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内蒙古地区结核分枝杆菌串联重复序列基因多态性分析
目的 了解内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株的串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)基因多态性和VNTR基因型构成,及不同VNTR位点在该地区结核分枝杆菌基因分型中的应用.方法 从内蒙古自治区结核病防治研究所收集临床分离的结核分枝杆菌菌株及其病例背景资料,采用多位点串联重复序列分析(MLVA)对收集的菌株进行22个VNTR位点分析,计算Hunter-Gaston指数(HGDI),分析各个位点的分辨率,同时用BioNumerics软件对VNTR结果进行聚类分析.且统计学分析民族与主要基因型间的关系.结果 372株菌共分为308个基因型,47簇,261个独特基因型,成簇率为17.20％.22个VNTR位点的基因多态性存在较大的差异,位点VNTR3820(HGDI 0.838)的分型分辨能力高,MIRU23(HGDI 0.068)和MIRU27(HGDI 0.083)分型分辨能力较差.随着VNTR位点的增加,分型的分辨能力也有所提高.Ⅰ群基因型菌株与民族易感性的分析表明,汉族与蒙古族间Ⅰ群基因型菌株分布差异无统计学意义(x2 =0.337,P=0.561 ＞0.05).结论 内蒙古地区结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,不同VNTR位点在内蒙古地区结核分枝杆菌中具有不同的分辨能力.且Ⅰ群基因型为该地区主要流行株,而Ⅰ群基因型菌株与民族易感性间无关联.
关键词： 结核分枝杆菌 可变数目串联重复序列 基因多态性 多位点串联重复序列分析 -
沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析
目的 应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征.方法 抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点串联重复序列分析(MLVA).结果 药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素(头孢嚷肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋)均未产生耐药性.PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sa116位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别.结论 分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发.目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化.
关键词： 汤卜逊沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点串联重复序列分析 分子分型 -
多位点串联重复序列分析应用于中国肠炎沙门菌分型能力的评价
目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国肠炎沙门菌分子分型的能力,建立我国肠炎沙门菌MLVA分型标准操作方法及数据库.方法 根据国际PulseNet公布的肠炎沙门菌PFGE和MLVA分型方案,对来自我国6个省(直辖市)的289株肠炎沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这两种分型方法对我国肠炎沙门菌分离株的分型能力.结果 289株肠炎沙门菌经Xba Ⅰ酶切,PFGE后获得55种带型,其分辨能力(D值)为0.8433.PFGE优势带型为JEGX01.CN0003及JEGX01.CN0001,带型频率分别为35.6％、25.6％,但二者仅表现两个条带的差异,其余型别均低于5％.采用MLVA分析,获得63种型别,分为2个群,D值为0.8608,说明MLVA分辨能力高于单酶切PFGE,但分型能力仍然有限.MLVA主要型别ST1包含了97株菌株,占37.5％,分布于各省及各年份.若联合PFGE及MLVA分型,则产生104种型别,D值为0.9058.对流行病学调查显示为肠炎沙门菌暴发病例菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,结果均显示这些菌株具有明显的聚集性,但不能与同期散发菌株完全区分开.结论 MLVA与PFGE分型方法的分辨能力在肠炎沙门菌中较低,在确认肠炎沙门菌引起的暴发事件时,需紧密结合流行病学调查资料,采用双酶切PFGE或MLVA进行分型分析.
关键词： 肠炎沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点串联重复序列分析 分子分型 -
黑龙江省肠出血性大肠埃希菌遗传基因型别的研究
目的 对肠出血性大肠埃希菌(EHEC)的遗传基因刑别进行不同分子分型方法的对比研究,从分子流行病学角度分析黑龙江省EHEC的检出情况,并对多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于 EHEC 的分型效果进行评价.方法 采用毒力基因鉴定、核酸脉冲场凝胶电泳(PFGE)与MLVA 3种方法对70株EHEC进行遗传基因型别分析.结果 70株菌中有12株含有eaeA基因,7株含有hlyA基因,1株含stx1与 stx2,2株含有stx2基因.在PFGE的研究中,依据经XbaⅠ酶切后,具有相同电泳图谱的菌株被定义为PFGE同一群落的菌株,将47株菌株分成35个型别.MLVA通过对7个位点的串联重复序列的比较研究,发现10株O157菌株在7个位点上等位基因的数目为2～5种,10株细菌被分为8个MLVA的型别.结论 在农户养殖中存在EHEC的水平传播,MLVA的6个分型位点对EHEC O157菌株都有部分菌株不存在等位基因,还需增加菌株数量以对其分型位点做进一步研究.
