首页 > 文献资料
-
蚊AFLP技术体系的建立
目的 探讨蚊扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism,AFLP)的各种影响因素,建立并优化蚊AFLP反应体系.方法 以淡色库蚊成蚊为研究材料,对AFLP反应中的关键步骤,即多氧核糖核酸(Deoxyribonucleic acid,DNA)提取、酶切及连接反应、预扩增和选择性扩增体系进行探索.结果 酶切及连接反应5h完成,将产物稀释10倍进行预扩增得到清晰的弥散带；预扩增产物稀释10倍及调整选扩循环数,可获得带型丰富且重复性好的结果.结论 蚊AFLP反应体系的建立为进一步分子生物学研究提供了基础.
-
湖北钉螺扩增片段长度多态性分子标记遗传多样性研究的合理样本量与分子位点数
目的探讨用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记研究湖北钉螺遗传多样性的合理样本量与分子位点数.方法选取湖南省岳阳市遗传变异较大的肋壳钉螺为研究材料,用AFLP方法对钉螺基因组DNA进行扩增,然后分析湖北钉螺样本量和分子位点数与遗传变异信息可靠性的关系.结果湖北钉螺样本量和分子位点数与遗传多样性信息的可靠性之间存在明显的关系.当样本量低于7只时,AFLP总位点数、多态位点数、多态位点频率、Nei's基因多样性指数和Shnnon's信息指数变化很大,而当样本量超过30只时,这些指标值的变化趋于平稳.当AFLP分子位点数低于128时,多态位点频率、Nei's基因多样性指数、Shannon's信息指数以及这两个指数的标准差变化相当剧烈,当分子位点数超过338时,这些指标值的变化趋于稳定.结论在用AFLP分子标记技术研究湖北钉螺的遗传多样性时,每个钉螺种群内的样本量好不应低于30只,用于研究分析的分子位点数好不低于338个.
-
25个湖北钉螺种群扩增片段长度多态性分子标记的遗传变异研究
目的 探讨湖北钉螺种群间的遗传变异及其程度.方法 采用扩增片段长度多态性分子标记技术对来自中国大陆10省的25个种群钉螺基因组DNA样品池进行扩增,分析钉螺各种群间的遗传变异并对钉螺种群进行聚类分析.结果 25个钉螺种群间的相似系数GSDICE在0.694～0.831之间,Nei无偏遗传一致性在0.635～0.799之间,遗传距离D在0.169～0.306之间,Nei无偏遗传距离在0.225～0.452之间,光壳钉螺种群间的遗传变异程度明显高于肋壳钉螺种群间的遗传变异程度(P＜0.01).25个钉螺种群被聚成3类,A类包括来自福建福清和广西宜州的光壳钉螺种群;B类包括来自四川西昌、普格、丹棱、蒲江、广汉和云南大理的光壳钉螺种群;C类则由其他来自长江中下游地区的17个钉螺种群组成.结论 在中国分布的湖北钉螺已发生较大的遗传变异,基因组水平上的钉螺种群聚类结果和其地理分布基本一致.
-
扩增片段长度多态性分析用于霍乱弧菌分子分型的方法建立和应用评价
目的 建立霍乱弧菌的基于红外荧光标记引物的扩增片段长度多态性(AFLP)分型方法,评价脉冲场凝胶电泳(PFGE)和AFLP对霍乱弧菌的分型能力.方法 选择PFGE带型均不相同的47株霍乱弧菌作为评价菌株,建立AFLP对于霍乱弧菌的分型方法;确定操作程序后选择83株分离自1962-2005年11个省的霍乱弧菌,进行AFLP和PFGE对于霍乱弧菌分型能力的比较.AFLP分型方法采用了红外荧光标记PCR引物,利用LI-COR4300自动测序仪完成电泳、SagaMX软件对电泳图谱进行编辑.PFGE采用PulseNet提供的标准化程序.结果 AFLP用于霍乱弧菌分型时选择性引物携带碱基数为1,优引物组合为EcoR Ⅰ-G/Mse Ⅰ-T,AFLP分型实验的重复性达到99.2%.AFLP将83株霍乱弧菌分为52个型别,D值为0.9545;PFGE将此83株菌分为44种带型,D值为0.9251.结论 优化固定了AFLP对于霍乱弧菌的分型程序,重复性好;AFLP比PFGE具有更好的分型能力,能够用于分离菌株的分子分型.结合已成为实验室网络监测标准分析方法的PFGE,可对分离株做更细致的分型比较.
