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广东省麻风菌株基因分型研究
目的 了解广东省麻风菌株基因型及其传播与国内外的关系,探讨外来麻风病患者对广东省流行可能产生的影响.方法 对广东省籍与外省籍麻风患者取皮肤活检,进行麻风菌株的可变数目串联重复序列(VNTR)与单核苷酸多态性(SNP)分型.结果 广东籍患者主要以SNP 1型菌株为主,少数为SNP 3型菌株.输入性病例菌株均为SNP 3型菌株.SNP 1型菌株的VNTR基因型,尤其是18-8、12-5、ML-1、(TA) 10与(GGT)位点的等位基因与国内其他地区SNP3型麻风菌株不同.但是SNP 3型的广东籍患者其菌株的VNTR基因型与SNP 1型菌株的VNTR型很接近,18-8、12-5等位基因型一致,差异仅在ML-1,(TA)10和(GGT)5位点.结论 广东籍患者麻风菌株以SNP 1为主,与国内多地区的菌株不同.推测其传播路径与早期“海上丝绸之路”有关.少数为SPN 3型的广东籍患者是否为输入病例的二代传播,值得深入研究及监测追踪.
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麻风分枝杆菌基因分型及其多个患者家庭内传播的研究
目的 探讨在特定地区和时期内采用多位点可变串联重复序列(VNTR)分析(MLVA)对麻风菌基因分型,以评价麻风病传播链.方法 从云南省丘北县2002-2006年收集的患者皮损中提取麻风菌DNA,采用AC9、6-7,GTA9,AT17,AC8a,AT15,AT18七个VNTR位点的MLVA基因分型,观察不同基因型与地理分布的关系;与现场流行病学调查结合,开展传播链的研究.结果 (1)系统发育树分析揭示:依据GTA9等位基因型的变化,可分为GTA9位点为9,11-13,15-26,＞26的A、B、C、D和E菌株.A菌株的GTA9等位基因型均为9,命名为A株.A株聚集分布在该县的北部,B株聚集分布在西北部,但C、D和E菌株基因型多变,散在分布.(2)该县北、西北部的5个高发家庭内的菌株为相同的A株.同一高发家庭内的患者,其菌株VNTR基因型一致或相似,但其他高发家庭之间的菌株基因型不相同.(3)在总菌株中,A菌株占有较高比例,且地理分布聚集,近期仍在传播.结论 无论从家庭内或较小区域内收集菌株的分型结果显示,VNTR基因分型适合麻风菌分型和短传播链的研究.优势菌株或聚集株均为高发家系中发现的,因此推测高发家系可能作为乡村中的麻风菌的疫源和传染源.但需要较长时期证实A菌株是否为优势株.
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青海省2004年人间鼠疫分离株基因分型及流行病学意义
目的探讨鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因分型在鼠疫暴发中的流行病学意义.方法根据已经证实的23个差异区段设计引物,对2004年青海省人间鼠疫流行期间分离到的13株鼠疫菌进行PCR扩增.结果13株鼠疫菌可分为4个基因组型,即Genomovar 8、10、15和16.其中囊谦的8株菌全部为Genomovar 10;乌兰的2株菌分别为Genomovar 8和15;祁连、曲麻莱、称多的3株鼠疫菌的基因组型均为Genomovar 16.结论鼠疫菌基因分型是鼠疫疫情暴发流行病学调查的有力工具.
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45株尿道致病性大肠埃希菌papA和papG基因分型研究
大肠埃希菌是尿路感染的主要致病菌,其中85%以上的菌株具有P菌毛,后者可特异性黏附、定植人泌尿道上皮细胞引起尿道上行性感染,这类菌称为尿道致病性大肠埃希菌(Uropathogenic E.coli,UPEC).
关键词： 尿道致病性大肠埃希菌 papA papG 基因分型 -
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌引起医院内感染的基因分型及耐药监测
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)是儿科医院内感染常见致病菌,常引起爆发性流行,故进行MRSA分型监测非常重要.本研究采用脉冲场凝胶电泳方法(PFGE)对儿童医院烧伤病房2003年10-11月小规模流行的金黄色葡萄球菌(金葡菌)进行基因分型及联合耐药表型分型分析流行原因.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 基因分型 药敏试验 -
用乙型肝炎病毒P基因进行基因分型的新方法
本研究尝试用乙型肝炎(乙肝)病毒(HBV)P基因进行HBV基因分型,建立新的分型方法.
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用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法检测幽门螺杆菌的分子流行病学研究
本研究应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法对来自不同临床标本的幽门螺杆菌(Hp)进行分析,通过聚类分析进行基因分型,并在此基础上探讨不同基因型别的Hp与不同疾病的关系.
