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趋化因子在病毒感染中的作用及意义
趋化因子是近年发现的一大类结构相似、功能多样的新型分子。其不仅与淋巴细胞迁移、炎症反应、新生血管生成、造血、肿瘤有关，越来越多的证据表明趋化因子在病毒感染的发生、发展中扮演着重要角色。病毒感染宿主细胞后可导致组成性和诱导性趋化因子表达谱的改变，这些表达水平改变了的趋化因子通过直接和间接的方式参与了病毒的致病过程；同时某些病毒可编码趋化因子样或趋化因子受体样分子，从而干扰趋化因子网络功能。研究趋化因子在病毒感染中的作用和意义，将有利于阐明病毒性疾病的发病机制和抗病毒感染新策略的制定，具有重要的理论和应用价值。
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TLR在小鼠胸腺中的表达及其在胸腺细胞发育中的可能作用
检测体外培养和体内发育过程中,胎鼠胸腺处于不同发育阶段时Toll样受体(TLR)的表达,阐明TLR表达量与胸腺细胞发育相关性,为TLR和胸腺细胞发育分化相关研究提供基础数据.无菌取15 d胎龄胎鼠胸腺进行体外培养(FTOC),在培养不同时间点(2 d,4 d,6 d),检测处于不同发育期胸腺TLR的表达;同时在孕期不同天数(15～19 d),分别取胎鼠胸腺,检测在体内发育过程中胸腺TLR的表达;在FTOC中加入二脱氧鸟苷培养6 d以制备胸腺基质细胞,检测基质细胞与胸腺细胞TLR表达情况.结果:小鼠胸腺中检测到多种TLR.FTOC培养中:培养第2天(F2)开始检测到各种TLR,到培养第6天(F6),TLR1,TLR3,TLR6,TLR7,TLR8明显上调,而TLR4,TLR5保持低水平,TLR4在培养第6天又下降;体内发育过程中:TLR6表达量随胎龄增加有较明显上调,TLR1,TLR3-8保持低水平表达;TLR2,TLR9体内体外都未检测到明显表达.在对胸腺细胞与基质细胞TLR表达比较中发现TLR1,TLR5,TLR6,TLR7高表达于胸腺细胞.胎鼠胸腺表达某些TLR,并且在发育不同阶段表达量有所改变,提示TLR可能参与胸腺细胞的发育过程.
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表达序列标签策略及其在血吸虫研究中的应用
表达序列标签(EST)策略是寄生虫基因组研究的工作重点之一,它在血吸虫研究中的成功应用可大大增加对血吸虫基因和血吸虫本质的认识,并为确定新的血吸虫候选疫苗和药物靶标提供更多的候选基因,揭开了血吸虫基因组研究的新篇章.本文就EST的基本概念、EST策略及其在血吸虫基因发现、基因表达谱分析中的应用作一简要综述.
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埃及伊蚊yellow基因家族的鉴别和表达谱分析
目的 筛选并鉴定埃及伊蚊(Aedes aegypti)全基因组中的ellow基因,分析其基因结构、基因进化以及在不同发育时期和不同组织的表达谱.方法 运用模式昆虫黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)Dm-yellow基因(GenBank登录号为AAF45497)王浆主蛋白(MRJP)结构域氨基酸序列,在埃及伊蚊全基因组数据库中筛选并鉴定埃及伊蚊yellow基因家族,采用ExPASy在线相关工具包分析其理化性质和结构域,运用SignalP4.1预测信号肽,结合使用DNAstar、MAGA6.0和GeneDoc软件包进行同源性比对、保守性分析和系统进化树构建.提取埃及伊蚊总RNA,合成cDNA,利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)法对埃及伊蚊不同发育时期(卵、Ⅰ～Ⅳ龄幼虫、蛹以及未吸血雌蚊和雄蚊)和未吸血雌蚊不同组织(唾液腺、中肠、脂肪体和卵巢)的ellow基因表达谱进行相对定量分析.结果 从埃及伊蚊全基因组中筛选出12条yellow基因(Aa-yellow、Aa-yellow-b、Aa-ellow-c、Aa-yellow-d、Aa-yellow-e、Aa-yellow-f2、Aa-yellow-fb、Aa-yellow-fc、Aa-yellow-g、Aa-yellow-g2、Aa-yellow-h 和Aa-yellow-x).生物信息学分析结果显示,12条ellow基因均具有MRJP结构域和信号肽序列.同源性比对结果显示,埃及伊蚊ellow基因家族成员间同源性较低,为15％～49％;但其保守域间同源性较高,可达60％.