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淋球菌毒力岛分类及sac-4基因对淋球菌血清抗性作用的研究
目的 研究淋球菌不同基因型别的毒力岛类型及其sac-4基因与淋球菌血清抗性作用的关系.方法 运用NG-mast和正常人血清(NHS)的抗性比较试验,对46株淋球菌从分子水平上进行基因分型和毒力岛分类,并在此基础上探讨毒力岛sac-4基因与淋球菌NHS抗性之间的关系.结果 46株野生株中,GGI阳性菌株占80.43%,可分为含有traG和altA;含带sac-4t基因的traG和altA;只含有traG一部分保守序列的三种毒力岛类型.血清抗性实验表明9株sac-4阳性的淋球菌野生株均不具有血清抗性,而sac-4阴性的2号和11号菌株却产生了部分血清抗性和完全抗性.结论 不同毒力岛类型有着不同的毒力特点和基因型别,淋球菌血清抗性作用与毒力岛sac-4基因并无明显相关性.
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浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒分子流行病学研究
目的 研究浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法扩增阳性样品中HV的部分S片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果 在慈溪市肾综合征出血热(HFRS)疫点共捕获啮齿动物243只,在7份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只为褐家鼠,3只为黄胸鼠,病毒携带率为2.88%.用汉城型病毒(SEOV)特异性引物从6份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999 nt)并测定了序列.对扩增出的部分S片段核苷酸序列分析表明,6株病毒与现有的SEOV有高的同源性,均为SEOV.用部分S片段核苷酸序列所构建的系统进化树显示,6株病毒构成两个单元支,其中由褐家鼠携带的3株病毒与BjHD01株病毒的亲缘关系近,分在同一分支,由黄胸鼠携带的3株病毒构成另一分支,与L99、R22及Hb8610株的亲缘关系较近.结论 慈溪市的褐家鼠与黄胸鼠分别携带一种不同亚型的SEOV,表现出SEOV在同一地区的遗传多样性,并支持宿主与汉坦病毒共进化的理论.
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结核分枝杆菌毒素-抗毒素伴侣系统基因多态性初步研究
目的 研究结核分枝杆菌毒素-抗毒素伴侣(TAC)系统中higA、higB和Rv1957在结核分枝杆菌及其不同亚型菌株中的基因多态性,并探讨其生理意义.方法 选取183株结核分枝杆菌临床菌株,经间隔区寡核苷酸方法进行基因分型,同时分析TAC系统基因higA、higB和Rv1957的PCR扩增及序列,利用I-Mutant 2.0软件预测非同义突变对蛋白结构和功能的影响.结果 183株中138株(75.41％)属北京家族,45株(24.59％)属非北京家族.共149株菌(81.42％)的TAC系统发生突变,包括2种同义突变和6种非同义突变:同义突变发生于higA基因,仅见于北京家族菌株;3个基因均可见非同义突变,其中2种非同义突变仅见于非北京家族菌株,其余4种突变仅见于北京家族菌株.6种非同义突变中有4种突变可能影响蛋白的功能.位于higA基因的CAC121CAT突变位点在单耐链霉素和单耐利福平菌株中的突变频率高于敏感株,且差异有统计学意义(P＜0.05).结论 结核分枝杆菌中的TAC系统具有一定的基因多态性,其中北京家族呈现更高的多态性水平,可能更有利于适应不同的宿主环境.
关键词： 结核分枝杆菌 毒素-抗毒素伴侣系统 基因多态性 基因分型 -
青海省结核分枝杆菌临床分离株可变数目串联重复序列基因多态性研究
目的 初步了解青海省结核分枝杆菌临床分离株基因多态性和基因分型特征.方法 2009-2012年收集青海省疾病预防控制中心分离的结核分枝杆菌临床分离株,提取DNA,对15个可变数目串联重复序列(VNTR)位点进行PCR扩增和产物电泳分析,使用BioNumerics软件对菌株进行聚类分析.结果 共检测251株结核分枝杆菌临床分离株的15个VNTR位点,显示这些菌株有明显的基因多态性,15个VNTR位点中Hunter-Gaston指数＞0.6的VNTR位点有6个,位点分辨能力高的是MIRU26,经聚类分析,可分为4个基因群,238个基因型.4个基因群分别占4.9％、91.9％、1.6％和1.6％.结论 青海省流行的结核分枝杆菌菌株存在明显的VNTR基因多态性.
