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用SEREX方法筛选HCC抗原及hcct-19表达谱的检测
目的:用SEREX方法鉴定HCC表达的肿瘤抗原,检测hcct-19的表达谱.方法:将HCC表达文库铺板,IPTG诱导蛋白质表达,BSA封闭.同1:1 000稀释的预吸收HCC患者血清反应后,与1:5 000稀释的羊抗人抗体反应,在BCIP/NBT的作用下显色,挑取阳性克隆噬菌斑块,重复筛选和铺板3次,直至得到一致的单克隆免疫阳性重组噬菌体.挑取阳性克隆噬菌斑,用载体克隆位点两端的通用引物进行PCR扩增,PCR产物纯化测序,序列结果用BLAST软件同GenBank中的已知基因进行对比分析.检测阳性克隆抗原基因hcct-19在部分正常组织、肿瘤组织及肿瘤细胞株中的表达,半定量RT-PCR方法检测阳性克隆抗原基因在肝癌及癌旁组织中的表达.结果:共得到31个阳性克隆,代表14个不同的cDNA序列,其中10个为已知功能的基因,4个为未知功能的基因.在已知功能的基因中,RFC2、NDUFA4及MCART1首次被发现与HCC有关.hcct-19在部分正常组织、肿瘤组织及肿瘤细胞株中表达,在肝癌组织中的表达强度明显高于癌旁组织(13.2±2.7 vs 2.9±0.3,P＜0.05).结论:本实验筛选出的HCC抗原有助于进一步阐明HCC的形成过程.hcct-19可能作为一个过量表达的基因参与了HCC的发病过程.
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Barrett食管和食管腺癌的基因表达谱研究
目的:研究Barrett食管(BE)和食管腺癌的基因表达谱,筛查与食管腺癌相关的基因.方法:使用Dchip软件对已经在GEO数据库中公开的BE和食管腺癌Affymetrix芯片表达谱数据进行分析.还原扫描图像进行独立核验,并对基因和组织进行双向聚类,后用配对t检验筛查出在BE和食管腺癌中表达水平都发生变化的基因,并进一步分析其功能.结果:24张Affymetrix芯片的杂交质量稳定,被污染和发生交叉杂交的探针簇都少于5%.对基因和样本的双向聚类表明,大部分组织分类正确.只有N8和A5位于错误的组织类型中.对其余22张芯片再次分别进行配对t检验,得到24个基因.其中表达水平呈进行性上升的5个,呈进行性下降的19个.新检出的PITX1已在稍前不久的另一项研究中得到证实.结论:用新的分析方法研究已公开的表达谱芯片资料为研究肿瘤的发病机制提供了新的手段.
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蛋白质组学技术在幽门螺杆菌研究中的应用
蛋白质组学是旨在研究蛋白质表达谱和蛋白质与蛋白质之间相互作用的新领域.他的研究以双向电泳和质谱技术为核心.其技术为幽门螺杆菌基本生物学特性研究,探讨致病机制,寻找保护抗原与研究免疫机制等提供了新的思路和方法.
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microRNA表达谱与消化器官肿瘤的发生、诊断及治疗
microRNA(miRNA)是一种大小约21-23个碱基的、非蛋白编码单链小分子RNA,下调参与许多重要细胞活动(包括发育、增殖、分化、凋亡)基因的表达.近期的研究发现,miRNA在肿瘤的发生和发展中起着重要的作用,miRNA具有癌基因和抑癌基因的作用.已发现若干miRNA直接参与消化器官(包括肝、结肠、胰腺、胃、胆管)肿瘤的发生和发展,miRNA表达谱与消化器官肿瘤的诊断、病理分级、临床分期、疾病进展、预后和对治疗的反应性等相关.miRNA表达谱可以鉴定能抑制下游活化的癌基因信号途径或作用于与肿瘤发生和发展有关的蛋白编码基因的miRNA靶基因,miRNA介导的治疗还可能用于肿瘤的预防和治疗.
