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武威地区丙型肝炎基因分型情况分析
目的:了解武威地区丙型肝炎基因分型特征,为HCV感染者的个体化治疗提供科学依据.方法:实时荧光定量RT-PCR检测70例抗-HCV阳性血清标本,并对血清标本PCR扩增基因片段,测定核苷酸序列进行基因分型.结果:70例标本中HCV1b型38例,占54%;HCV2a型21例,占30%;HCV1b/2a混合型9例,占13%;HCV2b型2例,占3%.结论:武威地区HCV基因型主要为1b型,其次为2a型,同时存在1b/2a混合型和2b型,与相邻城市HCV基因型分布比较有一致和差异.
关键词： 丙型肝炎病毒 荧光定量RT-PCR 测序 基因分型 -
鹤山地区HPV基因型别分布调查情况分析
目的：调查广东省鹤山市户籍人群人乳头瘤病毒(HPV)感染状况,分析HPV型别和年龄分布特征。方法利用飞行时间质谱技术/二代高通量测序技术对8966例女性户籍人口进行14种高危型HPV和2种低危型HPV基因分型检测。结果检出HPV总阳性率为6.3%,HPV检出率前3位型别分别是HPV52(22.35%)、HPV16(12.34%、HPV58(10.45%)。35~44岁年龄组检出率高。比较各年龄段HPV检出率,差异有统计学意义(P<0.05)。在CIN2/3中HPV检出率前3位型别分别是HPV33(29.03%)、HPV16(27.54%、HPV58(15%)。结论鹤山市户籍人口HPV感染较高的型别为HPV52、16、58,HPV33感染率虽较低,致癌性比较强。
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药物试验致损谁之过?
案例背景受试者李兰,女,80岁,因自愿接受某医院研究中心关于心房颤动疾病药物DU-176b相对于Warfarin(华法林)疗效的试验,于2010年1月4日与该院研究中心签署<知情同意书>、<基因分型知情同意书>,由该中心研究医生陈华负责此次试验.
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江西省部分医院临床分离沙门菌耐药性与分子分型研究
目的 研究江西省部分医院临床分离的致泻沙门菌耐药性与分子分型,为临床科学选择抗菌药物提供参考.方法 采用微量肉汤稀释法和基因检测技术,对江西省部分医院临床分离的腹泻性沙门菌进行药敏试验和基因分析.结果 从医院住院感染性腹泻患者送检标本中分离出沙门菌103株,对四环素耐药率达到61.17％,有27.18％的菌株呈现多重耐药性.该省多数地区医院分离的沙门菌对磺胺类、四环素类、头孢类抗菌药物耐药率均有上升趋势,对喹诺酮类抗菌药物较敏感.从2015年分离的菌株基因分型检测发现52种带型,每种带型包含菌株为1～3株,相似度为0％～ 100％.结论 该省医院分离的腹泻感染沙门菌耐药状况比较严重,菌株PFGE带型呈现多样性,提示应加强抗菌药物管理.
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厦门地区耐药鲍曼不动杆菌基因分析
目的 研究临床分离耐药鲍曼不动杆菌基因分型情况,为临床耐药菌感染控制提供理论依据.方法 采用凝胶电泳方法,对厦门地区医疗机构临床分离的耐药鲍曼不动杆菌基因型进行了检测与分析.结果 本次分析的386株鲍曼不动杆菌分别来自厦门地区3所医院感染病人标本,并经药敏试验证明均为耐药菌株.经对349株菌进行限制性内切酶酶切后PFGE电泳,每株约出现21～ 33个电泳条带,分子量在30～800 kb之间.菌株间相似值在45.9％～100％,分为242个型,说明本地区临床分离的鲍曼不动杆菌具有高度的同源性.结论 厦门地区医院临床分离耐药性鲍曼不动杆菌在基因分型上具有比较高的同源性,显示本地区此类细菌感染特性.