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脉冲场凝胶电泳和多位点串联重复序列分析应用于中国鼠伤寒沙门菌分型能力的评价
目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点.方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点,简称MLVA-EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力.结果 175株鼠伤寒沙门菌经Xba Ⅰ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823.对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型.用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758.应用MLVA_PN分析,获得98种型别,D值为0.9763.两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性.对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性.结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析.
关键词： 鼠伤寒沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点串联重复序列分析 分子分型 -
甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌DNA分型初步研究
目的 了解目前甘肃结核分枝杆菌流行株的基因型特征,并评价两种基因分型方法的应用价值.方法 收集甘肃省结核分枝杆菌临床分离菌株,分别采用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)和间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)技术进行基因分型,用BioNumerics软件进行聚类分析后,进行结果综合分析、比对.结果 利用MLVA分型方法,228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个主要基因型;Spoligotyping可将228株结核分枝杆菌分为4个基因群,8个主要基因型,其中大的基因型为北京家族基因型.两种方法在基因型分型方面经卡方检验差异无统计学意义(x2=0.06,P＞0.05).结论 两种方法对结核分枝杆菌的分型效果良好,重复性高,操作简便,可试用于大规模分子流行病学调查.北京家族是甘肃主要的流行基因群.
关键词： 结核分枝杆菌 基因分型 多位点串联重复序列分析 间隔区寡核苷酸分型 -
多位点串联重复序列分析在钩端螺旋体基因分型和流行病学中的应用
由于许多致病性细菌在遗传学上非常相似,使得细菌间的鉴别非常困难.近年来,随着越来越多的细菌全基因组序列分析和测定,DNA串联重复序列逐渐吸引了人们关注的目光.
关键词： 钩端螺旋体 多位点串联重复序列分析 -
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLVA分型研究
目的 对部分2000～2005年北京分离株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行多位点串联重复序列分析(MLVA),为探索易行的分型方法提供依据.方法 对49株MRSA进行MLVA分型.并与PFGE分型结果进行比较.观察MLVA方法的分型效率和特征.结果 49株MRSA在分析时的MLVA分辨系数为0.820,共产生12种条带类型,C、G、I为主要犁别,分别占24.49%(12/49)、18.37%(9/49)和30.61%(15/49).MLVA方法与PFGE方法cutoff值分别为80%与85%时的符合率为93.87%,cutoff值分别为90%与89%时的符合率有所下降.结论 ML-VA方法具有较高的分型效率,与PFGE方法有较好的符合率,该方法在MRSA流行株初筛研究中具有推广价值.
