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高原地区藏族妇女宫颈人乳头瘤病毒感染各亚型分布状况调查
目的:了解高原地区藏族妇女宫颈人乳头瘤病毒(HPV)感染率及基因亚型分布特点.方法:采用医用核酸分子快速导流杂交基因芯片技术,对7051名藏族妇女宫颈脱落细胞标本进行HPV基因分型检测.高危型15种(HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、53、56、58、59、66、68),低危型6种(HPV6、11、42、43、44、CP8304).结果21种HPV亚型均被检出,HPV总感染率19.50％ (1375/7051),HPV16出现的频率高(32.29％),其次为HPV58(19.64％)、HPV52(10.25％)、HPV53(7.42％)、HPV18(5.96％).其中高危型、单纯低危型、单一和多重HPV感染率分别为93.60％(1287/1375)、6.40％(88/1375)、88.58％(1218/1375)、11.49％(158/1375).存在着两个感染高峰年龄,第一个高峰组在＜25岁(24.23％),第二个高峰组在≥55岁(30.54％).结论:高原地区藏族妇女宫颈常见亚型是HPV16、HPV58、HPV52、HPV53、HPV18,以高危型和单一HPV感染为主,单纯低危型和多重感染率均较低,感染年龄趋于年轻化和老年化.
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辽河油田4899例在职女工HPV感染情况分析
目的:了解辽河油田在职女工人乳头瘤病毒(HPV)感染情况.方法:应用基因芯片对4899例辽河油田在职女工进行HPV检测,并对结果进行分析.结果:HPV总感染率为10.3％,检出HPV亚型26种,其中高危型HPV占76.0％,主要感染亚型为HPV16,其次为58、52、51和68型;低危型HPV占24.0％,检出率居前3位依次是54、55和40亚型.在505例HPV感染者中,以单一亚型感染为主占85.4％,多重亚型感染占14.6％.不同年龄组间HPV感染情况无明显差异.结论:辽河油田职女工HPV感染率高的亚型为16型,其次为58型,有别于其他地区;感染者以单一HPV亚型感染为主,双重亚型感染主要合并为58型.
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基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱法和表面等离子谐振法在HPV分型检测中的应用比较
目的:评价比较基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)和表面等离子谐振法(SPR)在人乳头瘤病毒(HPV)分型检测中的应用.方法:两种方法对30种不同型别HPV L1基因分型国家参考品和129份经液基薄层细胞检测的样本分别进行检测和评价.结果:MALDI-TOF-MS法和SPR法检测参考品具有100％的一致性.采用测序法确定129份样本中有93份为HPV阳性,36份为HPV阴性.高危型样本的分型准确率MALDI-TOF-MS法为100％ (77/77),SPR为94.8％ (73/77);MALDI-TOF-MS法HPV分型检测的敏感率为88.2％ (82/93)、特异性为88.9％ (32/36),与SPR法的灵敏率和特异性相当.结论:MALDI-TOF-MS在HPV分型检测中具有较好的灵敏性和特异性,与SPR法一致.
关键词： 基因分型 HPV 基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱 表面等离子谐振 -
基于半导体测序的人乳头瘤病毒核酸分型检测技术性能评估
目的:评价基于半导体测序法的人乳头瘤病毒(HPV)核酸分型检测技术性能,探讨其临床应用价值.方法:采用半导体测序技术检测30种HPVL1基因分型国家参考品、9种HPV全基因组分型国家参考品及500例已知HPV分型检测结果的临床宫颈脱落细胞DNA样本,评价该技术的分析性能及与临床检测等效性.结果:半导体测序法可准确分型检测16种HPV型别(HPV6、11、16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68),检测范围内的16种HPV型别之间无交叉反应,与其他HPV型别及人类基因组DNA亦无交叉反应,低检测限为10拷贝/μl(即50拷贝/反应),与已知结果的总体阳性符合率为99.33％ (298/300),阴性符合率为100％ (200/200),总符合率为99.60％ (498/500),一致性系数(Kappa)值为0.99,两种检测方法具有较高的一致性.结论:基于半导体测序法的HPV核酸分型检测技术具有分型准确,特异性高,灵敏度高,检测通量高等优点,具有较高的临床应用价值.