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2016-2017年江西省食源性沙门菌分子分型及耐药性分析
目的 研究2016-2017年江西省食源性沙门菌的耐药情况及PFGE分子分型,为临床用药及感染源的溯源提供依据.方法 采集江西省部分医院就诊的食源性疾病患者的粪便或肛拭子样本,将沙门菌自样本中分离培养和鉴定.采用微量肉汤稀释法及脉冲场凝胶电泳(PFGE)对沙门菌进行耐药性分析与分子分型.结果 自样本中分离出146株沙门菌,对13种抗菌药物均有耐药,对氨苄西林(AMP)、四环素(TET)和萘啶酸(NAL)耐药率较高,分别为71.72％、65.07％和50.00％,对头孢西丁(CFX)和亚胺培南(IPM)耐药率较低,分别为2.74％和5.48％;多重耐药菌构成比2016年为62.21％,2017年为79.21％;多重耐药谱型2016年有16种,2017年有50种;沙门菌分子型2016年有37种,2017年有65种.结论 2016-2017年江西省食源性疾病患者感染的沙门菌耐药状况较为严重,2017年沙门菌耐药率高于2016年,应采取综合性措施控制耐药性发展.菌株PFGE图谱的聚类分析可揭示沙门菌之间的亲缘关系,为食源性沙门菌病暴发流行的识别和溯源提供依据.
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临床分离不动杆菌对耐碳青霉烯类耐药表型与基因分型特征研究
目的 研究携带不同碳青霉烯酶编码基因不动杆菌的耐药表型与基因分型特征.方法 采用药敏试验和Rep-PCR技术,对临床分离不动杆菌进行耐药分型检测和同源性分析.结果 检出16株携带blaOXA-72基因与16株携带blaOXA23-like基因的鲍曼不动杆菌耐药表型相似、基因分型一致.该16株鲍曼不动杆菌对哌拉西林、哌拉西林他唑巴坦、阿米卡星、庆大霉素、环丙沙星、左氧氟沙星等抗菌药物的耐药率均高于携带blaNDM-1基因的不动杆菌.8株携带bla NDM-1基因的不动杆菌分为5个Rep-PCR型,且与携带blaOXA-72或blaOXA-23-like基因的不动杆菌基因分型差异较大.Rep-PCR与MLST分型的结果相符.结论 产OXA类与NDM类不动杆菌菌株的耐药表型与基因分型的差异较大.具有相同耐药机制不动杆菌在不同医院的克隆传播可能是我国碳青霉烯类耐药不动杆菌广泛播散的主要原因.
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宁波地区致泻性病原菌检测与主要流行株的分子分型研究
目的 了解宁波地区致泻性病原菌组成和主要流行株的基因分型,探讨菌株的同源性,为追踪传染源提供依据.方法 病原菌检测采用直接与增菌分离相结合的方法；细菌鉴定采用生化筛检和API等法；细菌分型采用诊断血清和PFGE分型.结果 本组9 256份样本检出8类16种3 473株致泻性病原菌,检出率为37.52％,以副溶血性弧菌高,与其他病原菌比差异有统计学意义(P＜0.05)；血清分型发现副溶血性弧菌的O3群、沙门菌的甲型副伤寒、志贺菌的福氏志贺菌、致病性大肠埃希菌Ol19为各病原菌的优势菌；PFGE分型副溶血性弧菌分出19个,伤寒沙门菌分出3个,甲型副伤寒沙门菌分出1 2个.结论 副溶血性弧菌是引起宁波地区感染性腹泻主要的流行株,PFGE分型能显示菌株间的亲缘关系,PFGE分子分型可分析菌株的来源,为流行病学追踪传染源提供依据.
