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人外周血树突状细胞MicroRNA表达谱的鉴定与分析
目的:探讨MicroRNA在专职抗原提呈细胞(APC)树突状细胞(DC)中的表达数种与数量分析.方法:从健康人外周血中分离单核细胞,经重组人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(rhGM-CSF)和重组人白细胞介素4(rhIL-4)刺激,待成长为成熟DC后,提取总RNA,用miRCURY LNATM microRNA Array进行分析.结果:经分析显示DCs中高表达(标准值＞2)的miRNA有85个,其中显著高表达的有hsa-miR-720、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-1260b、hsa-miR-1290、hsa-miR-22、hsa-miR-21、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-1246、hsa-miR-4284、hsa-miR-24、hsa-miR-491-3p、hsa-miR-3613-3p、hsa-miR-23b、hsa-miR-1280、hsa-miR-342-3p、hsa-miR-1260、hsa-miR-23a、hsa-miR-29b、hsa-miR-16等.结论:提示以上miRNA分子在DCs参与的免疫应答中可能发挥着重要作用.
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血浆miRNA在先天性心脏病继发肺动脉高压的差异表达
目的 探究先天性心脏病继发肺动脉高压(PAH)患者血浆中miRNA表达谱的差异,从而探究其与PAH的相关性.方法 先天性心脏病患者80例,根据肺动脉压力进行分组:肺动脉压正常者22例(无PAH组);轻、中度PAH者37例(轻中度PAH组);重度PAH者21例(重度PAH组).另外选取门诊体检的志愿者20例作为对照组.采用定量聚合酶链反应(PCR)分析对比各组患者血浆miR-18a、miR-27b、miR-130a和miR-204的表达差异.分析miRNA表达水平与肺动脉压力的相关性.结果 与对照组相比,无PAH组、轻中度PAH组、重度PAH组患者miR-18a、miR-27b和miR-130a表达水平上调,miR-204的表达水平下调,差异有统计学意义(P＜0.05);与无PAH组相比,轻中度PAH组、重度PAH组患者miR-18a、miR-27b和miR-130a表达水平上调,miR-204的表达水平下调,差异有统计学意义(P＜0.05);与轻中度PAH组相比,重度PAH组患者miR-18a、miR-27b和miR-130a表达水平上调,miR-204的表达水平下调,差异有统计学意义(P＜0.05).Spearman线性相关分析显示血浆miR-18a、miR-27b和miR-130a表达水平与PAH呈正相关(r=0.845,r=0.912,r=0.933,P＜0.05);血浆miR-204的表达水平与PAH呈负相关(r=-0.629,P＜0.05).结论 miRNA在先天性心脏病继发PAH患者血浆中存在差异表达,miRNA的表达水平与肺动脉压力具有相关性.
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膀胱尿路上皮癌与正常尿路上皮组织LncRNA表达谱差异性的研究
目的 利用基因芯片技术,检测人膀胱尿路上皮癌与正常膀胱组织之间LncRNA表达谱的差异,对差异表达的LncRNA进行分类汇总,分析其生物学信息.方法 取人膀胱尿路上皮癌组织与配对的癌旁正常组织3对.分别提取尿路上皮癌组织及正常癌旁组织的总RNA并纯化RNA,与人LncRNA芯片杂交.使用Agilent Genespring GX (Agilent)软件分析尿路上皮癌组织及正常癌旁组织的LncRNA表达情况.结果 人膀胱尿路上皮癌组织与配对的癌旁正常组织的LncRNA表达谱差异明显.以P＜0.05,上调或下调信号差异大于2倍变化为标准,与正常膀胱组织比较,共筛选出差异表达基因1 122个,其中上调基因734个,下调基因388个.结论膀胱尿路上皮癌的发生发展是一个涉及多基因调控、多条染色体参与的复杂过程.所获得的膀胱癌差异表达LncRNA,尤其差异表达明显的上调基因AK124776、lincRNA-RAB12-1、KRT8P25、RP11-474J18.4、AC000110.1、KRT8P13、KRT8P10、BC072678等、下调基因nc-HOXB9-206、RP11-160A10.2、nc-HOXA11-86、nc-HOXD10-7、nc-HOXB9-205、CES4、nc HOXD12-3等,考虑上述上调、下调基因对于膀胱癌发生的分子机制及膀胱癌的临床早期诊疗具有重要意义.