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福建省结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究
目的 了解福建省结核分枝杆菌的多位点可变数目串联重复序列基因分型(MLVA)的特征.方法 选择15个可变数目串联重复位点(VNTR),检测福建省30个耐药监测点临床分离的结核菌株,结果使用BioNumerics (Version 4.5)软件进行聚类分析.结果 313株结核菌被分为9个基因群(Ⅰ～Ⅸ),分别包含220、9、48、2、1、3、10、10、10株菌,以Ⅰ群为主(70.3％,220/313);Ⅰ群菌株异烟肼、链霉素、乙胺丁醇和耐多药的耐药率与其他基因群的差异无统计学意义(P＞0.05),但利福平(RFP)耐药率为33.2％(73/220),明显高于其他群菌株RFP的耐药率20.4％(19/93),差异有统计学意义(P＜0.05).结论 福建省结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,以Ⅰ群菌株为主,并与RFP耐药性具有相关性,应加强此类菌株流行的监测.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型 -
江苏省260株结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型研究
目的 研究江苏省结核分枝杆菌DNA指纹图谱的分布特征,分析北京家族株与结核分枝杆菌耐药的关联性.方法 江苏省30个耐药监测点收集260株结核分枝杆菌分离株,应用比例法检测分离株对于一线抗结核药物(异烟肼、链霉素、利福平和乙胺丁醇)的耐药性,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法进行基因分型,使用BioNumerics 5.0软件进行聚类分析,并与SpolDB4数据库比对.结果 260株结核分枝杆菌分离株可分为34个基因型(27个独特基因型和7个共享基因型),菌株经聚类分析分为两个家族:北京家族(80.4％,209/260)和非北京家族(19.6％,51/260).logistic回归分析显示,北京家族株能增加结核分枝杆菌耐多药的发生风险(OR=11.07,95％CI:1.45～84.50).非北京家族包括T1、T2、H3、H4、CAS、LAM、U和MANU2,其中CAS、LAM和MANU2家族在中国比较罕见,在江苏省是首次报道.结论 江苏省结核分枝杆菌流行株具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族,且该家族可能与结核分枝杆菌耐多药之间存在关联.
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中国炭疽芽胞杆菌荚膜质粒基因单核苷酸多态性研究
目的 研究中国炭疽芽胞杆菌(炭疽杆菌)荚膜质粒基因单核苷酸多态性(SNP)特征.方法 选择中国不同分离年代、地点和来源的95株炭疽杆菌,采用PCR方法扩增荚膜质粒基因上的23个SNP位点,然后进行测序并进行聚类分析.结果 通过聚类分析,95株炭疽杆菌可分为5个群,23个SNP位点中17个位点相同,6个位点存在多态性,其中17.89％(17/95)的菌株与参考菌株Pastuer同源,38.95％(37/95)的菌株与参考菌株Ames Ancestor同源,其余菌株则不同于目前已知的全基因组测序菌株；3株菌在PS-34位点扩增基因片段中缺失长度约80bp的序列,待测的SNP位点包括在该缺失片段中；9株菌株在所有SNP位点扩增阴性,经炭疽杆菌荚膜质粒基因特异引物扩增证实这些菌株缺失荚膜质粒基因.结论 中国炭疽杆菌荚膜质粒SNP位点具有遗传稳定性和自身的特异性,6个SNP位点可作为基因分型的指标.