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70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因分型研究
目的 了解结核分枝杆菌临床分离株相关基因型的分布情况,并分析北京家族菌株与耐药的相关性.方法 收集浙江省结核分枝杆菌临床分离株,常规罗氏培养基培养,应用Spoligotyping进行基因分型研究,聚类分析采用BioNumerics软件,统计学分析采用卡方检验.结果 70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(Non-Beijing family),分别占70%(49/70)和30%(21/70),18种基因型,其中12株为独特类型,剩余58株分为6簇.北京家族菌株中,89.8%(44/49)为典型北京家族(typicalBeijing family),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为13个基因型,9株为独特的基因型.北京家族菌株中表现为全敏感者71.4%(35/49),表现为耐药者为28.6%(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7%,表现为耐药者为33.3%,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(x2=0.158,P>0.05).结论 北京家族菌株为浙江的流行优势菌株.北京基因型与耐药无明显相关性.
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浙江省台州地区6014例女性宫颈人乳头瘤病毒感染情况及流行病学分析
目的 了解浙江台州地区女性宫颈人乳头瘤病毒(HPV)感染率以及基因亚型的分布特征.方法 采用液相芯片技术对浙江省台州医院妇科门诊就诊患者的宫颈脱落细胞共6 014例进行HPV基因分型检测,并对该地区女性HPV感染率、基因亚型分布等进行分析.采用SPSS 16.0软件对所得资料进行统计,组间率的比较用x2检验,P＜0.05为差异有统计学意义.结果 浙江台州地区女性HPV总感染率为22.15％(1 332/6 014),单一型感染率为16.53％ (994/6 014),多重感染率为5.62％ (338/6 014).HPV阳性患者中高危型HPV感染次数占86.01％(1 537/1 787),感染率从高到低依次为HPV52 (17.80％)、HPV16 (11.86％)、HPV58(10.24 ％)、HPV56 (5.74％)和HPV18(5.54％).51～60岁组感染率(29.58％)与总感染率(22.15％)比较差异有统计学意义(P＜0.05),且不同年龄组女性宫颈HPV感染各亚型分布情况差异有统计学意义.结论 浙江省台州地区女性HPV感染率较高,且以高危型HPV52、16、58感染为主,要重视老年妇女的高危型HPV感染.
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上海市浦东新区丙型肝炎病毒感染者基因分型与危险因素分析
目的 了解上海市浦东新区丙型肝炎病毒(HCV)基因分型现状,掌握HCV感染的主要危险因素.方法 采用病例对照研究的方法,通过问卷调查分析浦东新区2008-2009年报告的109例HCV感染者(病例组)和109例健康者(对照组)的危险因素,同时利用巢式RT-PCR检测血清HCV RNA,并进行基因分型,后比较各基因亚型的社会人口学特征和感染危险因素.结果 病例组与对照组的职业和文化程度构成显著不同.多因素logistic回归分析显示,输血/血制品使用史(OR=13.97)、创伤性美容史(OR=4.03)和修面/刮胡须史(OR=4.72)是HCV感染的可能危险因素.病例组患者血清HCV RNA检出率为63.83％ (60/94),以1b亚型(51.67％)和2a亚型(15.00％)为主;但同时存在1a、3a、3b、6a、6n亚型.其中,1b和2a亚型的感染者年龄较高,且退休人员的比例较高.各亚型患者间,仅创伤性美容史的分布有差异.结论 输血/血制品使用、创伤性美容和修面/刮胡须是浦东新区HCV感染的主要危险因素.本地区HCV基因型仍以1b/2a亚型为主,但其他亚型并存,且各亚型的流行特征存在一定差别.
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71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究
目的 初步探讨浙江省结核分枝杆菌的数目可变串联重复序列(VNTR)的分型及分布特征.方法 随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应(PCR)分别对VNTR位点进行检测分析,基因分型聚类分析采用BioNumerics软件.结果 对71株结核分枝杆菌临床分离株的15个VNTR位点进行检测.结果 显示明显的基因多态性.经基因聚类分析,可分4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群),58个基因型.分别为I群占8.5%,含5个基因型,Ⅱ群占18.3%,含13个基因型,Ⅲ群占70.4%,含38个基因型,Ⅳ群占2.8%,含2个基因型.结论 初步证实浙江省结核分枝杆菌VNTRs基因存在明显的多态性,至少存在4个VNTR型,主要流行型为Ⅲ型.
