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广州市腹泻监测病例诺如病毒分子流行病学特征
目的 了解广州市腹泻监测病例中诺如病毒分子流行病学特征.方法 2014-2015年选取广州市两家医院的门诊科室作为监测哨点,每间哨点医院每周采集5岁以下和5岁及以上腹泻病例粪便样本各3份,将采集的标本送至广州市疾病预防控制中心检测诺如病毒.阳性标本进行基因序列测定并进行同源性分析.通过中国传染病疫情和突发公共卫生事件网络直报系统收集2014-2015年广州市报告的诺如病毒感染引起的暴发疫情数据,开展流行病学分析.结果 共收集腹泻标本732份,诺如病毒阳性136份,阳性率为18.58％.各年龄组诺如病毒阳性率不同(x2=20.39,P =0.001),其中5岁以下年龄组高(24.21％).基因分型结果显示GⅡ组133份(97.80％),GⅠ组3份(2.20％).分别对2014年(4份)及2015年(5份)阳性标本进行测序,结果提示,2014年诺如病毒流行株以GⅡ.4 Sydney_2012变异株(75.00％)为主,2015年以GⅡ.17变异株(55.60％)为主.2014-2015年共报告诺如病毒感染性腹泻暴发疫情23起,其中14(60.80％)起由GⅡ组引起.结论 广州市诺如病毒感染性腹泻流行毒株仍以GⅡ组为主,其中2014年优势毒株为GⅡ.4 Sydney_2012变异株,2015优势毒株为GⅡ.17变异株.
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中国部分地区159株结核分枝杆菌临床分离株MLVA-19分型分析
目的 初步了解中国部分地区结核分枝杆莆临床分离菌株数目可变串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTRs)基因多态性特征.方法 采用多位点VNTRs分析(multiple loci VNTRS analysis,MLVA)技 术,随机选取159株中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株,PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对结核分枝杆菌的19 个VNTRa位点进行检测,用BioNumerics(Version 5.0)软件进行结果分析,数据结果与国际MLVA数据库(hnp://minisatellites.u-psud.fr)比对,初步分析结核分枝杆菌DNA多态性特征.结果 159株菌株大致被分成4个主要的簇,其中73.8%的菌株为北京家族菌株,其次为H37Rv相似菌株及在数据库中没有比对结果的一簇,这一簇的MLVA特点是ETRD>3,MIRU10、MIRU27、MIRU39、MIRU40及Mtub21位点结果为22221,与其他簇的菌株结果有比较明显的区别.可能是中国特有的菌株.另外发现与BCG相似的一簇.结论 本次研究中的中国结核分枝杆菌具有明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为北京家族菌株,可能存在中国特异的VNTR基因型.BCG临床分离株的发现,提示BCG疫苗相关病例可能成为值得关注的卫生问题.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点数目可变串联重复序列分析 基因分型 卡介苗 -
WHO手足口病临床管理与公共卫生应对指南摘译第六部分预防与控制
6.1 概述 由于缺乏有效的药物预防和控制手足口病,目前防控措施主要是非药物性的,其大多数旨在阻断病毒传播链,从而阻止重症和死亡病例的发生.早期发现暴发疫情,早期识别和干预具有较大风险发展为虽少见但却呈重症表现的病例,也是减小疾病影响的关键原则.
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WHO手足口病临床管理与公共卫生应对指南第二部分病毒学
2 病毒学2.1 概述 人类肠道病毒A组是引起手足口病的主要病原,尤其是柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)和肠道病毒71型(EV71),它们属于微小病毒科(picornaviriade)肠道病毒属.其他肠道病毒A组的血清型,如柯萨奇病毒A6型和A10型,也可引起手足口病和疱疹性咽峡炎.这些肠道病毒均可引起儿童轻症感染,但是在过去十多年,亚太地区多起大规模的手足口病暴发中,EV71还引起神经系统并发症和死亡.