系统进化树分析结果显示,12个YELLOW蛋白分为5个亚家族,其中11个在黑腹果蝇中均有直系同源蛋白存在.qRT-PCR结果显示,Aa-yellow-d和Aa-yellow-x在雄蚊中高表达(P＜0.01或P＜0.05),相对表达量分别为0.018 9和0.023 5;Aa-yellow-fc在雌蚊和唾液腺中特异高表达(P＜0.01),相对表达量分别为0.024 8和0.034 9;Aa-yellow-f2在Ⅱ龄幼虫中特异高表达(P＜0.01),相对表达量为0.093 4;Aa-yellow、Aa-yellow-e和Aa-yellow-fb在Ⅲ龄幼虫中特异高表达(P＜0.01),相对表达量分别为0.562 1、0.004 4和0.008 4;Aa-yellow、Aa-yellow-e、Aa-yellow-f2、Aa-yellow-fb、Aa-yellow-h和Aa-yellow-x等6条基因在卵巢中高表达(P＜0.01或P＜0.05),相对表达量分别为0.569 4、0.027 0、0.006 5、0.001 0、0.084 8和0.015 1;除Aa-yellow-c (0.004 0)和Aa-yellow-x(0.007 4)外,其余基因几乎不在中肠表达.结论 在埃及伊蚊基因组中获得的12条ellow基因同源性较低,且在不同发育时期和不同组织中表达有差异.
关键词： 埃及伊蚊 yellow基因家族 qRT-PCR 表达谱 -
血清微小核糖核酸-595在慢性乙型肝炎肝功能衰竭患者中的表达及其与疾病预后的关系
目的：研究 CHB 肝功能衰竭患者外周血 miRNA 的表达及其与疾病预后的关系。方法收集2011年8月至11月上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科5例 CHB 肝功能衰竭患者和5名健康者的血清进行 Exiqon miRCURY LNATM miRNA 芯片检测。在此基础上另收集20例 CHB、20例CHB 后肝硬化、50例 CHB 肝功能衰竭患者和40名健康志愿者的血清，通过实时定量 PCR 法检测 miRNA-595相对表达量。组间均数比较采用 t 检验，相关性分析采用 Pearson 和 Spearman 相关分析。结果芯片微阵列分析发现，CHB 肝功能衰竭患者血清中有92个 miRNA 发生变化，以miRNA-595上调为显著。实时定量 PCR 验证发现，CHB 肝功能衰竭患者 miRNA-595、miRNA-300、miRNA-122相对表达量分别为6．03（t＝3．134，P ＝0．003）、3．12（t＝7．221，P ＜0．01）、2．77（t ＝2．671， P ＝0．021），均明显高于健康对照组。CHB 肝功能衰竭患者血清 miRNA-595表达变化以及与疾病预后的相关性发现，CHB、CHB 后肝硬化、CHB 肝功能衰竭患者血清中 miRNA-595相对表达量分别为2．26（t＝3．780，P ＝0．001）、3．32（t＝6．111，P ＜0．01）、6．03（t＝3．134，P ＝0．003），均较对照组明显上升，且CHB 肝功能衰竭患者血清中 miRNA-595相对表达量较 CHB 患者升高2．66倍（t＝2．450，P ＝0．043）。按 PTA 分组发现，CHB 肝功能衰竭早期患者的血清 miRNA-595相对表达量明显升高。按 MELD 评分分组发现，MELD 评分≤30组患者血清 miRNA-595相对表达量与 MELD 评分呈正相关（r ＝0．673， P ＝0．004）。随访3个月发现，存活组（23例）在入院时的血清 miRNA-595相对表达量为11．08，死亡组（27例）为3．67，存活组明显高于死亡组（t ＝4．309，P ＝0．041）。结论CHB 肝功能衰竭患者血清中miRNA-595、miRNA-300和 miRNA-122均有所升高，其中早期患者血清中 miRNA-595升高明显，可作为监测疾病严重程度的血清标志物。
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胰岛素样生长因子结合蛋白7在胃癌中的表达及其临床意义
原癌基因激活与抑癌基因失活在胃癌发生发展过程中起重要作用.胰岛素样生长因子结合蛋白(insulin-likegrowth factor binding protein,IGFBP)7是IGFBP家族成员,是多种肿瘤的抑癌基因[1].小样本mRNA表达谱研究表明,IGFBP7在胃癌中表达下降[2].本研究对胃癌中IGFBP7的表达进行了深入的研究,并分析了其临床意义.