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基因芯片对中段食管癌基因表达谱的研究
目的:研究中段食管癌基因表达谱,筛选特异性基因.方法:利用基因芯片技术对食管癌的基因表达进行分析,通过生物信息学手段研究其内在关系.结果:筛选出在中段食管癌中显著差异表达的基因21个,其中11个基因表达水平增高,10个基因表达水平降低.结论:利用基因芯片技术可以高通量地筛选出肿瘤组织差异表达基因,这些特异性基因的表达水平,可以区分不同的肿瘤组织.对将来基因诊断和治疗有一定价值.
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EB病毒miRNAs在鼻咽癌细胞株C666-1和CNE-2Z中的差异性表达分析
目的:探讨ebv-miRNA在低分化NPC细胞株C666-1(EBV+)和CNE-2Z(EBV表达水平随传代次数增加而逐渐降低)中的差异性表达进而分析其功能.方法:常规培养NPC细胞株C666-1和CNE-2Z,分别提取总RNA并进行质检;RT-PCR检测LMP-1和LMP-2A mRNA的表达以判断EBV的感染情况;miRNA芯片技术检测EBV miRNAs的表达并对其表达谱进行差异性分析;荧光定量RT-PCR进行验证;复习文献了解ebv-miRNA调控的靶基因以了解其功能.结果:从C666-1和CNE-2Z两株细胞抽提的总RNA纯度高,A260/A280>2.0,A260/A230>2.1,RNA完整性好.C666-1具有比CNE-2Z更高的LMP-1和LMP-2A mRNA表达.ebv-miRNA表达谱的差异分析表明39个ebv-miRNAs中19个在两株细胞显著差异性表达;荧光定量RT-PCR结果证实ebv-miR-BHRF1-1和ebv-miR-BART14*在C666-1中表达升高而ebv-miR-BART8*表达降低,与芯片结果趋势一致;复习文献,EBV miRNAs功能远不清楚,少数已知的靶基因涉及信号转导、转录调控、细胞凋亡、增殖、免疫反应和病毒DNA复制等方面.结论:ebv-miRNA在低分化NPC中具有差异性表达并广泛参与基因调控.不同NPC细胞中EBV miRNA表达差异预示着基于ebv-miRNA的NPC个性化治疗的可能性.
关键词： 鼻咽癌 Epstein Barr病毒 微小RNA 表达谱 差异分析 -
胶质母细胞瘤基因表达谱及相关基因的聚类研究
目的探讨人脑胶质母细胞瘤发生、发展中相关基因的表达及功能.方法用含13 939种人类基因的BioStarH140S型表达谱芯片,以正常成人脑及不同级别胶质瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片;ScanArray 4000扫描芯片荧光信号,提取脑及胶质瘤组织差异基因并进行生物信息分析;用Hierarchical聚类对胶质瘤差异基因进行特征提取;用Northern杂交验证及进行初步功能研究.结果正常脑与18例不同级别胶质瘤组织间筛选出多类差异表达基因,通过生物信息学和Hierarchical聚类,发现α-连环素、微型染色体维护蛋白7、细胞周期素B2、FBX05、着丝粒蛋白F基因与胶质母细胞瘤密切相关,该类基因在低级别胶质瘤中表达差异不明显,但胶质母细胞瘤中表达明显上调.Northern杂交显示该类基因与胶质母细胞瘤密切相关,与芯片结果一致.结论基因表达谱芯片可快速、高效地筛选胶质瘤相关基因,发现的5条基因与胶质母细胞瘤侵袭性强密切相关,可成为判断胶质瘤预后的分子生物学指标.