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山东地区结核分枝杆菌临床菌株基因型特征研究
目的 探讨山东地区结核分枝杆菌临床分离菌株的基因型特征,评估不同基因型分布对于耐药结核菌近期传播的影响.方法 在山东地区选取13个结核病防治机构作为监测哨点收集临床分离菌株和相关信息,应用分枝杆菌散在重复单位(MIRU)技术分析结核分枝杆菌DNA多态性.结果 1年的研究期内共获得558株结核分枝杆菌,对12个MIRU位点进行检测共产生143个基因型,其中成簇基因型66个,成簇率86.2%.74.6%的菌株属于北京家族,177个(31.7%)菌株属于山东基因型.耐多药菌株的近期感染估计值明显低于敏感菌株.结论 山东地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,山东基因型菌株在人群中具有较强的传播能力.
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中国滇西北地区分离流行性乙型脑炎病毒的分子特征研究
目的 对中国滇西北地区分离的流行性乙型脑炎(乙脑)病毒进行分子特征研究,了解与云南省内其他地区病毒株的差异.方法 用RT-PCR的方法扩增滇西北地区分离的13株乙脑病毒PrM、E片段和3'非编码区,对扩增产物进行序列测定.用Clustal 1.8X、DNASTAR、GENEDOC等生物学软件进行核苷酸序列和系统进化分析.结果 基于PrM和E基因核苷酸序列的系统进化显示,滇西北分离的13株乙脑病毒中有12株属于基因Ⅰ型,1株为基因Ⅲ型;12株基因Ⅰ型乙脑病毒与云南省其他地区分离的病毒株处于不同分支;和云南省其他地区分离株之间E基因核苷酸序列差异度为0.2%～13.9%;3'非编码区存在两种核苷酸缺失情况,基因Ⅰ型毒株在终止密码子后出现3处缺失,而基因Ⅲ型毒株只有1处缺失.结论 滇西北地区乙脑病毒分离株以基因Ⅰ型为主,E基因核苷酸序列与云南省其他地区分离株差异不明显;基因Ⅰ型毒株在3'非编码区存在3处缺失,而基因Ⅲ型毒株则只有1处缺失.
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45个可变数目串联重复序列位点用于中国结核分枝杆菌基因型鉴定的分辨力评价
目的 评价结核分枝杆菌基因组中串联重复序列(VNTR)位点在中国结核分枝杆菌临床分离株的分型鉴定的分辨力.方法 参考http://minisatellites.u_psud.fr/网站记载的位点选取其中VNTR位点,参照H37Rv结核分枝杆菌标准株全基因序列,利用DNAStar软件设计引物,采用PCR分别对中国结核分枝杆菌临床分离株和H37Rv标准株的VNTR位点进行检测,根据PCR凝胶电泳图片中各菌株相应位点扩增产物的大小,确定重复单元的重复次数.计算Hunter-Gaston指数来分析各位点的分辨能力,及各位点合并分辨力.结果 共检测135株中国结核分枝杆菌临床分离株和H37Rv标准株的45个VNTR位点.结果显示45个VNTR位点对136株菌的分辨力各不相同,Hunter-Gaston指数大者为0.814(0.797～0.830),小者为0.015(0.001～0.028),＞0.5的有13个位点.位点的合并分辨力分析显示,随着位点数量增加,分辨力增强,如Qub11-b和Qub18两个位点合并分析,Hunter-Gaston指数为0.936,分组数为44组;Qub11-b、Qub18、Mtub21、Rv2372、MIRU26、Qub26、Qub4156c、Qub11-a和Qub15等9个位点合并分析,Hunter-Gaston指数已经达到1,组数为136组,表示已达到大分辨力,即株水平分型.结论 不同VNTR位点具有不同的分辨力.其分型分辨力,多位点联合明显好于单位点.Qub11-b等9个位点的合并分型能力较好,这些位点有利于结核分枝杆菌的分型研究.
