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青藏高原鼠疫耶尔森菌基因型分布
目的研究青藏高原鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因组型分布特征.方法对分离到的青藏高原鼠疫菌297株,根据已经证实的22个差异区段设计引物,每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用PCR技术进行验证.结果在喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地中,鼠疫菌基因组型有9种,分别为1、5、6、7、8、10、11、新基因组型和Ype-ancestor型,其中以5、8和10型为主,3种基因组型合计所占比例为80.6%(204/253),而且不同地区鼠疫菌基因组型的分布也不一致.青藏高原青海田鼠鼠疫疫源地鼠疫菌基因组型全部为14型.结论青藏高原鼠疫菌基因组型分布具有明显的地理特征.根据基因组型的分布状况推测出了鼠疫菌在青藏高原的传播路径.
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两种基因分型方法在河北省鼠疫耶尔森菌基因分型中的应用研究
目的 分析河北省鼠疫疫源地分离的鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因型别和遗传变异特征.方法 采取水煮法对康保县1972-2017年分离的鼠疫菌提取DNA,利用已有文献报道的多位点可变数目串联重复序列(MLVA)和差异区段(DFR)两种分型方法,经过PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳和序列分析后确定被测菌株的基因型别.结果 河北省分离的鼠疫菌MLVA基因分型一致,并确定了串联重复序列位点的重复数目;DFR基因型为G17和G20.G17型主要缺失DFR1、6、7、13、15、16、17、18,G20型主要缺失DFR1、6、7、12、13、15、16、17、18.结论 河北省鼠疫疫源地分离的鼠疫菌株遗传特征比较稳定,2017年动物间疫情是邻近地区的疫情蔓延还是当地菌株的遗传变异,需要进一步研究.
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河北省116株鼠疫耶尔森菌差异片段基因分型及流行病学分析
目的 研究河北省鼠疫疫源地鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)菌株的基因型别和遗传特征.方法 根据鼠疫基因组的22个差异区段和pMT1设计引物,对河北省鼠疫疫源地分离的116株菌株进行分析.结果 116株鼠疫菌株均缺乏DFR01、DFR06、DFR07、DFR13、DFR15～18片段,参考DFR基因分型系统,河北省鼠疫疫源地的菌株为基因17型,主要分布于内蒙古自治区化德县、白旗、太仆寺旗相邻的康保县北部.结论 河北省鼠疫菌菌株遗传稳定,仅有1个基因分型,疫情流行趋于平缓.
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四川省新龙县鼠疫耶尔森菌差异区段分型研究
目的 对四川省新龙县分离的鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)开展差异区段(DFR)分型研究,为鼠疫研究提供科学依据.方法 选取新龙县和其他5个鼠疫县分离的鼠疫菌16株,按鼠疫菌DFR分型方法,使用23个DFR和pMT1的扩增引物,对被试菌株DNA进行PCR扩增,采用BioNumerics 6.6软件进行分型,确定新龙县鼠疫菌DFR基因型.结果 石渠县鼠疫菌菌株聚为第1类,为Genomovar14型;新龙县鼠疫菌DFR基因型与德格、巴塘、理塘、雅江县相同,聚为第2类,均为Genomovar05型.结论 新龙县分离到的鼠疫菌基因型为Genomovar05型,新龙县鼠疫自然疫源地属于青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地的一部分.
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准噶尔盆地鼠疫耶尔森菌的基因组型分析
目的 对我国新发现的准噶尔盆地大沙鼠鼠疫自然疫源地的鼠疫菌株进行基因组差异性区段的比较分析,确定该鼠疫疫源地鼠疫菌株的基因组类型.方法 按常规方法提取鼠疫菌染色体DNA,依据已证实的鼠疫菌22个差异性区段(DFR)设计引物,采用PCR技术检测鼠疫菌基因组差异性基因片段的构成.结果 准噶尔盆地鼠疫菌株的差异性区段结构类型为缺失DFRO1、04、06、07、10、13和DFR15～18,不同于其他鼠疫疫源地鼠疫菌株的结构类型.为我国新的鼠疫菌基因组型.结论 准噶尔盆地大沙鼠鼠疫疫源地鼠疫菌株的基因组结构类型为我国新的基因组类型.
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44株中国田鼠型与24株非田鼠型鼠疫菌的DFR检测分析
目的比较我国两个田鼠鼠疫自然疫源地的44株田鼠型鼠疫菌的基因组组成,研究中国田鼠型鼠疫菌的遗传稳定性. 方法根据已经证实的22个差异区段(DFR)设计引物,每株鼠疫菌的每个DFR都采用PCR技术进行验证. 结果 22个DFR在两种田鼠型鼠疫菌的分布状态完全一致,即均同时缺失了DFR6、DFR11、DFR12、DFR13、DFR18、DFR19和DFR20,与来源于其他鼠疫自然疫源地非田鼠型鼠疫菌的基因组成有显著差别. 结论锡林郭勒高原型鼠疫菌和青藏高原青海田鼠型鼠疫菌在基因组组成上高度一致,田鼠型鼠疫菌的基因缺失可能与其对人不致病有关.