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低密度基因芯片技术检测人乳头瘤病毒基因型的方法研究
目的:构建并评价检测人乳头瘤病毒(HPV)基因型的低密度基因芯片方法.方法:将15种高危、5种低危和Cp8304共21种HPV型特异寡核苷酸探针加尾、固定在尼龙膜上,制成低密度基因芯片.以第二代杂交捕获(HC2)法作为检出HPV的金标准,随机选取148例标本,用低密度基因芯片技术进行HPV检出和基因分型,并对检测系统的敏感性、特异性及重复性进行测试,判定基因测序检测芯片的可靠性.结果:148例标本,采用低密度基因芯片与HC2检出的完全符合率是95.95％(Kappa值为0.82),共检出18种HPV基因型.灵敏度、特异性较好,检测系统稳定.结论:低密度基因芯片技术具有敏感、特异、快速、简便、经济等特点,一次检测既能测定HPV感染又能进行HPV基因分型,对临床HPV的筛查、诊治和预后评估具有较大价值.
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用PCR-SSP技术对MN血型系统基因分型
目的:用聚合酶链反应-序列特异性引物扩增(PCR-SSP)技术对MN血型系统基因定型,观察其基因多态性.方法:采用2对DNA序列特异性引物扩增等位基因M和N,用扩增人类生长素基因的特异性引物作内对照,对103例随机供血者进行了基因分型,并与血清学所定表型结果比较.结果:103例随机供血者标本均获得了满意的基因分型结果,与血清学所定表型结果完全相符合.用基因直接计数法统计,M、N基因频率分别为0.4806和0.5194,P＞0.5.结论:PCR-SSP用于MN血型系统基因分型结果可靠,易操作,需检材量小,且不受限制,在输血医学、法医学、遗传学等领域有推广价值.
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随机扩增多态性DNA技术分型大肠埃希菌
目的:对大肠埃希菌(E.coli)进行随机扩增多态性DM(RAPD)法基因分型并应用于医院感染的判断.方法:以优化的随机引物、反应体系和扩增条件对临床分离的161株E.co1i进行RAPD法基因分型并按指纹图上DNA条带数及片段大小绘制基因分型图谱,同时对E.coli的医院内感染进行了观察与分析.结果:161株临床分离E.coli共得RAPD型120种;E.co1i的医院内感染确实存在.结论:RAPD法可将E.coli分型120种并有效应用于E.coli医院内感染的判断.
关键词： 大肠埃希菌 随机扩增多态性DNA技术 基因分型 -
2156名女性患者人乳头瘤病毒检测结果分析
目的:了解丽水地区妇女宫颈人乳头瘤病毒(HPV)感染的阳性率与各年龄组关系及亚型分布情况,为该地区宫颈癌防治及流行病学研究提供依据.方法:采用DNA反向斑点杂交技术对2 156名妇女宫颈脱落细胞标本进行21种HPV基因型检测,统计分析HPV感染的阳性率和年龄组的关系及亚型分布特点.结果:2 156例标本中阳性944例,阳性率为43.8％.检出前8位亚型优势型别依次为16、58、52、66、53、68、51、33.HPV感染的高峰年龄是30～50岁,检出率高的年龄组是＞60岁的人群,其次是50～60岁年龄组.各年龄组的HPV阳性检出率及优势亚型检出率有显著差异.结论:HPV基因分型检测对宫颈癌的防治有重要意义.
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应用随机扩增多态性DNA技术分型肺炎克雷白菌
目的对肺炎克雷白菌进行随机扩增多态性DNA(RAPD)法基因分型.方法以优化的随机引物及反应体系对临床分离的199株肺炎克雷白菌进行RAPD分析并绘制基因分型指纹图谱.结果199株临床分离肺炎克雷白菌共得RAPD型158种.结论本研究为肺炎克雷白茵医院感染的分子流行病学分析提供了重要的参考依据.