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高低转移表型大肠癌细胞株蛋白质表达谱差异初步分析
目的:应用蛋白质组学技术分析高低转移表型大肠癌SW480细胞株和LoVo细胞株间的蛋白质表达谱差异.方法:以双向电泳技术分离两种细胞株总蛋白质,银染显色,进行差异蛋白质分析.结果:SW480和LoVo细胞株双向电泳图谱蛋白质点数分别为1184±47和1124±54,共获得88±5的蛋白质差异点,其中48±3个点仅在SW480细胞株中表达或表达明显增强,41±3个点仅在LoVo细胞中表达或表达明显增强.结论:高低转移表型大肠癌SW480细胞株和LoVo细胞株间的蛋白质表达谱存在一定的差异,对这些差异点进行鉴定将为研究大肠癌转移机制提供一定的线索.
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应用基因芯片技术筛查大肠癌相关基因
目的:筛选与大肠癌相关的差异表达基因.方法:用包含8000个cDNA的基因芯片法检测4例大肠高分化腺癌组织及其癌旁正常肠黏膜组织标本RNA表达谱,通过对比分析寻找与大肠癌相关的基因.结果:大肠癌差异表达基因中有1807个基因发生了显著性变化,其中上调表达的基因有936个,有显著上调的有36个;下调表达的基因有871个,有显著下调的有30个.结论:大肠癌的发生是一个多基因表达失调的过程,大肠癌与癌旁正常肠黏膜组织间存在差异表达的基因.
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MicroRNA在人结肠癌干细胞中的表达谱
目的:探讨微小RNA(microRNA,miRNA)在人结肠癌干细胞中的表达,为进一步研究miRNA调控结肠癌干细胞向结肠癌细胞分化的分子机制奠定基础.方法:应用miRNA表达谱芯片检测人结肠癌干细胞和已分化结肠癌细胞中miRNA的表达谱.利用实时定量PCR技术检测两种细胞中差异表达的miRNA,验证miRNA芯片结果的可靠性.应用软件对筛选出的显著差异表达miRNA的靶基因进行预测.结果:与已分化结肠癌细胞相比,人结肠癌干细胞中表达上调超过1.5倍的miRNA有35个.为:hsa-miR-192,hsa-miR-29b,hsa-miR-215,hsa-miR-194,hsa-miR-33a,hsa-miR-32等:表达下调超过1.5倍的miRNA有11个,为:hsa-miR-93,hsa-miR-1231,hsa-miR-524-3p,hsa-miR-886-3p等.PCR技术验证,与miRNA芯片结果相符合.表达显著上调miRNA的共同靶mRNA有:AFF2、MTF1、RUNDC2C和ZFHX4.表达显著下调miRNA的共同靶mRNA有:ONECUT2、SH3TC2、PTPRT、RNABP10、NR3C1、RGSL1、RNASEL和TANC2.结论:筛选出的差异表达miRNA可能参与结肠癌的发病.为该病诊治提供了新的思路.其共同靶基因可能具有重要的调控结肠癌干细胞生长和分化的作用.
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MicroRNA在直肠癌中的表达谱
目的:研究直肠癌microRNA(miRNA)表达谱,以期发现直肠癌发生过程和正常直肠黏膜组织的miRNA差异表达谱,并理论上预测可能受其调控的靶基因.方法:选择2011-01/03于中国人民解放军第306医院肠镜检查的进展期直肠癌患者,对直肠癌及正常组织进行miRNA芯片检测,筛选直肠癌、正常直肠组织差异表达的miRNA,并运用Gomir分析软件筛选TargetScan、PicTar、miRanda3个预测软件同时预测出的靶基因.结果:选择直肠癌组织、正常直肠黏膜组织标本各2例,通过Affymetrix miRNAs芯片检测,发现直肠腺癌与正常直肠黏膜相比,上调的miRNA为miR-15a、miR- 18a、miR-18a*、miR-21、miR-24-2*、miR-27a等37种,下调的为miR-139-5p、miR-139-3p、miR-215、miR-200b、miR-133a、miR-150等18种,依据Ratio值,选择其中高者miR-31和低者miR-375进行预测其靶基因,预测ZFHX4可能为miR-375的靶基因,预测BACH2、FZD3等可能为miR-31的靶基因.结论:直肠癌和正常直肠黏膜相比有其特异的miRNA表达谱,miRNA在直肠癌的发生中可能起到重要作用,受其调控的靶基因及作用方式值得进一步研究.
