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基于上下文特征的领域文献实体消歧算法
目的 面向生物医学领域基于文献的知识学习及应用需求,为解决实体识别中存在的词语歧义问题,提出一种基于上下文特征的实体消歧算法.方法 实体消歧通常分为候选生成和实体消歧两部分.在候选生成阶段,本文采用基于知识库的方法对实体指称生成候选,并根据实体在知识库中的先验概率对候选实体进行筛选,这样保证了目标实体的召回率并有效减少消歧阶段的计算复杂度和噪声.在实体消歧阶段,本文提出一种基于上下文特征的实体消歧方法,构建概率模型计算实体上下文和实体指称上下文之间的相似度,选取相似度大的实体作为目标实体.对从文献中识别出的命名指称做实体消歧实验,通过领域专家判断实体消歧结果的正确性,比较在不同算法下实体消歧的准确率.结果本文提出的方法在所选择的数据集中获得了83％的实体消歧准确率,高于其他算法.结论 基于上下文特征的实体消歧算法在本领域的实体消歧工作中效果佳.
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一种针对RNA-Seq数据的基因异构体表达水平计算方法
RNA-Seq是基于高通量测序技术对转录组进行研究的实验技术,被大量用来进行基因的选择性剪切研究.针对RNA-Seq数据中读段对基因异构体的多源映射以及读段在基因参考序列上呈非均匀分布的问题,基于文本数据分析领域流的LDA(latent dirichlet allocation)模型,提出了一个新的基因异构体表达值计算方法LDAseq.利用已知的基因异构体注释信息对模型参数进行约束,解决读段对基因异构体的多源映射问题;通过引入固定长度的“探针”将基因参考序列进行分段,解决读段在整个基因参考序列上呈非均匀分布的问题.将LDAseq应用到一个小鼠数据集和一个人类乳腺癌数据集,并和目前流行的方法Cufflinks和RSEM进行对比.结果表明,所提出的LDAseq方法相比Cufflinks和RSEM准确率分别提高了75.5％和62.8％,从而获得了较为准确的基因异构体表达水平计算结果.
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基于图像跟踪的呼吸运动分析
呼吸运动是一种内在的周期性运动,由于人体的各异性很难获得精确的呼吸运动模型,所以目前用基于统计的概率模型来表达.传统的呼吸运动分析模型是用高阶余弦函数来描述由呼吸引起的上下运动,但并不能很好地满足实时和三维分析的临床需要.在传统模型的基础上,提出一种基于统计学和图像跟踪的呼吸运动分析方法.该方法借助于用X光机实时采集的患者胸部透视序列图像,通过基于活动轮廓的方法,跟踪图像中横膈膜的位置变化,建立呼吸运动模型.实验证明:与传统的呼吸运动模型相比,该方法更能实时地反映人体呼吸运动的规律,并可方便建立三维呼吸运动分析数值模型,具有较高的临床实用价值.
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用Logistic回归模型研究影响口腔保健需求的因素
目的测量北京市城区居民牙科服务就诊概率的影响因素,建立口腔保健就诊概率模型,为预测未来口腔保健需求量,建立合理有效的口腔保健服务体系提供依据.方法分层、整群、随机抽取北京市区实际人口中所有年龄组1 517人进行调查,用Iogistic回归建立口腔保健需求的第一部模型--就诊概率模型.结果认识是影响就诊概率的主要因素,R值为0.36,OR值为48.79.医生教师、7～14岁儿童、出现明显疼痛症状或影响功能疾病及社会经济因素对就诊概率有较大影响.结论口腔卫生服务领域存在与医疗服务需求有所不同的作用机制.人们的牙科服务利用主要取决于其对疾病的认识以及收入和保障制度的高低.
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改良早期预警评分的应用体会
医护人员对病员病情及时、准确的判断,对病员能否获得及时有效的救治,病员生命能否挽回起着至关重要的作用.因此,对急、危、重症患者的病情、危重程度进行评估,是医护工作的重要环节.严重针对病情的评估,我们常用的评分工具包括:急性生理与慢性健康状况评分系统(APACHE)、死亡概率模型(MPM)、简化急性生理参数评分(SAPS)、多器官功能障碍综合征(MODS) 病情严重度评分等等,虽然这些评估方法的使用在一定程度上帮助了对病情的评估,但均受到一定的限制,如获取数据时间长、设备要求高等.简单易行、准确率高的改良早期预警评分(modified early warning score,MEWS) 系统的出现,填补了这一空缺.
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计划生育与遗传优生中的一个概率模型及其启示--几何分布的一例应用
问题中国人口众多、文化素质与经济发展很不平衡,从七十年代开始逐步实施计划生育,稍后又为更有效控制人口数量,采取了一对夫妇只生一个孩子的生育政策.而且,优生优育同时推广,这对控制人口数量、提高人口素质、促进经济发展,确实起到了效果.
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力作用下E-选择子/配体键的解离
由受体介导的粘附是细胞许多功能的基础.而化学反应常数则是受体/配体粘附的决定因素.细胞表面受体/配体键的结合或解离通常发生在有力存在的情况下,这是由于粘附分子主要生物学功能之一就是提供细胞间的物理连接.力对化学反应常数的影响被认为是受体/配体反应的固有性质,正如温度、压力的影响一样.我们采用小系统动力学概率模型和微管吸吮技术,考察了E-选择子Lec-EGF片段与其表达在Colo-205细胞表面之配体反应的化学动力学行为.