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天山山地灰旱獭-长尾黄鼠鼠疫疫源地鼠疫菌基因分型研究
目的对天山山地灰旱獭-长尾黄鼠鼠疫疫源地鼠疫菌进行基因分型.方法根据已经证实的22个差异区段(DFR)设计引物,对每株鼠疫菌进行PCR扩增.结果 61株天山疫源地鼠疫菌株共包括4个基因型,即1、2、3、4型.基因型1、2和3在北天山疫源地西部鼠疫菌株中都有分布,但尼勒克菌株的基因型全部为1型.南天山疫源地阿合奇和阿图什两个县菌株的基因型存在显著差别,阿合奇菌株基因型与北天山疫源地的菌株比较接近,而3株阿图什菌株的基因型均为4型,与帕米尔高原长尾旱獭鼠疫疫源地鼠疫菌株相同.结论基因分型结果与纪树立的生态分型基本一致.天山疫源地和帕米尔高原疫源地在阿图什县有交叉.
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甘宁黄土高原阿拉善黄鼠鼠疫疫源地鼠疫菌的基因分型研究
目的研究我国甘宁黄土高原阿拉善黄鼠鼠疫疫源地鼠疫菌的基因分型.方法根据已经证实的22个DFR(差异区段)设计引物,每株鼠疫菌的每个DFR都采用PCR技术进行验证.结果17株甘宁黄土高原疫源地鼠疫菌株共包括3个基因型,即7、11和13型.7、11和13型所占比例分别为5.9%(1/17)、5.9%(1/17)和88.2%(15/17).结论我国甘宁黄土高原阿拉善黄鼠鼠疫疫源地鼠疫菌的基因型主要为13型,而且13型是该疫源地鼠疫菌所特有的基因型.
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新疆山地鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌基因组分化和演变
目的 比较来自我国新疆4大片山地鼠疫自然疫源地的144株鼠疫菌的基因组组成的差别,研究新疆山地鼠疫自然疫源地鼠疫菌的基因分型和进化规律.方法 根据已经证实的22个差异区段(DFR)设计引物,每株鼠疫菌的每个DFR都采用PCR技术进行验证.结果 新疆4大片山地鼠疫自然疫源地的144株鼠疫菌的基因型DFR图谱可归类为14种,分为7个主要基因组型和7个次要基因组型.西天山北坡灰旱獭-长尾黄鼠鼠疫疫源地存在3个主要基因组型和5个次要基因组型,西段以01型基因组型为主,占种群体的91.7%,02型占8.3%;中段以03型为主,占68.8%,01型占4.2%,02型占20.85%,另有02M1和02M3(02型的突变型)占2.1%,03M1型(03型的突变型)占2.1%;东段以02型为主,89.8%,01型、02M2、02M3和02M4型(02型的突变型)各占2.0%.南天山灰旱獭鼠疫疫源地存在2个主要基因型和1个次要基因型,以4型为主,占66.7%,02型占16.7%,04M1型(04型的突变型)占16.7%.帕米尔高原-阿赖山红旱獭鼠疫疫源地仅存在04型1种基因型.昆仑山喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地分为中昆仑和东昆仑鼠疫自然疫源地,中昆仑山存在2种鼠疫基因组型,以11型为主,占群体的90%,12型占10%;东昆仑山存在3种鼠疫基因组型,以05型为主,占66.7%,02型和11型分别占16.7%.结论 新疆山地鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因组的演化由3个演化路线组成.西天山北坡鼠疫自然疫源地的鼠疫菌基因组,自西向东在不同的生态地理环境和宿主媒介作用下发生适应性进化和演变,由较为古老的01型基因组逐渐演化为02和03型,后南下至青海和东昆仑演变为05型,并且在这条演化路线上存在许多演变过程中发生的基因组地域交叉和次要基因组型;南天山和帕米尔高原-阿赖山鼠疫自然疫源地的鼠疫菌的04型基因组型是由01型直接演化而来,并在这一区域形成主要鼠疫基因组型;中昆仑山鼠疫自然疫源地的鼠疫菌基因组型可能是由西藏冈底斯山喜马拉雅旱獭鼠疫源地的鼠疫菌的10型基因组演化而来,形成以11型为主,12型为辅的鼠疫基因组构型特点.
