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广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析
目的 研究珠海市沙门菌1,4,[5],12:i:-和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据.方法 用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S.1,4,[5],12:i:-进行PFGE和MLVA分型.结果 药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S.1,4,[5],12:i:-的多重耐药株分别为45株(45/51,88.24%)和51株(51/70,72.86%),2种菌多重耐药率差异有统计学意义(x2=4.256,P=0.039),两者的耐药率>50.00%的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素.121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型.MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87%的菌株在STTR10p位点无扩增产物.经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建小生成树分析发现91.74%(111株)菌株分布在Ⅰ群.结论 珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似.
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多位点可变数目串联重复序列分型方法检测布鲁氏菌分型标准化操作方法的建立和应用
目的 建立常用布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列分析( MLVA)的标准化方法及应用研究.方法 选取16个位点,通过核酸提取、聚合酶链反应(PCR)、琼脂糖凝胶电泳、毛细管电泳等技术,结合BioNumerics( Version 5.0)软件,对16株布鲁氏菌标准菌株和不同地区分离的32株菌株进行分型.结果 利用所建立的MLVA方法可以区分16株布鲁氏菌标准菌株,并可以将32株地方株区分为牛种和羊种两大类.结论 初步建立了MLVA标准化方法,可以在种的水平鉴定布鲁氏菌,还可以追溯传染源,确定流行趋势.
关键词: 布鲁氏菌 多位点可变数目串联重复序列分析 分型 标准化操作程序 -
多位点可变数目串联重复序列分析对致病性钩端螺旋体分型的研究
钩端螺旋体(钩体)病是一种自然疫源性疾病.近年来以可变数目串联重复序列(variable number of tandemrepeats,VNTR)为基础的分型方法,逐渐被应用于分子流行病学研究中.本研究选取我国致病性钩端螺旋体15群15型参考菌株,初步探讨多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)在钩体病分子流行病学研究中的应用价值.
关键词: 钩端螺旋体 基因分型 多位点可变数目串联重复序列分析 -
甘肃省鼠疫菌株多位点可变数目串联重复序列分析及流行病学特征分析
本研究利用中国疾病预防控制中心传染病预防控制所鼠疫室选出的15对多位点可变数量串联重复序列分析(ML VA)引物应用于甘肃省鼠疫菌株的分析.1.材料与方法:(1) 材料:202株鼠疫菌均分离于1962-2009年甘肃省鼠疫疫源地境内,保存于甘肃省疾病预防控制中心鼠疫菌库.
关键词: 鼠疫菌 多位点可变数目串联重复序列分析 -
结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分型方法标准化操作程序的建立
目的 建立结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的标准化方法,评价该方法的分型能力、应用价值.方法 选取15个位点,采用核酸提取、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术,结合BioNumeries(Version 5.0)软件,对中国54株结核分枝杆菌临床分离株进行分型.结果确定标准化的MLVA方法,包括细菌分离培养、核酸提取、PCR、琼脂糖凝胶电泳等实验步骤及标化参数的相关数据分析软件的使用.VNTR位点确定为ETRA、ETRB、ETRC、ETRD、ETRE、MIRU10、MIRU16、MIRU23、MIRU26、MIRU27、MIRU39、MIRU40、Mtub21、Mtub30和Mtub39.结论建立MLVA标准化技术方案,该方法操作简便,分型鉴定能力及实验室间结果可比性强,便于网络化,有利于结核病流行中追溯传染源,分析流行趋势.
关键词: 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列分析 标准化操作程序 -
云南省鹤庆县2017年分离鼠疫菌分子溯源
目的 了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型,为该地的鼠疫防控提供科学依据.方法 采用差异片段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫菌进行分型,并将10株鼠疫菌及邻近疫源地鼠疫菌株93株纳入聚类分析.结果 鹤庆鼠疫菌株与丽江鼠疫疫源地菌株具有相同的DFR型(Genomovar 05型)及CRISPRs型(Ca7簇,22型),在MLVA聚类分析中,鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫菌株位于同一个簇,两者之间仅有2个位点(N2117,M23)的差异.结论 2017年云南省鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫疫源地菌株具有很高的同源性,鹤庆县疫情可能是丽江鼠疫进一步向南扩散的结果.