-
夏枯草种质资源遗传多样性的AFLP分析
目的:通过对8份夏枯草种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性.方法:采用扩增片段长度多态性(AFLP)标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选了32对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS-PC软件计算并分析了夏枯草种质间的相似度,构建了遗传系统进化树.结果:①SDS法提取的夏枯草基因组DNA质量较佳,能够满足AFLP分析的要求;②从32对选择性扩增引物中,筛选出10对多态性较强、带型较好、分辨率较高的组合;③构建了夏枯草AFLP指纹图谱,将8个夏枯草种质全部区分开来;④通过构建进化树,把8个种质分成3类.结论:夏枯草种质资源有丰富的遗传多样性,某些形态特征差异和基因型存在相关性.
-
鲍氏不动杆菌脉冲场凝胶电泳和扩增片段长度多态性基因分型的研究
目的 利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和扩增片段长度多态性(AFLP)分型方法,了解医院鲍氏不动杆菌菌株亲缘性.方法 采用NCCLS方法研究药物敏感性;采用PFGE和AFLP技术研究鲍氏不动杆菌基因型;对检测结果作聚合分析讨论菌株亲缘性.结果 鲍氏不动杆菌利用PFGE分型可以分为4个亚型、利用AFLP分型可以分为2个亚型;聚合分析具有一致性.结论 AFLP分型更具有实用价值.
-
中国红花遗传多样性的AFLP分子标记
目的考察红花的种内变异,为进一步进行红花种质资源选育和筛选品质相关基因奠定基础.方法采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术,研究中国红花28个不同栽培居群在DNA水平的多态性.采用UPGMA构建系统树图进行聚类分析和计算遗传距离.结果筛选得到的12对引物的扩增片段具有丰富的多态性.各居群间的遗传相似系数在0.48～0.96.聚类分析显示它们分为3大主要类群和一个中间类群.结论红花种内存在一定的遗传多样性.基于AFLP条带统计的聚类结果和表型特征并不完全一致,可能是基因型和环境共同作用于表型的结果.
-
真菌性角膜炎常见致病菌株——镰刀菌的AFLP指纹图谱分析
目的 采用AFLP对镰刀菌进行基因分型.方法 对镰刀菌分离、纯化、重新鉴定后,用CTAB法提取其DNA.经EcoRI和MseI双酶切,对酶切片段进行预扩增和选择性扩增.扩增后的产物经6%聚丙烯酰胺凝胶电泳.银染成像.结果 用20株镰刀菌作材料.筛选出3对多态性较高.带型质量较好的AFLP引物,分别是E-TCM-CAA,E-TAM-ClYr,E--TA M-CAC.各菌株同的相似率为74%～90%.在SM=0.74(74%)的相似性水平上,镰刀菌明显地分为2种.14株茄病镰刀菌种内可分为9型,6株串珠镰刀菌种内可分为4型.结论 AFLP可用于真菌性角膜炎常见致病菌株即镰刀菌的基因分型.
-
肺炎链球菌的扩增片段长度多态性快速检测方法的建立和应用
目的 建立扩增片段长度多态性(AFLP)快速检测肺炎链球菌.方法 针对肺炎链球菌的管家基因16SrRNA基因设计特异引物,优化反应条件,建立肺炎链球菌的AFLP检测方法.通过对20株肺炎链球菌和15株非肺炎链球菌进行检测,检验该方法的灵敏度、特异度和实用性.结果 活菌计数方法表明建立的AFLP方法检测肺炎链球菌的灵敏度为1.5×103CFU/ml.检测20株肺炎链球菌均为阳性,15株非肺炎链球菌则全部阴性,特异度为100％.结论 建立的AFLP方法检测肺炎链球菌灵敏度、特异度高,可用于肺炎链球菌的检测和流行病学调查.
-
214 近缘中药材的分子鉴定研究进展
近缘中药材在宏观、微观以及化学性状方面通常表现出相似的特征,采用传统的鉴定方法有时难以达到预期的鉴别效果.分子生物学方法对近缘中药材品种的鉴定具有独特优势.就近年来分子生物学方法在中药材鉴定中的应用做一综述.
-
二羟环氧苯并芘致肺癌相关基因筛选
目的 筛选与二羟环氧苯并芘,(BPDE)引发肺癌相关基因的DNA片段,为进一步探讨BPDE致癌机制提供研究依据.方法 应用扩增片段长度多态性(AFLP)结合免疫磁珠分离等技术对与BPDE相互作用的DNA片段进行富集、扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳显示差异片段,并对其回收、克隆、测序及同源相似性比对分析.结果 成功回收了差异片段,经测序得到其碱基序列,基因同源相似性比对分析发现,有8条序列与已知基因同源,另有1条序列未找到同源序列,将该序列向GenBank提交注册,GenBalak已接受并给予登录号为:EF176681.结论 AFLP结合免疫磁珠分离等技术可以用于化学致癌BPDE肿瘤易感基因的筛选,所得9条基因片段可能与BPDE引发肺癌有关.