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多位点可变数目串联重复序列分析对致病性钩端螺旋体分型的研究
钩端螺旋体(钩体)病是一种自然疫源性疾病.近年来以可变数目串联重复序列(variable number of tandemrepeats,VNTR)为基础的分型方法,逐渐被应用于分子流行病学研究中.本研究选取我国致病性钩端螺旋体15群15型参考菌株,初步探讨多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)在钩体病分子流行病学研究中的应用价值.
关键词： 钩端螺旋体 基因分型 多位点可变数目串联重复序列分析 -
浙江地区妇女生殖道人乳头瘤病毒感染亚型的检测及流行病学分析
人乳头瘤病毒(HPV)感染是导致宫颈鳞癌和上皮内瘤病变等发生的必要因素~([1]).通常在性活跃期的初几年,有75%以上的女性会在不同阶段感染HPV.而持续性的高危型HPV感染将会增加宫颈细胞癌变的危险性.因此,HPV基因分型检测成为筛查及预防宫颈癌的有效手段之一.本研究分析浙江地区生殖道标本的HPV基因分型检测结果,以了解HPV各亚型的感染及分布情况.
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辽宁省1997-2002年霍乱弧菌分离株核糖体分型和脉冲场凝胶电泳分型分析
为探讨辽宁省不同地区、不同来源霍乱病原体之间的遗传相关性,并对从鸭绿江水中分离出来的霍乱弧菌进行基因水平的分析,我们采用16S RNA核糖体基因分型(RT)及脉冲场凝胶电泳(PFGE)等分子生物学方法,对23株分离自1997-2002年辽宁省患者、外环境霍乱菌株进行研究.所用菌株经鉴定均为El tor生物型.染色体DNA提取、Southern杂交、PFGE参照文献[1]进行.20株霍乱弧菌共分3个RT型,其中18株菌为RT1型,RT2型、RT3型各1株菌(表1).14株霍乱弧菌共出现3种电泳条带(PFGE分型),结果见图1和表1.
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甘肃省58株鼠疫菌基因分型及地理分布的研究
本研究采用差异区段(different regions,DFR)方法对分离自甘肃省鼠疫疫源地的58株鼠疫菌进行基因分型,分析其地理分布.
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北京市四所温泉娱乐场所温泉池水军团菌核糖体基因型研究
本项研究采用16S RNA核糖体基因分型技术,对分离到的军团菌菌株进行研究,分析北京市昌平区4所温泉娱乐场所温泉水中军团菌的克隆群构成及菌株遗传分化的多态性,进一步了解不同区域、不同场所的温泉池水军团菌之间的分布特征,进一步探索军团菌传播规律,为防治军团病提供依据.
关键词： 军团菌 16S RNA核糖体 基因分型 -
河南省2013-2015年病毒性腹泻哨点医院监测结果与分析
目的 分析2013-2015年河南省监测哨点5岁以下腹泻儿童轮状病毒(HRV)、人感染杯状病毒(HuCV)、人感染星状病毒(HAtV)及肠道腺病毒(EAdV)的感染状况.方法 采集4个哨点医院腹泻儿童住院病例粪便样本880份,ELISA法检测A组HRV并进行G/P基因分型;二步法多重RT-PCR检测B/C组HRV、HuCV和HAtV,单重PCR检测EAdV;对阳性病例进行流行病学统计分析.结果 共检出阳性样本594份(含混合感染样本24份):HRV 370份,阳性率42.0％,男性感染率高于女性,农村高于城市,小年龄组高于大年龄组;HuCV 162份,阳性率18.4％;HAtV69份,阳性率7.8％;EAdV 17份,阳性率1.9％,3种病毒的城市总阳性率高于农村.A组HRV存在以G9P[8]为主的多种型别,秋季和春季有两个显著高峰;HuCV以诺如Ⅱ型为主,存在春季感染高峰.阳性病例以0～12月龄(HRV)和3～5岁(HuCV)为主;临床存在不同程度的发热、腹泻、呕吐等症状,性别及地区分布存在病原学差异.结论 河南省监测哨点5岁以下患儿中存在较高的腹泻病毒感染率,不同感染类别呈现不同的流行病学及临床特点.