关键词: 鼠疫 鹤庆县 多位点可变数目串联重复序列分析 -
可变数目串联重复序列分析与多位点序列分析在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用
目的 评价多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和多位点序列分析(MLSA)两种方法在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用.方法 采用MLVA和MLSA两种方法对31株伯氏疏螺旋体分型结果进行比较分析.结果 31株伯氏疏螺旋体用MLVA方法分成4簇,24个基因型,其中21个独立基因型,成簇率达24/31,MLVA的分辨率达到0.969;MLSA可将31株伯氏疏螺旋体分成4簇,每株都可独立分析,但有3个节点步长值(Bootstrap value) <50%.结论 MLVA和MLSA两种方法均适合于伯氏疏螺旋体的分型研究,对于部分分型有异议的菌株,将MLVA与MLSA联合可有效进行伯氏疏螺旋体的分型鉴定.
关键词: 多位点序列分析 多位点可变数目串联重复序列分析 伯氏疏螺旋体 基因分型 -
串联重复序列在鼠疫菌基因分型中的应用
鼠疫为危害人类健康的甲类传染病,由于我国存在着多种类型的鼠疫疫源地,鼠疫菌的特征及致病力不同,因此将不同疫源地的菌株进行基因分型,探讨其亲缘关系,对于鼠疫突发疫情的追溯具有重要意义.多位点可变数目串联重复序列分析方法被认为分型能力较好,但是可变数目串联重复序列(VNTR)位点的选择是分型的关键所在,该文主要介绍VNTR在鼠疫菌基因分型中的应用进展,为基因分型提供参考.
关键词: 可变数目串联重复序列 多位点可变数目串联重复序列分析 基因分型 鼠疫菌 -
2010-2012年北京地区儿童肺炎支原体流行基因型监测
目的 对肺炎支原体(Mp)的暴发流行进行监测.方法 采用real-time PCR法对北京地区呼吸道感染患儿进行检测;阳性标本进行M-P基因分型[M:多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA);P:P1-限制性片段长度多态性(P1-RFLP)]分析.结果 2010年1月-2012年5月446例呼吸道感染患儿中,69例经real-time PCR检测为阳性,2010、2011及2012年上半年的感染率分别为:11.69%、15.56%及20.00%;采用我们提出的新的M-P基因分型系统,69例标本可分为11个基因型,其中M43562P1和M53562P1为2010至2011年两个主要基因型;M33562P1和M63562P1在2012年有感染上升趋势.结论 在本次国际Mp流行中,北京地区2011年肺炎支原体感染率也有所增加,主要基因型为M43562P1和M53562P1;其中M43562与欧洲流行基因型相同,M53562与以色列流行基因型相同.M-P基因分型系统,可以很好地监测世界不同地区肺炎支原体流行情况.
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副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分型方法的研究
目的 评价多位点可变数目串联重复序列分析(multiple locus variable number tandem repeat assay,MLVA)方法 对副溶血弧菌(Vibrio par ahae mol yticw,VP)的分型能力,初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)的基因分布特征.方法 依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年-2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株.采用MLVA方法对其进行基因分型,评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力.结果 MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别,分辨系数为99.86%;将主流血清型O3:K6共46株菌分为44个型别,分辨系数为99.71%.MLVA 8个位点的多态性都较好(DI均>0.60),各位点多态性指数由高到低,依次为TR7,TR4,TR10,TR2,TR1,TR8,TR5,TR9.结论 MLVA 8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型.MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景.