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人肝癌PLC/PRF-5细胞中干细胞样细胞的分离及其特异性miRNAs的筛选
目的:分选及鉴定人肝癌PLC/PRF-5细胞中的肝癌干细胞样细胞,研究其microRNAs(miRNAs)表达谱.方法:以ABCG2为表面标志,免疫磁珠法分选、流式细胞术检测ABCG2+和ABCG2-PLC/PRF-5细胞,观察ABCG2+与ABCG2-PLC/PRF-5细胞的琼脂克隆形成能力和接种NOD/SCID小鼠的成瘤能力.应用miRNA芯片筛选ABCG2+和ABCG2-PLC/PRF-5细胞差异表达的miRNAs,real-time PCR验证部分差异表达的miRNAs.结果:免疫磁珠分选的ABCG2+PLC/PRF-5细胞纯度可达(84.20±4.52)%.ABCG2+ PLC/PRF-5细胞比ABCG2- PLC/PRF-5细胞形成更多、更大的克隆集落(47.17±10.50vs23.33±7.31,P<0.05);NOD/SCID小鼠接种1x104个ABCG2+ PLC/PRF-5细胞即可成瘤,而ABCG2- PLC/PRF-5细胞至少需要5x10(5)个才可成瘤;5x10(5)个细胞时,ABCG2+ PLC/PRF-5细胞组的肿瘤体积显著大于ABCG2- PLC/PRF-5细胞组[(3.73±1.19)cm3vs(0.72±0.57)cm3,P<0.01],ABCG2+ PLC/PRF-5细胞和ABCG2- PLC/PRF-5细胞差异表达的miRNAs有20个:上调的13个,下调的7个;real-time PCR验证其中的hsa-miR-30a和hsa-miR-630的差异表达,其结果与miRNA芯片结果基本一致.结击:人肝癌细胞系PLC/PRF-5中ABCG2+细胞具有肿瘤干细胞的特性;ABCG2+和ABCG2- PLC/PRF-5细胞差异表达的miRNAs有20个,它们在肝癌发病中可能起重要的调控作用.
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miR-27a-3p在高血压性脑出血患者外周血中呈下调表达
目的 探讨脑出血患者外周血血清miR-27a-3p的表达情况.方法 选取31例脑出血患者(脑出血组)和11例体检健康对照者(对照组),收集临床资料,qRT-PCR法测定外周血血清中miR-27a-3p的表达水平.结果 与健康对照组比较,脑出血组血清miR-27a-3p表达呈显著下调(miR-27a-3p相对表达量为0.29),脑出血组血清miR-27a-3p表达水平与血肿体积呈明显线性负相关(相关系数R=-0.502,P=0.004).结论 在脑出血患者外周血血清miR-27a-3p表达水平呈下调趋势,其表达量与血肿体积呈线性负相关关系,可能成为脑出血患者血肿体积的预测指标.
关键词： miR-27a-3p 微小RNA 脑出血 外周血 表达谱 -
IgA肾病患者全基因组miRNA表达谱的特征及其染色体分布
目的:调查研究IgA肾病(IgA-N)患者全基因组miRNA的表达及其编码基因的染色体分布特征.方法:运用Illumina高通量测序技术分别对6例IgA-N患者肾活检组织和6例肾癌患者癌旁正常组织的全基因组miRNA表达水平进行检测,比较分析两组miRNA的表达差异,并对其编码基因的染色体分布情况进行分析.结果:在两组样本中共检测到370种具有显著性差异表达的miRNA,共同表达的miRNA有249种(在IgA-N组中53种表达上调,196种表达下调),另外还有4种和117种miRNA分别特异性表达于IgA-N组和对照组.两组样本miRNA基因表达的染色体分布趋于一致,染色体1、7、9、14、17和X对疾病的贡献值较高.结论:IgA-N患者肾脏组织具有特定的miRNA表达谱和染色体分布特征.染色体7、17、X可能在IgA1糖基化异常过程中起重要作用.