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创伤弧菌16S-23S rDNA间区变形梯度凝胶电泳多态性分析
目的 建立创伤弧菌基因分型的新方法,了解创伤弧菌的分子特征.方法 应用PCR-变形梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对创伤弧菌的16S-23S rDNA间区(16S-23S rDNA intergenic spacer regions,ISR)多态性进行分析比较,结合药敏试验,以进一步验证分离菌株之间的亲缘关系.结果 ISR-PCR将创伤弧菌菌株扩增出4条约900、750、650、550 bp大小不同的条带；同时,创伤弧菌的ISR-DGGE序列表现出明显的株间差异,18株共产生了16种不同的指纹图谱；聚类分析将所有的细菌分为两大类,相似性分别为0.65和0.71;亲缘关系较近的菌株具有不同于关系较远的菌株的耐药谱,与ISR-DGGE指纹图谱分析相一致.结论 这种分子操作技术完全能够用于创伤弧菌株型的调查与鉴定,为创伤弧菌的基因分型提供了一种新的方法.
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台州市食源性沙门菌耐药性、毒力因子及分子分型研究
目的 了解台州市食品中分离的沙门菌耐药性、毒力因子以及基因分型情况,建立食源性沙门菌的分子特征本底信息,为食源性疾病的防治提供技术支撑.方法 对近几年从食品中分离的22株沙门菌进行12种抗生素药敏试验、10种毒力基因PCR检测、脉冲电场凝胶电泳(PFGE)基因分型,用BioNumerics 5.0软件对分型数据进行聚类分析.结果 22株食源性沙门菌的总耐药率为59.1％,耐药率居前三位的抗生素分别是复方新诺明(36％)、四环素(27％)、萘啶酸(27％)；所有菌株均检出6种以上毒力因子,1株肠炎沙门菌存在毒力岛、质粒及噬菌体等多种毒力因子；PFGE分型共得到21个条带,可分为5个基因型别,包括18种指纹图谱,各基因型别间同源性小于70％.结论 台州市食源性沙门菌存在致病风险,建立的指纹图谱数据库可为食源性疾病的防治提供技术支持.
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金黄色葡萄球菌分型方法的建立及应用
目的 建立食源性金黄色葡萄球菌的分型与溯源方法.方法 以血浆凝固酶为目标基因,通过PCR方法对食源性金黄色葡萄球菌进行鉴定,同时借助全自动微生物基因指纹鉴定系统(RiboPrinter)对其进行分型和类聚状况分析.结果 PCR方法可特异性鉴定金黄色葡萄球菌,RiboPrinter方法可将金黄色葡萄球菌分为6个亚型,各亚型类聚状况平均分布.结论 上述方法的建立可准确地将金黄色葡萄球菌进行鉴定和分型,分析类聚分布与同源性关系,为食源性致病菌的快速鉴定与分型溯源提供技术手段.
关键词： 金黄色葡萄球菌 血浆凝固酶 全自动微生物基因指纹鉴定系统 基因分型 食源性致病菌 -
四川省肉毒梭菌PCR基因分型方法比较研究
目的 比较分析4种肉毒毒素(botulinum neurotoxins,BoNT)基因分型方法,为四川省监测和食物中毒中肉毒梭菌(Clostridium botulinum)分型鉴定提供可靠的方法.方法 使用本实验室保存的6株肉毒梭菌(包括A、B、E型)验证4种肉毒梭菌PCR基因分型鉴定方法——美国食品药品监督管理局(FDA)多重PCR分型方法、国际标准化组织(ISO)的两种多重PCR分型方法和一种实时荧光PCR分型方法,比较方法间的差异,并初步分析差异原因.结果 3种多重PCR方法均可在一个反应中同时检测A、B、E3种型别肉毒梭菌.ISO多重PCR方法1中A型检测虽能获得预期条带,但结果条带不清晰.其余两种多重PCR方法在分型检测肉毒梭菌时,可获得清晰的预期条带.实时荧光PCR分型方法能在多重反应体系中同时检测到不同型的肉毒梭菌,但由于荧光标记相同,要获得分型结果需要分别检测各毒素型别.结论 美国FDA多重PCR方法和ISO多重PCR方法2操作较简单易行,可在四川省肉毒梭菌监测中推荐使用.
