CHEK基因与乳腺癌的风险 DNA芯片描绘肾癌表达谱 病毒蛋白可能与成神经管细胞瘤有关 与癌发展相关酶溶瘤病毒PV701可有效抗癌

子宫颈鳞状细胞癌差异表达miRNA的筛选及靶基因预测

目的 筛选子宫颈癌相关microRNAs(miRNA)并对选出的miRNA进行靶基因预测.方法 应用基因芯片技术检测子宫颈癌组织及其癌旁组织1 891个miRNAs的表达,采用RT-PCR法验证miRNAs芯片结果的可靠性.应用软件对筛选出差异显著性表达miRNA的靶基因进行预测.结果 相对于癌旁组织,筛选获得 27个子宫颈癌异常表达miRNAs,其中表达上调超过1.5倍miRNAs有3个(hsa-miR-891a、hsa-miR-937、hsa-miR-F114);表达下调超过1.5倍的miRNAs有24个(hsa-miR-126、hsa-miR125a-5p、hsa-miR-26a、hsa-let-7c等).经RT-PCR检测证实其中hsa-miR-126和hsa-miR-26a表达明显下调,与基因芯片检测结果一致,hsa-miR125a-5p表达无明显下调.通过miRNA靶基因预测工具分析发现,miR-126有几百个靶基因.结论 筛选获得子宫颈癌相关miRNA差异表达谱,其中hsa-miR-126和hsa-miR-26a可能与子宫颈癌的发生、发展有关.

肺癌细胞分子病理初探

肺癌是当前严重威胁健康的肿瘤之一,五年生存率只有15%[1],肺癌的形成是一个多因素作用、多基因参与、多阶段逐渐形成的复杂演进过程,从典型的良性病变到高度恶性之间有不同程度的良恶性阶梯,因此,及时发现肺癌前病变、研究肺癌前病变至早期癌阶段的分子机制及基凶表达谱的改变、探索肺癌预防及早期诊治的措施,对终降低肿瘤发病率和死亡率,提高治愈率有重要意义.我们对部份相关基因进行初步探讨.

弓形虫ROP16Ⅱ效应分子对宿主A549细胞基因表达谱的影响

目的 ROPl6在弓形虫入侵宿主细胞的过程中发挥着关键作用.为了提高ROP16对宿主细胞的分子功能的认识,本研究分析了ROP16 Ⅱ基因转染的A549细胞株的表达谱,筛选了新的候选基因,为揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制提供了依据.方法 通过表达谱芯片技术对过表达ROP16 Ⅱ的A549细胞株的表达谱进行研究,并从中筛选差异表达基因.利用ToppGene从差异表达基因中筛选候选基因,并通过RT-qPCR对获得的基因进行验证.结果 共获得了9 994个差异表达基因,其中上调的基因有4 293个,下调的基因有5 701个.将这些差异表达基因进行GO功能富集分类,主要涉及多种生物学过程,包括发育过程、生物调控、免疫应答和信号传导等过程.采用ToppGene筛选得到4个疾病候选基因,其中上调表达的有IL4R和STAT1;下调表达的有IL12RB1和IL2RG.RT-qPCR结果与表达谱芯片数据一致.结论 ROP16 Ⅱ入侵宿主细胞后影响宿主细胞基因表达谱,了解ROP16Ⅱ的作用机制,对于更加全面地揭示Ⅱ型弓形虫病的发病机制具有重要意义.

弓形虫多态性ROP16效应分子诱导宿主A549细胞基因表达谱的差异研究

目的 探讨弓形虫Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ型 ROP16对宿主基因表达谱的影响及其意义.方法 以 A549细胞株为研究模型,建立弓形虫Ι、Ⅱ和Ⅲ型ROP16稳定转染的A549细胞株,通过表达谱芯片技术筛选差异表达基因,并对差异基因进行GO分析和Pathway通路分析.结果 对差异基因进行聚类,发现 ROP16Ⅰ转染组776个基因表达上调,494个基因表达下调;ROP16Ⅲ转染组842个基因表达上调,520个基因表达下调;而ROP16Ⅱ转染组5063个基因表达上调,5989个基因表达下调.另外,ROP16Ⅰ/Ⅲ转染组基因表达谱相似.而 ROP16Ⅱ转染组则不同,表达谱差异显著.对 ROP16Ⅱ转染组差异基因进行 Path-way通路分析发现,显著改变的通路共有74条,其中 ROP16Ⅱ单独调控的信号通路有19条,主要与 NF-κB、Toll 样受体,趋化因子等信号通路、炎症反应及免疫调节和代谢等相关.结论 ROP16入侵宿主细胞核后影响宿主细胞基因表达谱.同Ι、Ⅲ型弓形虫相比,Ⅱ型弓形虫在基因组上的差异导致其具有独特的差异基因表达谱和信号通路,了解其单独调控的信号通路对于Ⅱ型弓形虫的防治具有重要意义.