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肠易激综合征血循环microRNA的表达谱
目的:探讨腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome,IBS)、便秘型IBS和正常人体血循环中微小核糖核酸(microRNA,miRNA)的表达差异,寻找潜在的IBS异常miRNA表达谱.方法:按罗马Ⅲ标准临床诊断IBS,根据临床特点分为腹泻型IBS和便秘型IBS.分别选取3份腹泻型IBS、3份便秘型IBS和3份正常人的混合血清标本,miRNA表达芯片检测血清标本中miRNA的表达水平,并进行聚类分析.结果:miRNA表达芯片分析发现,与正常人相比较,腹泻型IBS血循环中2种miRNA表达下调,2种miRNA表达上调;便秘型IBS血循环中4种miRNA表达下调,59种miRNA表达上调;只在腹泻型IBS血循环中差异表达的miRNA有1种,只在便秘型IBS血循环中差异表达的miRNA有60种,miR-23b*在两种IBS血循环中都表达显著下调,hcmv-miR-US5-2、hsv2-miR-H11都表达显著上调.与腹泻型IBS相比较,便秘型IBS血循环中1种miRNA表达下降,26种miRNA表达上调.结论:IBS血循环具有异常的miRNA表达谱,提示血循环miRNA可作为IBS潜在的诊断标志.
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成纤维细胞生长因子12在肥厚型心肌病中的表达
目的 探究肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)患者心肌组织基因表达异常与临床表型的关系.方法 微矩阵分析比较正常人与HCM心肌组织的mRNA表达谱,寻找差异表达基因.实时荧光定量聚合酶链式反应和蛋白免疫印迹验证表达差异.SPSS22.0统计基因表达水平与患者临床表型间的的相关性.结果 通过微矩阵比较6例HCM患者和5例正常对照心肌的mRNA表达谱,发现成纤维细胞生长因子12(FGF-12)表达显著降低.用实时荧光定量聚合酶链式反应在39例患者和8例对照中进行进一步检测,发现患者心肌组织中FGF-12的mRNA水平降低了66％(P＜0.05).患者心肌组织中FGF-12蛋白水平也相应减少.同时,FGF-12的mRNA表达水平与术前是否合并柬支传导阻滞显著相关(P＜0.05).结论 FGF-12在HCM患者心肌组织中显著下调,提示可能参与了心肌功能调节和HCM病理进程.
关键词： 肥厚型心肌病 成纤维细胞生长因子12 表达谱 束支传导阻滞 -
羊急性心梗卸负荷模型的miRNA表达谱
目的 本文试图在羊急性心梗模型上建立miRNA表达谱,为LVAD治疗急性心梗提供理论依据.方法 成年小尾寒羊经结扎冠状动脉制作心梗模型,心脏不停跳植入FW-2型轴流泵,连续卸负荷循环辅助3天.取出的心脏用组织染色法检测.高通量测序技术建立miRNA表达谱.结果 对照组动物实验共进行7只,其中3只造模成功.LVAD组动物实验共有5只,其中3只成功.miRNA测序结果共发现已知miRNA成熟体152个,新miRNA成熟体1582个.卸负荷组与对照组相比发现差异表达,其中oar-miR-19b(上调)和oar-miR26a(上调)得到RT-PCR验证,与芯片结果相符.GO和KEGG分析发现这些miR参与调节的功能及信号通路与心血管疾病密切相关.结论 本实验利用FW-2型轴流泵成功地对急性心梗的羊进行了3天的循环辅助,证实LVAD可有效减轻心梗程度.成功地建立了急性心梗和LVAD干预的miRNA表达谱,并进行了验证,结果表明该表达谱可用于探索未知的miRNA,并研究它们参与急性心梗反应的调控机理.