关键词： 结核病 结核分枝杆菌 基因分型 多为点数目可变串联重复序列分析 -
宫颈炎患者人乳头瘤病毒基因分型的研究
目的 对宫颈炎患者进行人乳头瘤病毒(HPV)的基因分型,以探讨其临床意义.方法 应用 DNA 杂交技术对 442 例 HPV 临床可疑患者进行基因分型检测,同时采用实时荧光定量 PCR 检测 16/18 和 6/11 亚型.结果 442 例样本中,HPV 感染者 157 例,阳性率 35.52%,检出高危型 HPV(HPV-16,18,31,33,35,45,52,53,56,58,59,66,68,73,83,MM4)84 例,占感染病例数 53.50%.检出低危型 HPV(HPV-6、11、43)73 例,占感染病例数的 46.50%.38 例样本中包括了 2～4 种亚型的混合感染.实时荧光定量 PCR 阳性检出率为 29.86%,与前种方法比较,漏诊率为 5.66%.结论 DNA 杂交技术检测 HPV 基因分型,可1次检测 HPV 多种亚型,其灵敏性和特异性均较好,有利于对 HPV 多重感染的诊断,可作为宫颈癌的筛查手段.
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自然发生SARS病例的病毒基因溯源分析
目的 SARS病毒基因分型特别有助于病毒的溯源和控制.方法 对GenBank登记的SARS病毒和SARS样病毒等有关病毒序列进行了分析,以牛冠状病毒,鸟冠状病毒和冠状病毒科的Breda病毒为外组,构建了SARS病毒和SARS样病毒系统进化树,并进行单核苷酸变异分析.结果 发现两次SARS自然流行的病毒可分为两个明显不同的聚类;首次把第二次流行时从人类中分离的SARS病毒和从果子狸等动物中分离的SARS样病毒分为H和P基因型;H/P型的主要依据在病毒的非结构多蛋白基因序列而不是Spike基因序列.结论 两次SARS自然流行的病毒可能以不同的特性感染人类而不是简单的重复.结合流行病学资料,对第二次流行时的SARS病毒进行分子水平的溯源分析,前两例指标患者的病毒和果子狸等动物的SARS样病毒基因序列的直接关系仍不明确.并对SARS病毒的原型、蝙蝠中的冠状病毒牵连等提出了一些新的观点.
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甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌DNA分型初步研究
目的 了解目前甘肃结核分枝杆菌流行株的基因型特征,并评价两种基因分型方法的应用价值.方法 收集甘肃省结核分枝杆菌临床分离菌株,分别采用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)和间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)技术进行基因分型,用BioNumerics软件进行聚类分析后,进行结果综合分析、比对.结果 利用MLVA分型方法,228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个主要基因型;Spoligotyping可将228株结核分枝杆菌分为4个基因群,8个主要基因型,其中大的基因型为北京家族基因型.两种方法在基因型分型方面经卡方检验差异无统计学意义(x2=0.06,P＞0.05).结论 两种方法对结核分枝杆菌的分型效果良好,重复性高,操作简便,可试用于大规模分子流行病学调查.北京家族是甘肃主要的流行基因群.
关键词： 结核分枝杆菌 基因分型 多位点串联重复序列分析 间隔区寡核苷酸分型 -
四川省结核分枝杆菌VNTR分型研究
目的 评价不同串联重复序列(VNTR)位点在四川省结核分枝杆菌中的基因多态性,以及不同VNTR位点组合在四川省结核分枝杆菌基因分型中的应用.方法 采用多位点数目可变串联重复序列分析技术(MLVA)对102株四川省结核分枝杆菌菌株的15个VNTR位点进行分析,基因多态性分析采用Hunter-Gaston指数,聚类分析采用BioNumerics软件.结果 15个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点Mtub21 (HGI 0.772)和MIRU26( HGI 0.764)的多态性较高,ETR-C(HGI 0.168)和MIRU23 (HGI 0.077)的多态性较差.ETR-B和ETR-C两个位点在对四川省北京基因型结核分枝杆菌进行分型时则不具有多态性.对不同的VNTR位点组合进行比较,随着VNTR位点的增加,VNTR分型方法的分辨能力也有所提高.10个VNTR位点组合的分辨指数与15位点组合的分辨指数相差不大.同一VNTR位点在不同地区北京基因型菌株中的分辨力也存在较大的差异.结论 不同VNTR位点在四川省结核分枝杆菌中具有不同的分辨力,并且同一VNTR位点在不同地区的北京家族菌株中的分辨力也不同.10个VNTR位点组合的基因分型方案可用于四川省结核分枝杆菌基因分型的一线方法.本研究的数据结果对挑选适合中国结核分枝杆菌基因分型的VNTR位点组合法具有重要的作用.
