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青海省结核分枝杆菌临床分离株可变数目串联重复序列基因多态性研究
目的 初步了解青海省结核分枝杆菌临床分离株基因多态性和基因分型特征.方法 2009-2012年收集青海省疾病预防控制中心分离的结核分枝杆菌临床分离株,提取DNA,对15个可变数目串联重复序列(VNTR)位点进行PCR扩增和产物电泳分析,使用BioNumerics软件对菌株进行聚类分析.结果 共检测251株结核分枝杆菌临床分离株的15个VNTR位点,显示这些菌株有明显的基因多态性,15个VNTR位点中Hunter-Gaston指数＞0.6的VNTR位点有6个,位点分辨能力高的是MIRU26,经聚类分析,可分为4个基因群,238个基因型.4个基因群分别占4.9％、91.9％、1.6％和1.6％.结论 青海省流行的结核分枝杆菌菌株存在明显的VNTR基因多态性.
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大理地区结核分枝杆菌MIRU-VNTR位点的多态性分析
目的 了解大理地区结核分枝杆菌基因组中的数目可变串联重复序列(variable number tandem repeat,VN-TR)即MIRU(mycobacterium interspersed repetitive unit)基因多态性,探讨MIRU-VNTR位点多态性的应用价值.方法 采用PCR和琼脂糖凝胶电泳检测大理地区临床分离的60株结核分枝杆菌7个VNTR位点,采用MIRU-VNTR技术进行分型,利用Hunter-Gaston指数(HGI)对各MIRU进行分辨力评价,并应用Quantity one软件和BioNumerics6.6软件进行数字化和聚类分析. 结果 60株结核分枝杆菌分为5个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ群)52个基因型.Ⅰ群占56.77％,含有29个基因型;Ⅱ群占25.00％,含有13个基因型;Ⅲ群占8.33％,含有5个基因型;Ⅳ群占6.67％,含有3个基因型;V群占3.33％,含有2个基因型.7位点组合总分辨力为0.900,高ETR-E位点0.735,低ETR-C位点0.455. 结论 大理地区分离株结核分枝杆菌存在基因多态性,7位点MIRU-VNTR分型简便快速,分辨力高,适合用于大理地区结核分枝杆菌的基因分型检测.
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吉林省110株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型
目的:利用多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型技术,了解近期吉林省结核分枝杆菌临床分离株基因型分布情况.方法:收集分离自吉林省2011-2012年不同市县来源患者标本的结核分枝杆菌分离株,提取基因组DNA,对12个数目可变串联重复序列(VNTR)位点进行扩增和产物电泳分析,使用Totalab软件对电泳条带进行数据化分析,使用BioNumerics(6.0)软件获得聚类分析结果.结果:对110株结核分枝杆菌临床分离株的12个VNTR位点进行检测,结果显示这些菌株有明显的多态性.12个VNTR位点中Hunter-Gaston 指数能达到0.5以上的VNTR位点有9个,位点分辨能力高的是MIRU26,低的是MIRU20.基于12个位点的聚类分析,110株分离株可分为6个基因型群,其中分布多是5群,占34％；其次是1群,占15％.分布多的5群主要流行于吉林省通化市和松原市等地区.结论:吉林省流行的菌株存在着明显的遗传多态性；不同市县分布的主要基因型群存在差异,表明吉林省内不同地区结核分枝杆菌基因型的流行趋势不同.