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WHO手足口病临床管理与公共卫生应对指南第四部分EV71的致病机制
4.1 背景 关于EV71引起无并发症的手足口病与疱疹性咽峡炎的致病机制的资料很有限.小鼠动物模型研究显示,病毒能够感染皮肤,因此人类皮肤与口腔黏膜的损害也可能由于病毒直接侵犯上皮细胞所致.尽管存在皮损与口腔黏膜损害表现,但是目前缺乏有关皮损与口腔黏膜损害的活检证据.EV71感染人类的神经毒力因子尚不清楚,目前并没有证据表明病毒的基因变异能够促进其感染中枢神经系统.其他因素如病程初期病毒载量过高可以导致严重并发症.某些细胞因子、趋化因子、细胞免疫的改变以及人类白细胞抗原(HLA)亚型与心肺并发症的高发生率有关.致病机制与病毒侵入受体(清道夫受体B2,P-选择素糖蛋白配体1和唾液酸聚糖)的分布以及宿主因素(如性别和年龄组)之间的关系仍不明确.
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人类免疫缺陷病毒HIV-1基因分型方法的初步构建
目的 建立一种合理、详尽、可行的HIV-1基因分型方法.方法 采集南昌地区部分男性性接触人群(MSM)人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者血浆,测量HIV病毒载量.提取其病毒RNA,设计引物并对HIV的Env区和Gag区进行反转录-聚合酶链反应.对扩增后的cDNA进行测序,比对序列并分别构建Env区和Gag区的分子进化树,确定样本的基因亚型,并分析pV3环氨基酸序列特征.结果 本研究的3例样本中,1例样本的HIV病毒载量为43.9 copies/ml,其余2例均＜20 copies/ml.3例样本经核酸序列分析,均鉴定为CRF01_AE亚型.结论 此HIV-1基因分型方法合理、详细,可为国内HIV分子流行病学研究提供一些参考.
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多株创伤弧菌的基因分型和药敏试验
目的 了解海产品中分离的创伤弧菌的基因分子流行病学特征和药敏试验结果,为进一步研究创伤弧菌和临床用药提供依据.方法 以聚合酶链反应(PCR)方法对海产品中分离的创伤弧菌进行核酸检测与基因型分型,用ATB细菌鉴定仪配套的药敏卡对创伤弧菌进行药敏试验.结果 海产品中分离的创伤弧菌均为溶血素A基因(vvhA)核酸阳性,vcgC/E和16S rRNA A/B分型结果显示,共有5种基因型别,分别为CB型、CAB型、EA型、CA型和EAB型.共检测出1株BT2核酸阳性,1株SerE核酸阳性.药敏试验显示,该菌对氨基糖苷类和头孢菌素类抗生素有耐药株.结论 海产品中的创伤弧菌基因型呈多样性,以CB型为主,EAB型和CAB型同为国内首次报道的基因型.应加强对海产品中创伤弧菌的监测和耐药分析,预防创伤弧菌感染的暴发.
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重症监护病房耐甲氧西林金黄色葡萄球菌基因同源性分析
目的 对重症监护病房(ICU)感染患者和环境监测分离出的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行耐药性及基因同源性进行分析.方法 对医院ICU医务人员手及高频接触的物品表面进行采样,对感染患者标本进行细菌培养,菌株采用Vitex 2 Compact微生物鉴定药敏系统进行检测,并用肠杆菌科基因间重复序列的聚合酶链反应(ERIC-PCR)对其进行基因分型,采用NTSYS-PC 2.0软件对ERIC-PCR扩增产物进行聚类分析.结果 ICU感染患者标本中有33株金黄色葡萄球菌,16株为MRSA,其检出率为48.48％,ICU医务人员手及环境表面检出6株金黄色葡萄球菌,5株为MRSA,其检出率为83.33％.21株MRSA对万古霉素、利奈唑胺、替考拉宁耐药率为0,对青霉素耐药率为100％,对环丙沙星、红霉素、左氧氟沙星等耐药率超过了80.00％;ERIC-PCR电泳结果显示,大的分子质量约为450 bp,小的分子质量约为100 bp,带型各不相同;对21株MRSA扩增产物进行聚类分析,DNA同源性在46.00％～ 67.00％之间,同源性在68.00％时可分为3个大类,第1、2、3、4、5、6、9、11、13、17菌株亲缘关系较近.结论 ICU临床分离出的MRSA呈多重耐药,临床医生应根据药敏结果合理用药;ICU环境分离出的MRSA也呈现多重耐药,与临床分离株耐药表型有一定的同源性,但基因同源性关联不大;ICU环境物体表面存在MRSA感染风险.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 重症监护病房 肠杆菌科基因间重复序列 基因分型 同源性 -
一株死亡患者分离的致死创伤弧菌菌株的耐药表型与分子特征
目的 对培养分离的创伤弧菌菌株(2014-DJH)进行耐药表型与分子特征分析.方法 采用全自动微生物鉴定及药敏分析系统进行生化鉴定和耐药分析;采用PCR方法检测vvhA基因和pilF基因,及vcg和16S rRNA基因分型;应用多位点序列分析进行分子分型.结果 分离菌株2014-DJH经生化鉴定为革兰阴性的生物1型创伤弧菌;对大多数常用抗生素都敏感,对妥布霉素中度敏感;PCR检测vvhA和pilF阳性,为vcgC-16S rRNA B(CB)基因型;菌株的多位点序列型为glp 5、gyrB3、mdh 32、metG 68、purM 21、dtdS 39、lysA 115、pntA 4、yrC 42、tnaA 75.结论 菌株2014-DJH为新ST型菌株,命名为ST 289,注册号为id-389.基因分型结果表明该菌具有较强的致病能力,加强创伤弧菌感染的监测与预警具有重要的意义.