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碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌3种分子分型方法的对比研究
目的 通过对碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌进行3种分子流行病学调查方法的对比研究,了解脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分析(MLST)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法在对碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌复合体的流行病学调查中的优缺点和分辨率.方法 收集某三级医院2011-2012年分离自痰标本的碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌复合体212株,采用PFGE、MLST和MLVA方法对其进行分子流行病学分析,运用Simpson相关系数(Simpson's index of diversity)和Wallace coefficient,对3种方法的分辨率和同质性进行比较.结果 212株碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌复合体,其中149株获得PFGE可分析结果,200株获得MLST可分析结果,205株获得MLVA可分析性结果;PFGE结果显示,B型菌株为优势菌株(102株,占68.46%).MLST分型结果显示,ST195占优势(60株,占30%),其次为ST208(43株,占21.5%)和ST643(33株,占16.5%).MLVA分型结果显示,D型菌株占优势(151株,占73.66%),其次为N型菌株(8株,占3.9%),K、M、T、W型菌株并列第三(均为4株,各占1.95%).优势菌株主要分布在ICU.PFGE、MLST、MLVA的Simpson相关系数(D值)分别为0.46、0.76、0.94.MLVA与MLST的Wallace coefficient值略高为0.76.结论 PFGE是区域内分析克隆时间和空间分布的重要工具,本研究中院内流行的碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌主要来自于ICU;MLST可全球范围内开展抗菌药物抵抗菌株,以及新变异菌株的流行病学研究;MLVA数据可用于不同实验室之间的相互交换 、整合与分析.MLVA的分辨率较高,MLVA与MLST的同质性较高.
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贝叶斯判别分析在布氏杆菌常见种别鉴定中的应用
目的 建立布氏杆菌常见种别的Bayes判别模型,为布氏杆菌种别的鉴定提供依据.方法 以多位点可变数目串联重复序列分析方法所选择的基因组上16个具有多态性串联重复序列位点为判别指标,应用逐步判别分析方法筛选关键序列位点并构建布氏杆菌常见种别的Bayes判别模型.结果 待选的16个多态性串联重复序列位点全部进入判别函数,建立的模型自身验证的准确率为98.21%,交互验证的准确率为97.75%.结论 建立的Bayes判别模型判断布氏杆菌的常见种别正确率很高,是布氏杆菌常见种别判断的有效方法.
关键词: 布氏杆菌 Bayes判别模型 多位点可变数目串联重复序列分析 -
吉林省110株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型
目的:利用多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型技术,了解近期吉林省结核分枝杆菌临床分离株基因型分布情况.方法:收集分离自吉林省2011-2012年不同市县来源患者标本的结核分枝杆菌分离株,提取基因组DNA,对12个数目可变串联重复序列(VNTR)位点进行扩增和产物电泳分析,使用Totalab软件对电泳条带进行数据化分析,使用BioNumerics(6.0)软件获得聚类分析结果.结果:对110株结核分枝杆菌临床分离株的12个VNTR位点进行检测,结果显示这些菌株有明显的多态性.12个VNTR位点中Hunter-Gaston 指数能达到0.5以上的VNTR位点有9个,位点分辨能力高的是MIRU26,低的是MIRU20.基于12个位点的聚类分析,110株分离株可分为6个基因型群,其中分布多是5群,占34%;其次是1群,占15%.分布多的5群主要流行于吉林省通化市和松原市等地区.结论:吉林省流行的菌株存在着明显的遗传多态性;不同市县分布的主要基因型群存在差异,表明吉林省内不同地区结核分枝杆菌基因型的流行趋势不同.