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甘肃省鼠疫菌株差异区段基因分型及其流行病学特征
目的 研究甘肃省鼠疫菌差异区段基因分型及其流行特征.方法 根据鼠疫菌基因组的23个差异区段(DFR)对202株鼠疫菌进行基因分型,并进行聚类分析.结果 202株鼠疫菌分为8个基因型,即1b型、5型、7型、8型、13型、26型及新发现的GS1型和GS2型.9株黄鼠型菌株被分为13型和26型.18株阿尔金型菌株被分为3个型,其中1株为GS2型,6株为8型,11株为1b型.48株祁连型被分为3个型,其中5株为8型,39株为GS1型,4株为GS2型.127株青藏型菌株被分为6个型,其中1株为5型,6株为7型,56株为8型,39株为1b型,20株为GS1型,5株为GS2型.黄鼠型鼠疫菌的主基因型为26型,阿尔金型鼠疫菌的主基因型为1b型,祁连型鼠疫菌的主基因型为GS1型,青藏型鼠疫菌的主基因型为8型.结论 GS1和GS2为新发现的2个新基因型.黄鼠型鼠疫菌株同阿尔金型、祁连型和青藏型菌株基因型相似度较小,阿尔金型、祁连型和青藏型基因型相似度较大.
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2011年青海省湟源县一起人间鼠疫死亡病例的菌株鉴定与分析
目的 鉴定与分析青海湟源县一起人间鼠疫死亡病例的菌株感染来源.方法 采集2011年青海湟源县一起人间鼠疫死亡病例的脏器、淋巴液及血液标本进行鼠疫菌分离培养、生化鉴定、毒力鉴定及基因差异区段(DFR)分析等.结果 从脏器标本中分离到鼠疫菌,生化鉴定为青藏高原旱獭型;菌株具备F1、P1、Pgm、Pst毒力因子;小鼠绝对致死量(LD100)为1000个菌,半数致死量(LD50)为10个菌.DFR基因分型为5型.结论 死亡病例分离菌株为青藏高原型鼠疫菌.在传统流行病学调查基础上,结合使用分子流行病学技术进行分析,对及时发现疫情、追溯感染来源具有重要的现实意义.
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云南鼠疫耶尔森菌基因分型研究
目的通过对来自云南省鼠疫自然疫源地155株鼠疫菌进行基因分型,了解鼠疫菌的进化规律.方法根据22个差异区段(different regions,DFR)设计引物,PCR扩增鼠疫菌的每个DFR.结果滇西山地闽广沿海居民区黄胸鼠鼠疫自然疫源地137株鼠疫菌的基因型均为9型.滇西山地齐氏姬鼠大绒鼠鼠疫自然疫源地18株鼠疫菌,有10株菌为7型,8株菌为9型.结论滇西山地齐氏姬鼠大绒鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌的基因型为7型和9型,而滇闽广沿海居民区黄胸鼠鼠疫自然疫源地鼠疫菌的基因型主要为9型.两疫源地鼠疫菌在遗传关系上有亲缘性,后者可能由前者进化而来.
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西藏地区鼠疫耶尔森菌基因分型研究
目的 研究西藏地区鼠疫菌的基因组成和基因分型.方法 对西藏地区分离到的75株鼠疫菌,按照周东生等已经证实的22个差异区段(DFRs)设计引物,对每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用聚合酶链反应(PCR)进行验证.结果 西藏地区75株鼠疫菌共包括3个基因型,即5、6、10型.藏北地区分离的鼠疫菌为5型和6型,分别占24.0%、13.3%;藏南地区分离的鼠疫菌为10型,占62.7%.结论 在西藏地区鼠疫菌中,青藏高原型鼠疫菌为5和6型,岗底斯山型鼠疫菌为10型.
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基于多重聚合酶链式反应方法的鼠疫耶尔森菌差异区段分型技术的建立与应用
目的 利用多重聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法,扩增鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)DNA中的差异区段(different region,DFR),探讨建立鼠疫菌多重DFR分型技术的可行性.方法 根据鼠疫菌23个DFR及pMT质粒的靶标产物长度,将24对引物进行优化组合,通过不同的组合在一个PCR反应体系中加入多对引物,针对已知阳性DNA模板扩增出多个目的片段.并将200株野生鼠疫菌DNA经多重PCR和普通PCR扩增,验证这两种方法的符合率.结果 用已知阳性DNA模板扩增出24个目的片段.通过不同的排列组合,将24对引物优化组合出9个组.通过200株野生鼠疫菌DNA验证多重PCR和普通PCR的符合率为100％.结论 利用多重PCR方法对鼠疫菌DNA中的DFR进行分型是可行的,应用该方法能为大批量鼠疫菌DFR分型鉴定提供高效、经济且准确率高的实验手段.