关键词： 微小RNA IgA肾病 表达谱 Illumina测序 -
长链非编码核糖核酸调节醛固酮分泌的机制研究
目的 本研究旨在探讨长链非编码核糖核酸(IncRNA)与原发性醛固酮增多症发病机制间的相关性.方法 选取2010-2016年间于我院诊断为醛固酮瘤(APA)的患者的组织标本为病例组(n=33),同时选取正常肾上腺皮质组织为对照组(n=19).分别提取APA组织和正常肾上腺皮质组织各6例的RNA,利用IncRNA芯片技术检测两组lncRNA表达谱的差异,并对芯片结果进行统计学及生物信息学分析.采用编码-非编码(CNC)共表达网络获得差异表达的lncRNA,并在所有研究样本中进行实时聚合酶链反应验证.结果 IncRNA芯片共检测出差异表达的IncRNA l 809条,其中1 181条表达上调,628条表达下调.功能分析提示,39条增强子样、69条基因间区和44条人类HOX基因位点的lncRNA存在表达差异.CNC共表达网络分析提示,6条与浦肯野细胞蛋白4表达相关的IncRNA中有5条存在表达差异(P＜0.05),其中病例组与对照组uc003zpr.2表达差异为明显.结论 APA组织与正常肾上腺皮质组织的lncRNA存在表达差异,uc003zpr.2在醛固酮调节中可能具有重要作用.
关键词： 醛固酮 长链非编码核糖核酸(IncRNA) 表达谱 差异表达 -
重症急性胰腺炎大鼠胰腺全基因表达谱的变化
目的 观察牛磺胆酸钠诱导的重症急性胰腺炎(severe acute pancreatitis,SAP)大鼠胰腺基因表达谱的变化.方法 40只SD大鼠随机分为假手术组和SAP模型组,每组20只.经胰胆管逆行注射4％牛磺胆酸钠复制SAP模型,假手术组注射生理盐水,造模48 h后处死动物.检测血清淀粉酶和C-反应蛋白(C-reactive protein,CRP)水平；H-E染色观察胰腺和肺组织病理变化；Illumina大鼠全基因组表达谱基因芯片分析胰腺表达谱变化；实时反转录-多聚酶链反应(Real-Time reverse transcription PCR,RT-PCR)验证部分基因(F11r、Cdh1).结果 SAP模型组血清淀粉酶、CRP明显高于假手术组[(7 892±1 776.0)vs (1 296±326.2)U·L-1,P＜0.0t;(106.5±19.9)vs (61.7±15.9) μg·ml-1,P＜0.01)]；Schmidt胰腺病理半定量积分法显示,SAP组胰腺坏死、出血、炎性细胞浸润、水肿指数等较假手术组明显(均P ＜0.01).与假手术组相比,胰腺组织表达谱28个基因表达明显变化,其中下调5个,上调23个.基因功能分析显示其与细胞黏附分子通路、钙钾离子通道、促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路、脂肪酸代谢等密切相关.RT-PCR对涉及细胞黏附的F11r、Cdh1基因的验证证实了芯片结果.结论 牛磺胆酸钠诱导的SAP大鼠基因表达谱改变涉及到细胞黏附、钙钾离子通道、MAPK信号通路和脂肪酸代谢.
关键词： 重症急性胰腺炎 基因芯片 表达谱 实时反转录-多聚酶链反应 -
非小细胞肺癌中PTCH1-3’-UTR调控的lncRNAs的ceRNA网络
目的 研究PTCH1-3'-UTR对lncRNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能.方法 通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3'-UTR的lncRNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证.通过GO和KEGG通路分析调控PTCH1-3'-UTR的lneRNAs可能的生物学功能.通过TCGA数据分析调控PTCH1-3'-UTR的lncRNAs与NSCLC患者生存率的直接关系.结果 荧光定量PCR验证了PTCH1-3'-UTR上调表达的lncRNAs(LOC100507547,FAM41C,DOCK4-AS1,AC009305.1,KLF7-IT1,RP11-749H20.1,LINC01511).GO和KEGG通路分析结果显示,调控PTCH1-3,-UTR的lncRNAs与一系列的生物过程,包括基因转录、信号转导、蛋白质转运、翻译延伸以及钙信号通路、Jak STAT信号通路、p53信号通路、胰岛素信号通路有关.TCGA数据分析的结果表明,调控PTCH1-3,-UTR的lncRNAs中,NSCLC患者中高表达lncRNA-CDKN2BAS或FAM66D者预后较差,而高表达lncRNA-LINC00240、LOC400027、ABCC6P2或FLJ 10038者可能预示高存活率.结论 本研究结果提示了PTCH1-3'-UTR的功能,调控PTCH1-3'-UTR的lncRNA可作为NSCLC预后标志物.