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军团菌分子生物学分型测定及其实用性研究进展
军团菌病首次暴发至今已有30多年历史,临床上对于军团菌的检测方法很多,细菌分离培养是军团菌检测的"金标准".近年来,分子生物学方法检测军团菌已被越来越多的实验室所认可.本文对军团菌分子生物学检测和分型方法及其用于检测的目的基因作简要概述,并对其优劣和实用价值进行探讨.
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强制戒毒人员丙型肝炎病毒基因型对丙氨酸氨基转移酶的影响
目的 了解强制戒毒人群中丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)基因分型及其对丙氨酸氨基转移酶(alanine aminotransferase,ALT)的影响.方法 连续抽取2016年5～7月上海市强制隔离戒毒所首次接受戒毒治疗、并有静脉注射史的所有对象.采用ELISA方法进行HCV抗体筛查和巢式RT-PCR进行血清HCV RNA的测定,PCR结果阳性者作为本研究对象,通过问卷调查了解HCV阳性对象的人口学和行为学特征,将纳入对象进行基因分型和血清ALT检测,初步了解该人群中HCV基因分型对ALT的影响.结果 210例HCV阳性对象被纳入.共分离到4种基因型和9种基因亚型,其中基因型别以3型为主(38.57％).HCV基因亚型以6a (21,90％),3a (21.43％)和1b (19.05％)为主;同时存在1a、2a、2b、3b、6n和6e.210例研究对象中ALT异常率为27.14％,男性(32.67％)高于女性(13.33％);感染3型的患者ALT异常率为43.21％,高于其他型别的异常率,差异有统计学意义(x2=17.673,P=0.001);感染3型的患者ALT几何均数为34.6,高于其他型别的几何均数,差异有统计学意义(U=19.248,P=0,000).多因素logistic回归结果显示男性(OR=2.56)、基因型3(OR3.1=3,17;OR3;6=3.59)是ALT异常的主要危险因素.结论 基因型3,6和1型为强制戒毒HCV感染者的优势基因,3型和1型对该人群肝功能的损伤发挥重要作用.
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基因芯片在个体化医疗的实际应用博奥生物的HLA基因分型技术服务介绍
人的所有特征和疾病几乎都与人的基因组相关,在人类个体之间,约有四千分之一的DNA序列不同,这些不同导致了人们对许多疾病易感性的不同,也影响了个体对同一治疗的反应不同.
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甘肃省202株鼠疫耶尔森菌基因型分布及流行特征分析
目的 研究甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因分型分布及其流行特征.方法 根据鼠疫菌基因组23个差异区段设计引物,采用PCR技术,分析甘肃省202株不同来源的鼠疫菌.结果 202株鼠疫菌共分为8个基因型,即1b、5、7、8、13、26、GS1型(新基因型)和GS2型(新基因型).自20世纪60年代起至今分离到1b、8和GS1基因型,而自1977年后再未分离到7、13、26基因型,在1995年后才分离到GS2、5基因型.结论 甘肃省1b、8和GS1基因型鼠疫菌自20世纪60年代起持续流行至今,7、13和26基因型菌已有40余年未分离到,而GS2和5基因型菌自20世纪90年代才开始流行.