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浙江省富阳区临床分离甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌的流行现状及耐药性分析
目的 分析浙江省富阳区临床分离的甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)的检出率、基因分型及药敏特征等流行现状.方法 收集2013年11月至2014年10月两家医院临床标本中分离的金黄色葡萄球菌,对其中经头孢西丁纸片表型筛选确认的44株MRSA进行应用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、spa、SCCmec基因分型,筛查vl基因,应用脉冲场凝胶电泳的分型图谱进行菌株间的同源性分析.同时应用16种抗菌药物进行药敏实验.结果 44株MRSA,占金黄色葡萄球菌的16.4％ (44/268).两家医院流行的主要克隆不同,富阳中医骨伤医院以ST59-t437-SCCmecⅣ型为主,菌株间同源程度低;人民医院以ST5-t311-SCCmecⅡ型为主,部分菌株间同源程度高.检出3株pvl阳性菌株,占6.8％.药敏结果表示MRSA对β内酰胺类普遍耐药,红霉素、克林霉素的耐药率高(＞85.0％),未发现万古霉素、利奈唑胺、替加环素的耐药株.结论 富阳地区MRSA的检出率相对较低,流行以ST5-t311-SCCmecⅡ型为主,两家医院MRSA流行的主要克隆有较大差异.MRSA的耐药情况不容乐观,多重耐药现象严重,不同基因型别的菌株其药敏结果有差异.
关键词： 甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌 基因分型 同源性分析 药敏 -
浙江省舟山市售贝类中创伤弧菌的定量检测及毒力基因分析
目的 了解2010-2012年浙江省舟山市售贝类中创伤弧菌(Vibrio vulnificus,VV)的污染状况与季节性变化规律,及其毒力相关基因分型.方法 采用3％氯化钠碱性蛋白胨水增菌,纤维二糖一多粘茵素E(cc)琼脂分离贝类海产品中的创伤弧菌,可疑菌落的鉴定采用API20E,采用近似值法(most probable number,MPN)进行创伤弧菌的定量检测,应用PCR技术进行生物Ⅰ型、Ⅱ型和血清E型鉴定,及vcg、16S rRNA毒力基因分型.结果 179份样品检出64株创伤弧菌,检出阳性率为35.75％.不同季节检出率差异有统计学意义(x2=35.23,P＜0.05),夏季检出率高为68％.39株VV菌株为溶血素A基因(hemolysin gene A,vvhA)核酸阳性,1株BT2型,1株血清E型,其余37株均为BT1型.vcgC/E和16S rRNA A/B毒力基因分型结果显示:CB型31株,CAB型4株,EA型3株,EAB型1株.结论 舟山市售贝类中创伤弧菌的污染状况严重,尤其是夏秋季,毒力基因型呈多样性,以CB型为主.应对贝类的食品安全进行风险评估,预防食源性疾病的暴发.