关键词： 耐甲氧阿林金黄色葡萄球菌 多位点串联重复序列分析 基因分型 -
河北省鼠疫耶尔森菌多位点串联重复序列分析
目的：对分离自河北省长爪沙鼠鼠疫疫源地的116株鼠疫菌株进行基因分析研究。方法根据鼠疫基因组比对，选择15对引物对测试菌株进行PCR扩增，并对扩增结果进行分析。结果15对引物对116株实验菌株均得到相应的扩增结果，同一引物测试菌株扩增结果目标条带长度均一致，串联重复序列的重复数相同。不同引物扩增目标条带长度不同，串联重复序列的重复数也不同，如引物M52对所有菌株扩增产物长度均为153 bp，串联重复序列的重复数均为3，而引物M59的扩增产物长度为250 bp，重复数均为7。结论多位点串联重复序列分析（MLVA）证实河北省鼠疫自然疫源地的鼠疫菌基因稳定，鼠疫菌MLVA数据库将对未来的鼠疫菌变异和溯源提供技术支持。
关键词： 鼠疫菌 多位点串联重复序列分析 基因分型 -
杭州地区伤寒及甲型副伤寒沙门菌流行菌株分子特征的研究
目的 了解并确定2002-2008年杭州地区伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌优势菌株的分子特征.方法 采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点串联重复序列分析(MLVA)或多位点序列分型(MLST)对2002-2008年杭州地区分离的31株伤寒沙门菌、404株甲型副伤寒沙门菌进行分型并分析.结果 404株甲型副伤寒沙门菌可分为6个PFGE型,P1型和P2型属于同一个克隆系,99.0％ (400/404)菌株属于该克隆系,其中P1型菌株占该克隆系菌株的93.3％ (373/400).31株伤寒沙门菌株存在高度多样性,可分为14个PFGE型、28个MLVA型(分辨率90.3％)、3个MIST型.根据MLVA各型靶位点多态性差异,本地区流行的伤寒沙门菌株与东南亚地区菌株相近,但与欧洲菌株差距较大,呈高度多态性的可变串联重复序列(VNTR)位点TR1、TR2、Sal02可作为本地区伤寒沙门菌株的检测标志.伤寒沙门菌株MLST型别包括了目前国际上发现的所有3个型别,但以ST2型为主(23/31,74.2％).结论 近年杭州地区甲型副伤寒疫情由同一亚系菌株感染所致,但本地区流行的伤寒沙门菌株呈现高度多样性.
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多位点串联重复序列分析和脉冲场凝胶电泳对伤寒沙门菌基因分型
目的：比较多位点串联重复序列分析（ MLVA）和脉冲场凝胶电泳（ PFGE）对伤寒沙门菌基因分型的能力，构建适合伤寒沙门菌的MLVA分型方法。方法根据国外文献报道选出5个多变的伤寒沙门菌串联重复序列（ VNTR）位点（ SAL02、SAL11、SAL16、SAL20、TR4699）设计MLVA分型方案，运用MLVA分型方案和国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案对2002至2007年21株流行病学不相关的深圳社区感染伤寒沙门菌基因分型，比较这两种分型方法对伤寒沙门菌基因分型的能力。结果5个单一VNTR位点对深圳地区伤寒沙门菌的分型能力（ D值）为0.838～0.943；使用MLVA分型方法，获得19种MLVA型别；使用PFGE分型方法，获得19种PFGE型别；两种分型方法的D值均为0.99，且结果完全一致。结论5个VNTR位点的MLVA分型方法可作为一种简单快速准确的基因分型方法用于伤寒沙门菌感染流行的分析。
关键词： 伤寒沙门菌 基因分型 多位点串联重复序列分析 脉冲场凝胶电泳 -
2002—2013年杭州地区甲型副伤寒沙门菌分子分型研究
目的 了解近年来杭州地区甲型副伤寒沙门菌的分子特征.方法 采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点串联重复序列分析(MLVA)对2002—2013年杭州地区分离的72株甲型副伤寒沙门菌代表株进行分子分型及流行病学分析.结果 72株甲型副伤寒沙门菌分为11个PFGE(XbaⅠ、BlnⅠ)型别,6个MLVA型别.受检的34个可变串联重复序列(VNTR)位点中,1188K、2075K、2201K、4346K这4个位点表现出多态性.PFGE显示出较MLVA更高的分辨力.除X4B5、X7B7、X8B8、X9B9、X10B10这5种型别外,其他6种型别为同一个克隆系(相似度大于95%),该克隆系菌株占受试总菌株数的93.1%.结论 2002—2013年杭州地区甲型副伤寒疫情主要由同一克隆系的菌株引起,联合应用PFGE和MLVA有利于甲型副伤寒的流行病学调查.
关键词： 甲型副伤寒沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点串联重复序列分析