细粒棘球绦虫原头蚴mRNA测序及表达谱分析

目的 通过对细粒棘球绦虫原头蚴的mRNA的测序及表达谱分析,初步建立起细粒棘球绦虫原头蚴的表达谱数据库,了解细粒棘球绦虫原头蚴基因表达及蛋白构成情况,为全面了解细粒棘球绦虫原头蚴生物学特征及寄生虫与宿主之间的关系奠定基础并为新的诊断方法、筛选新的药物靶点和疫苗候选分子选择提供理论依据.方法 用TRIZOL法提取人源细粒棘球绦虫原头蚴的总RNA,构建细粒棘球蚴的转录组测序文库,Illumina的solexa测序平台对RNA进行测序并进行生物信息学分析.结果 测序结果去杂后得到2G数据,通过从头拼接我们得到18 569个contig,这些contig的总长度为71 329 bp,contig平均长度为384 bp,小的contig长度为201 bp,大contig长度为4 618 bp,N50(覆盖50％所有核苷酸的大序列重叠群的长度)为384 bp.预测得到unigene为9 029条,将这9 029条基因与NCBI的nr数据库做blast比对,终有7 441条unigene具有同源比对信息.结论 根据GO分析可以发现,共有10 550条unigene与数据库中的基因有较高同源性,且较多的unigene可以与多条基因相对应,一共建立了10 550条对应关系.通过与KEGG数据库进行比对分析,细粒棘球绦虫原头蚴的转录组中有4 731条unigene得到注释,这4 731个得到注释的基因位于241条代谢通路中,这些代谢通路分别与代谢过程,基因信息过程,环境相关过程,细胞过程及与人类疾病相关.

两株不同毒力株钩端螺旋体37℃培养条件表达谱的差异

目的 钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株毒力株56601(中赖)与钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株减毒株(法赖)在遗传背景上具有很大的相似性,但毒力却差别很大.本研究利用钩端螺旋体的cDNA芯片在全基因组水平上研究毒力差别的机制.方法 利用钩端螺旋体的cDNA芯片,在37℃培养条件下以钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株毒力株56601(中赖)为测试株,以钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株减毒株(法赖)为对照株,测试了芯片表达谱的变化.结果 在37℃培养条件下,毒力株和减毒株的表达谱具有明显的差别.毒力株上调表达的基因有101个,下调表达的有71个.这些差异表达的基因在功能上可分为12类.结论 这些差异表达的基因可能在钩端螺旋体毒力株致病力方面发挥一定的作用.

基于GEO数据库的胃癌耐药基因表达谱分析及其对预后的影响

目的 通过对相关数据库数据分析,探讨胃癌组织耐药基因表达与患者生存和预后的关系.方法 对NCBI中GEO数据库中的数据集数据进行表达量分析、生存分析和相关性分析.结果 ①研究分析表明,ABCB1、LRP、GCS和GST-π基因在胃癌组织中存在明显的高表达(ABCB1,P<0.0001;LRP,P<0.0001;GCS,P=0.0035;GST-π,P<0.0001).②在胃癌组织中ABCB1与LRP及GCS与GST-π的表达均呈正相关(P<0.0001,γ=0.6666);而ABCB1与GCS的表达呈负相关(P=0.032,γ=-0.02301).③ABCB1与GCS的高表达会导致胃癌患者的总生存率和无复发生存率明显降低.结论 通过分析表明,在胃癌中部分相关耐药基因的存在差异表达,这些差异表达的基因之间存在相关性,而且对患者的生存及预后又具有重要影响.