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用概率模型评价倍他米松片的质量
目的:运用概率模型考察不同企业生产的倍他米松片的质量,为建立药品质量等级评价体系提供参考.方法:依据理想点法原理和正态分布概念建立数学模型,将倍他米松片的3个测量指标(含量、含量均匀度和溶出度)转换成空间坐标.以理论佳参数作为理想空间点,以药品合格标准参数作为下限空间点,通过多维空间向量夹角隶属度转化成各指标的评价指数.各测量指标的评价指数经过方差分析后进行综合评价,运用概率论与数理统计中的正态分布模型,对各测量指标评价指数分布进行概率分析,得出不同企业生产的倍他米松片质量综合评价结果.结果:3家企业生产的倍他米松片的质量综合评价结果经方差分析,P>0.05,即评价差异无统计学意义,表明各企业生产的药品整体质量良好.对评价指数进行概率分析,发现A企业获得质量优良的片剂可能性较大.结论:数学模型对药品的质量等级评价以及企业等级评定有重要作用.本研究建立的方法具有一定的实用性,值得推广.
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我国有机磷农药膳食暴露累积风险评估模型构建
目的:构建有机磷膳食累积暴露概率评估模型,了解我国居民膳食有机磷累积暴露水平与暴露来源的食物贡献度.方法:利用2002年中国居民营养与健康状况调查的膳食消费量数据与2001年～2006年全国14个省/地区食品污染物监测网的有机磷农药监测数据,构建我国有机磷膳食累积暴露概率评估模型.结果:以甲胺磷为指示化学物,全人群、18岁及以上成人和2～6岁儿童有机磷累积暴露量的均数分别占有机磷急性暴露参考剂量(ARfD)的6.81％、5.92％、12.48％;其累积暴露量P99.9分别为ARfD的2.39倍、2.06倍、5.05倍;人群超标率分别为0.37％、0.25％、0.88％.贡献度较大的食物主要是青菜、大白菜、豇豆、茄子,累积贡献度达40.38％ ～41.35％;不同特征人群食物贡献度不尽相同,苹果(5.48％)和马铃薯(2.04％)对儿童贡献度较成人和全人群大.结论:我国居民膳食有机磷累积暴露分布人群变异较大,2～6岁儿童与高端暴露人群累积摄入过高应予重视;对青菜、大白菜、豇豆、茄子的有机磷残留状况应加强监管.本研究可为了解我国居民膳食有机磷累积暴露水平与暴露来源的食物贡献度、开展有机磷农药对环境污染的防治工作和食品安全风险管理工作提供科学依据.
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成人重症监护病房患者疾病严重程度评分系统的进展
重症监护病房(ICU)是集中监护和救治危重症患者的专业科室,疾病严重程度的把握对于治疗措施的选择、疾病预后的判断及重症监护病房资源的合理应用都至关重要.危重症评分系统是根据疾病的重要症状、体征和生理参数等进行加权或赋值,从而给临床提供量化的指标,以评价疾病的严重程度.其中,急性生理和慢性健康评分(APACHE)、简明急性生理学评分(SAPS)、病死概率模型(MPM)是国内外重症监护病房应用广泛的三个疾病严重程度评分系统.现就这三个评分系统的发展做一综述,并讨论其在ICU中的应用.
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Bayes概率模型原理及其在医学遗传学中的应用
在遗传咨询和遗传病诊断等临床实践中,往往需要作遗传病再显风险率估算,而恰当地运用概率模型,是一种行之有效的方法.由医学遗传学可知,不同的基因型可能有相同的表型,故难以由表型推断基因型,而每个人的基因型于受精卵阶段已确定,我们只能通过家系资料分析、某项指标测试结果或某些现象的综合等方面去推测其为某种基因型的概率,从而得出遗传病再显风险率.
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SPSS编程在医学统计学模拟抽样中的应用
医学统计学中有两种不同性质的分布:一种是用于描述个体,由于变异的存在,对应的观察值或变量(如人的身高)所表现出的分布,对于定量资料,可以是正态分布、偏态分布等,对于分类资料,常见是两分类变量,表现为二项分布,罕见事件又可简化为Poisson分布;另一种分布是统计量的抽样分布,如t分布、u分布、F分布、χ2分布等[1].在数理统计学上,这两种类型的分布,对于总体而言,都可表现为一定的概率模型.医学生对于分布的学习,特别是抽样分布,往往比较抽象,不易理解,为了能再现统计量和随机变量的分布,我们可以采用Monte-Carlo模拟抽样,Monte Carlo方法亦称为随机模拟(Random simulation)方法,有时也称作随机抽样(Random Sampling)技术或统计试验(Statistical Testing)方法.因此,我们在电脑实验中,利用SPSS简单的编程功能,模拟抽样能再现统计分布,达到加深学生对统计分布的认识,从而提高医学统计学教学效果.
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ICU预后评估系统的发展和应用
预后评估系统是为了解危重病人病情的严重程度,选择正确的治疗方法,对病人的预后做出准确判断而产生的一种客观的、简便而实用的评分方法.自70年代以来,国外发展过许多可用于危重病预后评估的方法,其中影响广泛的包括:(1)急性生理和慢性健康状况评估(acute physiology and chronic health evaluation,APACHE);(2)简化急性生理评分(simplified acute physiology score,SAPS);(3)死亡概率模型(mortality probability models,MPM).从其发展来看,基本可以分为三代.第一代为急性生理和慢性健康状况评估(acute physiology and chronic health evaluation,APACHE Ⅰ),因其包含较多主观因素,判断病情的准确性较差且不能预计病死概率,现已被淘汰.
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阆中居民“终死于十种主要死因概率”的分析
研究某死因对居民寿命及死亡的影响程度，我们曾用过蒋氏倡用的改良式净死亡概率模型，此模型作为两个时期的比较实用，若用于单年资料则不实用。为评价阆中单年资料各死因对死亡和寿命的影响程度，现试用Prithwis Das Gnpta在1985年研究美国1979年死因资料时用过的“终死于某死因概率”来分析阆中1992年的死因资料。