-
湖北钉螺种群内AFLP分子标记遗传变异分析
目的探讨湖北钉螺种群内的遗传变异及其程度.方法采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记技术对9省(云南、四川、广西、福建、湖南、湖北、江西、安徽、江苏)13种群湖北钉螺基因组DNA进行扩增,分析钉螺种群内的遗传变异.结果湖北钉螺13种群AFLP扩增片段位点数为403～472,江西星子钉螺种群内遗传多样性较高,多态位点频率、Nei's基因多样性指数和Shannon's信息指数分别为93.2%、0.345和0.510,而广西宜州钉螺种群内遗传多样性较低,以上3指标分别为55.8%、0.191和0.287;广西宜州钉螺种群内的相似性较大,相似系数(中位数)为0.904,而江苏丹徒钉螺种群内的相似性较低,相似系数(中位数)为0.748;13种群内的遗传变异差异显著(P＜0.01).结论我国广泛分布的湖北钉螺,种群内存在一定程度的遗传变异.不同地区湖北钉螺种群内遗传变异程度不同,有的相差较大.
-
钉螺AFLP分子标记电泳图谱信息数量化数据的分析
目的探讨扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记电泳图谱信息数量化数据的分析方法.方法从现场采集的钉螺中筛选出40只阴性钉螺,随机分为两组,用于基因组DNA模板的制备.再用Glyko BandScan软件将钉螺扩增片段长度多态性电泳图谱信息数量化,使用不同的读带标准读带,得到相应的数据集,然后对这些数据集进行遗传学统计分析与描述性总结.结果不同的标准所得到的遗传变异结果均有所差别,但随着读带标准值的增加,反映钉螺种群遗传多样性指标(如:Shannon's信息指数)也增加,当其增加到一定水平时,又开始下降,而基因流和基因一致度则相反.不同读带标准所得的遗传变异结果均呈明显的正态分布(P＞0.05).以总灰度或以总灰度百分比划分读带标准,所得遗传变异结果的平均值均十分接近.两组钉螺平均基因一致度在总灰度百分比数据中为0.956,在总灰度数据中为0.958;两组间的平均遗传距离在总灰度百分比数据中为0.045,在总灰度数据中为0.043.结论将电泳图谱信息数量化,再以不同的读带标准去处理与分析数据的模式,是一种较为合理且准确的分析方法.
-
红花基因组扩增片段长度多态性反应体系的建立和优化
目的:探讨影响红花扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)的各种因素,建立并优化红花AFLP反应体系,为研究红花品质性状的遗传基础及建立分子辅助标记育种的技术平台奠定基础.方法:CTAB法提取红花基因组DNA,用Beckman紫外可见分光光度计测定样品DNA浓度与纯度质量(D值);检测后分别进行一步法酶切与连接,或两步法酶切与连接,以检测哪种方法更适合;酶切连接产物设置不同的稀释倍数(5倍、10倍、15倍、20倍、25倍和30倍)进行预扩增,预扩增产物设置不同稀释倍数(10倍、25倍、50倍、75倍、100倍、150倍和200倍)进行选择性扩增;选择性扩增产物95℃变性8 min后,用6%的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染检测.结果:本研究建立适用于红花的AFLP体系:用乙醇沉淀DNA,建立的模板不含PCR反应抑制剂及其他酶反应抑制剂,可被限制性内切酶MseⅠ和EcoRⅠ完全酶切;确定两步法进行酶切、连接,酶切时间为37℃ 3 h,连接16℃过夜,缓冲液采用NEB公司Buffer 2;预扩增产物佳稀释倍数为25倍;选择性扩增佳稀释倍数为75倍;上述建立的AFLP反应体系,PAGE电泳中主带清晰,没有降解.结论:本研究建立的反应体系适用于红花基因组DNA的AFLP研究.
