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低密度基因芯片技术检测人乳头瘤病毒基因型的方法研究
目的:构建并评价检测人乳头瘤病毒(HPV)基因型的低密度基因芯片方法.方法:将15种高危、5种低危和Cp8304共21种HPV型特异寡核苷酸探针加尾、固定在尼龙膜上,制成低密度基因芯片.以第二代杂交捕获(HC2)法作为检出HPV的金标准,随机选取148例标本,用低密度基因芯片技术进行HPV检出和基因分型,并对检测系统的敏感性、特异性及重复性进行测试,判定基因测序检测芯片的可靠性.结果:148例标本,采用低密度基因芯片与HC2检出的完全符合率是95.95％(Kappa值为0.82),共检出18种HPV基因型.灵敏度、特异性较好,检测系统稳定.结论:低密度基因芯片技术具有敏感、特异、快速、简便、经济等特点,一次检测既能测定HPV感染又能进行HPV基因分型,对临床HPV的筛查、诊治和预后评估具有较大价值.
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人乳头瘤病毒基因分型方法的建立和应用
目的 建立一种简便快捷、灵敏度高、经济实用的人乳头瘤病毒(HPV)基因分型的低密度基因芯片技术,并对该方法进行评价.方法 用低密度基因芯片技术对355例疑似HPV感染女患者检测HPV并分型;用杂交捕获Ⅱ代(HCⅡ)法进行评价.并用该法对珠江三角洲地区的730例标本进行HPV分型检测.结果 355例疑似样本中,低密度基因芯片技术和HCⅡ法分别检出211例(59.4%)和222例(62.5%)阳性标本,符合率达94.1%(334/355).低密度基因芯片技术共检测出15种常见高危型和5种低危型,其中16、52、58、56型检出率较高.结论 低密度基因芯片技术能具体分型和检测混合感染,HPV检测与细胞学检测结合.对宫颈癌筛查有重要意义.
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低密度基因芯片技术检测人乳头瘤病毒基因型
[目的]利用低密度基因芯片方法对人乳头瘤病毒(HPV)进行分型检测,建立一种经济实用的临床HPV感染的基因型检测方法.[方法]利用低密度基因芯片方法对145例阴道镜门诊病人的宫颈拭子标本进行HPV-DNA检测并分型.[结果]被检人群中共检测出57例HPV阳性,88例HPV阴性,HPV的感染率为39.3%,阳性标本中检测出12种高危型别,2种低危型别.其中单型感染51例(89%),混合感染6例(11%),16,31,18,58型检出率较高.[结论]低密度基因芯片是一种快速、简便、特异性强、灵敏度高的检测方法,在HPV和宫颈癌的筛查与诊断中有很大的应用价值.
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双重实时荧光PCR检测在宫颈癌筛查中的应用
目的 评价实时荧光PCR检测方法在宫颈癌筛查中的应用价值及临床意义.方法 利用实时荧光PCR技术对310例妇科疑似人乳头瘤病毒(HPV)感染患者进行高危型HPV检测,同时利用低密度基因芯片对310例样本进行HPV基因分型.结果 在310例样本中,使用实时荧光PCR技术和低密度基因芯片方法分别检出HPV高危型145例(46.8%)和132例(42.6%),两种方法检测符合率为94.5%(293/310).基因分型结果:感染率高的为16型(25%),其次为52型(16%)、58型(15.2%)、56型(7.5%)和31型(7.5%)等.结论 实时荧光PCR技术能有效地检测常见高危型HPV的感染,与细胞学检测方法相结合,对宫颈筛查有很重要的指导意义.
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低密度基因芯片检测病毒性STDs病原体方法的建立
目的采用聚合酶链反应(PCR)结合反向杂交技术建立检测常见病毒性性病病原体的低密度基因芯片.方法将HIV-1,HSV-2,HPV6,HPV11的特异性寡核苷酸探针加尾并以一定阵列固定在尼龙膜上,经过处理后制成低密度芯片.在扩增过程中用Biotin-16-dUTP标记扩增产物,产物变性后分别与点有各种探针的尼龙膜反向杂交,杂交结果采用链霉亲和素-碱性磷酸酶(SP-AP)显色系统检测,并对检测体系的敏感性和特异性进行了测试.结果4种探针只与其对应的DNA杂交,而不和其他病毒杂交.敏感性试验可检出20fg的病毒DNA.结论低密度基因芯片具有特异、敏感、快速等优点,采用低密度基因芯片一次杂交就可同时筛选鉴定多种性传播疾病(STDs)病毒的感染,值得临床推广应用.
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低密度基因芯片的性能与应用
[目的]研究低密度基因芯片的性能与应用.[方法]用SuperArray靶基因标记盒专一标记样品RNA与在芯片膜上靶基因相杂交.用PathwayFinder GEArray基因芯片膜对一个大肠癌症病人的癌组织和正常组织基因表达分别做了检测.用PC12细胞为实验系统,我们用Nicotine和Isoproterenol两个GPCR配体各自刺激PC12细胞,观察GPCR和G蛋白激活后,如何引起细胞内信号传导通道的开关,和这两个配体所引起细胞反应的区别.[结果]发现有4个基因HSF1、HSF27、HSF90和iNOS的表达在癌组织里有明显升高,PathwayFinder GEArray共含23个基因,它们各是8个不同重要信号传导通道的下游转录反应基因(downstream transcriptional response gene),也就是说一个信号传导通道的激活就会引起它下游转录反应基因表达的升高.对照相比,在Nicotine的刺激下Bcl21,Glu8,GRM5 and RPl13a基因表达有明显变化.在Isoproterenol的刺激下,Rpl13a,TF/F3,APM1,Bcl-x,FLJ10210,UCP1,RGS2,GALR2,EDG7,mGLU8,GRM5基因的表达有明显变化.[结论]低密度基因芯片具有充分的潜力成为将来临床检测的一个工具,用以检定特异诊断图谱.
关键词： 低密度基因芯片 聚焦芯片 基因特异性标识 Pathway Finder