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2011-2012年广东省市售牡蛎中诺如病毒污染调查分析
目的 调查2011-2012年广东省市售牡蛎中诺如病毒的污染状况,为采取有效措施减轻牡蛎中诺如病毒污染程度提供建议,达到预防和控制食用牡蛎引起诺如病毒胃肠炎疾病的目的.方法 2011年3月-2012年10月,在广东省部分沿海城市进行市售牡蛎的采样检测,对其诺如病毒污染状况进行连续两年监测,采用荧光RT-PCR检测诺如病毒阳性标本基因分型,并对不同城市、季节及场所牡蛎中诺如病毒的污染情况及基因分型情况进行比较.结果 牡蛎中诺如病毒总检出率为14.9％ (41/275)；四个季节牡蛎中诺如病毒检出率依次为4.4％、15.7％、18.2％和36.7％；从基因分型分析,GⅠ型病毒株检出率为4.0％,GⅡ型病毒株检出率为6.2％,GⅠ和GⅡ型病毒株同时检出率为4.7％.结论 2011-2012年广东省市售牡蛎的诺如病毒污染情况在市场、餐饮场所以及不同地区间比较差异无统计学意义,其基因分型间比较差异无统计学意义,但呈现明显季节性特点,以冬季污染严重.
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广州市白云口岸航空食品中金黄色葡萄球菌凝固酶基因分型及肠毒素基因研究
目的 对2013-2015年从广州市白云口岸航空食品中分离的金黄色葡萄球菌进行基因分型研究,为食源性金黄色葡萄球菌分子溯源提供基础数据.方法 以血浆凝固酶和肠毒素为目标基因,采用聚合酶链式反应(PCR)方法对9株金黄色葡萄球菌进行基因分型,其中6株为航空食品分离株,1株为配餐车间大门手拭分离株,2株为标准菌株.肠毒素基因检测包括5种传统肠毒素基因(sea、seb、sec、sed、see)和6种新型肠毒素基因(ser、seg、seh、sei、sej、sep).结果 6株航空食品分离株的血浆凝固酶基因扩增分型结果为2个PCR型,酶切后得3种亚型;肠毒素基因检测结果显示有2株航空食品分离株含有肠毒素基因,检出率为33.3％ (2/6),检出的基因为2种传统肠毒素基因(sec、sed)和4种新型肠毒素基因(ser、seg、sei、sej),均同时携带2种以上肠毒素基因.结论 血浆凝固酶基因扩增分型结果显示,不同时间、不同采集地点存在相同的基因型,提示金黄色葡萄球菌存在交叉污染的可能性;航空食品分离株共检出6种肠毒素基因,提示金黄色葡萄球菌基因型多样性,应加强其他新型肠毒素基因检测.
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台州市食源性单核细胞增生李斯特菌分子特征研究
目的 了解台州市食品中分离的单核细胞增生李斯特菌的血清型、毒力基因以及基因分型情况,建立食源性单核细胞增生李斯特菌的分子特征本底信息,为食源性疾病的防治提供技术支持.方法 对近几年从食品中分离的37株单核细胞增生李斯特菌进行多重PCR血清分型、9种毒力基因(prfA、inlA、inlB、iap、flaA、hlyA、plcB、mpl和actA)PCR检测、PFGE基因分型,用BioNumerics 6.6软件对分型数据进行聚类分析.结果 37株食源性单核细胞增生李斯特菌的血清型以1/2a或3a型别为主;所有菌株均检出4种以上毒力基因,有15株菌携带所有9种毒力基因;37株菌经ApaⅠ酶切PFGE分型后,共得到22种带型,每种带型包含1～5株不等,相似度区间为67％～100％.结论 台州市食源性单核细胞增生李斯特菌存在致病流行风险,建立的指纹图谱数据库可为食源性疾病的防治提供技术支持.