关键词： 脑胶质母细胞瘤 基因芯片 表达谱 Hierarchical聚类 -
雄黄对急性早幼粒细胞白血病NB4细胞基因表达谱的影响
目的 研究雄黄作用后白血病细胞基因表达谱的变化，寻找雄 黄作用的靶基因. 方法分别在蛋白质合成抑制剂放线菌酮预处理细胞前 后，以1024D芯片研究雄黄作用前后急性早幼粒细胞白血病(APL)细胞株NB4细胞差异表达的基因.结 果 雄黄（355 μg·L-1砷）作用4 h后，筛选出差异表达基因13条，其中２条表达增加，11条表达降低；放线菌酮抑制试验筛选出差异基因4条，其中1条表达增加，3条表达下调，与前次芯片结果上下调趋势一致、程度相似. 结论 细胞信号传递蛋白类基因U51903和Z22533, DNA结合转录和 转录因子相关基因AF036613,代谢类基因X66435等可能是雄黄作用于APL细胞的靶基因.
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锌对胎儿生长受限孕鼠胎盘基因表达谱的影响
目的 探讨孕期补锌对胎儿生长受限(fetal growth restriction,FGR)孕鼠胎盘基因表达谱的影响.方法 建立SD孕鼠FGR模型,36只孕鼠随机分为2组(补锌组和对照组),每组18只.补锌组从妊娠第1天开始喂养添锌饲料,对照组喂养普通饲料.仔鼠于生后1月进行Morris水迷宫实验和避暗实验;基因芯片技术检测各组胎盘基因表达谱,筛选差异基因;Western blot方法验证差异基因对应蛋白在胎盘组织的表达.结果 Morris水迷宫、避暗实验中2组仔鼠经训练后测试成绩均有好转趋势,从第3天开始,补锌组成绩均显著优于对照组(Morris水迷宫中潜伏期t值分别为8.35、7.28、8.06,P分别为0.013、0.024、0.017;避暗实验成绩t值分别为5.78、9.65、9.12,P分别为0.0190、0.0037、0.0043).基因芯片在胎盘组织中共检测出346个差异mRNA(P<0.01;1
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大鼠关节软骨发育不同阶段12种硒蛋白的表达
目的 获得大鼠骨软骨发育不同阶段关节软骨细胞硒蛋白表达谱.方法 选择出生后7个不同发育时间点各10只近交系DA大鼠的关节软骨细胞,RT-PCR方法检测12种硒蛋白的表达差异,RT-qPCR定量.免疫组化验证表达结果 .结果 所选定的骨软骨发育不同阶段关节软骨细胞中Gpx1、Gpx2、Gpx3、Gpx4、Dio2、SelS呈现不同程度的差异表达,且RT-qPCR显示Gpx1和Dio2随着软骨生成而表达升高(P<0.05),Gpx2和Gpx4稳定表达.免疫组化结果证实GPX1在性成熟大鼠股骨骺板特异高表达.结论 6种硒蛋白可能在大鼠骨软骨发育的增殖与分化过程中发挥着重要的作用.
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食管鳞癌放射抗拒的相关microRNA筛选
目的 探索放射抗拒对食管癌细胞microRNA (miRNA)表达的影响,筛选差异表达miRNAs,为靶向miRNAs的放射增敏研究提供理论依据.方法 食管鳞癌Eca-109、TE-1细胞分别经2 Gy/次的X-线照射处理,照射累积剂量达64 Gy,分别命名细胞株为Eca-109R、TE-1R;克隆形成实验检测细胞放射抗拒能力;芯片检测放射抗拒细胞与母代细胞miRNA表达谱,qRT-PCR验证miRNAs表达水平.结果 照射剂量40 Gy后,Eca 109、TE-1细胞出现分裂受阻、多核巨型细胞、树枝状异形细胞等毒性反应,经多次传代培养完成累计剂量64 Gy,恢复上皮细胞形态;0、1、2、4、6、8 Gy照射后,放射抗拒细胞株Eca-109R、TE-1R增殖能力均较母代细胞增强,差异具有统计学意义(P＜0.001);放射抗拒细胞株Eca-109R、TE-1R的克隆形成率中的N、Dq、D0等参数较母代细胞具有更强的放射抗拒性,差异具有统计学意义(P＜0.05);miRNA芯片检测并经qRT-PCR验证,TE-1R与Eca-109R细胞较母代细胞均存在多个明显差异表达的miRNA,两放射抗拒细胞株间比较,仅miR-21在放射抗拒形成前后具有共同的表达改变趋势,且差异具有统计学意义(P＜0.05).结论 放射抗拒细胞株Eca-109R、TE-1R构建成功,且与母代细胞存在差异表达的miR-NAs,放射抗拒细胞株中miR-21的表达可能与放射抗拒特性相关.