药物治疗后肾癌EMT相关基因表达谱分析及对预后的影响

目的 通过对相关数据库数据分析,探究EMT相关调节因子的异常表达与肾癌的相关性.方法 对NCBI中GEO数据库中的若干数据集数据进行表达量分析、生存分析和相关性分析.结果 ①研究分析表明,Snai1等EMT相关调节因子在肾癌中存在明显的高表达,而E-cadherin(CDH1)等则表现为明显的低表达.②Twist1等的高表达会导致肾癌患者的总生存率和无疾病生存率明显降低(P =0.0186;P ＜0.0015).③VIM和SIP1在药物治疗后的肾癌患者中有明显的高表达情况(VIM,P＜0.001;SIP1,P=0.0021),而CDH1和TJP1在药物治疗后的肾癌患者中则表现为低表达(CDH1,P＜0.0002;OCLN,P＜0.0001).④VIM和SIP1在肾癌患者中的表达情况呈正相关(P＜0.0001,γ=0.573);而其与OCLN呈负相关(P=0.0017,γ=-0.3316).结论 通过对EMT指标在肾癌患者中的表达相关性分析表明,EMT调节因子的异常表达与肾癌患者疾病的发展存在一定的相关性,并且对其药物耐受和预后都有一定的影响.

长链非编码RNA在纤维化疾病中的研究进展

纤维化疾病包括累及多系统的疾病及器官组织特发性疾病,其发病人群众多,尚缺乏有效治疗方法.长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类长度大于200 nt的功能性RNA分子,是目前非编码RNA的研究热点.lncRNA在纤维化疾病中的差异性表达谱提示lncRNA可能参与了纤维化疾病的发生、发展过程.越来越多与纤维化疾病相关候选lncRNA及其作用机制正在被鉴定和阐明,然而lncRNA作为诊断的生物标志物或直接的治疗靶点仍需大规模基础和临床研究提供可靠的依据.

肝癌的基因表达谱研究

以基因表达谱芯片对人正常肝及肝癌组织基因表达的差异进行研究比较.将4096条人cDNA用点样仪点在特制的玻片上制备成表达谱芯片;利用肝和肝癌组织的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA上,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,重复4次实验,通过计算机数据处理判定基因是否在上述2种组织中有表达差异,筛选出差异表达的基因903条.基因芯片技术可同时定量研究数以千记的基因表达水平,从而鉴定参与肿瘤发生的基因.

苦参碱对人肝癌细胞株HepG2基因表达谱的影响

目的 利用基因表达谱芯片研究苦参碱对体外培养的人肝癌细胞株HepG2基因表达谱的影响.方法 苦参碱处理人肝癌细胞株HepG2 72 h后,提取研究组和对照组细胞的总RNA,将两组RNA纯化为mRNA,逆转录成cDNA,用Cy3和Cy5两种不同的荧光染料进行线性扩增标记,与人全基因组基因表达谱芯片杂交,采用生物信息学方法分析两组细胞基因表达谱的改变. 结果用Panther生物学软件分析,总共发现差异基因385个,其中上调基因133个,下调基因252个,并对其进行生物学功能分类.结论 应用全基因组表达谱芯片检测差异表达基因,苦参碱可改变人肝癌细胞株HepG2细胞基因谱,可以通过调控凋亡基因的表达,诱导HepG2细胞发生凋亡.

基于高通量测序的结直肠癌 miRNA表达谱分析

目的：研究结直肠癌组织中miRNA表达谱的差异及其相关信号通路。方法：采用SOLiD高通量测序技术对10例结直肠癌组织和10例癌旁正常组织进行测序，然后利用生物信息学方法分析miRNA-mRNA相互作用的通路。结果：筛选出194个结直肠癌差异表达的miRNA，这些miRNA广泛参与基因表达的转录后调控，如MAPK、WNT、TGF-β信号通路。结论：结直肠癌miRNA的差异表达可能暗示着有不同功能或来源的miRNA通过调控不同的靶基因来协同、精细调控某些特定的信号通路。