-
日本血吸虫中间宿主湖北钉螺遗传变异的空间相关分析
目的 探讨湖北钉螺的空间遗传结构.方法 采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记技术对10省或自治区(云南、四川、广西、福建、湖南、湖北、江西、安徽、江苏和浙江)25个钉螺种群基因组DNA进行扩增,分析钉螺种群间的遗传距离与地理距离的相关性.结果 25个钉螺种群间的遗传距离D和Nei无偏遗传距离,都与其地理距离存在明显的正相关性(P＜0.001),相关系数分别为0.523 4和0.562 2;湖北钉螺指名亚种种群间的遗传距离与地理距离也存在正相关(P＜0.001),遗传距离D的相关系数为0.527 6,Nei无偏遗传距离的为0.577 0;无论是肋壳钉螺还是光壳钉螺,钉螺种群间的遗传距离都与地理距离存在正相关(P＜0.001),肋壳钉螺种群间的遗传距离D和Nei无偏遗传距离与地理距离的相关系数分别为0.361 2和0.391 6,光壳钉螺的相关系数分别为0.753 5和0.750 0.结论 在我国大陆广泛分布的湖北钉螺种群间具有明显的空间遗传结构.
-
AFLP标记技术在湖北钉螺遗传多样性中的应用研究
目的探讨扩增片段长度多态性(AFLP)标记技术在湖北钉螺遗传多样性研究中的应用.方法随机抽取云南大理和湖南岳阳钉螺各1只,用异硫氰酸胍和树脂等抽取DNA,然后用64对引物对基因组DNA进行AFLP扩增,扩增产物用6%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,荧光检测扩增产物.结果每对引物扩增的AFLP标记数在5～55之间,云南钉螺平均每对引物出现38.30(95%CI 36.03～40.57)个标记,湖南钉螺平均每对引物扩增出39.14(95% CI 36.71～41.57)个标记;每对引物扩增的多态性标记数和多态性频率分别在3～37个和28.6%～76.2%之间,分别平均为23.67(95% CI 22.12～25.22)和47.36%(95%CI 45.22%～49.50%);两地钉螺的遗传相似系数平均为0.69(95% CI 0.67～0.70).结论 AFLP标记技术可用于湖北钉螺的分类与遗传多样性的研究.
-
白木香基因组DNA的提取及AFLP银染体系的建立
用改良的CTAB法提取不同居群的白木香基因组DNA,通过优化AFLP技术中关键步骤的参数,建立适合白木香的AFLP银染反应体系.结果表明,改良的CTAB法提取的白木香基因组DNA纯度高,完整性好,满足AFLP分析的要求;250 ng的基因组DNA用EcoR I和Mse I 37℃消化3 h后可以被完全酶切,酶切产物和接头经16℃连接过夜后,用带有一个选择性碱基的引物和带有3个选择性碱基的引物分别进行预扩增和选择性扩增,扩增产物经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,用AgNO3染色得到了清晰的指纹式样,为下一步的遗传分析奠定了基础.
-
扩增片段多态性分析鲍曼不动杆菌的同源性
目的 采用扩增片段长度多态性(AFLP)技术,分析鲍曼不动杆菌(鲍氏不动杆菌)菌株亲缘性.方法 建立AFLP分型平台研究鲍曼不动杆菌基因型,对检测结果 作聚合分析并分析菌株亲缘性.结果 经AFLP分型,27株鲍曼不动杆菌可分为2个亚型:AFLP Ⅰ和AFLP Ⅱ.结论 AFLP分型可用于鲍曼不动杆菌的基因分型,有助于观察其耐药性变化和监测院内感染.
-
四川地区鸡场产气荚膜梭菌的扩增片段长度多态性分析
目的 了解四川部分地区10个规模化鸡场产气荚膜梭菌的基因型及遗传学关系.方法 采用EcoR I、Mse I酶对34株不同地区鸡场的产气荚膜梭菌分离株进行扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析.结果 AFLP能全部区别34株产气荚膜梭菌,辨别力指数为100%,其不同来源菌株呈现多态性分布.按Dice系数≥0.8,可分为19个AFLP基因亚型,AFLP-14为优势基因型,占总菌株数的20.59%.分析亚型分布情况表明,产气荚膜梭菌的流行特点与地区差异相关:不同鸡场产气荚膜梭菌的亚型差异明显;而同一鸡场的亚型较单一,以一种亚型为主,交叉有少数其他亚型.结论 四川地区鸡场产气荚膜梭菌的基因型十分丰富,AFLP技术是其分子流行病学研究的有效手段.
-
AFLP法构建布鲁氏菌基因组DNA指纹图谱
目的采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子遗传标志技术,分析布鲁氏菌基因组DNA多态性.方法提取布鲁氏菌基因组DNA,经EcoRI/MseI酶切并与相应的人工接头连接后,使用选择性引物进行PCR扩增.结果经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,成功构建出多态性丰富、重复性好的布鲁氏菌DNA指纹图谱.结论 AFLP法有望成为一种独立的切实可行的方案,在布鲁氏菌的多态性研究和流行病学调查中发挥作用.
