(RAPD)法对所分离的112株MRSA进行同源性分析.结果 RAPD法将检测菌株分为4个型别(A～D型),其中RAPD C型是上述2所医院的惟一流行菌株,B型和C型存在于另1所医院.结论 在上述3所医院内存在相对单一的MRSA流行株.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 随机扩增多态DNA -
栀子及其近缘类群的随机扩增多态DNA分析
目的:探索栀子与其变种雀舌栀子、重瓣栀子及变型水栀子之间的亲缘关系.方法:从56个随机引物中筛选出12个引物对栀子及其近缘类群进行随机扩增多态DNA分析,应用SPSS10.0分析软件中的Jaccard方法计算任意两样品间的相似系数,用组内聚类方法计算得出聚类树状图.结果:共得到251个有效位点.聚类分析显示,栀子与重瓣栀子先聚类,然后与水栀子聚类,后与雀舌栀子聚类.结论:重瓣栀子与栀子亲缘关系近,雀舌栀子与栀子的亲缘关系远.
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正交设计优化茴香随机扩增多态DNA反应体系的研究
目的 建立茴香的随机扩增多态DNA(RAPD)佳反应体系.方法 正交设计及方差分析应用于建立RAPD反应体系的研究.结果 茴香的RAPD佳反应体系为25μl的反应体系中,含10 × Buffer 2.5μl,2.0 m MdNTPs 3.0μl,2.0 U/μlTaq酶1.0 μl,2.0 μmol/L随机引物4.0 μl,30.0 ng/μl模板DNA30 ng,ddH2O 13.5μl.结论 正交设计及方差分析适用于茴香RAPD反应体系的建立.
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栀子及其近缘类群的随机扩增多态DNA分析
目的 探索栀子与其变种雀舌栀子、重瓣栀子及变型水栀子之间的亲缘关系.方法 从56个随机引物中筛选出12个引物对栀子及其近缘类群进行RAPD分析,应用SPSSS10.0分析软件中的Jaccard方法计算任意两样品间的相似系数,用组内聚类方法计算得出聚类树状图.结果 共得到251个有效位点.聚类分析显示,栀子与重瓣栀子先聚类,然后与水栀子聚类,后与雀舌栀子聚类.结论 重瓣栀子与栀子亲缘关系近,雀舌栀子与栀子的亲缘关系远.
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某医院CTX-M型超广谱β-内酰胺酶的分子流行病学研究
目的 了解某医院产CTX-M型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌检出率,确定其基因型,并对其相关流行病学进行研究.方法 收集2004年10月-2005年7月医院临床标本分离的多重耐药大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌和阴沟肠杆菌134株,按美国临床实验室标准化研究所(CLSI/NCCLS)所推荐的方法进行表型确证试验,以聚合酶链反应(PCR)法进一步检测CTX-M酶基因型,PCR产物测序并确定其基因型.随机扩增多态DNA(RAPD)对携带CTX-M酶的阳性菌株作流行病学分析.结果 112株ESBLs表型阳性的肠杆菌科细菌中90株携带CTX-M基因,共检出3种基因型,即CTX-M-15、CTX-M-3和CTX-M-14.RAPD共测40株菌,19株大肠埃希菌有7种RAPD类型,11株肺炎克雷伯菌有5种RAPD类型,10株阴沟肠杆菌有7种RAPD类型.结论 肠杆菌科细菌产CTX-M型ESBLs相当普遍,主要为CTX-M-15、CTX-M-3和CTX-M-14.CTX-M酶存在克隆传播.
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耐甲氧西林金黄色葡萄球菌基因多态性分型研究
目的 研究耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MESA)的基因多态性分型特征,为控制感染提供分子流行病学依据.方法 利用一条10bp随机引物,建立随机引物多态性(RAPD)分析方法,并利用这一方法对44株MRSA进行基因分型的研究.结果 44株MRSA中有30株产生RAPD指纹图谱,经电泳得到2～8条片段,可分为5个型,其中Ⅲ型菌株占50%.结论 通过RAPD分型研究,可了解MRSA的基因型流行特征,为控制感染提供分子流行病学依据.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 随机扩增多态DNA 基因型 流行病学 -
三个鼠源性肿瘤细胞系的RAPD分析
目的探讨鼠源性肿瘤细胞系基因组不稳定程度或基因组损伤与肿瘤发生的关系.方法用145条RAPD引物对鼠源性Lewis肺癌、SCC891乳腺癌及B16黑色素瘤及其相应正常组织基因组DNA进行RAPD扩增,扩增产物在含溴化乙锭的1.5%琼脂糖凝胶中电泳,紫外透射仪上观察照相.结果145条引物绝大多数能扩增出清晰、明显的条带.多数引物扩增出的条带呈单态性,在肿瘤及其相应正常组织之间无差异.部分引物扩增出的DNA序列在肿瘤组织与其相应正常组织间存在差异,表现为多态性,即肿瘤组织与其相应正常组织的DNA片段相比,出现带的缺失、增加、移动和强度变化.扩增Lewis肺癌的105条引物中有25条表现出多态性;扩增B16黑色素瘤的105条引物中有24条表现出多态性;扩增SCC891乳腺癌的120条引物中有18条表现出多态性.结论 RAPD扩增结果表明三个恶性度较高的瘤株,其基因组损伤程度亦较高,表现为基因拷贝数的增加或等位基因的丢失,进一步证实了细胞的癌变与基因组某些改变密切相关.
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用随机扩增多态DNA(RAPD)技术鉴别中药材天花粉及其类似品
目的:对来源于13个种3个变种的天花粉及其类似品进行鉴别研究,并进行方法学的探讨.方法:应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术进行鉴别,采用聚类分析方法分析结果,并对药材贮存时间及产地对实验结果的影响进行探讨.结果:把天花粉正品与类似品有效地分成三大类.结论:认为在实验时采取设对照组,对结果采用聚类分析等方法,RAPD技术鉴别药材具有一定的可靠性和实用价值,这为解决粉末及破碎药材的鉴别提供了新的方法.