2型糖尿病肾虚证基因表达谱研究

目的 结合表达谱芯片技术从2型糖尿病肾虚证入手进行研究探索肾虚因素在2型糖尿病发病作用.方法 将中医肾虚证作为共性特征与糖尿病结合起来,设立肾虚证糖尿病组与非肾虚证糖尿病组,另设健康对照组为对照,以表达谱芯片研究手段,对其结果通过数据库进行分析,并选择差异明显的部分基因进行PCR检测验证.结果 肾虚组与正常对照组相比,上调基因134条,下调1038条,肾虚组与非肾虚组比较,上调基因45条,下调61条.肾虚糖尿病与非肾虚糖尿病差异表达基因通过在GO数据库中搜索发现,主要归于三类:分子功能,细胞组成和生物学过程,涉及通路主要为白细胞内皮迁移过程,溶酶体作用,细胞的紧密连接作用等.荧光定量PCR检测结果初步确定基因CTNNB1、SMURF1、RUNX 1T1在肾虚证糖尿病组中的表达水平与非肾虚证糖尿病组相比较,前者较后者具有表达上调的趋势,但差异不显著(P＞0.05).结论 糖尿病是一种与机体代谢机能紊乱相关的疾病,肾虚证是糖尿病人群的基础表现证型,肾虚证更多的是体现个体组织细胞结构及蛋白表达的差异表达,在细胞水平上的差异造就了肾虚证的证候.

基因表达系列分析技术研究进展

基因表达系列分析技术(SAGE)是一种新的基因表达分析技术,它可以大量获取全基因组范围基因表达的类别并量化分析.由于其克服了基因丰度的影响,SAGE在新基因的发现中具有独特的优点.同时,SAGE技术被成功应用于特异组织或细胞的转录组研究、mRNA群体间的全局化比较以及差异表达基因染色体分布的分析.文章主要述及了SAGE技术的原理、特点及其在应用上的新进展.

LRIG1基因在人星形细胞瘤中的表达下调与意义

LRIG1是新近发现的一种人类基因组成员,与鼠LIG-1及果蝇Kek1同源,编码一种胞外段含多亮氨酸重复区(LRR)和免疫球蛋白(Ig)样区的细胞表面跨膜蛋白.目前人类对LRIG1了解甚少,对人类肿瘤中LRIG1的研究刚刚展开.我们设计、制作了LRIG1三相寡核苷酸探针,并用原位杂交方法检测了16例人星形细胞瘤肿瘤组织及其周边脑组织中LRIG1 mRNA的表达,旨在研究LRIG1的表达谱并探讨它在肿瘤中的作用.

早期甲状腺乳头状癌特征性外周血循环微小RNA表达谱筛选和鉴定

目的 筛选早期甲状腺乳头状癌(PTC)特征性微小RNA(miRNAs,miR)表达谱,旨在寻找一种无创早期诊断PTC标志物.方法 采用基于实时荧光定量聚合酶反应(PCR)的miRNA芯片分析10例早期PTC特征性miRNAs表达谱,采用10例甲状腺结节组织作对照鉴定和验证PTC特征性标记;同时在100例早期PTC患者术前和术后7d外周血、100例甲状腺结节患者外周血、以及100例健康人外周血标本中进行验证分析.结果 与癌旁正常组织比较,早期甲状腺乳头状癌组织中有20种miRNAs表达存在差异,其中11种miRNAs(hsa-miR-21-5p、hsa-miR-31-5p、miR-34a等)上调、9种miRNAs(hsa-miR-15a-Sp、hsa-miR-16-5p 、hsa-miR-26a-5p等)下调;hsa-miR-181 b-5p在良性甲状腺结节标本中表达上调.hsa-miR-21-5p、hsa-miR-146a-5 p、hsa-miR-155-5p、hsa-miR-221-3p、hsa-miR-222-3p、hsa-miR-181b 6种miRNAs在PTC患者术前血清中的表达显著高于健康对照组(六者在PTC组和健康对照组表达中位数分别为:hsa-miR-21-5p(8.25比3.38)、hsa-miR-146a-5p(13.63比3.42)、hsa-miR-155-5p(10.83比3.49)、hsa-miR-221-3p(18.63比3.82)、hsa-miR-222-3p(22.74比3.92)、hsa-miR-181b(9.52比3.43),均P=0.000.术后7d血清hsa-miR-146a-5p、hsa-miR-221-3 p、hsa-miR-222-3p水平均显著下调(均P=0.000).结论 筛选出hsa-miR-146a-5p、hsa-miR-221-3p、hsa-miR-222-3p 3种miRNAs分子组合作为早期PTC外周血循环miRNAs指纹图谱,有助于PTC早期诊断.

