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1例乳糖发酵鼠伤寒沙门菌腹泻病例株的表型和分子特征研究
目的 研究首次发现的乳糖发酵鼠伤寒沙门菌腹泻病例株的耐药型和分子型特征,优化网络实验室检测方法.方法 网络参比实验室分别使用系统生化鉴定、血清分型鉴定、纸片扩散法和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型对菌株进行生化特征和血清型、耐药表型和分子型的复核鉴定.结果 菌株符合乳糖发酵的鼠伤寒沙门菌表型特征,耐药型为多重耐药株,PFGE图谱经本地数据库比对属于新的分子型,其遗传特征归属于本地的流行大克隆.结论 乳糖发酵的非伤寒沙门菌病例菌株的发现过程和鉴定对诊断和治疗感染性疾病、优化实验室检测流程、提升网络实验室的能力、阐述肠道菌遗传进化的生物多样性等方面具有多重意义.
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广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析
目的 研究珠海市沙门菌1,4,[5],12:i:-和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据.方法 用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S.1,4,[5],12:i:-进行PFGE和MLVA分型.结果 药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S.1,4,[5],12:i:-的多重耐药株分别为45株(45/51,88.24％)和51株(51/70,72.86％),2种菌多重耐药率差异有统计学意义(x2=4.256,P=0.039),两者的耐药率＞50.00％的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素.121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型.MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87％的菌株在STTR10p位点无扩增产物.经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建小生成树分析发现91.74％(111株)菌株分布在Ⅰ群.结论 珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似.
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一起鼠伤寒沙门菌引起的食物中毒暴发调查
目的 查明一起学校食物中毒的可疑食物、致病因子及感染源,并采取控制措施.方法 主动搜索所有符合病例定义的患者并逐一进行个案调查.采用描述性流行病学方法,分析本次事件病例的流行病学分布特点;采用病例对照研究,在每例病例的同班选择4～5名对照,分析导致本次事件的可疑食物;采集病例、可疑食物、饮用水、食物制作环节、食堂从业人员的标本,进行实验室检测.结果 本次食物中毒的罹患率为5.01％,85.45％的班级有病例发生.病例对照研究发现,是否食用过凉卤菜(OR =2.64,95％CI:1.81 ～3.85,P＜0.001)和主要饮用瓶装水(OR =0.37,95％CI:0.25～0.56,P＜0.001)两个因素的OR值差异有统计学意义.在28名患者的肛拭中检出4株鼠伤寒沙门菌,4株均归入RiboGroup PVUⅡ 515-6-S-1,且相互间相似率＞90％,属同一来源菌株.结论 本次疫情的可疑食物为由校外无证作坊制作后在学校食堂售卖的凉卤菜,致病因子确认为鼠伤寒沙门菌,移除可疑食物后,未出现新发病例.
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2015年北京一起鼠伤寒沙门菌暴发流行的病原学检测分析
2015年5月北京一家大型企业发生聚集性腹泻疫情,流行病学调查后收集现场样本,经过实验室检测确认该次疫情为鼠伤寒沙门菌暴发流行.分离到的18株鼠伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)图谱带型一致,在北京市沙门菌PFGE数据库中未发现相同带型.药物敏感试验结果显示有一株菌株对12种抗生素耐药.这种耐药模式的出现提示需加强耐药监测.
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2014-2016年浙江省余姚市外环境和食源性疾病患者粪便中沙门菌分布特征和耐药情况分析
目的 了解浙江省余姚市水灾后沙门菌在外环境和食源性疾病患者粪便中的分布特征和耐药情况,为食源性疾病防治和临床治疗提供科学依据.方法 对浙江省余姚市主城区外环境、食源性疾病患者粪便进行沙门菌增菌、分离培养、生化鉴定、血清分型及药敏试验.结果 共检出32种血清型、沙门菌283株,鼠伤寒沙门菌占总数的40.28％.对氨苄西林、哌拉西林耐药率高,分别为51.59％和42.05％,多重耐药菌36株.结论 余姚市沙门菌污染率高、菌型繁多、耐药率高、多重耐药高,优势菌为鼠伤寒沙门菌.水灾后余姚市外环境和食源性疾病患者粪便中沙门菌血清分布和耐药既有相关性又各有特点.
