首页 > 文献资料
-
多位点串联重复序列分析方法在嗜麦芽窄食单胞菌分子分型中的应用
目的 探讨多位点串联重复序列分析方法(multiple-locus variable-number tandem repeat analysis,MLVA)在嗜麦芽窄食单胞菌分型中的应用.方法 选用文献报道的12个嗜麦芽窄食单胞菌串联重复序列位点及引物,采用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,根据凝胶电泳图谱计算出各位点的串联重复单元拷贝数,通过BioNumerics(Version 4.0,Applied Maths BVBA,Belium)聚类分析.结果 设置12个位点串联重复单元拷贝数100％的相似性为判断标准,可将106株嗜麦芽窄食单胞菌分为34个MLVA基因型,流行病学上有关联的菌株具有相同的基因型.设置12个位点串联重复单元拷贝数45％相似性为判断标准,将106株菌株分为11个群,相同的地域、分离来源和分离部位的菌株具有相关性.结论 串联重复序列位点分型技术具有简便、快速、特异、可比性、可重复性和高鉴别力等优点,适合嗜麦芽窄食单胞菌的分子流行病学研究.
-
黑龙江省肠出血性大肠埃希菌遗传基因型别的研究
目的 对肠出血性大肠埃希菌(EHEC)的遗传基因刑别进行不同分子分型方法的对比研究,从分子流行病学角度分析黑龙江省EHEC的检出情况,并对多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于 EHEC 的分型效果进行评价.方法 采用毒力基因鉴定、核酸脉冲场凝胶电泳(PFGE)与MLVA 3种方法对70株EHEC进行遗传基因型别分析.结果 70株菌中有12株含有eaeA基因,7株含有hlyA基因,1株含stx1与 stx2,2株含有stx2基因.在PFGE的研究中,依据经XbaⅠ酶切后,具有相同电泳图谱的菌株被定义为PFGE同一群落的菌株,将47株菌株分成35个型别.MLVA通过对7个位点的串联重复序列的比较研究,发现10株O157菌株在7个位点上等位基因的数目为2～5种,10株细菌被分为8个MLVA的型别.结论 在农户养殖中存在EHEC的水平传播,MLVA的6个分型位点对EHEC O157菌株都有部分菌株不存在等位基因,还需增加菌株数量以对其分型位点做进一步研究.
-
两种基因分型方法在河北省鼠疫耶尔森菌基因分型中的应用研究
目的 分析河北省鼠疫疫源地分离的鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因型别和遗传变异特征.方法 采取水煮法对康保县1972-2017年分离的鼠疫菌提取DNA,利用已有文献报道的多位点可变数目串联重复序列(MLVA)和差异区段(DFR)两种分型方法,经过PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳和序列分析后确定被测菌株的基因型别.结果 河北省分离的鼠疫菌MLVA基因分型一致,并确定了串联重复序列位点的重复数目;DFR基因型为G17和G20.G17型主要缺失DFR1、6、7、13、15、16、17、18,G20型主要缺失DFR1、6、7、12、13、15、16、17、18.结论 河北省鼠疫疫源地分离的鼠疫菌株遗传特征比较稳定,2017年动物间疫情是邻近地区的疫情蔓延还是当地菌株的遗传变异,需要进一步研究.
-
河南省部分地区结核分枝杆菌散在分布重复单位及多位点串联重复序列(MIRU-VNTR)基因分型技术的研究
[目的]初步探讨结核分枝杆菌散在分布重复单位(Mycobacterial interspersed repetitive units)和多位点串联重复序列(variable number of tandem repeats)技术基因分型技术在河南省结核病分枝杆菌基因分型中的应用,初步了解河甫省局部地区MIRU-VNTR基因型种类及其分布.[方法]2007年在河南省的嵩县、新密、扶沟、中牟4个县及南阳市的结核病防治机构实验室分离培养的317株结核分枝杆菌,设计引物,应用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌进行分型检测分析,基因分型聚类分析采用Bio-Numerics软件.[结果]对317株结核分枝杆菌临床分离株的12个MIRU位点检测结果显示明显的基因多态性.经基因聚类分析,可分5个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群和Ⅴ群),292个基因型.其中Ⅰ群占4.7%,含15个基因型;Ⅱ群占67.8%,含198个基因型;Ⅲ群占22.7%,含64个基因型;Ⅳ群1.8%,含4个基因型;Ⅴ群3.5%,含11个基因型.[结论]初步表明河南省结核分枝杆菌MIRUs 基因存在明显的多态性,至少存在5个MIRU型,主要流行型为Ⅱ型.
关键词： 结核病 结核分枝杆菌 基因分型 分枝杆菌散在重复单位 多位点串联重复序列