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中国2006-2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病原学特征分析
目的 了解中国2006-2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病毒基因型别.方法 收集2006-2007年19起胃肠炎暴发的流行病学资料以及腹泻粪便样本,用RT-PCR方法对201份粪便标本进行诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒和札如病毒检测,对扩增产物进行序列测定.用Clustal X 1.83和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析.结果 诺如病毒是引起病毒性胃肠炎暴发的主要病原之一(12/19,63.2%).在12起诺如病毒胃肠炎暴发中,变异株GⅡ-4/2006b是引起暴发的流行优势株(11/12,91.7%),其他型别包括GⅡ-17、GⅡ-6和GⅡ-3.诺如病毒引起的疫情暴发主要集中在冬春季节(12月至4月),发生场所多样,且各年龄组人群均有发病.同时,12起诺如病毒暴发中有2起与其他腹泻病毒混合感染,且在同一起暴发中病原具有病毒多样性和基因型别多样性.结论 诺如病毒是2006-2007年引起胃肠炎暴发疫情的主要病原之一,变异株GⅡ-4/2006b为流行优势株.
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2012年广东省5岁以下儿童腹泻病流行特征及重点病原监测
目的 探讨广东省＜5岁儿童腹泻病流行特征和重点病原监测.方法 2012年在广东省21个地市选择64家医院开展腹泻症状监测,其中14家医院采集＜5岁儿童腹泻病粪便标本,开展霍乱弧菌、志贺菌分离培养及轮状病毒、诺如病毒ELISA、PCR检测.分析52周腹泻病症状监测数据和1932例＜5岁儿童腹泻病重点病原监测结果.结果 2012年广东省＜5岁儿童腹泻就诊病例占监测门诊就诊总人次数的0.8％,占监测门诊全年龄组腹泻病例就诊总人次数的63.5％；以医院为基础报告＜5岁儿童感染性腹泻病年发病率为1454.5/10万.全年采集＜5岁儿童腹泻病标本1932份,检测霍乱弧菌均为阴性,宋内志贺菌1例阳性,轮状病毒阳性率为14.1％(273/1932),诺如病毒阳性率为16.9％ (326/1932),诺如病毒和轮状病毒合并感染24例(1.2％).112份轮状病毒和90份诺如病毒阳性标本测序表明,轮状病毒主要以G1[P8]为主(33.9％),其次为G9[P8] (25.9％)、G2[P4] (12.5％)、G3[P8](9.8％)；诺如病毒以GⅡ.4型为主(76.7％),并检出5份GⅠ型和16份GⅡ其他型/变异株,除6月(未开展测序工作)和12月外其余各月均检出GⅡ.4/2006b型(占50.0％),GⅡ.4/Sydney_2012变异株于8月首次检出并在12月成为流行优势株.结论 ＜5岁儿童是广东省腹泻病高危人群,感染的轮状病毒和诺如病毒具有基因多样性.
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华东农村地区利福平耐药结核病的分子流行病学特征研究
目的 描述华东农村地区利福平耐药结核分枝杆菌(结核菌)的耐药相关分子特征和成簇性规律.方法 以浙江省和江苏省两个农业县结核病防治所一年内所有登记的结核菌检测阳性肺结核病例为研究对象,收集痰标本、培养分离菌株,并进行问卷调查;对培养获得的结核菌株采用比例法进行药敏试验.对获得的65株利福平耐药结核菌株进行rpoB基因利福平耐药决定区和katG基因异烟肼耐药相关热点区测序,采用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)方法识别北京株,采用IS6110限制性内切酶多态指纹技术(RFLP)对分离株进行基因分型和成簇性分析.结果 92%(60/65)的利福平耐药菌株在利福平耐药决定区531位(57%)、526位(29%)或516位(11%)发生突变,82%(49/60)的rpoB基因突变菌株为耐多药结核菌(MDR-TB);spoligotyping识别H{54株(83%)北京家族菌株;IS6110-RFLP发现共有24株(37%)利福平耐药菌株成簇,形成11个簇,提示簇中病例的结核菌近期传播.所有成簇菌株都为MDR-TB.共有7个簇,簇内菌株具有不完全相同的利福平耐药相关的rpoB基因突变.分析可能与成簇性相关的因素,初治病例在菌株成簇患者中的比例高于在菌株非成簇患者中所占的比例(初治/复治:OR=3.342,95%CI:1.081～10.32).结论 在其他耐药结核菌(如异烟肼耐药结核菌)中进一步产生对利福平的选择性耐药和生长,很有可能是利福平耐药结核病流行的基础,而既往较长的不规则治疗史也为利福平耐药的发生和传播提供条件.