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2017年四川省内江市鼠伤寒沙门菌监测与分子分型研究
目的 了解四川省内江市食源性鼠伤寒沙门菌分子分型结果与流行情况,为该菌的防控提供参考依据.方法 收集内江市所有哨点医院食源性疾病病例资料,并采集粪便标本进行沙门菌分离培养,使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型,使用Bionumerics 6.6软件进行电泳图谱分析.结果 2017年共分离到48株鼠伤寒沙门菌,主要分离自儿童.5-10月是发病高峰,病例占全年的89.6％(43/48),7月发病多(17/48).PFGE分型结果获得39种带型,每种带型包含菌株1～5株不等,相似度区间(65％～100％),有5组相似度100％的菌株,但病例之间无密切接触史,其中1组均有皮蛋暴露史.结论 内江市鼠伤寒沙门菌在儿童中流行较广,夏秋季节感染患者多,皮蛋可能是潜在的感染来源.分子分型结果提示菌株之间有一定的关联性,少数菌株具有引起暴发的潜力,应加强该菌的监测和防控.
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脉冲场凝胶电泳和多位点串联重复序列分析应用于中国鼠伤寒沙门菌分型能力的评价
目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点.方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点,简称MLVA-EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力.结果 175株鼠伤寒沙门菌经Xba Ⅰ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823.对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型.用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758.应用MLVA_PN分析,获得98种型别,D值为0.9763.两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性.对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性.结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析.
关键词： 鼠伤寒沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点串联重复序列分析 分子分型 -
鼠伤寒沙门菌耐药株拓扑异构酶基因突变分析
目的 探讨鼠伤寒沙门菌对氟喹诺酮类药物的耐药性与拓扑异构酶基因突变之间的关系.方法 三株鼠伤寒沙门菌分离株X2,X7,X11对氟喹诺酮类药物环丙沙星的MIC分别为32、0.38和0.023μg/ml,X2为耐药株.利用聚合酶链反应(PCR)对其拓扑异构酶四个耐药基因gyrA,gyrB,parC,和parE进行扩增和序列分析.结果 发现分离株X2的gyrA基因同时在248、259位点发生点突变(Ser83→Phe,Asp87→Asn).分离株X7 gyrA基因在248位点发生点突变(Ser83→Tyr).分离株X11的gyrA基因没有发生突变.X2 parC基因QRDR在238位点发生点突变(Ser80→Arg).而分离株X7、X11的parC基因没有发生突变.三株鼠伤寒沙门菌分离株的gyrB和parE基因都没有发现突变.结论 gyrA和parC上同时发生突变会导致鼠伤寒沙门菌对环丙沙星的高耐药性.
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AcrAB-TolC电泵系统介导的鼠伤寒沙门菌多重耐药机理研究
目的探讨AcrAB-TolC电泵系统在鼠伤寒沙门菌产生多重耐药中的作用.方法利用基因敲除技术,敲除多重耐药鼠伤寒沙门菌野生株X2的acrAB基因和tolC基因,获得两个突变株△tolC X2和△acrAB X2.通过基因敲除前后细菌耐药水平的改变,验证AcrAB-TolC系统在鼠伤寒沙门菌产生多重耐药中的作用.结果△tolCX2和△acrABX2对万古霉素耐药,对丁胺卡那霉素、头孢曲松敏感,与野生株X2一致;但对11种抗生素由耐药变为敏感.结论AcrAB-TolC系统与鼠伤寒沙门菌多重耐药的产生有关.
关键词： 鼠伤寒沙门菌 AcrAB-TolC系统 基因敲除 多重耐药 -
基于TaqMan探针双重荧光PCR检测食品中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌
目的 建立基于TaqMan探针双重荧光PCR检测鼠伤寒沙门菌和(Salmonella typhimurium,ST)和肠炎沙门菌(Salmonella enteritidis,SE)的方法.方法 根据ST的STM4599序列(GenBank:AERV01000023.1)和SE特异序列(GenBank:AF370707.1),分别设计引物和探针,ST探针的5′端标记FAM、SE探针的5′端标记VIC,建立基于TaqMan探针双重荧光PCR检测方法.结果 ST和SE的引物和探针分别特异性地扩增出16株ST和15株SE,而28种不同血清型沙门菌和17株变形杆菌等扩增结果均为阴性.ST和SE的双重荧光PCR扩增效率均为94.2％,R2分别为0.998和0.995,低检测浓度分别达到300 CFU/ml、260 CFU/ml.结论 建立的方法特异性好、灵敏度高,整个试验可在31h完成,是快速检测ST和SE的有效方法,可用于食品中ST和SE的特异性检测.