关键词： 结核分枝杆菌 可变数目串联重复序列 基因分型 -
47株金黄色葡萄球菌临床血流感染分离株的基因分型研究
目的 研究金黄色葡萄球菌临床血流感染分离株的分子流行病学特征.方法 收集2006年1月至2008年12月解放军总医院分离的临床血流感染金黄色葡萄球菌菌株(共47株),标本来源均为患者静脉血.采用琼脂稀释法检测所有菌株对多种抗生素的耐药性,PCR方法 检测pvl毒素基因,DiversiLab~(TM)Rep-PCR分型系统分析菌株的同源性;对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行葡萄球菌染色体/mec(SCCmec)分型以及ST239型别的快速筛查;综合分型和药敏试验结果,挑选部分代表菌株进行多位点序列分型(MLST).结果 47株血流感染金黄色葡萄球菌中,pvl基因检出率为4.3%.MRSA占51.1%.MRSA均为SCCmec Ⅲ型菌株;Rep-PCR分为A～L共12个型,其中A型为主要的型,共22株(46.8%),所有的MRSA均属于A、B两型.结论 47株临床血流感染金黄色葡萄球菌中的MRSA绝大部分为多重耐药克隆ST239-MRSA-SCCmecⅢ型.
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广东省2008-2015年诺如病毒感染暴发的危险因素分析
目的 研究2008-2015年广东省诺如病毒感染暴发疫情的危险因素,为诺如病毒感染的预防控制工作提供参考依据.方法 通过“突发公共卫生事件报告管理信息系统”收集2008年1月1日至2015年12月31日广东省报告的诺如病毒感染暴发疫情资料,并进行流行病学分析.采用RT-PCR方法对2012-2015年73起诺如病毒感染暴发疫情的372份阳性标本进行基因测序亚型分析.结果 2008-2015年广东省共报告96起诺如病毒感染暴发疫情,其中2013-2015年共报告80起(占83.3％,80/96).暴发地点在学校的占全部疫情的85.4％(82/96);传播途径为食源性传播占40.6％(39/96),接触传播占24.0％(23/96),水源性传播占7.3％(8/96).基因测序亚型分析显示,2012-2013年的暴发主要由GⅡ.4/Sydney2012型诺如病毒感染引起(占30.0％,6/20),2014-2015年的暴发主要由GⅡ.17型诺如病毒感染引起(占62.3％,33/53).结论 食源性和接触传播及新出现的2种诺如病毒变异株GⅡ.4/Sydney2012变异株和GⅡ.17是引起广东省诺如病毒感染暴发的主要原因.
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上海市静安区2010-2015年肺结核传播状况及影响因素分析
目的 了解上海市静安区肺结核传播状况及其影响因素.方法 收集2010-2015年上海市静安区结核病定点医院诊治的肺结核患者中分离到的结核分枝杆菌进行药物敏感性试验,采用12个位点(QUB 11b、QUB18、Mtub21、Miru26、QUB26、Mtub04、Miru31、Miru40、VNTR2372、VNTR3820、3232、4120)结核分枝杆菌可变数目串联重复序列(MIRU-VNTR)多态性分析,结合现场流行病学调查,分析结核分枝杆菌的成簇特征及其影响因素.结果 80株结核分枝杆菌菌株总耐药率为28.75％(23/80),总耐多药率为16.25％(13/80).MIRU-VNTR基因型分型结果显示,58例患者的分离株为单一基因型(72.50％,58/80),22例为成簇菌株,成簇比为27.50％(22/80),共分7个簇,每簇含2～10例菌株.结核分枝杆菌近期传播影响多因素分析结果显示,耐多药(OR=35.799,95％CI:4.239～ 302.346)和合并症(OR=7.695,95％CI:1.421～41.658)与近期传播有关.成簇病例的现场流行病学调查发现,1个簇患者含有10例耐多药结核病患者(MDR-TB),9例患者相互间认识,有确定的联系,1例患者有可能的联系.结论 2010-2015年上海市静安区肺结核患者中存在一定比例的近期传播,耐多药和合并症是结核病近期传播的重要危险因素.