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DNA芯片技术及其应用
随着人类基因组计划(Human Genome project;HGP)和分子生物学的飞速发展,各种微分析仪器和生物传感器相继出现,各国科学家将微加工、电子、材料等学科新的研究成果应用于基因芯片,它可以同时、准确、快速地分析数以万计的基因组信号.基因芯片的发展和应用将给生命科学、医学、化学、新药开发等领域带来一场革命.
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长期高剂量苯并(a)芘染毒对小鼠肺脏microRNAs表达的影响
目的:研究长期高剂量苯并(a)芘[B(a)P]染毒对小鼠肺组织miRNAs表达谱的影响,探讨miRNAs在B(a)P健康损害过程中的作用.方法:40只1CR小鼠随机分为对照组和染毒组,每组20只,雌雄各半.经口灌胃给予小鼠50 mg/kg B (a)P,每周2次,持续8周,对照组同时给予等量的橄榄油,染毒结束后继续饲养8周.取肺脏组织,提取总RNA,采用SOliD高通量测序技术检测miRNAs表达谱,进行miRNAs差异表达分析,并用real time-PCR验证miRNAs表达,TargetScan,miRanda及picTar软件预测miRNAs可能调控的靶基因.结果:绝大部分miRNAs在肺组织的表达信号强度较低.与对照组相比,B(a)P染毒组小鼠肺组织中共有109个miRNAs发生差异表达,其中50个miRNAs表达上调,59个miRNAs表达下调.上调幅度大的为7.43倍,下调幅度大的为40.63倍.为验证测序的结果,取下调较为明显的miR-20b进行real time-PCR分析,结果显示与测序结果相一致,靶基因预测显示miR-20b可能调节与细胞增殖、周期、凋亡及肿瘤发生相关的蛋白.结论:长期高剂量B(a)P染毒可引起小鼠肺组织miRNAs表达产生特异性改变,差异表达miRNAs可能在B(a)P致机体健康损害过程中起着重要作用.
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弱精症患者精子基因表达谱的建立及分析
背景与目的:应用基因芯片技术建立弱精症患者精子基因表达谱.材料与方法:收集30份弱精症患者精液标本和20份成年健康有生育能力男性的精液标本,提取精子RNA,制备生物素标记的cDNA探针,与含有30968个探针的PhalanxOneArrayTM芯片杂交,分析弱精症患者与健康有生育能力成年男性精子中基因的表达情况.结果:高活力精子和低活力精子共1995个基因存在表达差异,上调基因394个,下调基因437个.功能聚类分析结果提示,弱精症患者精子中表达上调的基因集中在物理化学刺激、压力应激、炎性反应等聚类,或一些催化酶聚类,这些因素可能是导致精子活力降低的重要诱因;而弱精症患者精子中表达下调的基因主要集中在一些与精子发生和抗凋亡相关的基因聚类中.结论:弱精症患者精子基因表达谱的建立对分析精于运动的分子机制和探讨弱精症的病因将会有所帮助.
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基因芯片可预知肿瘤的发生
基因芯片技术作为近期发展起来的一项新技术,不仅能够研究细胞内所有基因的表达谱,同时还具有多样品并行处理能力、分析速度快、所需样品量少、污染少等优点,为研究肿瘤发生发展过程中的基因表达情况提供了强有力的工具.