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2016年河北省布鲁菌病疫情现状及分离菌株的MLVA分型特征分析
目的 分析河北省布鲁菌病(简称布病)的流行情况及分离菌株的基因分型特征,为综合防治布病提供科学依据.方法 河北省2016年的布病疫情资料来源于中国疾病监测信息报告管理系统中的传染病报告信息管理系统,对数据进行描述流行病学分析(主要包括地区、人群、时间分布特征);河北省疾病预防控制中心布病实验室对布病疑似病例进行血培养,分离获得布鲁菌,采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法分析其基因分型特征.结果 2016年全省共报告布病病例3 774例,11个市均有病例报告,主要分布在张家口、承德和唐山市,且95.98%(167/174)的县有布病报告;职业以从事养殖和畜产品加工的农民和牧民为主,占90.22%(3 405/3 774);性别以男性为主,占74.38%(2 807/3 774);发病时间集中在1-8月,占83.76%(3 161/3 774).分离获得21株布鲁菌,20株为羊种3型布鲁菌,1株为牛种3型布鲁菌.MLVA结果显示,20株羊种菌Panel 1 (MLVA-8)基因型为42、43和114,其中42基因型占85.00%(17/20);Panel 1+Panel2A (MLVA-11)基因型为116、122和291,116基因型占85.00% (17/20),均属于“东地中海组”.1株牛种菌Panel 1 (MLVA-8)基因型为36,Panel 1+Panel 2A(MLVA-11)基因型为72,属于“牛种C组”.结论 河北省布病疫情仍较严重,病原菌主要为羊种菌.MLVA作为布鲁菌基因分型鉴定的一种快速、可靠的方法,可为布病传染源的追溯提供依据.
关键词: 布鲁杆菌病 基因型 多位点可变数目串联重复序列分析 -
河北省1株犬种布鲁菌分离株的鉴定及遗传特征分析
目的 对2015年河北省分离的1株疑似犬种布鲁菌菌株进行种型鉴定及遗传特征分析.方法 运用常规分型方法进行种型鉴定,进一步应用多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction,M-PCR)和多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)进行种的水平区分及遗传特征分析.结果 常规分型方法和M-PCR方法鉴定该分离菌株为犬种布鲁菌.MLVA结果显示该菌Panel 1为基因3型,Panel 2A为基因28型,与犬种菌聚类在一起,但在可变数目串联重复序列位点(variable-number tandem-repeat,VNTR)Bruce04、Bruce07、Bruce09和Bruce16存在串联重复数目差异.结论 传统分型方法结合分子生物学方法对布鲁菌进行种型鉴定,可以增加鉴定工作的正确性和稳定性.该菌株的遗传特征与犬种布鲁菌株接近.
关键词: 犬种布鲁菌 多重聚合酶链反应 多位点可变数目串联重复序列分析 遗传特征 -
河北省首例水貂养殖者布鲁杆菌病病原学及遗传特征分析
目的 对河北省首例水貂养殖者布鲁杆菌病(简称布病)病例病原菌进行鉴定并对其遗传特征进行分析.方法 2013年8月,在河北省疾病预防控制中心布病实验室,对布病患者血液进行布病血清学抗体检测和血培养.对分离菌株应用传统鉴定方法确定布鲁杆菌属与种型,采用多位点可变数目串联重复序列分析方法(MLVA)分析其遗传特征.结果 血清学检测布病试验阳性.分离菌株鉴定为布鲁杆菌羊种1型.MLVA结果显示该菌Panel1基因型为42,属于东地中海组,与羊种3型聚类近,但在可变数目串联重复序列位点(VNTR)brucel9存在串联重复数目差异.结论 河北省首例水貂养殖者布病病原菌为羊种1型,其遗传特征与羊种3型菌株接近.