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串联重复序列及其在鼠疫菌基因分型中的应用
串联重复序列广泛的存在于真核生物和原核生物基因组中,早在1960年后期人们就在真核生物基因组中得到了大量的串联重复DNA序列[1] ,但直到近20年才得到越来越广泛的应用[2].在真核生物基因组中串联重复分为以下三种:卫星DNA(核心序列长度在几百个bp之间)、小卫星DNA(核心序列长度在10～100 bp之间)、微卫星DNA(核心序列长度＜10 bp).很多地方又把小卫星DNA称作可变数目串联重复序列(VNTR),将微卫星DNA称作短串联重复序列(STR)[3].在真核基因组中,串联重复DNA大多并不同编码区域相接近,主要位于基因外区域[4].重复DNA可以由单个的核苷酸组成,也可以由大量或少量的多核苷酸重复而成.大多数甚至全部的高等真核生物中分布着几个或数千个的短串联重复序列拷贝[5],这些序列元件在不同的个体中呈现出高度的多样性,这些串联重复序列初由Nakamura等定义为STR或微卫星和小卫星DNA这一术语,但其中的一些重复,特别是代表一个单独的基因座并且在个体之间存在长度多样性的重复也被称做VNTR基因座.VNTR和STR作为重要的遗传标记系统,现在已经广泛应用于肿瘤生化研究、法医学个体识别、亲权鉴定和群体遗传学分析等领域.
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鲍曼不动杆菌医院感染的危险因素及基因分型研究
目的了解鲍曼不动杆菌医院感染现状及危险因素,并证实院内危重病人监护病房(ICU)是否存在由鲍曼不动杆菌同源性菌株引起的感染.方法对重庆市4所医院内由鲍曼不动杆菌引发的院内感染140例患者的危险因素进行1∶1病例对照研究;同时将近期内某院ICU分离的鲍曼不动杆菌进行M13-PCR扩增分型.结果研究表明与鲍曼不动杆菌医院感染相关的危险因素依次为病情( OR= 8.691)、免疫抑制剂( OR= 4.85)、机械通气( OR= 3.68)、抗生素使用种类( OR= 3.014).基因分型结果显示从ICU分离的11株鲍曼不动杆菌,其中有5株的基因型完全相同.结论病情、免疫抑制剂、机械通气和抗生素使用种类为鲍曼不动杆菌医院感染危险因素;院内ICU存在多重耐药鲍曼不动杆菌的感染,应加以控制.
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黑龙江省东部边境口岸莱姆病生物媒介调查及病原分型研究
目的 调查黑龙江省东部中俄边境口岸蜱的种类、分布、携带莱姆病螺旋体情况及病原基因型.方法 捕蜱采用布旗法;蜱带莱姆病螺旋体率采用直接荧光法检查;病原体分离培养采用BSKⅡ培养基,对分离到的螺旋体用单克隆抗体(H5332、H6831、H9724)、SDS-PAGE蛋白图谱分析、PCR-RFLP分析以及基因测序等方法进行表型和基因分型研究.结果 黑龙江省东部7个中俄边境口岸蜱的种类为1科3属4种,即硬蜱科硬蜱属全沟硬蜱,革蜱属森林革蜱,血蜱属嗜群血蜱和日本血蜱.不同生态环境中蜱的分布不同,各口岸优势蜱种不同.全沟硬蜱带莱姆病螺旋体率较高,平均为31.4%,森林革蜱和嗜群血蜱的带菌率较低,平均为2 2%和3 8%,日本血蜱中未检出阳性者.首次在中俄边境口岸--东宁、同江采集的全沟硬蜱中分离到伯氏疏螺旋体并鉴定为B.garinii基因型.结论 黑龙江省东部边境口岸为莱姆病的自然疫源地.
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上海市浦东地区淋病奈瑟菌分型与耐药性的相关分析
目的了解上海市浦东地区淋病病原体奈瑟双球菌的不同基因分型及各基因型与耐药性之间的对应关系.方法运用随机扩增多态性DNA(RAPD)指纹图谱对78株分离自不同患者淋球菌菌株进行区分,从分子水平对淋球菌进行基因分型,并在此基础上探讨不同的基因分型与耐药性之间的关系.结果78株淋球菌分离株RAPD图谱上相似,但各菌株基因图谱之间有明显不同DNA多态性,可将菌株区分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三种基因分型,对此三种基因分型与A、B、C、D四种不同的耐药类型进行对应分析,发现耐药类型与基因型别之间存在对应关系.结论通过研究发现浦东地区淋球菌流行株有着不同的耐药特点及基因型别,耐药性与不同的基因分型之间存在着一定相关性.