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用基因芯片筛选乳腺癌细胞耐药相关基因
目的 通过挖掘基因芯片数据,识别可能与乳腺癌细胞耐药相关的基因.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载编号为GSE28784基因芯片数据,分析乳腺癌敏感细胞系MDA-MB-231/S和多西紫杉醇耐药细胞系MDA-MB-231/Doc中基因表达差异,获得差异表达基因,并对这些基因进行生物信息学分析.结果 得到639个表达差异的基因,与敏感细胞系相比,分别有220和419个基因在耐药细胞系中表达下调或上调;这些基因主要参与调控细胞死亡、凋亡、迁移和免疫效应等过程;表皮生长因子受体(EGFR)、JUN、白介素6(IL-6)、蛋白酪氨酸激酶2(PTK2)和多药耐药蛋白1(ABCB1)等已知与耐药相关的基因可能参与了乳腺癌细胞对多西紫杉醇的耐药.结论 基因芯片数据的挖掘为进一步研究乳腺癌细胞的耐药机制提供了方向.
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藏族和汉族健康人群血浆miRNA表达谱的差异
目的 检测并比较藏族和汉族健康人群血浆miRNA表达谱.方法 分别采集246例藏族健康人和128例汉族健康人血浆样本,用TaqMan低密度芯片技术对50例藏族和50例汉族组成的2组人混合血浆中的754种miRNA进行检测,随机选取存在miR-130a-3p和miR-629-5p表达差异的样本,用qRT-PCR法进行验证.结果 低密度芯片结果显示,藏族和汉族健康人群血浆中miRNA表达谱的相关系数(r)为0.592.与汉族组相比,藏族组血浆中139种miRNA的表达水平发生明显改变,其中62种miRNA表达上调,77种miRNA表达下调.qRT-PCR进一步证实miR-130a-3p和miR-629-5p在藏族组血浆中的含量明显高于汉族组[(467±27.30)×10-5 vs(236±9.69)×10-5和(14.67 ±0.94)×10-5vs(7.58±0.52)×10-5,P均＜0.01].结论 藏族人群血浆miRNA的表达谱与汉族人群存在明显差异,临床检测miRNA时应考虑民族因素的影响.
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基因芯片在医学中的应用
随着人类基因组(测序)计划(human genome project,HGP) 的逐步实施,以及分子生物学相关学科的迅猛发展,越来越多的动植物、微生物基因组序列得以测定,基因序列数据正在以前所未有的速度迅速增长.然而,怎样去研究如此众多基因在生命过程中所担负的功能,就成了全世界生命科学工作者共同的课题.为了研究不同个体基因变异,不同组织、不同时间、不同生理状态等基因表达差异,建立新型杂交和测序方法,以对大量的遗传信息进行高效、快速的检测与分析就显得格外重要了
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microRNA 在预防医学中的研究进展
微小RNA（ microRNA，miRNA）是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子，它们在动植物中参与转录后基因表达调控。作者对miRNA在职业毒理学、环境毒理学、食品毒理学、放射毒理学和卫生学方面的国内外研究进展作一综述。
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microRNAs在恶性黑色素瘤B16F0和B16F10细胞中的差异表达
目的:探讨及分析黑色素瘤细胞B16F0和B16F10中microRNAs(miRNAs)表达差异性,筛选与恶性黑色素瘤增殖、迁移和侵袭相关的miRNAs.方法:通过体内和体外实验分别验证B16F0和B16F10细胞的差异,并通过RiboArrayTMmiDETECTTMMouse Array分析小鼠黑色素瘤B16F0和B16F10细胞中miRNAs表达的差异性,筛选出与恶性黑色素瘤相关的miRNAs,并应用real-time PCR验证筛选结果的可信性.结果:B16F10细胞比B16F0具有更强的迁移和增殖能力,芯片结果显示,与黑色素瘤B16F0细胞相比,在B16F10细胞中有38个miRNAs存在表达差异,其中15个miRNAs表达上调,23个miRNAs表达下调,差异均具有统计学意义.Real-time PCR对部分miRNAs进行验证,结果与芯片分析一致,其中miR-26a-l-3p、miR-28b、miR-29b-3p、miR-24-2-5p表达显著上调,而miR-763、miR-431-5p、miR-205-5p、let-7c-2-3p表达显著下调.结论:差异表达的miRNAs与恶性黑色素瘤的发生、发展可能存在密切相关,可能为恶性黑色素瘤的早期诊断及治疗提供有力的靶向依据.