结肠癌细胞组织因子/活性凝血因子Ⅶ通路活化后的基因表达谱改变

目的 利用人类全转录组基因芯片技术检测人SW620结肠癌细胞组织因子/活性凝血因子Ⅶ(TF/FⅦa)通路激活后表达谱改变,探讨该通路下游机制.方法 提取TF/FⅦa通路活化组与空白对照组的人结肠癌SW620细胞总RNA进行全转录组基因芯片杂交,筛选差异表达基因,实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证结果,进行差异基因及相关通路网络分析;RT-qPCR检测结肠癌细胞SW620、SW480、LoVo、HCTll6的TF/FⅦa通路活化后表皮生长因子受体(EGFR)配体双调蛋白(AREG)、表皮调节素(EREG)、肝素结合表皮生长因子(HB-EGF)、转化生长因子-α(TGF-α)、β-细胞素(BTC)、表皮生长因子(EGF)、上皮细胞有丝分裂蛋白(EPGN)的基因表达改变.结果 TF/FⅦa通路活化组较对照组上/下调≥1.5倍的基因共263个,其中上调150个,下调113个;网络分析提示层粘连蛋白-整合素系统、糖代谢通路网络和恶性肿瘤通路网络与TF/FⅦa通路活化密切相关;SW620细胞TF/FⅦa通路活化后EGFR配体AREG、EREG、HB-EGF、TGF-α基因表达呈时间依赖的上调趋势,于12h达峰值,相对表达量分别为0.92 ±0.13比5.50 ±0.91(P =0.000),1.00±0.15比2.17±0.44(P =0.002),1.11 ±0.08比1.73±0.32(P =0.005),0.94±0.12比1.49±0.09(P =0.002);TF/FⅦa通路活化6h,SW480细胞的AREG、BTC基因表达显著上调,相对表达量分别为1.00±0.25比2.19±0.60(P =0.033),1.00±0.23比4.41 ±0.56(P =0.001),EPGN基因未检测到;LoVo细胞的AREG、BTC显著上调,EGF显著下调,分别为1.00±0.19比1.87 ±.0.39(P=0.025),1.00±0.01比1.86±0.06(P=0.000),1.00 ±0.08比0.68±0.16(P=0.035);HCT116细胞的AREG、EREG、HB-EGF、TGF-α、EGF均显著上调,分别为1.00±0.09比1.38±0.06(P =0.004),1.00 ±0.02比1.14±0.03 (P=0.003),1.00 ±0.03比1.85 ±0.11 (P=0.000),1.00±0.05比1.26±0.10(P=0.015),1.00±0.26比1.91±0.22 (P=0.010).结论 结肠癌细胞中TF/FⅦa通路活化后可引起层粘连蛋白-整合素系统、糖代谢通路网络及恶性肿瘤通路网络和EGFR通路相关的基因表达改变,这些基因和通路可能在结直肠癌TF/FⅦa通路相关生物效应中发挥关键作用.

直肠腺癌组织中microRNA差异表达谱分析

目的 研究直肠癌及正常直肠黏膜中微小RNA(miRNA)表达谱差异,寻找并验证具有差异表达的miRNA.方法 提取3例直肠癌患者的癌组织及其对应远端正常直肠黏膜中的miRNA,采用微阵列芯片分析,获得直肠癌miRNA表达谱.另取15例直肠癌患者手术切除标本的癌组织及正常黏膜组织,采用实时定量RT-PCR法对其中具有表达差异的hsa-miR-187*和hsa-miR-224进行进一步验证.结果 共筛选出70个直肠癌相关的差异表达miRNA,其中33个表达上调,37个表达下调.其中肿瘤/正常倍数小于0.5的有22个,肿瘤/正常倍数大于4的有17个.在另外15对验证样本中证实hsa-miR-187*在直肠癌中表达下调(P＜0.001),hsa-miR-224表达上调(P＜0.001).结论 直肠癌和正常直肠黏膜相比有其特异的miRNA表达谱,miRNA在直肠癌的发生中可能起到重要作用.

胃癌基因表达谱的下游研究策略

0引言胃癌的发生率和死亡率在过去的70年里呈显著的下降趋势,但仍分别列居世界范围的第四和第二位[1-2],在中国有些省份,与上世纪90年代相比,胃癌的标化死亡率已经大幅度降低[3],但其死亡率仍列居各种肿瘤的第二位[4].目前,多种肿瘤的基因表达谱芯片在探索诊断和预测预后的研究中已经显示出巨大的应用前景[5].