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2012-2016年广州市人感染恙虫病东方体基因型与流行病学特征分析
目的 了解广州市2012-2016年人感染恙虫病东方体的基因分型与流行病学特征.方法 收集2012-2016年广州市临床诊断恙虫病患者全血,利用巢式聚合酶链式反应(PCR)扩增56 kDa型特异性抗原基因并测序,通过MEGA 5.0软件构建系统发生树并进行同源性分析.结果 共收集到临床诊断恙虫病患者标本906份,其中220份经巢式PCR检测阳性(阳性率24.3％),包括Karp型138株、Kato型29株、Gilliam型39株和TA763型13株,另有1株未确定型别.两个发病高峰期为5-6月和9-10月,发病区域集中在从化区、增城区等农村地区.结论 近年来广州市恙虫病东方体基因型呈现多样性,但以Karp型为主要流行型,需要加强对恙虫病东方体的分子流行病学监测分析工作.
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DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究
目的采用数目可变串联重复序列(VNTR)分型方法对安徽省的52株结核分枝杆菌进行分子分型研究,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用.方法设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌13个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 3.0软件进行DNA指纹图谱多态性分析.结果 52株结核分枝杆菌可分4个类别,其中88.5%菌株属于一个型,其他3个型所占比例很小,分别为5.8%、3.8%和1.9%.结论来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型,VNTR分型技术简便、快速,是较好的结核分枝杆菌分型方法.
关键词： 分枝杆菌 结核 数目可变串联重复序列 基因分型 -
天津口岸出入境人员乙型肝炎病毒基因分型研究
[目的]探讨天津口岸出入境人员乙型肝炎病毒(HBV)的基因类型分布特征.[方法]调查天津口岸出入境人员HBV血清学指标,采用实时荧光定量PCR结合Taqman探针技术对180份乙型肝炎表面抗原(HBsAg)阳性血清标本中的HBV DNA进行定量检测和基因分型;对非B非C型HBsAg阳性血清标本采用通用引物PCR方法结合序列分析进行基因分型.(结果] 180份HBsAg阳性血清标本中,B型23份(40.35%);C型30份(52.63%);D型4份(7.02%),其余123份血清HBV DNA浓度均低于定量检测试剂盒的下限(500IU/ml).(结论]天津口岸出入境人员中HBV基因型以C型为主,B型次之,D型极少.
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中国南方3省173例HIV/MTB双重感染病例分子流行特征研究
目的 开展人类免疫缺陷病毒/人结核分枝杆菌(HIV/MTB)双重感染病例分子分型及变异重组和流行特征研究,分析其传染源、变异性及其在人群中的传播特点和地区分布特征,为HIV/MTB双重感染病例的管理与临床精准治疗提供理论依据.方法 对2014-2015年采集到的江西、广东、云南3省部分HIV/MTB双重感染173例患者115份确证的HIV阳性样本和105份鉴定的MTB菌株,分别用巢氏PCR方法和24位点MIRU-VNTR基因分型方法进行基因分型.结果 流行病学个案调查资料结果显示,HIV/MTB双重感染病例以男性为主,年龄以中青年(18～59岁)为主,职业以农民、无业、务工/商人为主,传播途径以性传播和肺部感染为主,其感染顺序为先感染HIV后感染MTB占95％.分子分型结果显示,HIV/MTB双重感染病例样本中115份HIV阳性样本成功扩增分型85份,共发现8种HIV亚型/重组型:HIV/MTB双重感染病例中105份MTB样本成功扩增分型100份,结核分枝杆菌分为5个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群、V群),共95个基因型.结论 我国南方3省HIV/MTB双重感染病例中HIV主要流行亚型为CRF01_AE和CRF07_BC重组型;MTB主要流行株以Ⅰ群和Ⅱ群为主,与单纯感染HIV和单纯感染MTB的流行株类型一致.HIV与MTB主要流行亚型之间是否存在相互易感还有待于进一步研究.
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出入境人员丙型肝炎病毒核心蛋白基因巢式RT-PCR检测及分型研究
目的 建立一种检测丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白基因的巢式RT-PCR方法,以及HCV核心蛋白基因区测序分型方法.方法 从国际HCV数据库查找HCV核心蛋白基因序列,设计HCV RNA巢式RT-PCR引物及测序引物,并建立巢式RT-PCR反应体系.采用出入境人员抗-HCV阳性血清60份,及50份标本为HCV抗体检测阴性,且谷丙转氨酶(ALT)＞ 100 U/L的血清进行巢式RT-PCR检测,阳性结果使用本研究建立的测序引物进行基因测序以确定HCV基因型.结果 60份抗-HCV阳性血清中,42份(70.0％)核心蛋白基因RT-PCR扩增阳性,其中1b型27例、1a型12例、6a型1例、3a型1例、2a型1例.50份ALT＞ 100 U/L且抗-HCV阴性标本中,1份HCV核心蛋白基因RT-PCR扩增阳性,测序鉴定为3a型.结论 本研究建立了一种HCV RNA核心蛋白基因的巢式RT-PCR检测和分型方法,为出入境人员HCV的诊断和监测提供重要依据.