关键词： 恶性黑色素瘤 microRNAs 表达谱 Real-time PCR -
不同证型特应性皮炎患者皮损 microRNAs 表达谱的研究
目的：探讨特应性皮炎(AD)患者皮损中炎症相关 microRNAs 及趋化因子的表达水平与其中医证型的关联。方法AD 患者79例辨证分型(湿热内蕴、脾虚湿盛、血虚风燥)后,分别采用 qPCR 和免疫组化法检测皮损标本中的5个炎症相关microRNAs 及趋化因子的表达情况,并对不同证型皮损中 microRNAs 差异表达的免疫调节作用进行分析。结果湿热内蕴组中 miR-21相对表达量上调而 miR-125b 下降明显,两者与血虚风燥组及正常对照组相比差异均有显著性意义(P <0.01)；此时 TARC/CCL17表达量较高,阳性颗粒主要分布于基底层和真皮层。脾虚湿盛组中 miR-155表达量较高,明显高于其他2组和正常对照组(P <0.01),miR-203虽有所下调,但与其他几组相比差异均不具有统计学意义(P >0.05)；此时皮损中表达高的是 CTACK/CCL27分子,散在分布于表皮与真皮,RANTES/CCL5与湿热内蕴组相比亦表达上调。血虚风燥组中 miR-146a 的表达水平有所上调,与湿热内蕴组及正常对照组相比差异有统计学意义(P <0.01)；RANTES/CCL5表达增高,明显高于湿热内蕴组(P <0.01)；TARC/CCL17分子与脾虚湿盛组相比亦有所上调。结论 microRNAs 分子表达谱在 AD 不同证型患者皮损中存在差异表达,其介导的不同免疫炎症组织损伤可能是 AD 不同临床表现的物质基础。
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早期和晚期肺腺癌的差异基因和信号通路富集分析
[目的]分析早期和晚期肺腺癌的差异基因和信号通路.[方法]从美国国立生物信息中心(NCBI)的GEO数据库下载GSE10072数据集,去除临床指标缺失的样本,按照TNM分期将肺腺癌样本分为早期(Ⅰ期,共16例)和晚期(Ⅲ～Ⅳ期,共15例)两组.原始数据经dChip进行质量检验、标准化,然后进行差异基因分析.从MsigDB数据库获得344个生物信号基因集,通过GSEA进行信号通路富集分析.[结果]获得SEMA3、PLAU、CDKN2A等14个明显差异基因,获取的差异基因主要与细胞凋亡、细胞黏附等过程密切相关.选取MsigDB中来源于Bicarta、KEGG、GenMAPP三大数据库的344个基因集进行富集分析,结果发现Death pathway、Leukocyte transendothelial migration和Focaladhesion 等22条信号通路在晚期肺腺癌中明显富集,富集通路主要涉及细胞凋亡、细胞黏附和迁移等过程.[结论]早期与晚期肺癌中存在一些明显的差异表达基因,有部分信号通路在晚期肺腺癌中明显富集.
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MicroRNA在六种不同器官肿瘤细胞系中的差异表达
[目的]利用生物芯片技术分析microRNA(miRNA)在六种不同器官肿瘤细胞系中microRNA(miRNA)的表达差异.[方法]将210个(206个miRNA,4个阳性对照)与已知人类和小鼠miRNA互补的序列作为探针,点于玻片上制备寡核苷酸芯片.提取肿瘤细胞(HeLa、MCF-7、A549、HT-29、ES-2、K562)的miRNA,用荧光染料Cy3标记,并与制备好的芯片杂交.用ScanArrayTMExpress1.0手1描仪扫描荧光信号,采用ScanArray3.0和Cluster3.0软件分析处理扫描结果.并用Northern blot和RT-PCR方法对芯片检测结果进行验证.[结果]芯片检测到在六种不同器官肿瘤细胞系中,发现115种miRNA存存差异,91种miRNA没有明显差异.其中,miR-21在六种肿瘤细胞表达水平均较高,miR-125b表达水平均较低,let-7在六种细胞系中表达水平较低.miR-17-5p和miR-20a呈集簇表达,在卵巢肿瘤ES-2细胞系巾的表达水平高于其它细胞,乳腺肿瘤细胞系MCF-7和宫颈癌细胞系HeLa的miRNA的表达谱聚为一类.[结论]应用生物芯片技术检测细胞中miRNA的表达差异谱是可行的,miRNA可能参与肿瘤的发生发展.