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医院内感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分型及临床分析
目的 研究天津市第一中心医院内感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的clfB分型.方法 对2006-2012年天津市第一中心医院已进行SCCmec分型且MLST分型为ST239的临床非重复分离的MRSA,从ICU(n=35)和非ICU科室(n=7)共选取42株进行clfB分型.结果 42株MRSA均属于clfB的系列3,ICU的35株MRSA可分为6个型别,3-52占42.9％,3-52E占37.1％,3-50占8.6％,3-52C占5.7％,3-50A和3-50E分别占2.9％;非ICU的7株MRSA分属3个型别,3-52占42.8％,3-52E和3-50分别占28.6％;clfB分型联合SCCmec分型效果(分型指数ID=0.767)优于单纯应用clfB(ID=0.688)和SCCmec(ID=0.303),clfB/SCCmec联合分型可以将系列3的42株MRSA分为10个型别,其中SCCmecⅢ-clfB3-52E是主要克隆,占40.4％.相比非ICU科室,ICU感染MRSA的患者住院时间较长、使用抗菌药物治疗时间较长,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 基于可变串联重复序列的clfB分型方法分辨力高,可用于MRSA快速分型.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 凝集因子B 可变串联重复序列 基因分型 -
武汉市美沙酮门诊治疗者丙型肝炎病毒基因分型
目的 探讨武汉市美沙酮门诊治疗者丙型肝炎病毒(HCV)及不同基因型感染状况.方法 用酶标记免疫(ELISA)法检测抗-HCV抗体,在86份抗-HCV抗体阳性的血清标本中,分别提取HCV RNA,通过逆转录巢式聚合酶链反应(RT-nested PCR)扩增C基因的羧基至E1基因的氨基端长度为474 bp的片段,测定其核苷酸序列,与GenBank中已知的HCV序列进行系谱分析,确定HCV基因型.结果 武汉市美沙酮门诊332名治疗者中抗-HCV IgG阳性率为94.3%;其中86份血清的HCV序列通过系谱显示6a型71例,占82.5%;3b 7例,占8.2%;1a 5例,占5.8%;1b 3例,占3.5%.结论 武汉市美沙酮门诊入组的吸毒者HCV感染以6a型为优势株,其次为3b,吸毒者中HCV感染率较高,且基因亚型呈现多样性.
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不同可变数目串联重复序列组合对中国流行结核分枝杆菌分辨力的评价研究
目的 在规范化的结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)基因分型的基础上,构建我国31个省(自治区、直辖市)VNTR数据库,每个省优化一套VNTR位点组合,为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据.方法 对2007-2008年全国结核病耐药性基线调查的4 116株MTB15位点VNTR(15-VNTR)基因分型.汉高指数(Hunter-Gaston Index,HGI)分析每个位点的分辨率.依据谱系流行特征,以分辨率高和稳定性强为原则,为各省设计一套VNTR优化组合(12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR和5-VNTR),采用HGI和成簇率进行评价.结果 完成了涵盖率为96.36％(3 966/4 116)MTB完整15-VNTR图谱.发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点;QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB1 1b在部分地区遗传稳定性差.内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的优组合为10-VNTR,其他各省的佳组合为8-VNTR.结论 VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪;各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究.
关键词： 结核分枝杆菌 可变数目串联重复序列 基因分型 分辨率 成簇率 -
浙江省部分地区2009-2010年蚊媒中乙型脑炎病毒分子流行病学特征研究
目的 了解浙江省部分地区蚊媒携带流行性乙型脑炎(乙脑)病毒(JEV)情况及其分子流行病学特征.方法 2009-2010年7-8月从浙江省慈溪市和仙居县乙脑监测点采集蚊13620只,利用荧光定量PCR方法检测蚊中JEV核酸,用BHK-21细胞分离病毒,扩增JEV分离株E基因,然后选择6株进行测序并进行同源性分析.结果 慈溪和仙居监测点蚊中JEV带病毒率分别为17.0％(27/159)和3.4％( 1/29);从2010年143批蚊中分离到22株JEV,分离率为15.4％.6株测序株E基因全长均为1500个核苷酸(nt),推导编码500个氨基酸(aa),未发现nt插入和丢失,nt和aa同源性分别为99.2％～ 99.8％和100.0％,与浙江省2007-2008年JEV分离株的nt和aa同源性分别为99.1％～99.3％和99.2％～ 99.8％,与乙脑疫苗株SA14-14-2同源性分别为87.6％～88.0％和97.8％.E基因进化树显示,6株测序株位于基因Ⅰ型分支上.结论 浙江省慈溪市和仙居县监测点蚊媒携带JEV,其中慈溪监测点蚊媒中乙脑带病毒率明显高于仙居监测点,JEV分离株均为基因Ⅰ型.