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鼠伤寒沙门菌婴幼儿分离株耐药基因及毒力基因研究
目的 基于全基因组测序结果,分析鼠伤寒沙门菌耐药表型和耐药基因的关系,研究其耐药发生机制和毒力因子.方法 利用美国临床和实验室标准委员会(CLSI)推荐的微量肉汤稀释法对5岁以下腹泻患儿粪便中分离的321株鼠伤寒沙门菌开展药物敏感性试验,从中选择不同耐药表型的3株鼠伤寒沙门菌(S1:敏感;S2:TET耐药;S3:ESBLs阳性,10重耐药)进行全基因组测序,通过与抗生素抗性基因数据库(ARDB)和病原毒力因子数据库(VFDB)比对以及美国国立生物技术信息中心(NCBI)核酸数据库人工检索,对耐药基因和毒力基因进行注释.结果 321株鼠伤寒沙门菌对IPM和MEM均敏感,对TET和AMP的耐药率高,分别为84.4％ (271/321)和83.8％(269/321),206株菌株显示为耐3类以上抗生素(64.2％,206/321),11株CIP-CTX耐药株均为ESBLs阳性(3.4％,11/321);全基因组测序结果显示,S1、S2和S3的全基因组大小依次为4 876 427、4 970 690、5 133 380 bp,预测编码基因数分别为4 825、4 936和5 082个,GC含量依次为52.18％、52.14％、51.87％;对S1、S2和S3基因组中18、20和32个耐药基因进行注释,除共有基因外,S2主要携带tetA和sul2基因,S3主要携带sull/2/3、tetB、AAC(3)-Ⅳ、AAC(6')-Ⅰ、ANT(2")-Ⅰ、ANT(3")-Ⅰ、aphA1、bla CTX-M-14、blaOXA-1、catB3、cml_e1和cml-e3基因.与阳性鼠伤寒沙门菌株LT2的gyrA基因进行序列比对发现,S3gyrA基因第87位密码子由GAC突变为AAC(Asp87→Asn);分别注释S1、S2和S3基因组的130、129和120个毒力基因,发现主要以三型分泌系统和粘附因子为主.结论 5岁以下腹泻患儿粪便样品中鼠伤寒沙门菌耐药现象严重;全基因组测序分析发现耐药基因与耐药表型一致,且存在多种毒力因子;为后续开展耐药基因传播机制和菌株致病性研究,评估其对人群的健康风险,防控鼠伤寒沙门菌感染提供技术支持.
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沙拉沙星体外诱导鼠伤寒沙门菌耐药实验
目的 为获得体外鼠伤寒沙门菌(Salmonella typhimurium)对盐酸沙拉沙星(sarafloxacin hydrochloride)的活性耐药菌株,研究诱导其产生耐药的盐酸沙拉沙星低浓度,为评价食品中沙拉沙星残留导致的微生物耐药提供依据.方法 设置盐酸沙拉沙星0.001、0.002 5、0.005、0.025、0.05、0.1μg/ml实验组和空白对照组、NaOH溶剂对照组,采用NCCLS法测试小抑菌浓度,对鼠伤寒沙门菌进行耐药诱导,耐药判断为≥8×MIC(0.25 μg/ml).对产生耐药的鼠伤寒沙门菌的gyrA基因片段进行PCR扩增,焦磷酸凝胶测序法鉴定gyrA基因常见5个位点观察突变.结果 盐酸沙拉沙星在0.005 μg/ml水平传到第10代时,MIC增大32倍,抑菌浓度增加到1 μg/ml,耐药菌增殖停止；传到第25代时,鼠伤寒沙门菌gyrA基因Ser83位点发生突变,获得多株稳定、有生物活性的耐药菌株.沙拉沙星浓度≥0.025 μg/ml时,细菌不生长；沙拉沙星浓度≤0.002 5μg/ml时细菌生长,不产生耐药.结论 沙拉沙星浓度为0.005 μg/ml时可体外诱导鼠伤寒沙门菌产生耐药,经传代后获得具生物活性的耐药菌株.
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小儿鼠伤寒沙门菌感染临床分析77例
目的:回顾分析临床儿童鼠伤寒沙门菌感染的情况,指导临床减少感染率,并合理用药.方法:分析77例感染鼠伤寒沙门菌患儿的年龄、季节,通过对患儿粪便进行细菌培养、分离,并对分离出的鼠伤寒沙门菌进行药物敏感性鉴定.结果:本地区感染鼠伤寒沙门菌的77例患儿<1岁多(76.6％),以6、7、8、9、10月发病率较高.根据敏感试验结果,鼠伤寒沙门菌对多种抗生素出现不同程度的耐药性,敏感的药物由高到低依次为亚胺培南、头孢他啶、头孢吡肟、哌拉西林、氨曲南等.结论:鼠伤寒沙门菌对多种抗生素产生耐药性,临床上需根据药敏结果合理使用抗生素.