关键词: 布鲁杆菌病 多位点可变数目串联重复序列分析 遗传特征 -
婴幼儿淋巴结核病原体及多位点可变数目串联重复序列分析
为了解婴幼儿淋巴结核的主要病原体及其分子生物学信息,对分离自73例0~3岁淋巴结核患儿的79份淋巴结穿刺液阳性培养物进行结核分枝杆菌鉴定、3个不同区域片段(RD1、RD9、RD10)扩增及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)。结果显示,婴幼儿淋巴结核以卡介苗(BCG)感染为主(95.9%),其次为人型结核分枝杆菌感染(4.1%)。通过MLVA分离出4个基因型,3个为独立基因型、1个为成簇基因型。76株属成簇基因型,均为BCG ;3个独立基因型均为人型结核分枝杆菌。研究表明,BCG是引起婴幼儿淋巴结核的主要病原体,临床分离的BCG MLVA分型无差异。
关键词: 淋巴结核 多位点可变数目串联重复序列分析 卡介苗 -
三种基因检测分型方法在耐碳青霉烯抗生素肺炎克雷伯菌基因分型中的应用对比观察
目的 比较限制性内切酶联合脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和肠杆菌基因间重复序列PCR(ERIC-PCR)在耐碳青霉烯抗生素肺炎克雷伯菌基因分型中的应用情况.方法 20株耐碳青霉烯类抗生素的肺炎克雷伯菌,分别采用PFGE、MLVA和ERIC-PCR法,对肺炎克雷伯菌基因进行扩增并分型,并用BioNumerics软件测算各方法Simpson差异指数(D值,D值越趋于1表示该方法分辨力越好).结果 20株菌株共分为18个PFGE型,其中2个带型包含2株菌,其余16个带型分别只包含1株菌,分别有两组两株菌具有相同的PFGE型别;17个MLVA型,其中3个型别分别包含2株菌,其余16个型别只包含1株菌,以差异位点≤2个位点作为构建MLVA群的标准,20株菌中构建出4个MLVA克隆群;14个ERIC型,其中中优势型、次优势型分别为5、3株,其余12个型别分别只包含1株菌.PFGE、MLVA和ERIC-PCR法对耐碳青霉烯抗生素的肺炎克雷伯菌的D值分别为0.9895、0.9842、0.9316.结论 PFGE、MLVA和ERIC-PCR对耐碳青霉烯抗生素的肺炎克雷伯菌的分型效果均较好.
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布鲁菌病的实验诊断方法及布鲁菌的分子生物学分型方法研究进展
布鲁菌可引起人兽共患病布鲁菌病(简称布病),布病的临床实验室诊断和布鲁菌分型在布病的诊疗和防控中非常重要.布病的实验诊断方法包括细菌培养、免疫学诊断、分子生物学方法等,其中免疫学诊断方法包括试管凝集试验、虎红平板凝集试验、抗人球蛋白试验、酶联免疫吸附试验、免疫捕获凝集技术、补体结合试验、免疫胶体金技术、荧光偏振试验等,分子生物学方法包括聚合酶链式反应、环介导等温扩增技术、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱等.布鲁菌的分子生物学分型方法包括聚合酶链式反应、脉冲场凝胶电泳技术、多位点序列分型、多位点可变数目串联重复序列分析、高变量八聚物寡核苷酸指纹分析等.
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昆明市东川区突发皮肤炭疽的实验室检测分析
目的 通过对2015年昆明市东川区突发皮肤炭疽疫情的处理和实验室检测,提供处置此类事件的一种科学准确的方法和依据,以提供借鉴.方法 用WS 283-2008炭疽诊断标准进行病原菌分离培养,用real-time PCR方法进行炭疽芽胞杆菌染色体编码的rpoB基因及质粒pXO1上pagA基因、pXO2上cap基因的检测及单核苷酸多态性(SNP)测定,用毛细管电泳进行多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA).结果 从4例疑似皮肤炭疽患者的疱疹液中分离得到2株炭疽芽胞杆菌,且此2株菌的rpoB基因、pagA基因和cap基因均为阳性,对照分类表为A.Br.001/002亚群.结论 此次皮肤炭疽疫情是由当地村民宰杀携带炭疽芽胞杆菌强毒株的病牛引起,与云南地区曾经存在的炭疽芽胞杆菌类型一致.