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青藏高原鼠疫耶尔森菌基因型分布
目的研究青藏高原鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因组型分布特征.方法对分离到的青藏高原鼠疫菌297株,根据已经证实的22个差异区段设计引物,每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用PCR技术进行验证.结果在喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地中,鼠疫菌基因组型有9种,分别为1、5、6、7、8、10、11、新基因组型和Ype-ancestor型,其中以5、8和10型为主,3种基因组型合计所占比例为80.6%(204/253),而且不同地区鼠疫菌基因组型的分布也不一致.青藏高原青海田鼠鼠疫疫源地鼠疫菌基因组型全部为14型.结论青藏高原鼠疫菌基因组型分布具有明显的地理特征.根据基因组型的分布状况推测出了鼠疫菌在青藏高原的传播路径.
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人乳头瘤病毒基因分型芯片的建立及其在临床中的应用
目的建立一种适合于临床应用的人乳头瘤病毒(HPV)基因分型检测新方法,并通过对宫颈分泌物标本检测,验证HPV基因分型检测新方法的临床使用效果.方法利用HPV保守的L1区设计各型PCR扩增通用引物,根据GenBank中HPV的型特异性序列设计、合成分型探针,制备可对16、18、31、33、35、39、45、51、52、53、56、58、59、66和68型15种高危型和6、11和42型3种低危型HPV进行联合分型检测的膜芯片.通过对100例宫颈炎患者宫颈分泌物标本进行检测,以了解临床使用效果;对阳性标本进行测序以验证分型的准确性;对标准品进行测定以检测其灵敏度.结果在100例临床样品中发现HPV感染病例30例,其中包括高危型中的HPV16、18、33、45、51、58和66,以及低危型中的HPV6、11和42,既有单一型感染也有混合型感染.灵敏度经标准品验证可达10个拷贝的HPV DNA分子.对单一类型感染基因测序分型证实,所建立的HPV基因芯片分型结果与测序结果完全一致.结论利用PCR-膜芯片技术建立的HPV基因分型诊断方法可以简便、有效地检出所有已知的高危型和低危型HPV,并能明确其基因类型,适用于临床HPV感染的实验室诊断与流行病学研究.
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多位点可变串联重复序列技术用于西藏地区结核分枝杆菌基因分型的初步研究
目的 初步探讨多位点数目可变串联重复序列(MLVA)技术在西藏地区结核分枝杆菌基因分型中的应用和初步了解西藏地区结核分枝杆菌数目可变串联重复序列(VNTR)基因型种类及其分布.方法 在拉萨、山南、林芝、日喀则、那曲、昌都6个地区结核病防治中心收集结核分枝杆菌临床分离菌株,设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌20个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 4.5软件进行DNA指纹图谱多态性分析.结果 共收集到217株结核分枝杆菌,分为19个不同的VNTR基因型,其中以Ⅺ型为主要基因型占87.6%(属于北京家族),其次Ⅵ型、Ⅹ V型、ⅩⅥ型各占1.38%,Ⅰ型、Ⅶ型、ⅩⅢ型各占0.92%,12株结核分枝杆菌为单一的基因型.不同地区之间,以Ⅺ型为主要基因型,分别占各地区的86.8%、91.3%、78.95%、88.2%、95.0%、89.3%.结论 西藏地区的结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为VNTRⅪ型(即北京家族基因型),初步研究结果显示北京家族基因型与卡介苗接种和耐药性无相关性.MLVA分型方法简单、快速,可以有效地用于结核分枝杆菌的基因分型和病原监测.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点可变串联重复序列技术 基因分型