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基于TaqMan探针三重荧光PCR检测沙门菌、肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌
目的 建立基于TaqMan探针三重荧光PCR检测沙门菌(salmonella,Sa)、肠炎沙门菌(salmonella enteritidis,SE)和鼠伤寒沙门菌(salmonella typhimurium,ST)的方法.方法 根据沙门菌aceA基因、肠炎沙门菌特异序列(GenBank:AF370707.1)、鼠伤寒沙门菌的STM4599序列(GenBank:AERV01000023.1),分别设计引物和TaqMan探针,在探针的5'端分别标记FAM、VIC、cy5,建立基于TaqMan探针三重实时荧光PCR检测沙门菌的方法.结果 29种不同血清型沙门菌均扩增出aceA基因,肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌的引物和探针分别特异性地扩增出15株肠炎沙门菌和11株鼠伤寒沙门菌,而其他血清型沙门菌和17株非沙门菌扩增结果阴性.aceA、肠炎沙门菌、鼠伤寒沙门菌的三重荧光PCR扩增效率分别为89％、87％、90％,低检测浓度分别达到280 cfu/ml、260 cfu/ml、300 cfu/ml.结论 本研究建立的方法特异性好、灵敏度高,可用于食品中沙门菌、肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌的特异性检测.
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一起鼠伤寒沙门菌食物中毒的临床报告
2003年6月,云南省弥勒县某村发生一起进食病羊肉引起的食物中毒,现将实验室确证结果报告如下.
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艾滋病感染肠炎沙门菌所致原发性败血症1例报告
艾滋病病人易发生沙门菌、志贺菌及空肠弯曲菌感染,其中人畜共患的鼠伤寒沙门菌尤其多见[1].宁波市传染病院在收治该病种病人时发现感染肠炎沙门菌(S.enteritidis)所致原发性败血症1例,报告如下.
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重庆市南岸区2003年食物中毒病原菌检验及菌型分析
2003年重庆市南岸区共计发生食物中毒7起,接报后我中心及时到达现场,并迅速开展采样,共采剩余食物、呕吐物、粪便、物体表面等标本161件,其中检出鼠伤寒沙门菌1株,副溶血性弧菌31株,奇异变形杆菌17株,致病菌检出率为30.4%.7起食物中毒中,由副溶血性弧菌引起占4起,由奇异变形杆菌引起占2起,由鼠伤寒沙门菌引起占1起.
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广东省佛山市鼠伤寒沙门菌分子分型及其多重耐药分析
本研究对2012年佛山市分离到的28株鼠伤寒沙门菌进行多重耐药谱分析,并采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法进行分型,分析耐药谱和分子分型之间的关系.1.材料与方法:(1)菌株来源:26株来源于2012年佛山市食源性疾病监测项目中感染性腹泻患者(2株菌株分离自同一名反复感染沙门菌的患儿)的肛拭子标本;另外2株菌株来源于2只宠物乌龟外表涂抹样本.
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广东省2009-2011年鼠伤寒沙门菌监测及菌株分子分型的研究
目的 了解广东省鼠伤寒沙门菌监测现况及菌株分子分型特点,并初步建立数据库,为食源性疾病暴发追踪污染源及传播途径提供基线数据.方法 参考国际PulseNet公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方案及7个位点的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法,分析广东省2009-2011年10个市275株鼠伤寒沙门菌分型特点,利用BioNumerics软件建立分子分型数据库.结果 2009-2011年广东省沙门菌年均检出率为4.03％;鼠伤寒沙门菌年均检出率和构成比分别为1.38％和34.29％,均呈双峰形分布趋势,流行高峰为5和9月.275株鼠伤寒沙门菌经Xba Ⅰ酶切和PFGE分析,获得124种带型,其分型D值为0.928 6,而MLVA分型获得143种型别,D值为0.966 5,分辨能力高于单酶切的PFGE分型.对其中＞3株的相同带型进一步采用PFGE-XbaⅠ-Bln Ⅰ双酶切分型,获得分型共174种,D值为0.989l,与采用MLVA方法相同,即对同一菌株的分辨结果具有较高一致性.结论 广东省鼠伤寒沙门菌具有遗传多样性.初步建立的菌株分子分型数据库显示采用MLVA分型方法可完成菌株聚集性分析,以确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发.
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多位点序列分型和脉冲场凝胶电泳技术辅助鉴定肠炎沙门菌
伤寒沙门菌和甲、乙、丙型副伤寒沙门菌引起肠热型感染,而肠炎沙门菌、鼠伤寒沙门菌、鸭沙门菌等则多引起急性胃肠炎型感染.准确的沙门菌菌株鉴定对于传染病的预防控制有重要意义.笔者应用肠杆菌科细菌鉴定系统ATB ID32E和API 20E对一起食源性疾病暴发事件中分离到的2株沙门属菌株及1株分离自住院患者的沙门属菌株进行生化鉴定,同时进行血清凝集试验.