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山西地区HBV DNA定量、分型及P区耐药突变点245例分析
目的:了解山西地区乙型肝炎病毒基因型分布、探究基因型和HBV DNA定量及P区耐药突变点相关性.方法:采用荧光定量PCR、聚合酶链反应-酶联免疫吸附试验(PCR-ELISA)和DNA测序技术分别对患者HBV DNA含量、HBV基因型和HBVP区耐药突变点进行了检测.结果:245例患者中B型45例(18.4%),C型187例(76.3%),BC混合型13例(5.3%);C型的血清中JHBV-DNA平均含量2.7×106 IU/mL,B型的血清牛IHBV-DNA平均含量为6.4×104 IU/mL,二者达到了显著性差异;其中对60例HBV-DNA水平在104 IU/mL患者血清进行DNA测序检测结果发现,其中34例患者中没有出现耐药,在26例耐药患者中以拉米夫定+恩替卡韦+替比夫定交叉耐药比例高,突变点主要为rtL180M、rtA181T和rtM204I/N.结论:山西地区HBV基因型以C型为主,B型次之,C型HBV DNA含量显著高于B型,且耐药的产生主要以拉米夫定+恩替卡韦+替比夫定交叉耐药为主.
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汕头地区女性感染人乳头瘤病毒基因类型的分析
目的:分析汕头地区各年龄段与不同生殖道疾病女性感染人乳头瘤病毒(HPV)基因类型分布状况,为该地区HPV分子流行病学提供依据.方法:利用凯普的基因芯片导流杂交检测技术,对3770例可疑女性患者进行21种HPV基因亚型的检测与分析.结果:HPV阳性检出率28.40%,其中高、低危型检出率分别72.8%与27.2%.多重感染占总体阳性标本的18.75%,不同年龄组的HPV亚型感染检测率差异不同.结论:HPV16、52、58,CP8304是汕头地区HPV感染的主要型别,宫颈癌患者中主要感染亚型为HPV16,CIN患者中主要感染亚型为HPV16、58,多重感染中以双重感染及四重感染为主,20～50岁为汕头地区感染的高峰人群.
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农村妇女HPV基因检测联合液基细胞学检查结果分析403例
目的:对农村妇女进行人乳头瘤病毒(HPV)基因检测联合液基细胞学(TCT)检查,以了解本地区农村妇女HPV感染情况和HPV感染在宫颈癌筛查的临床价值和意义.方法:应用DNA杂交技术对403例农村妇女进行HPV基因分型检测,同时在病理科做TCT检查.结果:403例农村妇女中,HPV感染63例,阳性率15.6%,检出高危型HPV 31例,低危型HPV 32例,其中有2～3种亚型的混合感染11例,分别占感染病例数的49.2%、33.3%和17.5%.TCT检查根据病变级别分组除正常+炎症342例外,还筛查出宫颈上皮内病变(CIN)61例,CINⅠ 55例,CINⅡ 5例,CINⅢ 1例,分别占90.2%、8.2%、1.6%.结论:本地区农村妇女中存在较高的HPV感染率,HPV基因型以HPV 6、11、16、18、58为主.TCT结果显示,宫颈上皮内病变患者较普遍,应引起重视.有必要对农村妇女进行宫颈癌和癌前病变筛查,以达到早期发现,早期治疗的目的.
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地中海贫血患者基因型分析315例
地中海贫血(地贫)是一组高度异质性的遗传性溶血性疾病,地贫是由于珠蛋白基因的缺失或缺陷,造成一种或几种正常的珠蛋白链合成受到抑制,产量不足或缺如引起的一类溶血性贫血.为进一步了解广东省中山市黄圃地区地中海贫血基因分型,本文收集315例进行分析,现报告如下.