关键词： Micro-RNA 表达谱 急性心梗 左心室辅助装置(LVAD) -
严重急性呼吸综合征患者细胞因子与趋化因子表达谱的特征
由于严重急性呼吸综合征(SARS)的免疫病理机制尚未阐明,目前尚无有效药物或治疗方法能够控制这种疾病.为了探讨SARS发病的免疫学机制,我们研究了SARS患者外周血细胞因子与趋化因子的表达谱以及肺和淋巴组织的免疫病理改变.采用液相芯片技术,动态扫描了23例诊断明确的SARS患者血中14种细胞因子与趋化因子;应用反转录PCR、免疫组化和免疫荧光技术对SARS死亡患者经尸体解剖的肺和淋巴组织进行免疫病理学观察.
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Has-miR-31-3 p表达与K-ras基因野生型转移性结直肠癌患者抗EGFR治疗的无进展生存期有关
目前抗EGFR治疗只应用于KRAS野生型转移性结直肠患者，然在这些患者的获益率只有不到40％。因而寻找更多更精确的生物标志物用于筛选出适宜的治疗患者显得尤为迫切。为此，多中心协作开展了一项研究，该研究目的是筛选出能预测KRAS野生型转移性结直肠患者抗EGFR治疗疗效的miRNAs。该研究分析了87例mCRC患者miRNA表达谱，这些患者均对化疗耐受而选用抗EGFR治疗。其中包括回顾性的33例新鲜冷冻组织标本、35例福尔马林固定石蜡包埋标本，以及19例前瞻性研究获得新鲜冻藏标本。之后对前瞻性研究中转移性结直肠癌抗EGFR治疗患者中19例新鲜冻存和26例福尔马林固定石蜡标本（共45例）进行独立验证。
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表达谱基因芯片在心血管和肾脏疾病中的应用
基因芯片(gene chip)是90年代中期发展起来的一项多学科交叉、先进的前沿生物检测技术,虽然仅有短短几年的历史,但在生命科学诸多领域已显示出巨大的潜力和诱人的前景[1.2]以往对心血管和肾脏疾病的研究,都是采取一种疾病用1个基因检测的传统方法,存在诸多不便,不能满足当前医学领域飞速发展的需求,而基因芯片的问世,使大规模、高通量同时检测成千上万种基因的表达成为可能.
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前列腺癌相关基因表达谱分析
目的探讨前列腺癌发生发展中相关基因群的表达意义.方法应用含有4366条人类全长基因cDNA基因芯片研究一组前列腺癌及正常前列腺组织基因表达谱的差异性.同时进行生物信息学分析.结果在前列腺癌与正常前列腺组织间存在差异表达的基因287条,未知基因165条,已知基因122条.已知基因中有显著差异表达基因56条,其中上调基因20条,下调基因36条.结论生物信息分析显示:显著差异表达基因与肿瘤的发病机理可能存在相关性.
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原发性肝癌患者血液中XAGE-1b mRNA的表达
XAGE-1是一类通过生物信息学的方法获得的肿瘤一睾丸抗原编码基因,XAGE-1b是其主要的表达剪接体[1].临床研究已获得了较为详细的XAGE-1在肿瘤细胞中的表达谱,发现在肺癌、黑色素瘤、前列腺癌等肿瘤组织中有较高的XAGE-1检出率,并且逐步揭示出:XAGE-1的表达与病理进程和肿瘤亚型间的关联[2-5].