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中国部分地区丙型肝炎病毒核心区基因分型的研究
[目的]了解中国部分地区丙型肝炎病毒的基因分型.[方法]采用HCV核心区的型特异性引物PCR检测并以基因序列系统进化树法对中国部分地区人群的HCV进行基因分型.[结果]在来自中国福建、山东、台湾等9个省、市的HCV-RNA阳性标本中共发现4种HCV基因型和6种HCV基因亚型,各型名称为:1b、2a、3b、6a、6n和6.其中1b型占29.7%(19/64);2a型占4.7%(3/64);3b型占28.1%(18/64);6a型占34.4%(22/64);6n型占1.6%(1/64);6型占1.6%(1/64).另从1名巴基斯坦藉入境人员血清标本中检出HCV 1a型.[结论]HCV核心区的型特异性引物PCR和基因序列系统进化树法可较好地对HCV进行基因分型,中国与相邻的东南亚国家或地区一样存在着HCV基因多样性.
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2009-2010年黑龙江中俄边境口岸鼠类动物中汉坦病毒分子流行情况调查及分析
[目的]研究黑龙江省中俄边境6个口岸鼠类动物的种类和携带汉坦病毒情况及病毒基因分型,为口岸防控肾综合症出血热提供科学依据.[方法]采用夹夜法和鼠笼法捕获鼠类,荧光定量PCR(TaqMsn探针法)对鼠肺标本进行检测.[结果]此次调查共捕获鼠类动物295只,经鉴定隶属3科8属10种,其中黑线姬鼠为优势种群,占42.37％.检测出汉坦病毒核酸阳性鼠肺标本22份,鼠总带毒率为7.46％,其中,汉滩型15份,汉城型共7份.在调查的6个口岸中逊克、抚远、黑河、东宁和绥芬河5个口岸发现了汉坦病毒核酸阳性标本.[结论]本次共调查黑龙江省中俄边境6个口岸,其中有5个口岸发现了汉坦病毒核酸阳性标本,北部边境逊克、抚远和黑河3个口岸均发现了汉坦病毒核酸阳性标本,东部边境东宁、绥芬河、牡丹江3个口岸中东宁和绥芬河发现了汉坦病毒核酸阳性标本,黑龙江省口岸肾综合症出血热防控形势依然严峻.
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肠道病毒基因分型检测研究进展
采用传统细胞培养、中和试验对肠道病毒进行分型费时、费力,而分子生物学技术,包括限制性内切酶片断长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)、核酸杂交、基因序列分析、多重PCR、基因芯片等,更加快速、敏感、特异,越来越多应用于肠道病毒的分型检测.本文对肠道病毒的型别、基因分型依据及分子生物学分型检测方法进行综述.
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人乳头瘤病毒基因型与宫颈病变关系的研究
目的:了解人乳头瘤病毒(HPV)感染基因型分布,探讨不同HPV基因型感染与宫颈病变的关系.方法:收集门诊就诊者宫颈脱落细胞行液基薄层细胞检测并按照TBS分类标准进行细胞学诊断,同时应用低密度基因芯片技术进行HPV检测和基因型分析(15种高危基因型、5种低危基因型和Cp8304基因).结果:862例标本中,共检出19种HPV基因型.宫颈细胞学正常(NILM)组前3位HPV基因型是HPV 11、6和42,HPV单一与多重感染分别占75.86％和24.14％；细胞学异常组居前3位的HPV基因型是HPV 16、52和58,HPV单一与多重感染分别占71.11％和28.89％,该组以高危型HPV感染为主(88.71％).细胞学正常组和异常组HPV感染率分别是11.28％和64.66％x2=299.33,P＜0.05).随宫颈病变级别递增,HPV感染率呈增高趋势.结论:不同的HPV基因型具有不同的致病力,HPV多重感染与宫颈病变的发生、发展密切相关,HPV感染率随宫颈病变程度增加而增加.