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寡核苷酸表达谱揭示异烟肼耐药对结核分支杆菌致病性的影响
目的研究结核分支杆菌异烟肼耐药菌株与H37Rv异烟肼敏感菌株感染巨噬细胞后差异表达的基因. 方法利用高密度cDNA芯片检测巨噬细胞U937感染结核分支杆菌异烟肼耐药菌株与H37Rv后的基因表达谱的差异. 结果两者诱导巨噬细胞的差异表达基因有53条,异烟肼耐药菌株比敏感菌株诱导多种趋化因子和细胞免疫增强的细胞因子表达上调和免疫抑制细胞因子IL-10等表达下调. 结论异烟肼耐药对细菌毒力有明显的影响,异烟肼耐药菌株的致病力下降,异烟肼耐药菌株容易被宿主免疫系统清除;结果为耐多药结核病控制提供依据;骨桥接素和巨噬细胞趋化因子等,在抗异烟肼耐药结核分支杆菌感染免疫中的作用值得深入研究.
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用基因芯片研究同一血管瘤增生和消退期差异表达基因
目的利用基因表达谱芯片技术寻找血管瘤增生期到消退期之间差异表达的基因,初步探索血管瘤增生与自然消退的分子机制.方法将4 096条cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片;将同一血管瘤患儿的增生期和消退期瘤体组织的mRNA逆转录为cDNA、分别标记Cy3和Cy5两种荧光,制备成cDNA探针,与表达谱芯片杂交,通过计算机扫描、数据处理筛选出差异表达的基因.结果差异表达的基因有194条,其中115基因条上调,79条下调:①增生期一些细胞因子和生长因子高表达;②消退期细胞凋亡因子表达增加;③血管形成和原癌基因参与血管瘤的增生;④线粒体激活的细胞凋亡通路和Wnt/β-catenin通路可能与血管瘤的发生和发展有关.结论血管瘤的发生可能是细胞增殖和凋亡比例失调所致.
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妊娠糖尿病孕妇网膜下脂肪组织差异表达基因的研究
目的 研究妊娠期糖尿病孕妇与同期正常妊娠的孕妇网膜下脂肪组织中差异表达基因,探讨这些差异基因是否参与妊娠糖尿病的发生和发展,为探讨妊娠糖尿病的致病机理提供线索.方法 收集2例通过OGTT实验确诊但未经过治疗的妊娠期糖尿病患者和同期2例年龄、孕次产次、孕前BMI与之无差异的健康对照者网膜下脂肪组织,提取总RNA后,采用Affymetrix mRNA表达谱芯片进行检测,并进行基因表达谱结果进行比较,寻找具有差异表达的基因.结果 表达谱芯片分析发现GDM组和正常妊娠网膜组织中存在差异表达基因共有81个.其中有48个基因表达水平上调,33个基因表达下调.结论 GDM脂肪组织中基因的表达存在显著差异,基因的差异表达可能与GDM发生和疾病发展有关.目标基因的功能涉及细胞骨架、肌动蛋白功能、氧化磷酸化、细胞凋亡、脂肪以及糖代谢、膜转运、神经发育、信号转导、炎症反应、排异反应、离子通道、细胞周期和肿瘤的发生等多个方面.妊娠糖尿病脂肪组织中具有特异性的表达基因,为进一步研究妊娠糖尿病发病机制提供线索.接下来需要进行生物信息学的相关分析,建立基因间相互作用关系网络,进行功能实验以验证,终阐明网络中的核心基因在妊娠糖尿病中的作用.
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蛋白质组学与子宫内膜异位症
子宫内膜异位症(内异症)是常见的妇科疾病之一,主要表现为痛经、不孕,发病率约为5%～15%[1],发病机制至今未明.近年来的研究发现,内异症可能是一种多因素共同作用而导致的多基因遗传病[2].随着人类基因组计划发展起来的蛋白质组学,可以全面、整体、动态、定量地研究蛋白质的组成、功能和相互关系,将蛋白质组学技术应用于内异症的研究,绘制内异症患者的蛋白质表达谱,可从分子水平研究内异症的发病机制,并提供一种无创性的,敏感性和特异性更高的诊断方法.
